Clone id ホウライシダEST（Adiantum capillus-veneris）配列のクローンID Library ライブラリ名 Length 塩基数 Definition 定義 Accession DDBJ アクセッション番号 Tissue type 配列の得られた組織の名称 Developmental stage 発生段階 Sequence(60) 塩基配列(60文字で改行したもの） sequence 塩基配列（改行なし） ■■Homology search results ■■ Swiss-Prot (release 56.9) Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索の結果 UniProt ID of top hit in Swiss-Prot Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列のUniProt ID Definition Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列のAccessionとDefinition。TogoDBでは、Uniprotへのリン ク。 Align length Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメント長 Score (bit) Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのScore (bit) E-value Swiss-Prot (release 56.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのE-value Report UniProtKB/Swiss-Prot(release 56.9) データベースとのblastx検索結果 TrEMBL (release 39.9) TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索の結果 UniProt ID of top hit in TrEMBL TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で最高スコアでヒットした配列のUniProt ID Definition TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で最高スコアでヒットした配列のAccessionとDefinition。TogoDBでは、Uniprotへのリン ク。 Align length TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメント長 Score (bit) TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのScore (bit) E-value TrEMBL (release 39.9)とのblastx検索で、最高スコアでヒットした配列との間のアラインメントのE-value Report UniProtKB/TrEMBL (release 39.9) データベースとのblastx検索結果

Query blastX検索を行ったホウライシダEST配列のクローンID BlastX Hits UniProtKB/Swiss-Prot(release 56.9)データベースとの間でblastx検索を行い、ヒットした配列のAccessionとDefinition。TogoDBでは、Uniprot へのリンク。 Align Length 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメント長 Bit score 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメントのScore (bit) E-value 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメントのE-value Report UniProtKB/Swiss-Prot(release 56.9)データベースとのblastx検索結果 UniProt ID 上記ヒットした配列のUniProt ID

Query blastX検索を行ったホウライシダEST配列のクローンID BlastX Hits UniProtKB/TrEMBL (release 39.9) データベースとの間でblastx検索を行い、ヒットした配列のAccessionとDefinition。 TogoDBでは、Uniprotへのリンク。 Align Length 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメント長 Bit score 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメントのScore (bit) E-value 上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメントのE-value Report UniProtKB/TrEMBL(release 39.9)データベースとのblastx検索結果 UniProt ID 上記ヒットした配列のUniProt ID

Contig ID ホウライシダのコンティグ配列のID Length ホウライシダのコンティグ配列の長さ Number of clones ホウライシダのコンティグ配列を構成するESTクローンの数 Definition 定義 Link to clone list TogoDB版では、ホウライシダのコンティグ配列を構成するESTクローンリストへのリンク。ダウンロードファイルでは空白となる。 Clone ID ホウライシダのコンティグ配列を構成するESTクローンIDとAcESTのクローン情報へのリンク。 Sequence 塩基配列

Name ホウライシダ ESTライブラリ名 About ホウライシダ ESTライブラリ作成情報 References ホウライシダ ESTライブラリ作成に関する参考文献

PRJID データを取得した研究プロジェクトのBioProject ID AEID データのArrayExpress ID （簡易検索からはOmicsDIにリンクします） GSE データのGEO Series ID （簡易検索からはGEOにリンクします） Description データの説明 Date データの登録日 ArrayType マイクロアレイの種類 ArrayGroup ArrayTypeのグループ Technology 実験手法 Instrument 実験機器名またはそれについて記載したBioProjectエントリのID NGSGroup NGSを使った実験の場合、Instrumentのグループ Organisms データの生物種（複数の場合あり） Rep_organism Organismsのうち、代表的な生物種

Accession GenBank Accession。TogoDB版のみに、NCBI dbESTへのリンク。 Clone ID クローンID EST Type ESTの種類。5'または3'。 Sequence EST配列

Locus ID データベース固有のlocus ID UniGene ID UniGene ID Species 生物種 Chr. No. 染色体番号 Strand 鎖 Matched genome 遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のDefinition Matched genome (GI) 遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のGenbank ID Matched genome (RefSeq) 遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のRefSeq ID Gene name 遺伝子名 Left 遺伝子座のゲノム上の位置（左） Right 遺伝子座のゲノム上の位置（右） GO Gene Ontology Variants スプライシングバリアントの数 Splicing type スプライシングタイプ (例：cassette)

cDNA ID データベース固有のcDNA ID Locus ID データベース固有のlocus ID Species 生物種 Chr. No. 染色体番号 Strand 鎖 Gene name 遺伝子名 UniGene ID UniGene ID cDNA UniGene ID cDNAのUniGene ID Genbank accession Genbank アクセション番号 GI Genbank ID CDS left cDNAにおけるコーディング領域の位置（左） CDS right cDNAにおけるコーディング領域の位置（右） Splicing pattern スプラシングパターン (遺伝子モデル) cDNA sequence length cDNA 配列長 DOU start 未成熟(擬似)開始コドンである(true)か否(false)か DOU end 未成熟(擬似)終止コドンである(true)か否(false)か NMD ナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)が発生し得る(true)か否か(false) Number of exons cDNA中のエクソンの数 Number of splicing regions 遺伝子中の選択的スプライシング/転写開始領域の数

Exon ID データベース固有のエキソンID Species 生物種 Locus ID データベース固有のlocus ID cDNA ID データベース固有のcDNA ID Left in cDNA エキソンのcDNA上の位置(左) Right in cDNA エキソンのcDNA上の位置(右) Left in genome エキソンのゲノム上の位置(左) Right in genome エキソンのゲノム上の位置(右)

ID スプライシングパターンID Species 生物種 Locus ID データベース固有のlocus ID Region 遺伝子座内のスプライシング領域番号 Splicing pattern 遺伝子座内のスプライシングパターン番号 cDNA ID データベース固有のcDNA ID Splicing left スプライシング領域のゲノム上の位置(左) Splicing right スプライシング領域のゲノム上の位置(右) Splicing pattern スプライシングパターン(ビット変換) "1"はスプライシング領域を表す Splicing type スプライシングタイプ NAGNAG NAGNAG(6bpのアクセプターサイト)か否か

ID 技術開発研究題目のID (１つのprojectにつき、1-6個の技術開発研究題目があり、Project IDの後ろに番号を付加して区別。) Project ID 課題ID (ターゲットタンパク研究プログラム課題 ID) Subject 技術開発研究題目 Project Theme 研究課題のテーマ Principal Investigator 代表研究者名 Affiliation 所属機関 Backgrounds 技術開発研究題目の背景 Highlights 技術開発研究題目のハイライト Outline 技術開発研究題目の概要 Application 開発されたプロトコルを利用して行われたターゲットタンパク研究課題の課題番号 (簡易検索サイトでは、研究課題成果データベースの各課題成果へリンク) Article 関連論文 (簡易検索サイトではPubMedへリンク) (複数ある場合、データの並び順は下記「PubMed」と対応する) PubMed ID PubMed ID (複数ある場合、データの並び順は上記「Article」と対応する) CSML File 技術開発研究成果画像（CSMLファイル）のファイル名 (簡易検索サイトではダウンロードデータへのリンク)

Project ID 課題ID PDB ID PDB ID in PDBj Protein Name タンパク質の名称

Project ID 課題ID Protocol ID プロトコルID (PREIMS) Protocol Name プロトコルの名称 Category プロトコルのカテゴリ Author 著者

Clone name クローン名 Expression pattern 発現パターン（prespore(予定胞子) / prestalk(予定柄細胞) ） Gene name 遺伝子名 Product 産物 Accession number アクセッションナンバー mound 発生時期「mound」の局在画像 tipped mound 発生時期「tipped mound」の局在画像 standing slug 発生時期「standing slug」の局在画像 young slug 発生時期「young slug」の局在画像 migrating slug 発生時期「migrating slug」の局在画像 slug 発生時期「slug」の局在画像 mexican hat 発生時期「mexican hat」の局在画像 culminant 発生時期「culminant」の局在画像 mid culminant 発生時期「mid culminant」の局在画像 late culminant 発生時期「late culminant」の局在画像 very late culminant 発生時期「very late culminant」の局在画像 fruiting body 発生時期「fruiting body」の局在画像

Clone name クローン名 Stage 発生時期 Image 画像ファイル。TogoDB版の表示では、画像が表示される。TogoDB版のダウンロードファイルやアーカイブファイルには画像のURLが記載 される。

Organism タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名) Function タンパク質の機能 Cluster タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号 Symbol 遺伝子シンボル Synonyms 遺伝子シンボルの別名 Gene Name 遺伝子名 Other Name 遺伝子名の別名 Gene ID NCBI Entrez Gene データベースにおける遺伝子のID Nucleotide NCBI Nucleotide データベースにおける遺伝子のID (バージョン付きアクセション番号) GI NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (遺伝子情報番号) Protein NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号) Genomic 当該遺伝子を含むNCBI Nucleotide データベースのゲノムのエントリ UniProt UniProt のアクセション番号 Description UniProt に記載されているタンパク質の名前 PDB Structure PDB ID。構造がターゲットタンパク研究プログラムで決定されたものである場合、PDB ID の左側にターゲットタンパク研究プログラムのロゴが表示される。 Predicted Location WoLF PSORT を用いた細胞内局在予測の結果 Complex タンパク質複合体が形成される場所や複合体の名称 Interaction 当該タンパク質と相互作用するタンパク質のリスト Interaction (Human) 当該タンパク質のヒトにおけるオーソログと相互作用するヒトのタンパク質のリスト VaProS VaProS (構造生命科学分野のデータクラウド) へのリンク (簡易検索サイトのみ) Function (UniProt) UniProt に記載されているタンパク質の機能についての説明 UniGene NCBI UniGene データベースにおけるEST 配列のID Related Papers 関連する文献のPubMed ID Dichot ID Dichot のID Predicted Disordered Region DICHOT 法 (Fukuchi et al. 2009, BMC Struct Biol. 9:26) で予測された天然変性領域 Sequence アミノ酸配列

Bait Protein Bait タンパク質の遺伝子シンボル Symbol Bait タンパク質と相互作用するPrey タンパク質の遺伝子シンボル Gene ID Prey タンパク質のNCBI Gene ID Synonyms Prey タンパク質の遺伝子シンボルの別名 Description Prey タンパク質の説明 IPI International Protein Index。EBI が提供するPrey タンパク質のID Protein NCBI Protein データベースにおけるPrey タンパク質のID (バージョン付きアクセション番号)

Cluster タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号 Human Interactant Cluster に属するタンパク質のヒトのオーソログが、相互作用するタンパク質の遺伝子シンボル Description 相互作用するタンパク質の説明 Protein Accession 相互作用するタンパク質のNCBI Protein データベースにおけるID

Organism タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名) Symbol 遺伝子の略称 Protein Accession NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号) Length タンパク質の配列長 Known Domains DICHOT 法により立体構造領域と予測され、既存の立体構造とアミノ酸配列の相同性が認められた領域 Novel Domains DICHOT 法により立体構造領域と予測されたが、既存の立体構造とアミノ酸配列の相同性が認められない領域 Disorder Regions DICHOT 法により天然変性領域と予測された領域

Function タンパク質の機能 Cluster タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号 (生物種の学名) オーソログ・ホモログのリスト

Organism タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名) GTOP ID GTOP データベースにおける遺伝子のID Symbol 遺伝子シンボル Synonyms 遺伝子の別名 Gene Name 遺伝子名 Gene ID NCBI Entrez Gene データベースにおける遺伝子のID GI NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (遺伝子情報番号) Protein Accession NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号) Description NCBI Entrez Gene データベースに記載されているタンパク質の説明 Predicted Disordered Regions DICHOT 法により天然変性領域と予測された領域

concept id 対応するFMA (Foundational Model of Anatomy) のID。 representation id 概念の3次元表現に対するID。バージョン、treeが変わっても一意になっています。 en 英語名。 主にFMAのpreferred nameを採用。 kanji 漢字 kana かな

concept id 対応するFMA (Foundational Model of Anatomy) のID。 representation id 概念の3次元表現に対するID。バージョン、treeが変わっても一意になっています。 en 英語名。 主にFMAのpreferred nameを採用。 kanji 漢字 kana かな

parent id 親にあたる臓器概念のID parent name 親にあたる臓器概念の英語名 child id 親の一部にあたる臓器概念のID child name 親の一部にあたる臓器概念の英語名

parent id 親にあたる臓器概念のID parent name 親にあたる臓器概念の英語名 child id 親の一部にあたる臓器概念のID child name 親の一部にあたる臓器概念の英語名

concept id COMPOUND概念のID name COMPOUND概念の英語名 element file id ELEMENTのポリゴンデータファイルID

concept id COMPOUND概念のID name COMPOUND概念の英語名 element file id ELEMENTのポリゴンデータファイルID

Clone ID クローンID、SGDにおけるName Link to SGD ゲノムマッピングされたcDNAのクローンIDを元にした、SGD（Saccharomyces Genome Database, http://www.yeastgenome.org/） へリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、Clone IDのみ。 Link to dbEST 5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元にしたNCBIのdbESTへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイ ブファイルでは、アクセッションのみ。 Link to UCSC Genome Browser 5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元に、UCSC Genome Browserへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、アクセッションのみ。 Sequence 出芽酵母の完全長cDNAクローンの5'末端配列データ。FASTA形式 Quality Phredのクオリティ値

Project ID プロジェクトID Link このプロジェクトで取得したSample及びMeasured Dataへのリンク（簡易検索のみ） Submitter Name データ提供者名 Submitter Affiliation データ提供者所属機関 Submitter Department データ提供者所属部署 Submetter City データ提供者所属機関のある都市 Submetter Country データ提供者所属機関のある国 Corresponding Author Name 代表研究者名 Corresponding Author Affiliation 代表研究者所属機関 Corresponding Author Department 代表研究者所属部署 Corresponding Author City 代表研究者所属機関のある都市 Corresponding Author Country 代表研究者所属機関のある国 Release Date データの公開日 Title 研究を発表した論文名 Publication 論文のID(DOI) Grant 研究助成金

Chemical ID 化学物質ID Chemical Name 化学物質名 IUPAC IUPAC命名法による表記 Synonyms 別表記 PubChem PubChem ID CAS CAS番号 Link この化学物質を含むMeasured Dataへのリンク（簡易検索のみ）

Sample ID サンプルID Link このサンプルから測定されたMeasured Dataへのリンク（簡易検索のみ） Project ID このサンプルを取得したプロジェクトのID Sample Type 1 サンプルタイプ Sample Type 2 サンプルタイプ Sample Type 3 サンプルタイプ Sample Type 4 サンプルタイプ Sample Type 5 サンプルタイプ Taxonomy ID サンプルが生物である場合、そのTaxonomy ID es-BANK ID 生物環境試料バンク（es-BANK）におけるID Sample Name サンプル名 Scientific Name サンプルの学名 Common Name サンプルの一般名称 Sampling Time 採取日時 Weather 採取時の天候 Region 採取した地域（広域） Country 採取した国 Area 採取した地域（国の中で） Latitude From 採取範囲の緯度下限 Latitude To 採取範囲の緯度上限 Longitude From 採取範囲の経度下限 Longitude To 採取範囲の経度上限 Sex サンプルが生物である場合、その性別 Tissue Organ サンプルが生物である場合、その臓器 Tissue Lipid サンプルが生物である場合、その脂質の重量 Tissue Moist サンプルが生物である場合、その水分の重量 Weight サンプルの重量 Weight Unit 重量の単位 Length サンプルの長さ Length Unit 長さの単位 Length Type 長さのタイプ Growth Stage サンプルが生物である場合、その成長段階 Age サンプルが生物である場合、その年齢 Disease サンプルが生物である場合、その疾患 Temperature サンプルの温度 Water Temperature 採取場所の水温 pH サンプルが水である場合、そのpH DO サンプルが水である場合、その溶存酸素量 EC サンプルが水である場合、その電気伝導率 Salinity サンプルが水である場合、その塩分濃度 SS サンプルが水である場合、その浮遊物質含有量 Water Depth 採取場所の水深 Transparency サンプルが水である場合、その透明度 Water Color サンプルが水である場合、その色 Sediment Temperature サンプルが堆積物である場合、その温度 Sediment Depth サンプルが堆積物である場合、採取した水深 Sediment Appearance サンプルが堆積物である場合、その形状 Sediment Color サンプルが堆積物である場合、その色 Sediment Surface Color サンプルが堆積物である場合、採取した水面の色 Sediment Odor サンプルが堆積物である場合、その臭い Sediment Impurities サンプルが堆積物である場合、そこに含まれる不純物 Sediment Moisture Onsite Analysis サンプルが堆積物である場合、分析時に計測した重量 Ignition Loss Onsite Analysis サンプルが堆積物である場合、分析時の強熱減量 Soil Depth サンプルが土壌である場合、採取した深さ Flow Rate サンプルが大気である場合、採取場所の流量 Mean PM10 サンプルが大気である場合、粒子状物質PM10の平均採取量 Mean Total Suspended Particles サンプルが大気である場合、総浮遊粒子状物質の平均採取量 Humidity サンプルが大気である場合、採取時の湿度 Wind Direction サンプルが大気である場合、採取時の風向き Wind Speed MS サンプルが大気である場合、採取時の風速(m/sec) Amount of Collected Air サンプルが大気である場合、その採取量

Measured ID 測定ID Project ID この測定を行ったプロジェクトのID Sample ID 測定を行ったサンプルのID Instrument Group 測定機器グループ名 Instrument 測定機器名 Method Extraction 抽出手法 Method Cleanup 洗浄手法 Derivatization 誘導体化手法 Recovery Correction 回収率補正手法 LOD 測定機器の検出限界 Repeatability 繰り返し精度 Standard 分析に使用する標準品 Chemical ID 検出された化学物質のID Measured Value 測定値 Alternative Value 測定値の別表記 Unit 測定値の単位

Experimental ID Experimental ID (SRX, ERX, DRX) Genome assembly Genome assembly Antigen class Antigen class Antigen Antigen Cell type class Cell type class Cell type Cell type Cell type description Cell type description Processing logs Processing logs (# of reads, % mapped, % duplicates, # of peaks [q < 1E-05]) Title Title submitted by authors Meta data Meta data submitted by authors BigWig Link to a BigWig-formatted coverage score binary file. Peak-call (BED) (q < 1E-05) Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-05. Peak-call (BED) (q < 1E-10) Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-10. Peak-call (BED) (q < 1E-20) Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-20. Peak-call (BigBed) (q < 1E-05) Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-05). Peak-call (BigBed) (q < 1E-10) Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-10). Peak-call (BigBed) (q < 1E-20) Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-20).

File name File name Genome assembly Genome assembly Antigen class Antigen class Antigen Antigen Cell type class Cell type class Cell type Cell type Threshold Threshold Experimental IDs included Experimental IDs included Peak-call (BED) Link to a BED9 + GFF3 format file concatenated and converted from the BED4-formatted peak-call data files of the experiments in the "Experimental IDs included".

Antigen Antigen Cell type class in Colocalization Cell type class in Colocalization (comma separated) Recorded (+) or not (-) in Target Genes Target gene analysis performed or not (+/-) Genome assembly Genome assembly Target Genes (TSS ±1k) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 1 kb of each TSS (transcription start site). Target Genes (TSS ±5k) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 5 kb of each TSS (transcription start site). Target Genes (TSS ±10k) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 10 kb of each TSS (transcription start site). Colocalization (TSV) Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the protein colocalization with the given antigen in the given cell type class. Colocalization (GML) Link to a GML (Graph Modelling Language) file that describes the protein colocalization in the given cell type class.

