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生命科学系データベースアーカイブ

「日化辞 InChI対応表」 (国立研究開発法人 科学技術振興機構)のデータを更新しました

「日化辞 InChI対応表」は日本化学物質辞書(日化辞)の化合物IDとInChIおよびInChIKeyの対応に関するデータベースです。

今回の更新では、「InChI対応表」 について、以下のデータ更新を行いました。

  • レコードの統廃合 (3 化合物)
  • InChIおよびInChIKey変更 (3,154 化合物)
  • 新規追加 (89,872 化合物)

「H-InvDB」(東海大学 今西規教授)を追加しました

「H-InvDB」は、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシングバリアントなどの精査されたアノテーション情報を提供する統合データベースです。

「SSBD」(理化学研究所 大浪修一チームリーダー)を追加しました

「SSBD」は、顕微鏡を活用した計測や数理モデリングで得られる時空間情報を数値として有する定量データのデータベースです。

「ChIP-Atlas」(九州大学 沖真弥助教)を追加しました

「ChIP-Atlas」は、Sequence Read Archiveで公開されているChIP-Seqデータを再解析したデータベースです。

「Metabolonote」(かずさDNA研究所 櫻井望チーム長)を追加しました

「Metabolonote」は、メタボロミクス研究で取得された実験データのメタデータのデータベースです。

「MassBank」を追加しました

「MassBank」は、代謝物質(基礎代謝、植物二次代謝標準物質)を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベースです。

「SAHG」 (産業技術総合研究所 本野千恵主任研究員)を追加しました

「SAHG」は、ヒトゲノム由来の全タンパク質配列の立体構造モデルを予測して結果を視覚的に表示したデータベースです。

「eDDASs」(農研機構)のデータを更新しました

「eDDASs」は国内の農耕地の土壌微生物を示すeDNA解析情報のデータベースです。
今回はSoilのデータを90件更新、504件追加し、DGGEのデータを144件更新、943件追加しました。

「fRNAdb」 (産業技術総合研究所 光山統泰研究グループ長)を追加しました

「fRNAdb」は、文献で報告された非コードRNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したデータベースです。

「CREATE portal」 (かずさDNA研究所)を追加しました

「CREATE portal」は、274種類のマウスKIAA遺伝子の発現を解析したInGaPと、50種類のマウスKIAAタンパク質のタンパク質相互作用を解析したInCePを収録したデータベースです。