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生命科学系データベースアーカイブ

「NBDC NikkajiRDF」(科学技術振興機構)を更新しました。

「NBDC NikkajiRDF」は、日本化学物質辞書(日化辞)のデータを化合物情報のRDF記述で標準となっているオントロジーを用いてRDF化したデータベースです。

「メタゲノム解析用リファレンス16S RNA配列データセット」 (広島大学 大学院統合生命科学研究科 坊農秀雅特任教授)を公開しました

「メタゲノム解析用リファレンス16S RNA配列データセット」は、Kraken2によるメタゲノムデータ解析で使える16S RNA配列のデータセットです。

「jPOSTデータベース」 (京都大学薬学部 石濱泰教授)を公開しました

「jPOSTデータベース」は、jPOSTリポジトリに登録されたプロテオームデータに対して統一された基準で再解析した結果を収録したデータベースです。

「ChemTHEATRE」 (愛媛大学 仲山慶講師)を更新しました

「ChemTHEATRE」は、環境中の化学物質のモニタリング結果を集めたデータベースです。

「RefEx」 (ライフサイエンス統合データベースセンター 小野浩雅特任助教)を追加しました

「RefEx」は、4種類の測定方法による各組織における遺伝子発現状況の数値データのデータベースです。

「LigandBox」(産業技術総合研究所 福西快文研究チーム長)を追加しました

「LigandBox」は、計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベースです。

「核酸医薬品データベース」 (産業技術総合研究所 福井一彦研究チーム長)を更新しました

「核酸医薬品データベース」は、核酸医薬品について承認薬や、臨床試験における治験段階の情報をまとめたデータベースです。

今回の更新では、6件のレコードを追加しました。

「jPOSTリポジトリ」 (京都大学薬学部 石濱泰教授)を更新しました

jPOSTリポジトリは、質量分析の生データ、ピークリスト、解析データのリポジトリです。今回の更新では、jPOSTリポジトリのメタデータをまとめたもの(従来「jPOSTリポジトリメタデータ」として本アーカイブで公開)に加えて、jPOSTリポジトリの全公開データが本アーカイブからダウンロードできるようになりました。

「SPD」(福井工業大学 小松節子教授)を追加しました

「SPD」は、浸水ストレス下のダイズから得られたプロテオーム、トランスクリプトーム、メタボロームのデータベースです。

「カイコ参照トランスクリプトームデータ」(農研機構生物機能利用研究部門/農業情報研究センター 横井翔主任研究員)を追加しました。

「カイコ参照トランスクリプトームデータ」は、カイコの新規参照ゲノム配列とカイコP50T系統における複数の器官由来のRNAseqデータから確立した参照トランスクリプトームデータとその関連データです。

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