Genome assembly Genome assembly Antigen class Antigen class Antigen Antigen Number of experiments Number of experiments Experimental IDs included Experimental IDs included

Genome assembly Genome assembly Cell type class Cell type class Cell type Cell type Number of experiments Number of experiments Experimental IDs included Experimental IDs included

Accession GenBank Accession。TogoDB版のみに、NCBI dbESTへのリンク。 Clone ID クローンID Sequence EST配列

Clone ID クローンID Library ライブラリの由来組織 Category 配列の分類 Cluster クラスタリング後のID ACC No. of clone クローンのアクセッションナンバー Length クローン配列長 Sequence 配列

Cluster ID クラスターID Description 予測された遺伝子機能 Category 配列の分類 Length コンセンサス配列長 Sequence コンセンサス配列 Source 由来クローン No. of clones 由来クローンの数 Top Blastx hit (E value &lt; 1e-6) Blastx検索トップヒットの遺伝子名 ACC No. Blastx検索トップヒットのアクセッションナンバー E-value Blastx検索トップヒットのE-value GO GOアノテーション

confID このテーブルのID classID 構造変化のクラスの情報も含むID index レコードのインデックス pdbIDA 構造比較したPDBのＩD（Ａ） pdbIDB 構造比較したPDBのＩD（Ｂ） pdbChainA 構造比較したPDBのチェインＩD（Ａ） pdbChainB 構造比較したPDBのチェインＩD（Ｂ） confDatafile 構造解析結果ファイル(zip形式)へのリンク confClass 構造変化の種類（結合分子の種類） confName 構造変化の名前（結合分子の情報） dmax 重ね合わせたタンパク質構造の原子間距離の最大値 rmsd 重ね合わせたタンパク質構造のRMSD値 identity タンパク質配列の一致度

confID ConfAllテーブルのＩＤ siteNo N端から数えたsiteの番号 siteStart1 構造1におけるsiteのN端の二面角番号 siteStartR1 構造1におけるsiteのN端の残基番号 siteEnd1 構造1におけるsiteのC端の二面角番号 siteEndR1 構造1におけるsiteのC端の残基番号 siteLength1 構造１の残基長 siteStart2 構造２におけるsiteのN端の二面角番号 siteStartR2 構造２におけるsiteのN端の残基番号 siteEnd2 構造２におけるsiteのC端の二面角番号 siteEndR2 構造２におけるsiteのC端の残基番号 siteLength2 構造２の残基長 phiMax 二面角φの変化の最大値 psiMax 二面角ψの変化の最大値

confEVID このテーブルのID pdbIDA 構造比較したPDBのＩD（Ａ） pdbIDB 構造比較したPDBのＩD（Ｂ） pdbChainA 構造比較したPDBのチェインＩD（Ａ） pdbChainB 構造比較したPDBのチェインＩD（Ｂ） identity 配列一致率 indelSize 解析した挿入・欠損の数 alignment 配列のアライメント indel 挿入・欠損の解析結果

confID このテーブルのID classID 構造変化のクラス pdbID PDB ID pdbChain PDBチェインID method 実験方法 program リファイメントプログラム temperature 実験時の温度 resolution 解像度 Rfactor R因子 depositDate 登録日 depositDateClass 日付の書式 ECnumber EC番号 SCOPID SCOP ID domainNumber ドメイン数 complex 複合体の種類 SEQRESLength SEQRESの残基長 ATOMLength ATOMの残基長 REMARK465 REMARK 465（消失残基記述行）の使用の有無 disorderNumber ディスオーダー領域の数 disSumLength ディスオーダー残基の総数 maxDisLength 最長のディスオーダー領域 minDisLength 最短のディスオーダー領域 disSeqresPosition SEQRESでのディスオーダー領域の位置 disAtomPosition ATOMでのディスオーダー領域の位置 temperatureFactorAve 温度因子の平均 temperatureFactorStddev 温度因子の標準偏差 checkOccupy 1.00未満のOCCUPANCYの使用の有無 modelNumber MODEL NUMBERの使用の有無

mKIAA No. マウスKIAAの遺伝子番号 Clone name クローン名 Accession No. DDBJ/GenBank/EMBLデータベース登録番号 Alias Name 遺伝子名 Antigen size 抗原の大きさ Antigen solubility 抗原の可溶性 Homolog human clone 相同なヒトクローン名 Reference protein 参照タンパク質 Predicted molecular weight 予想される分子量 Predicted gene function 予想される遺伝子機能（ジーンオントロジー番号） Antigen sequence name 抗原の配列名 Antigen sequence 抗原のアミノ酸配列 Purification tag 精製タグの状況 Western blot (adult organs) ウェスタンブロットの結果（成体マウスの臓器） Western blot (cell lines) ウェスタンブロットの結果（培養細胞株） Infrared Fluorescence scanner (cerebellum) 赤外蛍光による観察（小脳） Infrared Fluorescence scanner (forebrain 1) 赤外蛍光による観察（前脳１） Infrared Fluorescence scanner (forebrain 2) 赤外蛍光による観察（前脳２） Confocal laser scanning microscope (neocortex 1) 共焦点レーザー顕微鏡による観察（新皮質１） Confocal laser scanning microscope (neocortex 2) 共焦点レーザー顕微鏡による観察（新皮質２） confocal laser scanning microscope (hippocampus) 共焦点レーザー顕微鏡による観察（海馬） Confocal laser scanning microscope (cerebellum) 共焦点レーザー顕微鏡による観察（小脳） Immunoprecipitation 免疫沈降の結果 Mascot search results 質量分析でのMascot解析の結果 Ectopic expression (phase) 培養細胞でのKIAAの発現（位相差像） Ectopic expression (fluoro) 培養細胞でのKIAAの発現（蛍光像） mKIAA cDNA array analysis マウスKIAA cDNAのアレイ実験の結果

mKIAA No. マウスKIAAの遺伝子番号 Pathway image 情報伝達経路のイメージ KeyMolnet file KeyMolnetソフト由来のファイル Reference 関連論文

RefSNP ID RefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク） Affy/Perlegen ID Affymetrix社またはPerlegen社のマイクロアレイのユニークID。 Chromosome SNPが存在する染色体。 Position SNPの染色体上の位置。 (NCBI Build 35) Alleles 対立遺伝子。 MAF SNPの対立遺伝子の頻度。 (MAF: Minor allele frequency) Genotypes 74セットの胞状奇胎の試料についての遺伝子型。 LD bin LD binの名称。 (簡易検索では、「LD bin 一覧」テーブルへのリンク) tagSNP tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: tagSNPである。 0: tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。 Best tagSNP Best tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: Best tagSNPである。 0: Best tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。

RefSNP ID RefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク） Affy/Perlegen ID Affymetrix社またはPerlegen社のマイクロアレイのユニークID。 Chromosome SNPが存在する染色体。 Position SNPの染色体上の位置。 (NCBI Build 36) Alleles 対立遺伝子。 MAF SNPの対立遺伝子の頻度。 (MAF: Minor allele frequency) Genotypes 87セットの胞状奇胎の試料についての遺伝子型。 LD bin LD binの名称。 (簡易検索では、「LD bin 一覧」テーブルへのリンク) tagSNP tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: tagSNPである。 0: tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。 Best tagSNP Best tagSNPであるかどうかを示すフラグ。 1: Best tagSNPである。 0: Best tagSNPではない。 -: LD binに含まれないSNP。

LD bin LD binの名称。 Chromosome LD binが存在する染色体。 (Chr1～Chr22, ChrX) Position Start LD binの染色体上の開始位置。 (NCBI Build 35) Position End LD binの染色体上の終了位置。 (NCBI Build 35) SNPs Count LD binに含まれるSNPの数。 tagSNPs Count LD binに含まれるtagSNPの数。 Best tagSNP LD binに含まれるtagSNPのうち、r2が最も高いSNPのRefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク）

LD bin LD binの名称。 Chromosome LD binが存在する染色体。 (Chr1～Chr22, ChrX) Position Start LD binの染色体上の開始位置。 (NCBI Build 36) Position End LD binの染色体上の終了位置。 (NCBI Build 36) SNPs Count LD binに含まれるSNPの数。 tagSNPs Count LD binに含まれるtagSNPの数。 Best tagSNP LD binに含まれるtagSNPのうち、r2が最も高いSNPのRefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク）

rs RefSNP accession ID (rs number) chr SNPが存在する染色体の番号 (1-22,X) pos SNPの染色体上の位置 allele1 対立遺伝子1 allele2 対立遺伝子2 gtype 74セット分の胞状奇胎の試料の遺伝子型

chr 染色体番号 (1-22,X) sample データセットの名称 rs RefSNP accession ID (rs number) pos 染色体上の位置 allele1 対立遺伝子1 allele2 対立遺伝子2 gtype 87セット分の胞状奇胎の試料の遺伝子型 ss Affymetrix社のマイクロアレイでのユニークID

seqname SNPの存在する染色体。 (e.g. Chr1) source データセットの名称。 (e.g. CHM_2R80M5Z) feature データの種別。SNPの情報またはLD binの境界の情報。 (e.g. LD_BIN, LD_BIN_BOUNDARIES) start SNP、またはbin左端の染色体上の位置。 (NCBI Build 35) end SNP、またはbin右端の染色体上の位置。 score LD_BIN行では、2:Best tagSNP、1:tagSNP、0:他のSNP。LD_BIN_BOUNDARIES行では常に"." strand （常に"+"） frame （常に"."） attributes 次の複数のデータを含む項目。 ld_bin: LD binの名称（これ以外はLD_BIN行にのみ存在） RSID: RefSNP ID (rs番号) tagging: tagSNPかどうかを示すフラグ besttag: Best tagSNPかどうかを示すフラグ SNPID: Affymetrix社のマイクロアレイのユニークID (e.g. ld_bin 2R80M5Z_10_1 ; RSID rs16930466 ; tagging 1 ; besttag 0 ; SNPID SNP_A-2110939)

seqname SNPの存在する染色体。 (e.g. Chr1) source データセットの名称。 (e.g. CHM_3R80M5Z) feature データの種別。SNPの情報またはLD binの境界の情報。 (e.g. LD_BIN, LD_BIN_BOUNDARIES) start SNP、またはbin左端の染色体上の位置。 (NCBI Build 36) end SNP、またはbin右端の染色体上の位置。 score LD_BIN行では、2:Best tagSNP、1:tagSNP、0:他のSNP。LD_BIN_BOUNDARIES行では常に"." strand （常に"+"） frame （常に"."） attributes 次の複数のデータを含む項目。 ld_bin: LD binの名称（これ以外はLD_BIN行にのみ存在） RSID: RefSNP ID (rs番号) tagging: tagSNPかどうかを示すフラグ besttag: Best tagSNPかどうかを示すフラグ SNPID: Affymetrix社のマイクロアレイのユニークID (e.g. ld_bin 3R80M5Z_10_2 ; RSID rs16930466 ; tagging 1 ; besttag 0 ; SNPID SNP_A-2110939)

prositeLisAC PROSITE DO番号 PROSITE Info prositeLisACに対応するPROSITE情報のエントリにリンク（簡易検索のみ） prositeLisFamilySize PROSITE DO番号に対応するACの個数 prositeLisDE PROSITE DO番号に対応するdescription prositeLisPatternSize PROSITE DO番号に対応するパターンACの個数 prositeLisRuleSize PROSITE DO番号に対応するルールACの個数 prositeLisRuleWithPASize PROSITE DO番号に対応するパターン・ルールACの個数 prositeLisRuleWithMASize PROSITE DO番号に対応するマトリクス・ルールACの個数 prositeLisMatrixSize PROSITE DO番号に対応するマトリクスACの個数 prosite3dLisIdSize PROSITEのデータベースにアノテーションされているPROSITE DO番号に対応するPDBの個数 prosite3dSeqIdLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数 prosite3dSeqChainLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数 prosite3dAtomIdLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBの個数 prosite3dAtomChainLisSize 本データベースでPROSITE DO番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数

prositeAC PROSITE AC番号 PDB SEQRES prositeACに対応するPROSITE - PDB SEQRESマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ） prositeID PROSITE ID prositeIDType ACのタイプ prositeDE 当該PROSITEエントリの説明 prositeDO PROSITE DO番号 prosite3dSize PROSITEデータベースで、本エントリにアノテーション付けされたPDBの個数 prosite3dSeqIdSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数 prosite3dSeqChainSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数 prosite3dAtomIdSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBの個数 prosite3dAtomChainSize 本データベースでPROSITE AC番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数

prositeAC PROSITE AC番号 pdbID PDB ID pdbChain PDBチェイン pdbMatchLine SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号

blocksFamilyAC BLOCKSデータベースのファミリーAC番号 BLOCKS Info blocksFamilyACに対応するBLOCKS情報のエントリにリンク（簡易検索のみ） blocksType このACの由来（PRINTSまたはPROTOMAT） blocksFamilySize 同じファミリーAC番号を持つBLOCKSエントリの個数 blocksPrints PRINTSデータベースのAC番号（blocksTypeがPRINTSの場合のみ） blocksName BLOCKSデータベースの当該エントリの説明 blocks3dIdFamilySize MASTによりアノテーション付けされたPDBの個数 blocks3dChainFamilySize MASTによりアノテーション付けされたPDBチェインの個数 blocks3dSeqIdFamilySize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数 blocks3dSeqChainFamilySize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数 blocks3dAtomIdFamilySize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBの個数 blocks3dAtomChainFamilySize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数

blocksAC BLOCKSデータベースのAC番号 PDB SEQRES BLOCKS ACに対応するBLOCKS - PDB SEQRESマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ） PDB ATOM BLOCKS ACに対応するBLOCKS - PDB ATOMマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ） blocksACFamily 本エントリのファミリーAC番号 Family VS PDB ファミリーAC番号に対応するBLOCKS - PDBマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ） blocksID BLOCKS ID blocksDE 本エントリの説明 blocks3dIdSize MASTによりアノテーション付けされたPDBの個数 blocks3dChainSize MASTによりアノテーション付けされたPDBチェインの個数 blocks3dSeqIdSize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数 blocks3dSeqChainSize 本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数 blocks3dAtomIdSize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBの個数 blocks3dAtomChainSize 本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数

blocksFamilyAC BLOCKSデータベースのファミリーAC番号 pdbID PDB ID pdbChain PDBチェイン

blocksAC BLOCKSデータベースのAC番号 pdbID PDB ID pdbChain PDBチェイン pdbMatchLine SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号

blocksAC BLOCKSデータベースのAC番号 pdbID PDB ID pdbChain PDBチェイン pdbIndex ATOM行の開始番号 pdbMatchLine SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号

dbQSNP_id dbQSNPにおけるID strand STSのforward strandをGenBank contig (NT sequence, NCBI Build 36) と比べた場合の向き。SNPは常にSTSのforward strandで記述してあることに注意。 contig_id STSと最も高い homologyを示したGenBank contig (NT sequence, NCBI Build 36) のID rs# dbSNP refSNPでのaccession #. (dbSNP Build 128) allele_1 allele 1の配列 allele_2 allele 2の配列 AF_allele_1 allele 1のアレル頻度 AF_allele_2 allele ２のアレル頻度 pool_id DNAプールのID (下記参照、いずれも末梢血リンパ球由来のDNA） 西欧人のプールとしては、CAU200 （Caucasian Panel of 200; HD200 としてコリエル医学研究所から入手)を主に使用した。このほかに、CP (CEPHの両親世代）、COP (HD100)も使用。 日本人のプールとしては、主にJSA426 （九州地区の健常人集団）を用いた。日本各地で収集された健康人DNAのプールも一部で用いた (JPK, JPK2, JPK3, JCM253, NCEP, NCL_P, NCP269, NCE_SP, JNCL_SP）。 このほかに、複数の地域の健常人集団（JPK、JPK2、JPK3、JCM253、NCEP、NCL_P、NCP269、NCE_SP、 JNCL_SP）、乳がん患者の試料（BREP、BRLP、JBRE_SP、 JBRL_SP）、 九州地区の全身性エリテマトーデス患者の試料 （ SLEP264、SLEP183）も用いた。 #individual プールに含まれる個人の人数

dbQSNP_id dbQSNPにおけるID allele_Pos 配列の中でのSNPの位置（多型の一番目の塩基の位置）。必ず多型の5’側の配列の長さプラス１となる。 total_Len 塩基配列の全体の長さ。多型の5’側、3’側、および多型の長さ(ins/delの場合は長いほう）を足したもの。 Internal_STS_ID dbQSNPにおける標的配列のID alleles SNPアレルの配列を"/"で区切って示したもの sequence 塩基配列

ID 実験ID Post-genomic approache 実験手法 Stress 実験条件 Data file (GEO) GEO内の登録ID Data file (CSV) CSV形式のデータファイル名 Data file (Excel) Excel形式のデータファイル名 Simple search 簡易検索サイト中のテーブル名 Reference (PubMed) 関連文献のPubMed ID 実験ID 実験ID ポストゲノムアプローチ 実験手法 ストレス 実験条件 データファイル (GEO) GEO内の登録ID データファイル （CSV） CSV形式のデータファイル名 データファイル（Excel） Excel形式のデータファイル名 簡易検索サイト 簡易検索サイト中のテーブル名 リファレンス (PubMed) 関連文献のPubMed ID

ORF ORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/） におけるSystematic Name GENE 遺伝子名、SGDにおけるStandard Name Growth rate YM/YW YPD培地中の増殖速度（変異型／野生型の比） Growth rate SM/SW YPD30suc培地（300g/Lショ糖を添加したYPD培地）中の増殖速度（変異型／野生型の比） DESCRIPTION (MIPS) MIPS（Munich Information Center for Protein Sequences）における遺伝子の説明

ORF ORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/） におけるSystematic Name GENE 遺伝子名、SGDにおけるStandard Name Growth rate BM/BW 非ストレス条件の増殖速度（変異型／野生型の比） Growth rate (AM/AW)/(BM/BW) 凍結融解後の増殖速度（変異型／野生型の比）のストレス無しでの増殖速度（変異型／野生型の比）に対する比 DESCRIPTION (MIPS) MIPS（Munich Information Center for Protein Sequences）における遺伝子の説明

ORF ORF名、SGD（Saccharomyces Genome Database；http://www.yeastgenome.org/） におけるSystematic Name GENE 遺伝子名、SGDにおけるStandard Name Growth rate BM/BW 非ストレス条件の増殖速度（変異型／野生型の比） Growth rate (DM/DW)/(BM/BW) 乾燥ストレス後の増殖速度（変異型／野生型の比）のストレス無しでの増殖速度（変異型／野生型の比）に対する比 DESCRIPTION (MIPS) MIPS（Munich Information Center for Protein Sequences）における遺伝子の説明

strain# 系統番号 chromosome 挿入先染色体 cytological map 染色体領域（細胞学的地図上の位置） nucleotide map 挿入部位（ゲノムリリース4.1上の位置） vector version ベクターのバージョン available from GS系統の入手先 genotype 遺伝子型

EntryName 配列のエントリー番号 GS strain number GS系統の番号 3p/5p シークエンシングの読取り方向（３’側　または５’側） vector version ベクターバージョン Accession Number アクセッション番号（TogoDB版ではNCBI GenBankにリンク）

Vector name GSベクター名(バージョン） Vector Map ベクターのマップ Sequence 塩基配列 Component1 name 構成要素1の名前 Component1 from 構成要素1の開始位置 Component1 to 構成要素1の終点位置 Component2 name 構成要素2の名前 Component2 from 構成要素2の開始位置 Component2 to 構成要素2の終点位置 Component3 name 構成要素3の名前 Component3 from 構成要素3の開始位置 Component3 to 構成要素3の終点位置 Component4 name 構成要素4の名前 Component4 from 構成要素4の開始位置 Component4 to 構成要素4の終点位置 Component5 name 構成要素5の名前 Component5 from 構成要素5の開始位置 Component5 to 構成要素5の終点位置 Component6 name 構成要素6の名前 Component6 from 構成要素6の開始位置 Component6 to 構成要素6の終点位置 Component7 name 構成要素7の名前 Component7 from 構成要素7の開始位置 Component7 to 構成要素7の終点位置

文書番号 文書のIDとなる番号 タイトル 文書のタイトル Word形式 MS Word形式で提供されている場合のURL PDF形式 PDF形式で提供されている場合のURL HTML形式 HTML形式で提供されている場合のURL

質問 カルタヘナ法に関するよくある質問内容 回答 質問に対する回答

質問分類 質問の15種類の分類 質問 質問内容 回答 質問に対する回答

用語（日本語） バイオテクノロジー関連の用語を日本語で記述したもの 用語（英語） バイオテクノロジー関連の用語を英語で記述したもの 説明 用語の説明

Document ID 文献のID タイトル 文献のタイトル タイトル（ふりがな） 文献のタイトルのふりがな 英文タイトル 文献の英語のタイトル 著者 著者 アブストラクト 文献の要約 書誌名 文献が掲載された書誌名 書誌登録番号 文献が掲載された書誌登録番号 発行年 文献の発行年 発行機関 文献を発行した機関名 キーワード 文献に関連するキーワード 種類 文献の発表された背景の種類。国際機関による文書、各国政府(規制当局)、各国政府機関(その他)、学会・学術団体等、書籍(学術書)、大学等公 的研究機関の６種類。 分野 文献の分野。微生物、植物、動物、食品安全性、全般、その他　の６種類。 解説 文献に関する解説文書のURL。TogoDB版ではリンク。 要約 文献の要約のURL。TogoDB版ではリンク。 全文 文献の全文のURL。TogoDB版ではリンク。 全文(PDF) 文献の全文PDFファイルのURL。TogoDB版ではリンク。 原文（PDF) 文献の原文PDFファイルのURL。TogoDB版ではリンク。 原文（外部リンク） 外部サイトにある文献の原文のURL。TogoDB版ではリンク。

Group 生物種の属す分類群 （Virus, Bacteria, Archaea, Fungi, Protozoa, Algae, Helminth) Family 生物種の属す科 Species 生物種の名称 (簡易検索では、NCBI taxonomy browserの該当するIDへのリンク) Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Synonym 生物種の別名 同定・分類関連情報 同定・分類関連情報の中で、該当生物種のエントリーを含むサブカテゴリ名（簡易検索では、テーブルへのリンク）とエントリー数 安全関連情報 安全関連情報の中で、該当生物種のエントリーを含むサブカテゴリ名（簡易検索では、テーブルへのリンク）とエントリー数 利用関連情報 (製品/GILSP/特許) 利用関連情報の中で、該当生物種のエントリーを含むサブカテゴリ名（簡易検索では、テーブルへのリンク）とエントリー数

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 著者 著者の情報 (例：(Rudolphi, 1814) Braun, 1900) 寄生虫分類 寄生虫の分類 (例：吸虫類) 和名 寄生虫の名称 (例：肝吸虫) 出典 参照文献 (例: 寄生虫和名表（平成６年）、寄生虫学用語委員会)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 分離源 分離された場所 (例: 臨床、尿) 至適•生育温度 至適生育温度もしくは、生育温度領域 (例: 10-45) 至適•生育pH 至適生育pHもしくは、生育pH領域 (例: 6-7.7) 出典 参照文献 (例: 45:802* (volume:pages in the IJSB) )

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 ゲノムサイズ ゲノムサイズ (例: 1,669,695 bp) G+C含量 G+C含量 (例: 56.3) G+C含量測定法 G+C含量測定法 (例:Tm) 遺伝子数 遺伝子数 (例: 1,722) rRNA数 rRNA数 (例: 5s: 4, 16s: 3, 23s: 34) tRNA数 tRNA数 (例: 36) 出典 参照文献 (例: J Bacteriol 2004 Oct, 186(20)1:6956-69)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 基準株 基準株であることを示す印として、"Type"と記入している。

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸） 菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸） (例: i15:0) 菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸） 菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸） (例: i17:0 i15:0) 菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸） 菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸） (例: 16:1 i15:0) 出典 参照文献 (例: Takeuchi, M., and A. Yokota. 1992. Proposals of …)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 G+C含量 G+C含量 (例: 36) G+C含量 (high) 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値 (例: 38) G+C含量 (low) 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値 (例: 38) G+C含量測定法 G+C含量測定法 (例: Chemical) 出典 参照文献 (例: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Vol. 1, p. 660 (1984) )

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 細胞壁ジアミノ酸組成 細胞壁ジアミノ酸組成 (例: L-Lys)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 キノン組成 キノンの種類 (例: MK9(H2) ) キノン組成 （Major) メジャーなキノンの種類 (例: Q-9) キノン組成 (Minor) マイナーなキノンの種類 (例: Q-8) 出典 参照文献 (例: Toyosaki, H., Y. Kojima, T. Tsuchida, K. Hoshino, Y. Yamada, …)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 基準株 基準株であることを示す印として、"基準株"と記入している。

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 アルカリ抽出多糖 アルカリ抽出多糖 (例: Mannose) 出典 参照文献 (例: Gorin, P. A. J. and Spencer, J. F. T. Proton magnetic resonance…)

Species 生物種の名称 Strain 株の名称 細胞壁組成 細胞壁組成 (例: Glucose&amp;Mannose) 出典 参照文献 (例: Lopandic, J., Prillinger, H., Molnar, O. and Gimenez-Jurado, G. Molecular characterization…)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 G+C含量 G+C含量 (例: 37.1～37.1) G+C含量測定法 G+C含量測定法 (例: Tm) 出典 参照文献 (例: The Yeasts, a taxonomic study, 3rd edition, ed. …)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 キノン組成 キノン組成 出典 参照文献 (例: Suzuki, M. and Nakase, T. unpublished data. )

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 菌体糖組成 菌体糖組成 (例: Glucose&amp;Mannose) 出典 参照文献 (例: Suzuki, M. and Nakase, T. unpublished data.)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 出典 参照文献 (例: Ratledge, C. &amp; Wilkinson, S.G.; Microbial lipids; Vol.1; 699-806(1991), …)

Species 【Excel版では、Genus, Species, Sub-species/ varietyの項目に分かれる。】 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 【Strain No.】 株の名称 基準株 【Status of strain】 基準株であることを示す印として、"T"と記入している。 キノン組成 【Quinone (Composition)】 キノンの種類 出典 (キノン組成) 【Quinone (Reference No.)】 キノン組成の参照文献 G＋C含量 (Low) 【G+C (Low)】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値 G＋C含量 (High) 【G+C (High)】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値 G＋C含量測定法 【G+C (Method)】 G＋C含量測定法 出典 (G＋C含量) 【G+C (Reference No.)】 G＋C含量情報の参照文献

Species 【Excel版では、Genus, Species, Sub-species/ varietyの項目に分かれる。】 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 【Strain No.】 株の名称 基準株 【Status of strain】 基準株であることを示す印として、"T"と記入している。 キノン組成 【Quinone (Composition)】 キノンの種類 出典 (キノン組成) 【Quinone (Reference No.)】 キノンの参照文献 G＋C含量 (Low) 【G+C (Low)】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値 G＋C含量 (High) 【G+C (High)】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値 G＋C含量測定法 【G+C (Method)】 G＋C含量測定法 出典 (G＋C含量) 【G+C (Reference No.)】 G＋C含量情報の参照文献 細胞壁糖組成 【細胞壁 (糖組成)】 細胞壁糖組成 出典 (細胞壁糖組成) 【Reference No.】 細胞壁糖組成の参照文献 菌体糖組成 【菌体糖組成 (糖名）】 菌体糖組成 出典 (菌体糖組成) 【菌体糖組成 (Reference No.)】 菌体糖組成の参照文献 アルカリ抽出多糖 【ｱﾙｶﾘ抽出多糖 (糖名）】 アルカリ抽出多糖 出典 (アルカリ抽出多糖) 【ｱﾙｶﾘ抽出多糖 (Reference No.)】 アルカリ抽出多糖の参照文献

Species 【Excel版では、Genus, Species, Sub-species/ varietyの項目に分かれる。】 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 【Strain No.】 株の名称 基準株 【Status of strain】 基準株であることを示す印として、"T"と記入している。 キノン組成 【Quinone (Composition)】 キノン組成 出典 (キノン組成) 【Quinione (Reference No.)】 キノン組成の参照文献 出典 (脂肪酸) 【 (Reference No.)】 脂肪酸関連情報の参照文献 G＋C含量 (Low) 【G+C (Low)】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値 G＋C含量 (High) 【G+C (High)】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値 G＋C含量測定法 【G+C (Method)】 G＋C含量測定法 出典 (G＋C含量) 【G+C (Reference No.)】 G＋C含量情報の参照文献

Species 【Excel版では、Genus, Speciesの項目に分かれる。】 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID G＋C含量 (Low) 【G+C (Low)】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値 G＋C含量 (High) 【G+C (High)】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値 出典 (G＋C含量) 【G+C (Reference No.)】 G＋C含量情報の参照文献 出典 (脂肪酸) 【脂肪酸 (Reference No.)】 脂肪酸関連情報の参照文献 キノン組成 【Quinone (Composition)】 キノン組成 出典 (キノン組成) 【Quinone (Reference No.)】 キノン組成の参照文献

Species 【Excel版では、Genus, Speciesの項目に分かれる。】 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID キノン組成 【Quinone (Composition)】 キノン組成 出典 (キノン組成) 【Quinone (Reference No.)】 キノン組成の参照文献 出典 (脂肪酸) 【脂肪酸 (Reference No.)】 脂肪酸関連情報の参照文献 G＋C含量 (Low) 【G+C (Low)】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値 G＋C含量 (High) 【G+C (High)】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値 出典 (G＋C含量) 【G+C (Reference No.)】 G＋C含量情報の参照文献 細胞壁ジアミノ酸組成 【細胞壁 (ｼﾞｱﾐﾉ酸型)】 細胞壁ジアミノ酸組成 細胞壁ジアミノ酸組成 (出典) 【細胞壁 (Reference No.)】 細胞壁ジアミノ酸組成の参照文献

Species 【Excel版では、GENUS, SPECIES,　SUBSPECIEの項目に分かれる。】 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID 分離源 【分離源】 分離された場所 (例: 臨床、尿) 温度 【Temp.】 至適生育温度もしくは、生育温度領域 (例: 10-45) pH 【pH】 至適生育pHもしくは、生育pH領域 (例: 6-7.7) 出典 【REFERENCE】 参照文献 (例: 45:802* (volume:pages in the IJSB) )

Species 【Excel版では、Genus, specis, Subの項目に分かれる。】 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 【Strain No.】 株の名称 基準株 【St.】 基準株であることを示す印として、"T"と記入している。 キノン組成 【Quinone】 キノン組成 G＋C含量 【G+C】 G＋C含量 G＋C含量測定法 【G+C , Meth)】 G＋C含量測定法 菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸） 【N】 菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸） 菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸） 【2-OH】 菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸） 菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸） 【3-OH】 菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸） 出典 (菌体脂肪酸組成) 【reference】 菌体脂肪酸組成情報の参照文献

Species 【Excel版では、Genus, specis, Subの項目に分かれる。】 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 【Strain No.】 株の名称 基準株 【St.】 基準株であることを示す印として、"T"と記入している。 キノン組成 【Quinone】 キノン組成 G＋C含量 【G+C】 G＋C含量 G＋C含量測定法 【G+C , Meth)】 G＋C含量測定法 菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸） 【N】 菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸） 菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸） 【2-OH】 菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸） 菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸） 【3-OH】 菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸） 出典 (菌体脂肪酸組成) 【reference】 菌体脂肪酸組成情報の参照文献

Species 【Species】 項目名については、DIAMオリジナル版の「同定・分類」参照のこと。 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 【Strain】 株の名称 基準株 【Status】 基準株であることを示す印として、"T"と記入している。 キノン組成 （Major) 【Major】 メジャーなキノンの種類 キノン組成 (Minor) 【Minor】 マイナーなキノンの種類 出典1 (キノン組成) 【Reference1】 キノン組成の参照文献 出典2 (キノン組成) 【Reference2】 キノン組成の参照文献 出典3 (キノン組成) 【Reference3】 キノン組成の参照文献

Species 【Species】 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 【Strain】 株の名称 基準株 【Status】 基準株であることを示す印として、"T"と記入している。 G＋C含量 (High) 【High】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値 G＋C含量 (Low) 【Low】 収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値 G＋C含量測定法 【Method】 G＋C含量測定法 出典1 (G＋C含量) 【Reference1】 G＋C含量情報の参照文献 出典2 (G＋C含量) 【Reference2】 G＋C含量情報の参照文献 出典3 (G＋C含量) 【Reference3】 G＋C含量情報の参照文献

Species 【Species】 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 【Strain】 株の名称 基準株 【Status】 基準株であることを示す印として、"T"と記入している。 菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸） 【2-OH FA】 菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸） 菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸） 【3-OH FA】 菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸） 菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸） 【Non-polar FA】 菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸） 出典1 (菌体脂肪酸組成) 【Reference1】 菌体脂肪酸組成情報の参照文献 出典2 (菌体脂肪酸組成) 【Reference 2】 菌体脂肪酸組成情報の参照文献 出典3 (菌体脂肪酸組成) 【Reference3】 菌体脂肪酸組成情報の参照文献

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 日本細菌学会 日本細菌学会の定めるバイオセーフティレベル分類 (1?4) 備考（日本細菌学会） 上記についての備考 (例: 食中毒病原体（食品衛生法） ) 国立感染症研究所 国立感染症研究所の定めるバイオセーフティレベル分類 (1?4) DSMZ DSMZの定めるバイオセーフティレベル分類 (1?4) WHO WHOの定めるバイオセーフティレベル分類 (1?4) 真菌学会 真菌学会の定めるバイオセーフティレベル分類 (1?4) 動物衛生研究所 動物衛生研究所の定めるバイオセーフティレベル分類 (1?4)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 特定病原体等 特定病原体等 (例: 二種病原体等) 病原体等の名称 （属：和名） 病原体等の名称 （属：和名） (例: バシラス属) 病原体等の名称 （種：和名） 病原体等の名称 （種：和名） (例: アントラシス(別名炭疽菌） ) 疾患の名称 疾患の名称 (例: 炭疽) 疾病分類 疾病分類 (例: 4類感染症) BSL バイオセーフティレベル分類 (1?4) 備考 備考 (例: 遺伝子型がI型、II型のもの) 出典 参照文献 (例: 「病原体等の名称と疾患名称の対照表」… ) 病名 （ヒト） ヒトに対する病気の名称 (例: コクシジオイデス症)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 病名 （動物） 動物に対する病気の名称 (例: 淡水魚(鮎、鮒、金魚） --&gt; 真菌性肉芽腫症、水カビ病)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 病原性 病原性の有無 (有る場合に、"有"と記入している)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 植物病原菌 植物病原菌である場合に、"植物病原菌"と記入している。 植物防疫法 植物防疫法に記載がある場合に、"記載あり"と記入している。 病徴名と植物名 病徴名と植物名 (例: *--> リンゴ、ナシ、パイナップル) 備考 備考 (例: 日本未記載)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 物質名 （英語） 物質名 （英語） (例: cytolethal distending toxin A (CDTA) ) 属性 （英語） 属性 （英語） (例: cytolethal distending toxin) 種類 種類 (例: エキソトキシン) 備考1 備考1 (例: 膜障害毒素ファミリー) 備考2 備考2 (例: 細菌性ポア形成毒素) 出典 参照文献 (例: 国立遺伝学研究所が構築した「細菌毒素データベース」…)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 酵素 （修飾酵素） 修飾酵素の名称 (例: BAL3l Nuclease) 酵素慣用名 酵素慣用名 (例: DNA Methylase Alu I) EC番号 EC番号 (例: 2.1.1) 作用 酵素の作用についての説明 (例: 一本鎖または二本鎖核酸を両端から分解) 認識・切断部位 認識・切断部位 (例: AGCT) 歴史 1960年代以降の報文または特許公報 製法 製法 (例: 組換え体より精製) 販売者・生産者 販売者・生産者 (例: 第一化学（NEW ENGLAND BIOLABS）、タカラバイオ（タカラバイオ）、東洋紡（東洋紡） ) 備考 備考 (例: 菌株番号BAL31)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 酵素 （制限酵素） 制限酵素の名称 (例: Aat Ｉ、StuI) 切断方法 切断方法 (例: blunt end) 認識・切断部位 認識・切断部位 (例: AGG＾CCT) メチル化の影響 メチル化の影響がある場合に、"有"と記入している。 スター活性 スター活性 (例: 高酵素濃度… ) 歴史 1960年代以降の報文または特許公報 製法 製法 (例: 組換え体より精製) 販売者・生産者 販売者・生産者 (例: 東洋紡（東洋紡）、第一化学（NEW ENGLAND BIOLABS）… ) 備考 備考 (例: 低タンパク質濃度で不安定)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 製品 （食品・食品原料等） 食品・食品原料等の名称 (例: 醸造酢) 用途 用途 (例: ナタ原料) 使用形態 使用形態 (例: 菌体、生産物) 製法 製法 (例: 酢酸発酵) 利用地域 利用地域 (例: 世界中) 出典 参照文献 (例: 「日本醸造協会誌」79,403（1984） ) 備考 備考 (例: 食酢もろみ中より分離．…)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 酵素 （食品・工業用酵素） 食品・工業用酵素の名称 (Lipase, Triacylglycerol lipase) EC番号 EC番号 (例: 3.1.1.3) 販売者・生産者 販売者・生産者 (例: 天野製薬（天野製薬） ) 用途 用途 (例: 油脂の改質) 歴史 歴史 (例: 1990年頃商品化) 備考 備考 (例: 組換え体使用、宿主：Aspergillus oryzae、位置特異性のないリバーゼ) 出典 参考文献 (例: なし)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 製品 （抗生物質） 抗生物質の名称 (例: Cefaclor) 製品略号 製品略号 (例: CCL) 生物活性 生物活性 (例: 抗細菌) 販売者・生産者 販売者・生産者 (例: ケフラール（塩野義) ) 微生物群 （抗生物質産生） 微生物群 （抗生物質産生） (例: セファロスポリンアミダーゼ産生菌) 歴史 発見、承認、販売年 (例: （発見）1976年、（承認）1981年、（発売）1982年 ) 製法 製法 (例: 半合成)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 臨床診断用酵素 臨床診断用酵素の名称 (例: Cholesterol esterase) EC番号 EC番号 (例: 3.1.1.13.) 販売者・生産者 販売者・生産者 (例: 旭化成) 用途 用途 (例: 中性脂肪測定用) 歴史 発売年 (例: (発売）1980年 ) 備考 備考 (例: reconbinant) 出典 参考文献 (例: なし)

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 宿主 （カタカナ：経済省版のみ） 宿主 （カタカナ：経済省版のみ） (例: アスペルギルス・ニガー1208-160) ベクター （←は当該ベクターの由来を指す） ベクター （←は当該ベクターの由来を指す） (例: pBSFAHY83) 別表の分類 経済産業省　別表第ニ（挿入DNA）、厚生労働省　別表第二（挿入DNA）及び別表第三（選択マーカー遺伝子）。 経済産業省のGILSP遺伝子組換え生物等リスト及び厚生労働省のGILSP遺伝子組換え生物等リストから抜粋した別表を閲覧可能。 別表第一に掲げる宿主・ベクターと別表第二に掲げる任意の宿主・ベクター用挿入DNA並びに別表第三に掲げる選択マーカー遺伝子を組合わせて構成された遺伝子組換え微生物を経済産業大臣及び厚生労働大臣が定めるGILSP遺伝子組換え微生物とする。

Species 生物種の名称 Taxonomy ID NCBIのTaxonomy Browser ID Strain 株の名称 発行国 発行国 (例: 日本国特許庁（ＪＰ） ) 公報種別 公報種別 (例: 特許公報（Ｂ２） ) 特許番号 特許番号 (例: 特許第４３０１７８９号（Ｐ４３０１７８９）) 登録日 登録日 (例: 平成２１年０５月０１日（２００９．０５．０１） ) 発行日 発行日 (例: 平成２１年０７月２２日（２００９．０７．２２） ) 発明の名称 発明の名称 (例: 特定植物属の検出方法) 国際特許分類 国際特許分類 FI 国内特許分類 (FI)

IDs and Links Library 配列が得られた５種類の発生段階に由来する14種類（AF, AH, CF, CH, FC, FC-IC, FCL, SF, SH, SL, SS, VF, VH, VS）のcDNAライブラリー。 Clone ID cDNAクローンのID Atlas ID Atlas データベース（リンク）のID、Atlas データベースへのリンク NBRP ID ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRPリンクにする)で提供されている全長ORFをカバーするcDNAクローンのID。 TogoDB版には「ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)細胞性粘菌」の遺伝子データベース （http://nenkin.lab.nig.ac.jp/genes）へのリンク。 dictyBase ID dictyBase（http://dictybase.org/）のProtein Coding GeneのID。TogoDB版には、dictyBaseへのリンク。 Link to Contig ESTが含まれるコンティグへのリンク（TogoDB版のみ） Representative Seq. and Annotation Representative seq. ID 相同性検索に使用したDNA配列のID。１）全長cDNA配列、２）5'ESTと3'ESTを連結した配列、３）5'EST配列、４）3'EST 配列の中から、１）、２）、３）、４）の優先順位で選択し、代表DNA配列とした。 Representative DNA sequence 代表DNA配列 sequence update 代表DNA配列の更新日 Translated Amino Acid sequence 代表DNA配列を翻訳したアミノ酸配列。 Translated Amino Acid sequence (All Frames) 代表DNA配列の6フレームを翻訳したアミノ酸配列。 Homology vs CSM-cDNA dicty_cDBのクローン配列とのblastn検索のトップ10ヒットのリスト own update CSM（クローン配列の集合）との相同性検索の更新日 Homology vs DNA 公共データベースのDNA配列とのblastn検索のトップ10ヒットのリスト dna update 公共データベースのDNA配列との相同性検索の更新日 Homology vs Protein 公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索のトップ10ヒットのリスト protein update 公共データベースのタンパク質配列との相同性検索の更新日 PSORT タンパク質細胞内局在予測プログラムPSORT（http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/）の実行結果 Seqeunces 5' end seq. ID 5'EST配列のID。ID末尾に"F"がつく。 5' end seq. 5'EST配列。FASTA形式。 Length of 5' end seq. 5'EST配列の長さ。 3' end seq. ID 3'EST配列のID。ID末尾に"Z"がつく。 3' end seq. 3'EST配列。FASTA形式 Length of 3' end seq. 3'EST配列の長さ。 Connected seq. ID 5'ESTと3'ESTを連結した配列のID。ID末尾に"P"がつく。 Connected seq. 5'ESTと3'ESTを10個のギャップ(-)で連結した配列 Length of connected seq. 5'ESTと3'ESTを連結した配列の長さ。（ギャップ(-)は除く） Full length Seq ID 全長cDNAのID。ID末尾に"E"がつく。 Full length Seq. 全長cDNA配列。FASTA形式。 Length of full length seq. 全長cDNAの長さ。

Contig information Contig ID コンティグ配列のID Contig update 配列の更新日 Contig sequence コンティグ配列。 Gap コンティグにギャップ（-)が含まれるかの有無。 -ギャップを含む: gap included -ギャップを含まない: no gap Contig length コンティグの長さ Chromosome number (1..6, M) コンティグがマップされた染色体番号。マップされた場合は、1から6、またはM（ミトコンドリア）が値となる。 Chromosome length コンティグがマップされた染色体の長さ Start point コンティグがマップされた開始位置 End point コンティグがマップされた終点位置 Strand (PLUS/MINUS) コンティグがマップされた向き (PLUS/MINUS) Number of clones コンティグを構成するクローンの数 Number of EST コンティグを構成するESTの数 Link to clone list コンティグを構成するクローン全体のTogoDB版へのリンク。TogoDB版のみ、クローンリストへのリンク有り。 List of clone(s) コンティグを構成するクローンの一覧。TogoDB版のみ、各クローンへのリンク有り。 Annotation Translated Amino Acid sequence DNA配列を翻訳した代表のアミノ酸配列。 Translated Amino Acid sequence (All Frames) DNA配列の6フレームを翻訳したアミノ酸配列。 own update dicty_cDBのコンティグ配列とのblastn検索の更新日 Homology vs CSM-cDNA dicty_cDBのコンティグ配列とのblastn検索結果のトップ10ヒットのリスト dna update 公共データベースのDNA配列とのblastn検索の更新日 Homology vs DNA 公共データベースのDNA配列とのblastn検索結果のトップ10ヒットのリスト protein update 公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索の更新日 Homology vs Protein 公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索結果のトップ10ヒットのリスト PSORT タンパク質細胞内局在予測プログラムPSORT（http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/）の実行結果 Expression profile VS (DIR, S) コンティグを構成するVS由来のクローンの数 VH (FL, L) コンティグを構成するVH由来のクローンの数 VF (FL, S) コンティグを構成するVF由来のクローンの数 AH (FL, L) コンティグを構成するAH由来のクローンの数 AF (FL, S) コンティグを構成するAF由来のクローンの数 SL (DIR, L) コンティグを構成するSL由来のクローンの数 SS (DIR, S) コンティグを構成するSS由来のクローンの数 SH (FL, L) コンティグを構成するSH由来のクローンの数 SF (FL, S) コンティグを構成するSF由来のクローンの数 CH (FL, L) コンティグを構成するCH由来のクローンの数 CF (FL, S) コンティグを構成するCF由来のクローンの数 FCL (DIR, L) コンティグを構成するFCL由来のクローンの数 FC (DIR, S) コンティグを構成するFC由来のクローンの数 FC-IC (SUB) コンティグを構成するFC-IC由来のクローンの数

cDNA library name cDNAライブラリーの名称（AF, AH, CF, CH, FC, FC-IC, FCL, SF, SH, SL, SS, VF, VH, VS） stages of the life cycle 細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのライフサイクルにおけるステージ 1)vegetatively growing cells （増殖期）(V) 2)asexually developing cells at the aggregating（集合期） (A) 3)slug cells （移動体期） (S) 4)culminating stages （形態形成期）（C) 5)sexually fusion-competent KAX3 cells (配偶子期) (F) cDNA library construction method cDNAライブラリー構築方法 1) Conventional oligo-d(T) primed, directional cDNA libraries (dir) 2) Full-length cDNA libraries（oligocapped method） (fl) 3) Gamete-specific subtraction library (sub) cDNA library construction protocol cDNAライブラリ作成のプロトコルを説明するWebページへのリンク Size fractionation クローンのサイズ分画 1) 長いクローンの分画（long) 2) 短いクローンの分画（short） 3) 分画なし（no） clone size クローンサイズ（kb）

PubmedID 論文のPubMed ID(PMID) Title 論文のタイトル Authors 論文の著者名 Publication 論文の掲載誌名 Pathway パスウェイの図（ダウンロードデータでは空欄） PNG File パスウェイの図（PNGファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ) SVG File パスウェイの図（SVGファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ) HTML File パスウェイ情報（HTMLファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ) CSML File パスウェイ情報（CSMLファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ) Open .csml file with CIOPlayer CSMLファイルをCell Illustrator Online Player で開くためのリンク（ダウンロードデータでは空欄） Open .csml file with CIO CSMLファイルをCell Illustrator Onlineで開くためのリンク（ダウンロードデータでは空欄）

probe_set プローブセット名 probe プローブID hit H-Invitational transcript ID (HIT) hix H-Invitational cluster ID (HIX) score プローブのマッピングスコア (BLASTスコア)

probe_set プローブセットID PGID215:Human 1A Oligo Microarray PGID247:Whole Human Genome Oligo Microarray probe プローブ名 (AgilentのSPOT_ID) no プローブに結合する複数のHIT_IDにおける通し番号 total_no プローブが結合するHITの数 hit H-Invitational transcript ID (HIT) hix H-Invitational cluster ID (HIX) acc GenBank accession number hit_cnt 特定のHITへのプローブの結合領域の数 info プローブの結合位置情報 (結合開始座標：終了座標：ストランド：ミスマッチ数) min_pos プローブが結合するHITの中での最小座標 max_pos プローブが結合するHITの中での最大座標

probe_set GeneChipのアレイ名 probe GeneChipのprobe set名 no プローブセットにおけるHIT-IDの違いに基づいた通し番号 total_no プローブセットに対応するHIT-IDの数 hit H-Invitational transcript ID (HIT) hix H-Invitational cluster ID (HIX) acc GenBank accession ID hit_cnt プローブセット中の特定のHIT 配列に結合するプローブの数 info プローブマッピング位置情報 (各プローブの開始座標：終了座標：プローブの成分となる配列のID：ストランド：ミスマッチ数) min_pos 最小座標 max_pos 最大座標

hix H-Invitational cluster ID (HIX) num SNP数 snps SNPの位置情報 (開始座標：終了座標：NCBI dbSNP IDの"rs"以降数字部分)

probe_set プローブセット名 acc ESTのGenBank Accession ID lst (full length cDNAのNCBI GenBank accession):(blastにおける対応開始位置)(type(+/-))(対応する配列の長さ):(4桁=score)(2桁=percentage)(probability) *scoreは整数 または（整数部小数部併せて４桁の）小数 *percentageは00のとき100の意味 *probabilityは ・Zの場合、0 ・_(整数)の場合、e-(整数) ・(整数)、つまり「_」なしの場合、(1桁)e-(残りの桁)

hosac H-Invitational cluster ID (HIX) chr 染色体番号 h_start 遺伝子座開始座標 h_end 遺伝子座終了座標 strand ストランド ext H-Invitational transcript ID (HIT) acc Genbank accession number unigene Unigene entry name locus Locus ID omim Omim ID definition Definition

chr 染色体番号 a_start 転写物マッピングの開始座標 a_end 転写物マッピングの終了座標 a_name 転写物の名前 strand ストランド cds_start CDS開始座標 cds_end CDS終了座標 exon_count エクソン数 e_start エクソン開始座標 e_end エクソン終了座標 ext H-Invitational transcript ID (HIT) hosac H-Invitational cluster ID (HIX) unigene Unigene entry name locus Locus ID omim Omim ID definition Definition product プロダクト c_start cDNA開始座標 c_end cDNA終了座標

chr 染色体番号 s_start SNP開始座標 s_end SNP終了座標 id SNP ID type SNPのタイプ（genomeなど） info SNPアリル情報

Accession Number (アクセッション番号) Soil Icon 土壌群と土地利用を記号で表示 Accession Number (アクセッション番号) 管理者が指定する土壌登録番号 ＊Accession Numberの識別 ・ハイフン前方の6桁の数字が同じ場合、同一反復(処理)区かつ同一採取日のサンプルであることを示す ・ハイフン後方について 例）001531-1, 001531-2・・・ 1処理区の2反復 　　001533-0 ・・・ 反復のない場合 　　001534-a, 001534-b ・・・ １処理区内の2サブサンプル 　　001536-1a, 001536-1b ・・・ １反復内の2サブサンプル 　　001538-1* ・・・ *はその反復（処理区）を代表するサンプルであることを示す 　　001539-1.1, 001539-1.2 ・・・ドットの後の数字は、1反復（処理区）の土からDNA抽出を複数回 行った場合の識別 　　001541-1.mix ・・・ ドットの後の｢mix｣表示は、同じ土からとった複数のDNA抽出サンプルを 混合した場合の識別 　　001542-1.repeat ・・・ ドットの後の｢repeat｣表示は、既に同一サンプルを登録してある場合の識別 Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) DGGE Standardized 標準マニュアルに従ってDGGEを実行（B: 一般細菌相、F: 糸状菌相、N: 線虫相） Associated Data (関連データ) Repeat Data (反復データ) 反復データがある場合に表示 Sample Registration (サンプル登録) Collector (採取者名) 採取者名 Affiliation (所属名) 所属名 Sampling Date (採取年月日) 採取年月日 Experimental Purpose (試験目的) Experimental Purpose (試験目的) 例）肥料と収量の関係 Experimental Plan (試験設計) Experimental Plan (試験設計) 例）X区=A処理×B処理×C反復、あるいは現地調査A地点の反復サンプル数Cなどのように Sample Information (サンプル情報) Sample Information (サンプル情報) DNA情報に相当するサンプルの情報　例）X処理のZ区の反復2番目 Experimental Plot (試験区面積) Experimental Plot (試験区面積) 試験区面積 Sampling Site (採取場所) Latitude (緯度(北緯)) * 非公開にしました(2019/10/17) 緯度(北緯) Longitude (経度(東経)) * 非公開にしました(2019/10/17) 経度(東経) Location * 非公開にしました(2019/10/17) サンプルの採取場所を示すGoogle Mapsへのリンク Note (備考) 備考 Origin (由来) Origin (由来) non-rhizosphere（非根圏）、rhizosphere（根圏）、その他から選択 Note (備考) 備考 Soil Groups (土壌群) Soil Groups (土壌群) 農耕地土壌分類（第3次案）の24群から選択 Land Use (土地利用) Land Use (土地利用) 田、普通畑、樹園地（果樹園・茶園等）、草地（牧草地・放牧地等）、その他（耕作放棄地・非農耕地）から選択 Physical and Chemical Properties of Soil (土壌物理化学性) Soil Texture (土性) 土性11項目から選択 pH (pH (風乾土)) pH (風乾土) EC (EC) EC Total C (炭素含有率) 炭素含有率 Total N (窒素含有率) 窒素含有率 Soil Biomass (土壌バイオマス) 微生物バイオマス量 Available P (可給態P) トルオーグリン酸 Nitrogen Mineralization Rate (窒素無機化量) 培養法（土壌標準分析測定法に準ずる） Soil Respiration Activity (土壌呼吸活性) 土壌呼吸活性 Soil Moisture Content (土壌水分(生土あたりの含水量)) 土壌水分(生土あたりの含水量) Cation Exchange Capacity (CEC) (陽イオン交換容量) 陽イオン交換容量 The Others (その他) その他 Crop (栽培作物) Crop (作物名) 作物名 Cultivar (品種) 品種 Planting Density (1) (栽植密度) 密度（本／m2） Planting Density (2) (栽培様式) 畝間or 条間(cm)×株間(cm) Note (備考) 備考 Organic Fertilizer (有機質肥料) Kind of Organic Material (有機物の種類) 有機物の種類 Rate of Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Fertilizer Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Chemical Fertilizer (化学肥料) Kind of Fertilizer (肥料の種類) 肥料の種類 Rate of Fertilizer Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Fertilizer Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Pesticide Application (薬剤散布) Kind of Pesticide (薬剤の種類) 薬剤の種類 Rate of Pesticide Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Pesticide Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Water Management (水管理) Water Management (水管理) 水管理 Experimental Result (試験結果) Experimental Result (試験結果) 調査データ（収量、病害発生等） Cultivation History (栽培暦) Former Cultivated Crop (前作物名) 前作物名 Seeding or Transplanting Date (作業日) 播種日または移植日（裸地などの場合はNDと記入） Harvest Date (収穫日) 収穫日 Temperature (気温) Temperature (気温) 気温 Microarray (マイクロアレイ) Microarray (マイクロアレイ) マイクロアレイ

Accession Number (アクセッション番号) Soil Icon 土壌群と土地利用を記号で表示 図: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/archive/eddass/images/soil_icon.png Accession Number (アクセッション番号) 管理者が指定する土壌登録番号 ＊Accession Numberの識別 ・ハイフン前方の6桁の数字が同じ場合、同一反復(処理)区かつ同一採取日のサンプルであることを示す ・ハイフン後方について 例）001531-1, 001531-2・・・ 1処理区の2反復 　　001533-0 ・・・ 反復のない場合 　　001534-a, 001534-b ・・・ １処理区内の2サブサンプル 　　001536-1a, 001536-1b ・・・ １反復内の2サブサンプル 　　001538-1* ・・・ *はその反復（処理区）を代表するサンプルであることを示す 　　001539-1.1, 001539-1.2 ・・・ドットの後の数字は、1反復（処理区）の土からDNA抽出を複数回 行った場合の識別 　　001541-1.mix ・・・ ドットの後の｢mix｣表示は、同じ土からとった複数のDNA抽出サンプルを 混合した場合の識別 　　001542-1.repeat ・・・ ドットの後の｢repeat｣表示は、既に同一サンプルを登録してある場合の識別 Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) DNA Marker Information (対象マーカー情報) marker for bacterium, fungas, nematodeから選択 Lane Number (レーン番号) DGGEゲル画像におけるレーン番号（左側から） Quality (精度) 精度 DGGE Gel Image DGGEゲル画像 Associated Data (関連データ) Repeat Data (反復データ) 反復データがある場合に表示 Microorganisms (微生物) 他の微生物を対象としたデータがある場合に表示 Diversity Index (多様性指数) Richness (R) (種の豊富さ) 種の豊富さ Shannon index (H’) (シャノン指数) シャノン指数 Simpson index (1-D) (シンプソン指数) シンプソン指数 Sample Registration (サンプル登録) Collector (採取者名) 採取者名 Affiliation (所属名) 所属名 Sampling Date (採取年月日) 採取年月日 Experimental Purpose (試験目的) Experimental Purpose (試験目的) 例）肥料と収量の関係 Experimental Plan (試験設計) Experimental Plan (試験設計) 例）X区=A処理×B処理×C反復、あるいは現地調査A地点の反復サンプルCなどのように Sample Information (サンプル情報) Sample Information (サンプル情報) DNA情報に相当するサンプルの情報　例）X処理のZ区の反復2番目 Experimental Plot (試験区面積) Experimental Plot (試験区面積) 試験区面積 Sampling Site (採取場所) Latitude (緯度(北緯)) * 非公開にしました(2019/10/17) 緯度(北緯) Longitude (経度(東経)) * 非公開にしました(2019/10/17) 経度(東経) Location * 非公開にしました(2019/10/17) サンプルの採取場所を示すGoogle Mapsへのリンク Note (備考) 備考 Origin (由来) Origin (由来) non-rhizosphere(非根圏)、rhizosphere(根圏)、その他から選択 Note (備考) 備考 Soil Groups (土壌群) Soil Groups (土壌群) 農耕地土壌分類（第3次案）の24群から選択 Land Use (土地利用) Land Use (土地利用) 田、普通畑、樹園地（果樹園・茶園）、草地（牧草地・放牧地等）、その他（耕作放棄地・非農耕地）から選択 Physical and Chemical Properties of Soil (土壌物理化学性) Soil Texture (土性) 土性11項目から選択 pH (pH (風乾土)) pH (風乾土) EC (EC) EC Total C (炭素含有率) 炭素含有率 Total N (窒素含有率) 窒素含有率 Soil Biomass (土壌バイオマス) 微生物バイオマス量 Available P (可給態P) トルオーグリン酸 Nitrogen Mineralization Rate (窒素無機化量) 培養法（土壌標準分析測定法に準ずる） Soil Respiration Activity (土壌呼吸活性) 土壌呼吸活性 Soil Moisture Content (土壌水分(生土あたりの含水量)) 土壌水分(生土あたりの含水量) Cation Exchange Capacity (CEC) (陽イオン交換容量) 陽イオン交換容量 The Others (その他) その他 Crop (栽培作物) Crop (作物名) 作物名 Cultivar (品種) 品種 Planting Density (1) (栽植密度) 密度（本／m2） Planting Density (2) (栽培様式) 畝間 or 条間（cm）×株間（cm） Note (備考) 備考 Organic Fertilizer (有機質肥料) Kind of Organic Material (有機物の種類) 有機物の種類 Rate of Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Fertilizer Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Chemical Fertilizer (化学肥料) Kind of Fertilizer (肥料の種類) 肥料の種類 Rate of Fertilizer Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Fertilizer Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Pesticide Application (薬剤散布) Kind of Pesticide (薬剤の種類) 薬剤の種類 Rate of Pesticide Application (施用量) 施用量 Year of Continuous Application (連用年数) 連用年数 Time of Pesticide Application (施用時期) 春、夏、秋、冬から選択 Water Management (水管理) Water Management (水管理) 水管理 Experimental Result (試験結果) Experimental Result (試験結果) 調査データ（収量、病害発生等） Cultivation History (栽培暦) Former Cultivated Crop (前作物名) 前作物名 Seeding or Transplanting Date (作業日) 播種日または移植日（裸地などの場合はNDと記入） Harvest Date (収穫日) 収穫日 Temperature (気温) Temperature (気温) 気温 DNA Sequence (DNA) DNA Extraction Methods (抽出法) スタンダード法か、独自法か選択 Sample Name (サンプル名) サンプル名 Target DNA (種類) 例）16S rDNA Note (備考) 備考 Other Related Date (その他関連データ) Gradient of Denaturing Agent (変性剤濃度勾配) 変性剤濃度勾配 Run Voltage (泳動電圧) 泳動電圧 Run Time (泳動時間) 泳動時間 Run Temperature (泳動温度) 泳動温度 Amount of Sample DNA (泳動DNA量) 泳動DNA量 Note (備考) 備考 Download DGGE Gel Image DGGEゲル画像 Environmental Data 環境データ All Data 全データ

EGTC ID EGTCのID Registered データ登録日 Last Update データ更新日 Gene Name 遺伝子名 Gene Symbol 遺伝子シンボル Chromosome 染色体 Genomic Location ゲノム上の位置 Mapping result (BLAT) UCSC Genome BLATによるマッピング結果（画像） Synonyms シノニム Link-UCSC Browser トラップした遺伝子全体を示すUCSC Genome Mapへのリンク Link-NCBI Entrez Gene 各遺伝子に関したNCBI Entrez Geneへのリンク Link-IGTC 各遺伝子に関したIGTCへのリンク Link-UniGene 各遺伝子に関したUniGeneへのリンク Link-Ensembl ContigView 各遺伝子に関したEnsembl ContigViewへのリンク Link-MGI 各遺伝子に関したMGIへのリンク Link-KEGG GENES 各遺伝子に関したKEGG GENESへのリンク Link-EST Profile 各遺伝子に関したUniGeneのEST Profileへのリンク Other clone traped this gene 他のこの遺伝子をトラップしたクローン Trap vector トラップベクター名 Cell Line クローン作製に用いたES細胞系統名 Method トラップした遺伝子の同定に用いた手法 Accession トラップ配列のアクセッション番号およびNCBI GSSへのリンク GSS Location トラップ配列のゲノム上の位置 Size トラップ配列の長さ Sequence トラップ配列 Link (sequence) - UCSC Browser トラップ配列を全長とするUCSC Genome Mapヘのリンク Link (sequence) - IGTC IGTCに登録されているトラップクローンのページヘのリンク Homology Search Results ホモロジー検索結果およびNCBI Nucleotideへのリンク Mouse Information - Card ID CARD R-BASEに寄託しているマウス系統へのリンク Mouse Information - Strain Name マウス系統名 Mouse Information - Internal Code ニックネームあるいは通称 Mouse Information - Description ES細胞およびマウス系統についての説明 Mouse Information - Links 各遺伝子に関したIMSR（International Mouse Strain Resource）ヘのリンク

Trap Vector Name トラップベクター名 Description トラップベクターの説明 Image トラップベクターの構造の図

Cell Line ES細胞系統の名称 Description ES細胞系統の説明

Method 遺伝子同定法の名称 Description 遺伝子同定法の説明 Image 遺伝子同定法の説明図

JW_ID 大腸菌K-12株W3110亜株に対してGenoBaseで割り当てた遺伝子ID ECK number 大腸菌K-12株のMG1655亜株・W3110亜株のいずれの遺伝子も参照できるアクセション番号 B number 大腸菌K-12株MG1655亜株に対してBlattner研究室で割り当てた遺伝子のアクセション番号 Gene name K-12 大腸菌K-12株での遺伝子名 Locus name K-12 大腸菌K-12株での遺伝子座名 Synonyms of locus names K-12 大腸菌K-12株での遺伝子座名の別名 Solubility (%) タンパク質の可溶率 (単位: %) Yield (uM) タンパク質の収量 (単位: μM) Yield (ug/ml) タンパク質の収量 (単位: μg/ml) Minus Sol (%) シャペロン非存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %)　シャペロン効果の評価のために再度定量した値 TF Sol (%) TF存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) GroE Sol (%) GroE存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) KJE Sol (%) KJE存在下でのタンパク質の可溶率 (単位: %) Minus Yield (uM) シャペロン非存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) TF Yield (uM) TF存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) GroE Yield (uM) GroE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) KJE Yield (uM) KJE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μM) Minus Yield (ug/ml) シャペロン非存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) TF Yield (ug/ml) TF存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) GroE Yield (ug/ml) GE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) KJE Yield (ug/ml) KJE存在下でのタンパク質の収量 (単位: μg/ml) Calculated MW (kDa) タンパク質の分子量 (単位: kDa) Calculated pI タンパク質の等電点 Type of gene product GenoBase において割り当てられた遺伝子産物のタイプ （タイプの説明は、こちらのページを参照） Gene product description GenoBase における遺伝子産物の説明 Cell location 細胞における局在部位 Structure (PDB) ID GenoBase で割り当てられたPDB ID SCOP assignment GenoBase で割り当てられたSCOPでの構造分類

Extract name 実験の内部ID FF ontology FANTOMで定義されたオントロジーのID Description 実験の説明 Catalog ID RNAのカタログID Category 実験のカテゴリ Species 生物種 (ヒトまたはマウス) Sex 性別 Age 年齢 Developmental stage 発達段階 Tissue 組織 Cell lot 細胞のロット番号 Cell type 細胞の種別 Catalogue ID 細胞のカタログ番号 Collaboration 共同研究先 Provider 細胞の提供元 Extraction protocol RNA抽出の実験手法 Material type RNAサンプルの種別 RNA tube RNAチューブの内部ID。Extract nameと同じ。 Sample name サンプル名 RNA extraction RNA抽出の実験手法 RNA ID RNAの内部ID Comment on RNA RNAに関するコメント ratio_260/230 サンプルの吸光度比(260nm/230nm) ratio_260/280 サンプルの吸光度比(260nm/280nm) Concentration RNA濃度 RNA Integrity number RIN値 lsid サンプルグループのID Library protocol ライブラリ化の実験手法 Library ID ライブラリID Sequence protocol 配列決定の手法 Machine name マシン名 Run name ラン名 Flowcell channel フローセルのチャネル Alignment protocol 配列マッピングの手法 BAM file リード配列の参照配列へのマッピング結果 (BAM形式) BAI file BAMファイルのインデックスファイル CAGE TSS file CAGEタグの解析で同定した転写開始点 (BED形式) Ribosomal DNA sequence file リボソームDNAリピートユニットにヒットした配列のデータファイル（FASTA形式） Barcode RNAサンプル識別のためのバーコード配列

Extract name 実験の内部ID FF ontology FANTOMで定義されたオントロジーのID Description 実験の説明 Catalog ID RNAのカタログID Category 実験のカテゴリ Species 生物種 (ヒトまたはマウス) Sex 性別 Age 年齢 Developmental stage 発達段階 Tissue 組織 Cell lot 細胞のロット番号 Cell type 細胞の種別 Catalogue ID 細胞のカタログ番号 Collaboration 共同研究先 Provider 細胞の提供元 Extraction protocol RNA抽出の実験手法 Material type RNAサンプルの種別 RNA tube RNAチューブの内部ID。Extract nameと同じ。 Sample name サンプル名 RNA extraction RNA抽出の実験手法 RNA ID RNAの内部ID Comment on RNA RNAに関するコメント ratio_260/230 サンプルの吸光度比(260nm/230nm) ratio_260/280 サンプルの吸光度比(260nm/280nm) Concentration RNA濃度 lsid サンプルグループのID Library protocol ライブラリ化の実験手法 Library ID ライブラリID Sequence protocol 配列決定の手法 Machine name マシン名 Run name ラン名 Flowcell channel フローセルのチャネル Alignment protocol 配列マッピングの手法 BAM file リード配列の参照配列へのマッピング結果 (BAM形式) BAI file BAMファイルのインデックスファイル CAGE TSS file CAGEタグの解析で同定した転写開始点 (BED形式) Ribosomal DNA sequence file リボソームDNAリピートユニットにヒットした配列のデータファイル（FASTA形式）

Library ID 核酸配列ライブラリのID FF ontology FANTOMで定義されたオントロジーのID DRA sample accession number DRAのサンプルアクセション番号 DRA experiment accession number DRAの実験アクセション番号 DRA run accession number DRAのランアクセション番号 DRA analysis accession number (BAM) DRAの解析アクセション番号（マッピング結果、BAMファイル） DRA analysis accession number (BED) DRAの解析アクセション番号（転写開始点の情報、BEDファイル） Experiment method 実験手法

Library ID 核酸配列ライブラリのID Raw 計測されたリード数 Removed by extraction 抽出により削除したリード数 Extracted 解析により抽出したリード数 Removed by artifacts 削除した人工リード(artifact)数 Filtered for artifact artifactを削除した後のリード数 Removed by rRNA rRNAとして削除したリード数 Filtered for rRNA rRNAを削除した後のリード数 Non alignment ゲノムにマッピングできなかったリード数 Genome mapped ゲノムにマッピングされたリード数 Duplicated 重複のあるリード数 Uniquely mapped 重複のないリード数 Inproperly mapped pairs ゲノムに適切にマッピングされなかったリードのペア数 Properly mapped pairs ゲノムに適切にマッピングされたリードのペア数 Total pairs ペアの総数 Exon エクソンにあるペア数 Intergenic エクソンの間にあるペア数 Promoter プロモーターにあるペア数

ID データのID BOX ORFの管理ID ORF ORFのID Gene name 遺伝子名 Location of mutation 変異位置 Product description 遺伝子産物 Fluorescence kinetics (Low light) クロロフィル蛍光時系列データ（弱光）のグラフ画像ファイル名 Fluorescence kinetics (High light) クロロフィル蛍光時系列データ（強光）のグラフ画像ファイル名 Similar ORF list ORFリストへのリンク情報

Time 時間 データ列の1列目から5列目 野生型のクロロフィル蛍光時系列データ データ列の6列目から10列目 変異体のクロロフィル蛍光時系列データ

id データのID Vector similarity distance (low) 弱光条件で培養した細胞での類似度距離（データをベクトルで表したときのベクトルがなす角度） Differential similarity distance (low) 弱光条件で培養した細胞での類似度距離（データの各点の傾きの偏差二乗和） Fluorescence kinetics of ORF1 (low) ORF1のクロロフィル蛍光時系列データ（弱光条件）のグラフ画像ファイル名 Fluorescence kinetics of ORF2 (low) ORF2のクロロフィル蛍光時系列データ（弱光条件）のグラフ画像ファイル名 Vector similarity distance (high) 強光条件で培養した細胞での類似度距離（データをベクトルで表したときのベクトルがなす角度） Differential similarity distance (high) 強光条件で培養した細胞での類似度距離（データの各点の傾きの偏差二乗和） Fluorescence kinetics of ORF1 (high) ORF1のクロロフィル蛍光時系列データ（強光条件）のグラフ画像ファイル名 Fluorescence kinetics of ORF2(high) ORF2のクロロフィル蛍光時系列データ（強光条件）のグラフ画像ファイル名 BOX1 ORF1の管理ID ORF1 Location of mutation ORF1の変異位置 ORF1 ORF1のID ORF1 Gene name ORF1の遺伝子名 ORF1 Product description ORF1の遺伝子産物 BOX2 ORF2の管理ID ORF2 Location of mutation ORF2の変異位置 ORF2 ORF2のID ORF2 Gene name ORF2の遺伝子名 ORF2 Product description ORF2の遺伝子産物

ID エントリのID Accession アクセション番号 Description 説明 SO name 配列オントロジーによる分類 Organism 生物種 Xref クロスリファレンス情報 Length 配列長 Sequence 配列 Second Structure Thumbnail RNA二次構造画像のサムネイル Second Structure (PNG) RNA二次構造画像（PNG形式） Second Structure (PDF) RNA二次構造画像（PDF形式）

Sequence ID 配列のID Cluster ID クラスターのID。gclust_clusterを参照する。 Annotation in original database オリジナルサイトでのアノテーション Species 種名 Length アミノ酸配列長 Sequence アミノ酸配列

Cluster ID クラスターのID Representative sequence ID クラスターを代表する配列のID。gclust_seqを参照する。 Link to cluster sequences クラスターに属する配列リストへのリンク（空欄） Link to related sequences クラスター形成に用いなかった類似関係にある配列リストへのリンク Sequence length アミノ酸配列長 Representative annotation クラスターの代表的なアノテーション Number of Sequences クラスターに含まれる配列数 Homologs クラスターに含まれる配列数 Clustering threshold クラスタリングに用いたE-valueの閾値 Plants (7species) (%) 植物・藻 (Plants and algae)の7種中、このクラスタに含まれた種の割合 Other bikonts (9species) (%) 他のバイコンタ(Bikonts (Chromalveolata, Excavata))の9種中、このクラスタに含まれた種の割合 Cyano (25species) (%) シアノバクテリア(Cyanobacteria)の25種中、このクラスタに含まれた種の割合 Photo Bact (15species) (%) 光合成細菌(Photosynthetic bacteria)　15種中、このクラスタに含まれた種の割合 Other Bact (31species) (%) 非光合成細菌(Non-photosynthetic bacteria)の31種中、このクラスタに含まれた種の割合 Opisthokonts (8species) (%) オピストコンタ(Opisthokonts)の8種中、このクラスタに含まれた種の割合 Number of Sequences for each species クラスターに含まれる生物種毎の配列数 Species not appearing in this cluster クラスターに含まれなかった生物種

Cluster ID クラスターのID Sequence ID 配列のID

フィールド１ アミノ酸配列のID(Sequence ID) フィールド２ アミノ酸配列の長さ フィールド３ アミノ酸配列のアノテーション

ATH Arabidopsis thaliana CME Cyanidioschyzon merolae CRE Chlamydomonas reinhardtii OSA Oryza sativa OTAU Ostreococcus tauri PPT Physcomitrella patens PoTR Populus tricocarpa DPTM Paramecium tetraurelia GTH Guillardia theta NGR Naegleria gruberi PFA Plasmodium falciparum PHRA Phytophthora ramorum PHSO Phytophthora sojae PTR Phaeodactylum tricornutum TET Tetrahymena thermophila SB210 TPS Thalassiosira pseudonana Ana Anabaena sp. PCC 7120 Ava Anabaena variabilis ATCC 29413 Glv Gloeobacter violaceus Npun Nostoc punctiforme sp. PCC73102 Pm1 Prochlorococcus marinus MED4 Pm2 Prochlorococcus marinus MIT9313 Pm3 Prochlorococcus marinus SS120 Pm4 Prochlorococcus marinus MIT9312 Pm5 Prochlorococcus marinus NATL2A Pm6 Prochlorococcus marinus MIT9301 Pm7 Prochlorococcus marinus MIT9303 Pm8 Prochlorococcus marinus MIT9315 Pm9 Prochlorococcus marinus NATL1A PmA Prochlorococcus marinus AS9601 S63 Synechococcus sp. PCC 6301 S79 Synechococcus sp. PCC 7942 S81 Synechococcus sp. WH8102 S93 Synechococcus sp. CC9311 S96 Synechococcus sp. CC9605 Syn Synechocystis sp. PCC 6803 Tel Thermosynechococcus elongatus Ter Trichodesmium erythraeum 405 1 YelA Cyanobacterium Yellowstone A-prime YelB Cyanobacterium Yellowstone B-prime Caur Chloroflexus aurantiacus Cch Chlorobium chlorochromatii CaD3 Clim Chlorobium limicola DSM 245 Cph Chlorobium phaeobacteroides DSM 266 Ctep Clorobium tepidum Pvi Prostheocochloris vibrioformis DSM 265 Rde Roseobacter denitrificans Och 114 Rpa1 Rhodopseudomonas plustris BisA53 Rpa2 Rhodopseudomonas plustris BisB4 Rpa3 Rhodopseudomonas plustris BisB18 Rpa4 Rhodopseudomonas plustris HaA2 Rpal Rhodopseudomonas plustris Rrub Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 Rsh Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029 Rsp Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 Afu Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 Ape Aeropyrum pernix K1 Atu Agrobacterium tumefaciens str. C58 Bja Bradyrhizobium japonicum USDA 110 Bma Burkholderia mallei ATCC 23344 Bms Brucella suis 1330 Bpe Bordetella pertussis Tohama I Bsu Bacillus subtilis Marburg 168 Ccr Caulobacter crescentus CB15 Cvi Chromobacterium violaceum ATCC 12472 Eba Azoarcus sp EbN1 Eco Escherichia coli K-12 Fal Frankia alni ACN14a Fra Frankia sp. CcI3 Gox Gluconobacter_oxydans_621H Hal Halobacterium sp. NRC-1 Mac Methanosarcina acetivorans str. C2A Mes Mesorhizobium sp. BNC1 Mlo Mesorhizobium loti MAFF303099 Mtu Mycobacterium tuberculosis H37Rv Neq Nanoarchaeum equitans Kin4-M Pho Pyrococcus horikoshii OT3 Pst Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 Rhe Rhizobium_etli_CFN_42 Rle Rhizobium leguminosarum Rso Ralstonia solanacearum GMI1000 Sco Streptomyces coelicolor A3(2) Sep Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 Sme Sinorhizobium meliloti 1021 Sto Sulfolobus tokodaii str. 7 Vvy Vibrio vulnificus YJ016 CEL Caenorhabditis elegans DCGR Candida glabrata CBS138 DKLA Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 DME Drosophila melanogaster HSA Homo sapiens SPO Schyzosaccharomyces pombe S99 Synechococcus sp. CC9902 NCR Neurospora crassa 74-OR23-1A SCE Saccharomyces cerevisiae

フィールド１ 生物の配列IDの接頭語 フィールド２ グループ（1から6の数字）

フィールド１ グループ番号 フィールド２ 生物グループ割り当ての設定値 フィールド３ グループ名

Number クラスターID ID 配列ID Length 配列長 seqs クラスターに属する配列数 homologs クラスターに属する配列数 ATH Arabidopsis thalianaの配列で、クラスターに属する配列数 OSA Oryza sativaの配列で、クラスターに属する配列数 PoTR Populus tricocarpaの配列で、クラスターに属する配列数 PPT Physcomitrella patensの配列で、クラスターに属する配列数 CRE Chlamydomonas reinhardtiiの配列で、クラスターに属する配列数 OTAU Ostreococcus tauriの配列で、クラスターに属する配列数 CME Cyanidioschyzon merolaeの配列で、クラスターに属する配列数 GTH Guillardia thetaの配列で、クラスターに属する配列数 PFA Plasmodium falciparumの配列で、クラスターに属する配列数 PTR Phaeodactylum tricornutumの配列で、クラスターに属する配列数 TPS Thalassiosira pseudonanaの配列で、クラスターに属する配列数 Ter Trichodesmium erythraeum 405 1の配列で、クラスターに属する配列数 Ana Anabaena sp. PCC 7120の配列で、クラスターに属する配列数 Ava Anabaena variabilis ATCC 29413の配列で、クラスターに属する配列数 Npun Nostoc punctiforme sp. PCC73102の配列で、クラスターに属する配列数 Syn Synechocystis sp. PCC 6803の配列で、クラスターに属する配列数 Glv Gloeobacter violaceusの配列で、クラスターに属する配列数 Tel Thermosynechococcus elongatusの配列で、クラスターに属する配列数 YelA Cyanobacterium Yellowstone A-primeの配列で、クラスターに属する配列数 YelB Cyanobacterium Yellowstone B-primeの配列で、クラスターに属する配列数 S63 Synechococcus sp. PCC 6301の配列で、クラスターに属する配列数 S79 Synechococcus sp. PCC 7942の配列で、クラスターに属する配列数 S81 Synechococcus sp. WH8102の配列で、クラスターに属する配列数 S93 Synechococcus sp. CC9311の配列で、クラスターに属する配列数 S96 Synechococcus sp. CC9605の配列で、クラスターに属する配列数 S99 Synechococcus sp. CC9902の配列で、クラスターに属する配列数 Pm1 Prochlorococcus marinus MED4の配列で、クラスターに属する配列数 Pm2 Prochlorococcus marinus MIT9313の配列で、クラスターに属する配列数 Pm3 Prochlorococcus marinus SS120の配列で、クラスターに属する配列数 Pm4 Prochlorococcus marinus MIT9312の配列で、クラスターに属する配列数 Pm5 Prochlorococcus marinus NATL2Aの配列で、クラスターに属する配列数 Pm6 Prochlorococcus marinus MIT9301の配列で、クラスターに属する配列数 Pm7 Prochlorococcus marinus MIT9303の配列で、クラスターに属する配列数 Pm8 Prochlorococcus marinus MIT9315の配列で、クラスターに属する配列数 Pm9 Prochlorococcus marinus NATL1Aの配列で、クラスターに属する配列数 PmA Prochlorococcus marinus AS9601の配列で、クラスターに属する配列数 Atu Agrobacterium tumefaciens str. C58の配列で、クラスターに属する配列数 Bja Bradyrhizobium japonicum USDA 110の配列で、クラスターに属する配列数 Bms Brucella suis 1330の配列で、クラスターに属する配列数 Ccr Caulobacter crescentus CB15の配列で、クラスターに属する配列数 Gox Gluconobacter_oxydans_621Hの配列で、クラスターに属する配列数 Mes Mesorhizobium sp. BNC1の配列で、クラスターに属する配列数 Mlo Mesorhizobium loti MAFF303099の配列で、クラスターに属する配列数 Rhe Rhizobium_etli_CFN_42の配列で、クラスターに属する配列数 Rle Rhizobium leguminosarumの配列で、クラスターに属する配列数 Sme Sinorhizobium meliloti 1021の配列で、クラスターに属する配列数 Rpa1 Rhodopseudomonas plustris BisA53の配列で、クラスターに属する配列数 Rpa2 Rhodopseudomonas plustris BisB4の配列で、クラスターに属する配列数 Rpa3 Rhodopseudomonas plustris BisB18の配列で、クラスターに属する配列数 Rpa4 Rhodopseudomonas plustris HaA2の配列で、クラスターに属する配列数 Rpal Rhodopseudomonas plustrisの配列で、クラスターに属する配列数 Rrub Rhodospirillum rubrum ATCC 11170の配列で、クラスターに属する配列数 Rde Roseobacter denitrificans Och 114の配列で、クラスターに属する配列数 Rsh Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029の配列で、クラスターに属する配列数 Rsp Rhodobacter sphaeroides 2.4.1の配列で、クラスターに属する配列数 Eco Escherichia coli K-12の配列で、クラスターに属する配列数 Pst Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000の配列で、クラスターに属する配列数 Vvy Vibrio vulnificus YJ016の配列で、クラスターに属する配列数 Bsu Bacillus subtilis Marburg 168の配列で、クラスターに属する配列数 Sep Staphylococcus epidermidis ATCC 12228の配列で、クラスターに属する配列数 Fal Frankia alni ACN14aの配列で、クラスターに属する配列数 Fra Frankia sp. CcI3の配列で、クラスターに属する配列数 Mtu Mycobacterium tuberculosis H37Rvの配列で、クラスターに属する配列数 Sco Streptomyces coelicolor A3(2)の配列で、クラスターに属する配列数 Rso Ralstonia solanacearum GMI1000の配列で、クラスターに属する配列数 Cvi Chromobacterium violaceum ATCC 12472の配列で、クラスターに属する配列数 Bma Burkholderia mallei ATCC 23344の配列で、クラスターに属する配列数 Bpe Bordetella pertussis Tohama Iの配列で、クラスターに属する配列数 Eba Azoarcus sp EbN1の配列で、クラスターに属する配列数 Caur Chloroflexus aurantiacusの配列で、クラスターに属する配列数 Cch Chlorobium chlorochromatii CaD3の配列で、クラスターに属する配列数 Clim Chlorobium limicola DSM 245の配列で、クラスターに属する配列数 Cph Chlorobium phaeobacteroides DSM 266の配列で、クラスターに属する配列数 Ctep Clorobium tepidumの配列で、クラスターに属する配列数 Pvi Prostheocochloris vibrioformis DSM 265の配列で、クラスターに属する配列数 Afu Archaeoglobus fulgidus DSM 4304の配列で、クラスターに属する配列数 Hal Halobacterium sp. NRC-1の配列で、クラスターに属する配列数 Mac Methanosarcina acetivorans str. C2Aの配列で、クラスターに属する配列数 Pho Pyrococcus horikoshii OT3の配列で、クラスターに属する配列数 Ape Aeropyrum pernix K1の配列で、クラスターに属する配列数 Sto Sulfolobus tokodaii str. 7の配列で、クラスターに属する配列数 Neq Nanoarchaeum equitans Kin4-Mの配列で、クラスターに属する配列数 SCE Saccharomyces cerevisiaeの配列で、クラスターに属する配列数 SPO Schyzosaccharomyces pombeの配列で、クラスターに属する配列数 PHRA Phytophthora ramorumの配列で、クラスターに属する配列数 PHSO Phytophthora sojaeの配列で、クラスターに属する配列数 DCGR Candida glabrata CBS138の配列で、クラスターに属する配列数 DKLA Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140の配列で、クラスターに属する配列数 NCR Neurospora crassa 74-OR23-1Aの配列で、クラスターに属する配列数 DPTM Paramecium tetraureliaの配列で、クラスターに属する配列数 TET Tetrahymena thermophila SB210の配列で、クラスターに属する配列数 NGR Naegleria gruberiの配列で、クラスターに属する配列数 HSA Homo sapiensの配列で、クラスターに属する配列数 DME Drosophila melanogasterの配列で、クラスターに属する配列数 CEL Caenorhabditis elegansの配列で、クラスターに属する配列数 Annotations アノテーション

Experiment Type 実験の種別 Disease 疾患名 Group 実験グループ Description 実験グループについての説明 Link to Marker/SNP Information マーカー情報またはSNP情報へのリンク(簡易検索サイトのみ)

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Chromosome マーカーの存在する染色体の番号 Start Position マーカーの染色体上の開始位置 End Position マーカーの染色体上の終了位置 Cytoband マーカーの存在する染色体上の位置 Forward Primer フォワードプライマー配列 Reverse Primer リバースプライマー配列 Amplicon Size アンプリコンサイズ Repeat Unit 繰り返し単位配列 Repeat Number 繰り返し数 Link to Typing Result TypingResultページへのリンク Link to Statistics Statisticsページへのリンク

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Condition サンプルの状態。Pは患者、Nは健常者です。 Number of Allele マーカーとなる配列に対する対立遺伝子の数 Heterozygosity ヘテロ接合性のピーク値 Peakpick type ヘテロ接合性のピーク値の取得方法。Mは手動で、Aはソフトウェアにより自動的に取得したことを表します。 Size アリルサイズ Height ピーク高

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Allele Size (Case) 患者側アリル Allele Number (Case) 患者側アリル度数 Allele Size (Control) 健常者側アリル Allele Number (Control) 健常者側アリル度数 Exact Test 2x2 P Value 2 X 2分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 Exact Test 2xm P Value 2 X m分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 Exact Test 2xm Standard Error 2 X m分割表を使った正確確率検定の標準誤差 Exact Test 2xm Estimate Upper 2 X m分割表を使った正確確率検定で推定された、P値が取りうる上限 Exact Test 2xm Estimate Under 2 X m分割表を使った正確確率検定で推定された、P値が取りうる下限

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Chromosome マーカーの存在する染色体の番号 Start Position マーカーの染色体上の開始位置 End Position マーカーの染色体上の終了位置 Cytoband マーカーの存在する染色体上の位置 Forward Primer フォワードプライマー配列 Reverse Primer リバースプライマー配列 Amplicon Sze アンプリコンサイズ Repeat Unit 繰り返し単位配列 Repeat Number 繰り返し回数 Link to Normalize Information NormalizeInformationへのリンク Link to Hardy Weinberg Test WeinbergTestへのリンク Link to Statistics Statisticsへのリンク

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Allele Space アリル間隔（パラメータ） Group Space グループ間隔（パラメータ） Allele Size アリルサイズ Allele Frequency アリル頻度 Group Average アリルの平均値（整数化後）

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Screening スクリーニング番号 Condition サンプルの状態。Pは患者、Nは健常者を表します。 Probability Test P Value 正確確率検定によって算出されたP値 Probability Test Standard Error 正確確率検定の標準誤差 Heterozygote Excess P Value ヘテロ接合性があるとした場合のP値 Heterozygote Excess Standard Error ヘテロ接合性があるとした場合の標準誤差 Heterozygote Defiency P Value ヘテロ接合性がないとした場合のP値 Heterozygote Defiency Standard Error ヘテロ接合性がないとした場合の標準誤差

Group マーカーのグループ Marker ID マーカーのID Status 実行ステータス Allele Size (Case) 患者側アリルサイズ Allele Number (Case) 患者側アリル度数 Allele Size (Control) 健常者側アリルサイズ Allele Number (Control) 健常者側アリル度数 Exact Test 2x2 P Value 2 X 2分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 Exact Test 2xm P Value 2 X m分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値

Group SNPのグループ SNP ID SNPのID Chromosome SNPの存在する染色体の番号 Strand SNPの向き Start Position SNPの染色体上の開始位置 End Position SNPの染色体上の終了位置 Cytoband SNPの存在する染色体上の位置 Gene SNPの存在する遺伝子名 Gene Strand 遺伝子の向き Allele 対立するSNP配列の組み合わせ Sequence SNPの周辺配列 Validation Status dbSNPのValidation Status番号 SNP Class dbSNPのSNP Class番号 Polymorphism 対立するSNP配列の組み合わせ（Alleleと同じ） Molecule Type dbSNPのMolecule Type Link to Hardy Weinberg Test HWTへのリンク Link to Statistics Statisticsへのリンク

Group SNPのグループ SNP ID SNPのID Screening スクリーニング番号 Condition サンプルの状態。Pは患者、Nは健常者を表します。 Probability Test P Value 正確確率検定によって算出されたP値 Probability Test Standard Error 正確確率検定の標準誤差 Heterozygote Excess P Value ヘテロ接合性があるとした場合のP値 Heterozygote Excess Standard Error ヘテロ接合性があるとした場合の標準誤差 Heterozygote Defiency P Value ヘテロ接合性がないとした場合のP値 Heterozygote Defiency Standard Error ヘテロ接合性がないとした場合の標準誤差

Group SNPのグループ SNP ID SNPのID Status 実行ステータス Genotype タイプ Allele (Case) 患者側アリル Allele Number (Case) 患者側アリル度数 Allele (Control) 健常者側アリル Allele Number (Control) 健常者側アリル度数 Exact Test 2x2 P Value 対立するSNPに挿入・欠損がない場合に2 X 2分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値 Exact Test 2xm P Value 対立するSNPに挿入・欠損がない場合に2 X m分割表を使った正確確率検定によって算出されたP値

ORF Name ORF名 ORF ID ORFのID Superkingdom ORFが含まれるゲノムの生物種のドメイン Species ORFが含まれるゲノムの生物種 Chromosome ORFが含まれるゲノム上の染色体（Refseq ID） Alignment (PDB & Intermediate Sequence) 対応するPDB IDと中間配列のID クリックするとアライメント情報にリンクします Alignment (ORF & Intermediate Sequence) 対応するORF名と中間配列のID クリックするとアライメント情報にリンクします Region in PDB (3D) ORFに対応するPDBタンパク質立体構造における位置情報 Prosite Motifs (in ORF)(in PDB) ORFに対応するPROSITEタンパク質モチーフ情報

Chromosome ORFが含まれるゲノム上の染色体（Refseq ID） ORF ID ORFのID Header 配列のFASTAヘッダ Sequence 配列

Query PSI-BLAST検索クエリ(PDB ID) Alignment アライメント結果ファイルへのリンク

Chromosome ORFが含まれるゲノム上の染色体（RefSeq ID） Query BLAST検索クエリ(ORF ID) Alignment アライメント結果

Gene ID 遺伝子ID Gene Symbol 遺伝子シンボル Gene Name 遺伝子名 Organism 遺伝子の由来する生物の一般名 Phenotype from JST bibliography JST 文献情報から抽出した遺伝子関連疾患や表現型 MeSH Tree 抽出した遺伝子関連疾患や表現型に対応するMeSH 用語を階層構造で示したもの MeSH Tree (日本語) 項目「MeSH Tree」の和訳 JST bibliography database JST が運営する文献情報提供事業 (JDream II) から取得した文献のID

Gene ID 遺伝子のID Gene Name 遺伝子の名前 Synonym 遺伝子名のシノニム Left Point ORFのゲノム上の開始位置 Right Point ORFのゲノム上の終了位置 Direction ORFの向き（5'-&gt;3'なら1、3'-&gt;5'なら-1、不明なら0） Description 遺伝子の説明 Old JW 以前のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID MG1655 ID この遺伝子情報を得るためにシーケンスされたMG1655クローンのID New JW 現在のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID（現在使用されていないエントリに付与されている） Accession 遺伝子に関連するUniprotエントリのID ECK No このエントリに対応するEscherichia coli K-12株上の遺伝子番号、ECK-COG情報にリンク Status このエントリの状態（最新であれば"current"、古いものであればどのバージョンで変更されたかが記載されている） ASKA Clone この遺伝子についてPPI実験を行ったASKA Cloneの情報にリンク DEL Clone この遺伝子の欠失株であるKeio Collectionの情報にリンク Reference この遺伝子について記載された文献番号（文献情報にリンク） Sequence このORFの配列情報にリンク

Gene ID 遺伝子のID Key 配列の種類（"orf", "rna","rep_origin"のいずれか） Gene Name 遺伝子の名前 Synonym 遺伝子名のシノニム Left Point ORFのゲノム上の開始位置 Right Point ORFのゲノム上の終了位置 Direction ORFの向き（5'-&gt;3'なら1、3'-&gt;5'なら-1、不明なら0） Function 遺伝子の機能（現在は利用されていない） Description 遺伝子の説明 Comment この遺伝子に対するコメント Reference この遺伝子について記載された文献 Old JW 以前のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID Sharp ID 遺伝子のID（Gene IDとは別の体系） Old ID 以前に割り当てられていたSharp ID MG1655 ID この遺伝子情報を得るためにシーケンスされたMG1655クローンのID Swissprot この遺伝子に関連するSwissprotのID（現在は利用されていない） E value この遺伝子配列と他の配列との間の相同性の期待値 EC ID この遺伝子に関連する酵素番号 EG ID この遺伝子に関連するEcoGeneのID PEC ID この遺伝子に関連するProfiling of E.coli ChoromosomeのID New JW 現在のバージョンのGenoBaseにおけるGene ID（現在使用されていないエントリに付与されている） Accession 遺伝子に関連するUniprotエントリのID ECK No このエントリに対応するEscherichia coli K-12株上の遺伝子番号、ECK-COG情報にリンク Locus 遺伝子座の名前 History このエントリの変更履歴 Comment2 この遺伝子に対するコメント Literature この遺伝子に関する文献のPubmed ID Status このエントリの状態（最新であれば"current"、古いものであればどのバージョンで変更されたかが記載されている）

ECK No Escherichia coli K-12株上の遺伝子番号 COG No ECKの相同遺伝子分類番号 Function COGの機能分類記号 Description 上記分類記号の説明

Gene ID クローン上にある遺伝子のID Clone Name クローン名 Primer Seq n 5'末端側プライマーの配列 Primer Mod n 5'末端側プライマーの標識物質 Primer Seq c 3'末端側プライマーの配列 Primer Mod c 3'末端側プライマーの標識物質 IPTG IPTGを使用した場合の遺伝子発現の度合 GFP GFPを使用した場合の遺伝子の蛍光の強さ Gel No PPI実験で使用したゲルの番号 GFP Photo GFPを使用した遺伝子の蛍光写真の番号 Arc No 上記写真のアーカイブ番号 Number 撮影した写真数 Pattern Name GFPの蛍光パターン IPTG Flag IPTGの効果の有無（"+"または"-"）

Gene ID 遺伝子のID Clone Name この遺伝子が欠失しているクローンの名前 Primer Seq n 5'末端側プライマーの配列 Primer Seq c 3'末端側プライマーの配列

Reference No 文献番号 Journal 雑誌名 Year 発行年 Volume 巻番号 PP Start 記載開始ページ PP End 記載終了ページ Author 著者名 Title 文献タイトル Gene Name 文献に記載された遺伝子名

Gene ID 遺伝子のID Left Point ORFのゲノム上の開始位置 Right Point ORFのゲノム上の終了位置 Direction ORFの向き（5'-&gt;3'なら1、3'-&gt;5'なら-1、不明なら0） Map min ゲノム長を100とした場合の、このORFの位置 NT Seq Length ORF配列長 AA Seq Length ORF配列を翻訳したアミノ酸配列長 Start Codon 開始コドン Stop Codon 終止コドン Upstream Sequence ORFの上流500bpの配列 Sequence ORF配列 Amino Acid Sequence ORF配列を翻訳したアミノ酸配列 Downstream Sequence ORFの下流200bpの配列

Gel No ゲルの番号 HIS Tag HISタグの付いたベイトタンパク質を発現する遺伝子のID Gene 上記の遺伝子の名前 MW ベイトタンパク質の分子量（計算値） Protein ベイトタンパク質の名前 Sample ID 実験サンプルのID Coverage 実験で得られたペプチドがアミノ酸配列に占める割合 JW ベイトタンパク質に結合するプレイタンパク質を発現する遺伝子のID Sharp ID 上記遺伝子のID（JWとは別系統） Target Gene 上記遺伝子の名前 MW(exp) 結合したペプチドの分子量（実験値） PI 結合したペプチドの等電点 Comment1 コメント Comment2 コメント Comment3 コメント Comment4 コメント

TI No 転写因子番号 Operon Name オペロンの名前 Init Position ゲノム上の転写開始点 Direction 転写の向き（5'->3'なら"+"、3'->5'なら"-"） Sigma Factor シグマ因子 Regulator 転写制御因子 Operated Gene この転写に関与するタンパク質を発現する遺伝子のID Reference No この転写に関する文献情報の番号

Kohara ID クローンのID Left Point クローンのゲノム上の開始位置 Right Point クローンのゲノム上の終了位置 Length クローンの配列長 Name クローン名 Left Seq 開始点から50bp分の配列 Right Seq 終止点まで50bp分の配列 Comment コメント

系統情報 DGRC Number DGRC（Drosophila Genetic Resource Center）の系統番号（TogoDBでは、DGRCへのリンク Genotype 遺伝子型 Insertion Site 物理地図上の挿入部位、複数ある場合は”；”で区切る（http://www.dgrc.kit.jp/~jdd/chromosome/index.html参照） （DGRCゲノムビューアーへのリンクあり、ダウンロードファイルでは、リンクタグあり） Map Viewer DGRCNumber（TogoDBでは、DGRCゲノムビューアーへのリンクあり） Related Genes 関連する遺伝子名 Original Number GETDBにおける系統番号 Chr. 染色体番号 Comments コメント Balancer バランサー染色体名 Link to Clone Table クローンリストへのリンク（ダウンロードファイルでは空きカラム） Num of clones クローン数 Cluster id クラスターID（複数あり） Link to Cluster Table クラスターID。IDが複数の場合、%7C(UTF8でデコードした"|"）で区切られる。（TogoDBでは、クラスターテーブルへのリンク） Num of clusters クラスター数 Stock Request ストックの注文へのリンク（ダウンロードファイルでは空きカラム） 発現情報 Embryonic Expression 胚での発現情報 Larval GFP 幼生でのGFP発現情報 Larval X-gal 幼生でのX-gal発現情報 Adult GFP 成体でのGFP発現情報 Lethality 致死性 Also known as 遺伝子型の別名 Original Comments オリジナルコメント(GETDBにおけるコメント） 発現蛍光画像 Disc(Image) 成虫盤での発現画像 Disc (Number) 成虫盤での発現画像の数 Embryo(Image) 胚での発現画像 Embryo (Number) 胚での発現画像の数 Larval GFP(Image) 幼生をGFPで染色した蛍光発現画像 Larval GFP (Number) 幼生をGFPで染色した蛍光発現画像の数 Adult(Image) 成体での発現画像 Adult (Number) 成体での発現画像の数

Clone Name ショウジョウバエGal4エンハンサートラップエレメントの5'末端に隣接するゲノム配列のクローンの名称 DGRC Number 系統番号（TogoDBではStrain Tableへのリンク） Cluster Id ゲノム挿入座標のクラスタID（TogoDBではClusterTableへのリンク） Strand ゲノム配列への挿入の方向（*） Insertion Point ゲノム配列上の挿入位置（*） Chr. Band 染色体バンド Flanking Sequence 挿入点の下流側に隣接する配列

ClusterId ゲノム挿入座標のクラスタID Cluster Member(Clone Name : Cluster Id) クラスタに属する挿入点列のそれぞれに対応するClone Name Cluster Size クラスタに属する挿入座標の数 Link to Clone Table Cluster ID。（TogoDBではCloneTableへのリンク） Link to Strain Table Cluster ID。（TogoDBではStrain Tableへのリンク） Chr. Band 染色体バンド Insertion Point (Min) ゲノム配列上の挿入位置のクラスター内での最小値 Insertion Point (Max) ゲノム配列上の挿入位置のクラスター内での最大値 Max-Min ゲノム配列上の挿入位置の最大値－最小値

GPID AISTの管理番号 Taxonomy ID Taxonomy ID Gene symbol 遺伝子シンボル Gene description 遺伝子に関する説明 GI number NCBI GI番号 Position N-結合型糖鎖付加位置 Tissue, Lectin 試料の由来、実験で使用されたレクチン名

GPID AISTの管理番号 Taxonomy ID Taxonomy ID Gene symbol 遺伝子シンボル Gene description 遺伝子に関する説明 GI number NCBI GI番号 Position N-結合型糖鎖付加位置 Tissue, Lectin 試料の由来、実験で使用されたレクチン名

GPID AISTの管理番号 Taxonomy ID Taxonomy ID Gene symbol 遺伝子シンボル Gene description 遺伝子に関する説明 GI number NCBI GI番号 Position N-結合型糖鎖付加位置 Tissue, Lectin 試料の由来: マウスの系統、実験で使用されたレクチン名 野生株: b4GalT-I(+/+) b4GalT-I欠損株: b4GalT-I(-/-)

GPID AISTの管理番号 Taxonomy ID Taxonomy ID Gene symbol 遺伝子シンボル Gene description 遺伝子に関する説明 GI number NCBI GI番号 Position N-結合型糖鎖付加位置 Tissue, Lectin 試料の由来、実験で使用されたレクチン名

GRIP ID 相互作用情報のID Main Title 相互作用の名称 GPCR Class GPCRクラス GPCR Subfamily GPCRサブファミリー GPCR Subtype GPCRサブタイプ GPCR Name GPCR名 Partner Class 相手方GPCRのクラス Partner Subfamily 相手方GPCRのサブファミリー Partner Subtype 相手方GPCRのサブファミリー Partner Name 相手方GPCRの名称 Evidence エビデンスの種類 ExperimentまたはPrediction Annotations 相互作用のアノテーション Articles 参照文献(PubMed ID) Methods エビデンスのメソッド Target GPCRのアミノ酸配列ID Other Partners 「Partner Name」に記載された以外の相手方GPCRの名称 Disease 相互作用に関連する疾患情報 Interface GPCRのインタフェース Mutation Information GPCRの変異情報へのリンク（簡易検索のみ） Experiment Information 実験で得られたGPCR相互作用部位情報へのリンク（簡易検索のみ） Predicted Information 予測されたGPCR相互作用部位情報へのリンク（簡易検索のみ）

ID 実験情報のID GRIP ID1 相互作用情報のGRIP ID GRIP ID2 GRIP ID1における番号 Template GRIP ID 1のインターフェイスの参照構造 Target GPCRのアミノ酸配列ID Interface GRIP ID 1のインターフェイス Template Start インタフェースの参照構造における残基開始位置 Template End インタフェースの参照構造における残基終了位置 Target Start インタフェースのGRIP ID1における残基開始位置 Target End インタフェースのGRIP ID1における残基終了位置 Annotation アノテーション Article 参照文献(PubMed ID)

ID 変異情報のID GPCR GPCR名 Mutation Type 変異の種類 Template 参照構造 Target GPCRのアミノ酸配列ID Template Start GPCR配列に対応する参照構造配列の残基開始位置 Template End GPCR配列に対応する参照構造配列の残基終了位置 Target Start 変異のGPCRにおける残基開始位置 Target End 変異のGPCRにおける残基終了位置 Variation 変異の内容

ID 予測情報のID GRIP ID 関連する相互作用のGRIP ID Prediction No 予測番号（GRIP IDの中の連番） Template GRIP IDのインターフェイスの参照構造 Target GPCRのアミノ酸配列ID Template Pos インタフェースの参照構造における残基開始位置 Template Seq インタフェースの参照構造における残基終了位置 Target Pos インタフェースのGRIP IDにおける残基開始位置 Target Seq インタフェースのGRIP IDにおける残基終了位置 CONS(i) 保存度 Article 参照文献(PubMed ID)

Sequence ID 配列のID Sequence 配列

RIKEN Heavy Atom Record 理研重原子レコード（重原子導入事例）基本ID Version 重原子レコードのバージョン Site 重原子結合サイト（重原子が結合したアミノ酸残基種） Protein タンパク質（重原子が導入されたタンパク質） PDB ID タンパク質のPDB ID PDB Reference URL タンパク質情報の説明ページ(PDB)のURL UniProt ID タンパク質のUniProt ID Atom 重原子（導入された重原子） Heavy atom compound 重原子化合物（重原子の導入に使われた化合物） Heavy atom compound ontology 重原子化合物のオントロジー Insert method 重原子化実験方法（重原子を導入した方法） Heavy atom concentration 導入時の重原子の濃度(mM) Precipitant 沈殿剤（結晶化に用いられた沈殿剤） Precipitant ontology 沈殿剤のオントロジー Buffer solution 緩衝液（結晶化に用いられた緩衝液） Buffer solution ontology 緩衝液のオントロジー Buffer concentration 結晶化に用いられた緩衝液の濃度(mM) Buffer pH 結晶化に用いられた緩衝液のpH Soaking time 重原子導入時間 (hour) Back-soaking time バックソーキング時間 (hour) Reference 文献（雑誌名・巻・頁・年） Reference URL 文献のURL

Atom 重原子（導入された重原子） Atom name 重原子の名称 Motif モチーフ（重原子が頻繁に導入されたアミノ酸配列のパターン） Examples in HATODAS オリジナルHATODAS内のこのモチーフと重原子のペア

Marker name マーカー名。　簡易検索ではNCBI UniSTSへのリンク。 Marker name (Also known as) マーカー名 (別称)。簡易検索ではNCBI UniSTSへのリンク。 Chromosome 染色体の番号 Position 染色体上の位置 Position (bp) UCSC 2006 Mar, 2004 Jul*, 2003 May** UCSCによる染色体上の位置 (bp) *は2004 Jul.、**は2003 May、それ以外は2006 Mar.のバージョン。 No. of Alleles (observed) アレル数 Het ヘテロ接合度 Position (cM) Genethon Genethon社による染色体上の位置 (cM) Position (cM) Marshfield Marshfield社による染色体上の位置 (cM) Position (cM) deCODE deCODE Genetics社による染色体上の位置 (cM) Repeat Unit リピート長 Gene (markers in intron or UTR) 遺伝子記号 (イントロンもしくはUTRにマーカーが存在する場合) Linkage set 連鎖解析のために選ばれたマーカーに＊を付与している。

Molecule No. 分子番号（オリジナルDBとアーカイブでは異なるものがあるので注意） Molecule Name 分子名称 Molecule Classification PROTEIN, DNA等の分類 Wild/Mutant 野生型・変異型の別 PDB ID データ処理対象分子のPDB ID Resolution 分解能（Å） Lattice Constant A 格子定数(a) Lattice Constant B 格子定数(b) Lattice Constant C 格子定数(c) Lattice Constant alpha 格子定数(alpha) Lattice Constant beta 格子定数(beta) Lattice Constant gamma 格子定数(gamma) Space Group 空間群 Z value Z値 Experimental Method 実験手法 (NEUTRON: 中性子回折、X-RAY: Ｘ線回折) Authors 著者(コンマ区切り) Deposited PDBに登録された日 Released PDBで公開された日 Access Code アクセスコード Registration HHDBに登録された日時 No Hydrogen 水素原子なしの場合はTRUE(t) Hbonds 水素結合の数 HBondsSym 対称分子に対する水素結合の数 Atoms 原子数 H Atoms 水素原子の数 Waters 水分子の数

Molecule No. 分子番号 Access Code アクセスコード Hydrogen ID 水素原子のAtom ID Acceptor ID アクセプター原子のAtom ID Donor ID ドナー原子のAtom ID Donor Chain ID ドナーChain ID Donor Residue No. ドナー残基番号 Donor Insertion Code ドナーInsertion code Donor Residue ID ドナー残基ID（残基の相対位置を求めるために与えた通し番号） Donor Residue Name ドナー残基名（アミノ酸残基種） Donor Residue Type ドナー残基タイプ（A：標準アミノ酸残基、W：水和水、H：水和水以外の非標準残基） Donor Str. Type ドナー二次構造タイプ Acceptor Chain ID アクセプターChain ID Acceptor Residue No. アクセプター残基番号 Acceptor Insertion Code アクセプターInsertion code Acceptor Residue ID アクセプター残基ID（残基の相対位置を求めるために与えた通し番号） Acceptor Residue Name アクセプター残基名（アミノ酸残基種） Acceptor Residue Type アクセプター残基タイプ（A：標準アミノ酸残基、W：水和水、H：水和水以外の非標準残基） Acceptor Str. Type アクセプター二次構造タイプ Hydrogen / Deuterium 軽水素、重水素の別（H, D） Hydrogen Name 水素原子名 Alternative Locator Alternative locator Hydrogen Temp. Factor 水素原子温度因子（Å^2） Donor Element ドナー元素名 Donor Name ドナー原子名 Donor Temp. Factor ドナー原子温度因子（Å^2） Donor Group ID ドナー官能基ID Donor Group Name ドナー官能基名 Donor Alternative Locator ドナーAlternative locator Acceptor Element アクセプター元素名 Acceptor Name アクセプター原子名 Acceptor Temp. Factor アクセプター原子温度因子（Å^2） Acceptor Group ID アクセプター官能基ID Acceptor Group Name アクセプター官能基名 Acceptor Alternative Locator アクセプターAlternative locator Hydrogen Bond Distance 水素結合距離（Å、水素原子・アクセプター原子の間の距離） Hydrogen Bond Angle 水素結合角度（度、ドナー原子・水素原子・アクセプター原子の間の角度） Symmetry 対称（対称分子に対する水素結合の場合） XY Distance ドナー原子からアクセプター原子までの距離 XH Distance ドナー原子から水素原子までの距離

No. Number、更新の都度変更 Family / Subfamily 所属科/亜科名 Tribe / Subtribe 所属連/亜連名 Genus 所属属名 Species / Subspecies 種/種名 Variety 変種名 chromosome number n=（No. of plants examined) 染色体数(半数染色体数、調査個体数) chromosome number 2n=(total karyotypic length)（No. of plants examined) 染色体数(核型全長、調査個体数) Life form 生活型 Breeding system 繁殖様式 Collected Locality 採集場所・国名 Author name ＆ Published year 論文著者名・論文出版年 Author 論文著者名 Year 論文出版年 Title 論文名 Journal 雑誌名 Vol.(Number) 巻・号 Page ページ

Pathway Name シグナル伝達経路の名称 INOH format INOH形式のデータファイルへのリンク BioPAX level2 format BioPax Level2形式のデータファイルへのリンク BioPAX level3 format BioPax Level3形式のデータファイルへのリンク PubMed ID パスウェイ情報元の参考文献へのリンク

Pathway Name 代謝経路の名称 INOH format INOH形式のデータファイルへのリンク BioPAX level2 format BioPax Level2形式のデータファイルへのリンク BioPAX level3 format BioPax Level3形式のデータファイルへのリンク

inoh_id TermのID alt_id Termの代替ID name Termの名称 synonym Termの別名 def Termの定義 xref_analog 他のオントロジーにおける類似したTermへのクロスリファレンス comment Termの注釈情報 linkage Termとis_aやpart_ofの関係にある他のTermをグラフで表現した画像 inoh_client INOH Clientを起動するリンク。Termに関連するパスウェイのダイアグラムを閲覧・編集することができる is_a is_a関係の定義。このTermの一つ上の階層のTermのIDとnameのリスト relationship part_of関係の定義。このTermが他のTermの一部であるとき、そのTermのIDとnameのリスト is_obsolete このTermが廃止されたものかどうかを示すフラグ。 廃止されたものならば、true。

inoh_id TermのID alt_id Termの代替ID name Termの名称 synonym Termの別名 def Termの定義 xref_analog 他のオントロジーにおける類似したTermへのクロスリファレンス comment Termの注釈情報 linkage Termとis_aやpart_ofの関係にある他のTermをグラフで表現した画像 inoh_client INOH Clientを起動するリンク。Termに関連するパスウェイのダイアグラムを閲覧・編集することができる is_a is_a関係の定義。このTermの一つ上の階層のTermのIDとnameのリスト relationship part_of関係の定義。このTermが他のTermの一部であるとき、そのTermのIDとnameのリスト is_obsolete このTermが廃止されたものかどうかを示すフラグ。 廃止されたものならば、true。

inoh_id TermのID alt_id Termの代替ID name Termの名称 synonym Termの別名 def Termの定義 xref_analog 他のオントロジーにおける類似したTermへのクロスリファレンス comment Termの注釈情報 linkage Termとis_aやpart_ofの関係にある他のTermをグラフで表現した画像 inoh_client INOH Clientを起動するリンク。Termに関連するパスウェイのダイアグラムを閲覧することができる is_a is_a関係の定義。このTermの一つ上の階層のTermのIDとnameのリスト relationship part_of関係の定義。このTermが他のTermの一部であるとき、そのTermのIDとnameのリスト is_obsolete このTermが廃止されたものかどうかを示すフラグ。 廃止されたものならば、true。

名称 データベースの名称 別称 データベースの別称 URL データベースをWebで公開している場合、そのURL 運用機関名 現在データベースを運用している機関名 運用機関所在国・地域 運用機関が所在する国及び地域名 説明 データベースの説明 生物種 データベースが扱う生物種のTaxonomy NameとNCBI TaxnomyのID カテゴリ (対象) データベースに収録された主要データの対象を示すカテゴリ カテゴリ (データの種類) データベースに収録された主要データの種類を示すカテゴリ 論文等 (PubMed ID) データベースに関連した論文のPubMed ID 言語 データベースの内容の記載に使用されている言語 稼動状況 データベースの稼動状況。稼働中、休止、運用終了の３つのステータスに分類される。 LSDBアーカイブへのリンク 「LSDBアーカイブ」の当該データベースに関連するページへのリンク MEDALSデータベース便覧へのリンク 経済産業省のライフサイエンス統合データベースポータルサイトの「MEDALSデータベース便覧」の当該データベースに関連するページへのリンク レコード公開日 レコードの公開日 レコード最終更新日 レコードの最終更新日

AquaPro/RawBinary/*.prf AquaProバイナリ生データファイル AquaPro/ASCIIoutput/*.pra AquaProアスキー出力ファイル praファイルのフォーマット ヘッダ行(1行目) Month [1-12] Day [1-31] Year Hour [0-23] Minute [0-59] Second [0-59] Error code Status code Battrey voltage [V] Sound speed [m/s] Heading [degrees] Pitch [degrees] Roll [degrees] Pressure [dbar] Temperture [degrees C] Analog input 1 Analog input 2 Number of beams Number of cells データ行(2～21行目; 以下ヘッダ行から繰り返し） Cell number Velocity (Beam 1) X|East [m/s] Velocity (Beam 2) Y|North [m/s] Velocity (Beam 3) Z|Up [m/s] Amplitude (Beam 1) [counts] Amplitude (Beam 2) [counts] Amplitude (Bean 3) [counts] AWAC/RawBinary/*.wpr AWACバイナル生データファイル AWAC/ASCIIconvertedRAW/*.a[123] AWAC波高データ（Beam1, 2, 3) AWAC/ASCIIconvertedRAW/*.csv AWACプロファイルデータ(コンマ区切りフォーマット） AWAC/ASCIIconvertedRAW/*.dat AWAC流速データ AWAC/ASCIIconvertedRAW/*.hdr AWACヘッダファイル（AWAC各ファイルのフォーマットを記述） AWAC/ASCIIconvertedRAW/*.nmea AWAC NMEAフォーマット（生データ） AWAC/ASCIIconvertedRAW/*.sen AWACセンサーデータ AWAC/ASCIIconvertedRAW/*.ssl AWACシステム状態ファイル AWAC/ASCIIconvertedRAW/*.v[123] AWAC流速データ(Beam1|X|East; Beam2|Y|North, Beam3|Z|Up) AWAC/ASCIIconvertedRAW/*.wad AWAC波浪データ AWAC/ASCIIconvertedRAW/*.whd AWAC波浪ヘッダデータ

Raw/*.vec 生データ（バイナリ） Raw/*.vea 生データ（アスキー） Processed/*.txt 1分処理値データ(アスキー） txtファイルのフォーマット date [YYYY/MM/DD] time [hh:mm:ss] depth_m Depth [meter] press_dbar Pressure [dbar] temp_degC Temperature [degrees C] velE_m/s Velocity (East) [m/s] velN_m/s Velocity (North) [m/s] velU_m/s Velocity (Up) [m/s] corrE_% Correlation (East) [%] corrN_% Correlation (North) [%] corrU_% Correlation (Up) [%]

Date [YYYY/MM/DD] Time [hh:mm:ss.sss] pval Temperature [degrees C] Chlorophyll [ug/l] (microgram per litter) Turbidity [FTU] (Formazin Turbidity Unit) Power voltage [V]

Date [YYYY/MM/DD] Time [hh:mm:ss.sss] pval Conductivity [mS/cm] Temperature [degrees C] Salinity

Date [YYYY,MM,DD] Time [hh:mm:ss.sss] pval Temperature [degrees C] Dissolved Oxygen Concentration [%] Power voltage [V]

PNG Portable Network Graphics format WAV RIFF waveform Audio Format

Date [YYYY/MM/DD] Time [hh:mm:ss.sss] real N1 N2 N3 N4 N5 N6 p_label (pg) Photo Quantum [umol/m2/s] (micro-mol/m2/sec) v_label (v) Power voltage [V]

date Date [YYYY/MM/DD] time Time [hh:mm:ss.sss] id SATSLF0932 timefield YYYY+day of year (e.g., 2016332 = Nov.27, 2016) nitrate_um Nitrate [umol/L] (micro-mol per litter) nitrate_mg Nitrate [mg/L] (microgram per litter) Error t_lamp t_spec humidity Humidity volt_12 volt_reg volt_main spec_ave dark_ave ch1-226 chksum Checksum

date Date [YYYY/MM/DD] time Time [hh:mm:ss.sss] T01 Temperature at layer 1 T02 Temperature at layer 2 T03 Temperature at layer 3 T04 Temperature at layer 4 T05 Temperature at layer 5 T06 Temperature at layer 6 T07 Temperature at layer 7 T08 Temperature at layer 8 T09 Temperature at layer 9 T10 Temperature at layer 10 T11 Temperature at layer 11 T12 Temperature at layer 12 T13 Temperature at layer 13 T14 Temperature at layer 14 T15 Temperature at layer 15 T16 Temperature at layer 16 T17 Temperature at layer 17 T18 Temperature at layer 18 T19 Temperature at layer 19 T20 Temperature at layer 20 D01 unknown

Date [YYYY/MM/DD] Time [hh:mm:ss.sss] pval Depth [meter] Temperature [degrees C] Power voltage [V]

JPG 画像ファイル（JPEGフォーマット）

institutionCode 調査機関のコード collectionCode コレクションコード catalogNumber カタログ番号 occurrenceID ID occurrenceStatus 生物学的な在/不在 basisOfRecord 記録の原典 eventDate ISO 8601形式の日付時刻 [yyyy-mm-ddThh:mm:ss+|–hh:mm] decimalLatitude 10進表記の緯度 decimalLongitude 10進表記の経度 minimumDepthInMeters 最も浅い水深のメートル表記 maximumDepthInMeters 最も深い水深のメートル表記 label 生物名称もしくは対象物の名称 associatedMedia 画像ファイル名

protein_id jPOST内部のタンパク質ID accession UniProt ID symbol UniProt タンパク質シンボル name タンパク質名 protein_type タンパク質の種類（Leading protein, Spectrum same-set protein Spectrum sub-set protein, Spectrum subsumable protein） pep_count 同定されたペプチドの総数 psm_count peptide specrum match(マススペクトルでマッチしたペプチド)の総数 uniq_pep_count ユニークなペプチドの総数

psm_id jPOST内部のPSM ID sequence ペプチド配列 accession UniProt ID exp_mz 実験により得られたm/z(質量ｍと電荷zの比)値 calc_mz 計算により求められたm/z(質量ｍと電荷zの比)値 charge 電荷 jpost_score jPOSTスコア

psm_id jPOST内部のPSM ID modification 変異の種類 site 変異の場所 position 変異のペプチド配列中の位置

jPOST ID プロジェクトのID PXID ProtemoeXchange (PX)のID Project title プロジェクト名 Keywords キーワード Description 説明 Mode データ分析モード("Complete"または"Partial") PubMed ID(s) 論文を発表した場合は、そのPubMed ID PubMed Info 論文を発表した場合は、その書誌情報 Principal investigator プロジェクトの代表研究者 Created date データの登録日 Announcement date データの公開日 Note 注釈 Contact 連絡先 Revision リビジョン Files 登録したファイルの一覧（簡易検索のみ）

jPOST ID プロジェクトのID File ID ファイルのID File Name ファイル名 Download ダウンロードリンク（簡易検索のみ） FIle size ファイルサイズ Profiles ファイルに含まれるプロファイルの一覧（簡易検索のみ）

jPOST ID プロジェクトのID File ID ファイルのID Profile plex プロファイル名 Sample - ID サンプルのID Sample - Title サンプルの名前 Fractionation - ID 分画のID Fractionation - Title 分画の名前 Enzyme/Mod. - ID 酵素/修飾酵素反応のID Enzyme/Mod. - Title 酵素/修飾酵素反応の名前 MS mode - ID 質量分析モードのID MS mode - Title 質量分析モードの名前

ID サンプルのID Title サンプルの名前 Species 生物種 Tissue 組織 Cell type 細胞のタイプ Disease 疾患 Note コメント

ID 分画のID Title 分画の名前 Subcellular 細胞下の部位 Protein 分画したタンパク質名 Peptide 分画したペプチド名 Note コメント

ID 酵素/修飾酵素反応のID Title 酵素/修飾酵素反応の名前 Enzyme 酵素名 Fixed modification 調製されたタンパク質修飾 Variable modification Fixed modification以外のタンパク質修飾 Taxonomy 生物種 Note コメント

ID 質量分析モードのID Title 質量分析モードの名前 Instrument 質量分析器の名前 Instrument mode 分析モード Purpose 分析の目的 Quantification platform 定量化の手法 Plex プレックス数 Label 質量分析モードのラベル Note コメント

Database Name データベース名 JSNP_SNP：一塩基多型 JSNP_InsDel_IND：挿入／欠失 JSNP_InsDel_MIC：マイクロサテライト JSNP ID JSNP ID IMS-JSTで始まるID：東大医科研・JST由来 ssjで始まるID：理研遺伝子多型研究センターまたは東京女子医科大学由来 Allele Frequency （簡易検索ページのみ）同一JSNP IDのアレル頻度情報へのリンク Screening Information （簡易検索ページのみ）同一JSNP IDの多型探索情報へのリンク Mapping Information （簡易検索ページのみ）同一JSNP IDのマッピング情報へのリンク Integrated List （簡易検索ページのみ）同一JSNP IDの統合リストへのリンク dbSNP ss# dbSNPにおけるss （submitted SNP） number dbSNP rs# dbSNPにおけるrs （reference SNP） number 5' Flanking Sequence 多型の5’側の配列 Observed 実験で得られたアレル 3' Flanking Sequence 多型の３’側の配列 Offset in Flanking Sequence 前後配列上の多型の位置 Total Length トータル配列長 Accession No. 多型探索実験で対象とした配列のアクセション番号 Offset in Record 多型探索実験で対象とした配列上の多型の位置 Comment Type 多型が反復配列中に存在する場合は"1"を、多型の前後配列が反復配列と重複している場合は"2"を表示 Gene Symbol 多型が位置する遺伝子略称 （LocusLink,、GenBank、Unigeneによる） JSNP previous ID 過去のJSNP ID （IMS-JST104817～IMS-JST105472およびIMS-JST075266～IMS-JST075585はIDがssjへ変更されている） JSNP reference ID 参照用JSNP ID （複数のJSNP IDが同一の多型に与えられている場合）

JSNP ID JSNP ID Panel_ID 頻度を調べた日本人集団のID - JBIC-allele - 752 anonymous unrelated Japanese volunteers - RIKEN-allele - 893 anonymous unrelated Japanese volunteers - POP_102 - 144 unrelated Japanese volunteers with rheumatoid arthritis under informed consent - POP_103 - 16 unrelated Japanese volunteers with adult-onset Still's disease under informed consent - POP_104 - 92 healthy unrelated Japanese volunteers under informed consent - RIKEN_japanese_normal_weight - 711 unrelated japanese normal weight volunteers ( body mass index <= 25kg/m2 ) - RIKEN_japanese_obese - 796 unrelated japanese obese patients ( body mass index >= 30kg/m2 ) dbSNP ss# dbSNPにおけるss （submitted SNP） number dbSNP rs# dbSNPにおけるrs （reference SNP） number allele-1 アレル1 allele-2 アレル2 allele-1 frequency アレル1の頻度 allele-2 frequency アレル2の頻度 the number of chromosomes examined 頻度を調べた染色体数（サンプルサイズ）

JSNP ID JSNP ID In Gene 多形探索実験において、多型が位置する遺伝子領域区分 - promoter*1: GenBankエントリ中のアノテーション - promoter*2: GENSCANによる予測 - promoter*3: 推定プロモータ (RefSeqのmRNAレコードの開始位置の1.5kb上流) - CDS*1: GenBankエントリ中のアノテーション - CDS*2: GENSCANによる予測 - CDS*3: cDNAとのホモロジー検索による抽出 - exon*1: GenBankエントリ中のアノテーション（either positively or passively） - exon*3: mRNA/cDNA/Unigeneレコードとのホモロジー検索による抽出 - intron*1: GenBankエントリ中のアノテーションまたはExon*1やCDS*1の間 - intron*2: CDS*2の間 - intron*3: Exon*3やCDS*3の間 - others: 遺伝子の周辺領域 Type 多型の種類 - SNP：一塩基多型 - IND：挿入／欠失 - MIC：マイクロサテライト Frequencies dbSNPにおけるマイナーアレル頻度（複数） [ ]内の値はJSNPのオリジナルアレル頻度 allele 実験で得られたアレル dbSNP ss# dbSNPにおけるss （submitted SNP） number dbSNP rs# dbSNPにおけるrs （reference SNP） number HGVbase-ID HGVbaseにおけるID 5' assay 多型の5’側の配列 3' assay 多型の3’側の配列 Screened Accession 多型探索実験で対象とした配列のアクセション番号 Screened Position 多型探索実験で対象とした配列上の多型の位置 Screened Symbol 多型探索実験で対象とした配列に関連する遺伝子名 Screened OMIM-ID 多型探索実験で対象とした配列に関連するOMIM ID

snp_id JSNP ID snp_type 多型の種類：SNPまたはIND(挿入/欠失) 5_flank_seq 多型の5'側の配列 na_var 塩基多型 3_flank_seq 多型の3'側の配列 for_primer e-PCRにおけるフォワードプライマー塩基配列 back_primer バックワードプライマー塩基配列 product_size PCR産物の配列長 freq_minor JSNPオリジナルのマイナーアレル頻度（-1：頻度情報なし） freq_major JSNPオリジナルのメジャーアレル頻度 chr 多型がマッピングされた染色体番号 chr_start 染色体上の多型の開始位置 chr_end 染色体上の多型の終了位置 chr_direct 染色体に対する前後配列の向き contig_acc 多型がマップされたゲノムコンティグ（RefSeq NT）のアクセッション番号 contig_start ゲノムコンティグ上の多型の開始位置 contig_end ゲノムコンティグ上の多型の終了位置 contig_direct ゲノムコンティグに対する前後配列の向き hit_count ゲノム全体に対して多型をマップできた位置の数 gene_na_acc 多型をマップした遺伝子（RefSeq NM/XM）のアクセション gene_aa_acc 多型をマップした遺伝子（RefSeq NP/XP）のアクセション symbol 多型をマップした遺伝子の略称 locus_id 多型をマップした遺伝子（LocusLink）のID gene_direct 遺伝子の向きに対する前後配列の向き +：同じ場合 -：異なる場合 str_type 多型がマップされた遺伝子構造 CDS、exon、intron、5'-UTR、3'-UTR aa_var アミノ酸残基の変化 codon_var コドンの変化 codon_posi コドン中の多型の位置 dbsnp_rs_id dbSNPにおけるrs (reference SNP) number dbsnp_ss_id dbSNPにおけるss (submitted SNP) number

JSNP ID JSNP ID Chromosome 染色体番号 Location 染色体バンド名 Evidence of Location 染色体バンド名の情報源 - GenBankの "/chromosome" 、"/map" - EntrezGeneの "CHR"、"MAP" - UniGeneの "CHROMOSOME"、"CYTOBAND" In Gene マッピング結果において多型が位置する遺伝子領域区分 - promoter*1: GenBankエントリ中のアノテーション - promoter*2: GENSCANによる予測 - promoter*3: 推定プロモータ (RefSeqのmRNAレコードの開始位置の1.5kb上流) - CDS*1: GenBankエントリ中のアノテーション（either positively or passively） - CDS*2: GENSCANによる予測 - CDS*3: cDNAとのホモロジー検索による抽出 - exon*1: GenBankエントリ中のアノテーション（either positively or passively） - exon*3: mRNA/cDNA/Unigeneレコードとのホモロジー検索による抽出 - intron*1: GenBankエントリ中のアノテーションまたはExon*1やCDS*1の間 - intron*2: CDS*2の間 - intron*3: Exon*3やCDS*3の間 - others: 遺伝子の周辺領域 Type 多型の種類 Frequencies dbSNPにおけるマイナーアレル頻度（複数） [ ]内の値はJSNPのオリジナルアレル頻度 allele アレル塩基配列 dbSNP ss# dbSNPにおけるss (submitted SNP) number dbSNP rs# dbSNPにおけるrs (reference SNP) number HGVBase-ID HGVbaseにおけるID 5' assay 多型の5’側の配列 3' assay 多型の3’側の配列 Mapping Accession マッピングされたRefSeq-Contigアクセション番号(NT) Mapping Position マッピングされたRefSeq-Contigアクセション番号(NT)上の位置 Mapping Symbol マッピングされた多型に関連する遺伝子名 Mapping OMIM-ID マッピングされた多型に関連するOMIM ID Screened Accession 多型探索実験で対象としたGenBank配列アクセション番号 Screened Position 多型探索実験で対象としたGenBank配列上の位置 Screened Symbol 多型探索実験で対象としたGenBank配列に関連する遺伝子名 Screened OMIM-ID 多型探索実験で対象としたGenBank配列に関連するOMIM ID

Accession Number アクセション番号 Clone Name クローン名 Length 配列の長さ (bp) GO check_date InterProScan実行日 GO Iprscan Value InterProScan結果へのリンク GO ID GO ID一覧 NR blast_date BLAST実行日(DB: NCBI-nr) NR value BLAST検索結果概要(DB: NCBI-nr) NR definition 相同な配列のdefinition(DB: NCBI-nr) Drosophila blast_date BLAST実行日(DB: D. melanogasterタンパク質配列) Drosophila value BLAST検索結果概要(DB: D. melanogasterタンパク質配列) Drosophila definition 相同な配列のdefinition(DB: D. melanogasterタンパク質配列) C.elegans blast_date BLAST実行日(DB: C. elegansタンパク質配列) C.elegans value BLAST検索結果概要(DB: C. elegansタンパク質配列) C.elegans definition 相同な配列のdefinition(DB: C. elegansタンパク質配列) Anopheles blast_date BLAST実行日 (DB: A. gambiaeタンパク質配列) Anopheles value BLAST検索結果概要 (DB: A. gambiaeタンパク質配列) Anopheles definition 相同な配列のdefinition (DB: A. gambiaeタンパク質配列) Apis blast_date BLAST実行日(DB: A.melliferaタンパク質配列) Apis value BLAST検索結果概要(DB: A.melliferaタンパク質配列) Apis definition 相同な配列のdefinition(DB: A.melliferaタンパク質配列) Tribolium blast_date BLAST実行日(DB: T. castaneumタンパク質配列) Tribolium value BLAST検索結果概要(DB: T. castaneumタンパク質配列) Tribolium definition 相同な配列のdefinition(DB: T. castaneumタンパク質配列) Cluster Size 同一クラスタに属する配列の数 Rep ID 代表的ESTのアクセション番号 cDNA library name cDNAライブラリ名 Sequence 配列

Rep ID 各クラスタの代表的ESTのアクセション番号 Cluster Size 各クラスタの全クローン件数 an-- an--のクローン件数 bmmt bmmtのクローン件数 bmov bmovのクローン件数 bmte bmteのクローン件数 BmN- BmN-のクローン件数 br-- br--のクローン件数 brP- brP-のクローン件数 brS- brS-のクローン件数 caL- caL-のクローン件数 ce-- ce--のクローン件数 ceN- ceN-のクローン件数 cesb cesbのクローン件数 dpe- dpe-のクローン件数 e100 e100のクローン件数 e4 e4のクローン件数 e96h e96hのクローン件数 epM- epM-のクローン件数 epV3 epV3のクローン件数 F1mg F1mgのクローン件数 famL famLのクローン件数 fbf fbfのクローン件数 fbm fbmのクローン件数 fbpv fbpvのクローン件数 fbS2 fbS2のクローン件数 fcaL fcaLのクローン件数 fcP8 fcP8のクローン件数 fe8d fe8dのクローン件数 ffbm ffbmのクローン件数 FJsb FJsbのクローン件数 fmgV fmgVのクローン件数 fner fnerのクローン件数 ftes ftesのクローン件数 fufe fufeのクローン件数 fwgP fwgPのクローン件数 heS0 heS0のクローン件数 heS3 heS3のクローン件数 J150 J150のクローン件数 JFsb JFsbのクローン件数 maV3 maV3のクローン件数 MFB- MFB-のクローン件数 mg mgのクローン件数 msgV msgVのクローン件数 MSV3 MSV3のクローン件数 mxg- mxg-のクローン件数 n nのクローン件数 Nnor Nnorのクローン件数 NRPG NRPGのクローン件数 NV02 NV02のクローン件数 NV06 NV06のクローン件数 NV12 NV12のクローン件数 ovS0 ovS0のクローン件数 ovS3 ovS3のクローン件数 P5PG P5PGのクローン件数 pg-- pg--のクローン件数 phe- phe-のクローン件数 prgv prgvのクローン件数 prW- prW-のクローン件数 ps4M ps4Mのクローン件数 psV3 psV3のクローン件数 PSV3 PSV3のクローン件数 tesS tesSのクローン件数 tesV tesVのクローン件数 vg4M vg4Mのクローン件数 wd-- wd--のクローン件数 wdV1 wdV1のクローン件数 wdV3 wdV3のクローン件数 ws0 ws0のクローン件数 ws2 ws2のクローン件数 ws3 ws3のクローン件数 wv4 wv4のクローン件数 swa swaのクローン件数 swb swbのクローン件数 swc swcのクローン件数 swd swdのクローン件数 swe sweのクローン件数 swf swfのクローン件数 swg swgのクローン件数 swh swhのクローン件数 swj swjのクローン件数 swk swkのクローン件数 swl swlのクローン件数 swp swpのクローン件数 BmP BmPのクローン件数 L1 L1のクローン件数 L2 L2のクローン件数 L3 L3のクローン件数 L4 L4のクローン件数 L5 L5のクローン件数 L6 L6のクローン件数 L7 L7のクローン件数 L8 L8のクローン件数 L9 L9のクローン件数 L10 L10のクローン件数 L11 L11のクローン件数 L12 L12のクローン件数 L13 L13のクローン件数 L14 L14のクローン件数 L15 L15のクローン件数 L16 L16のクローン件数 Other その他ライブラリのクローン件数

Rep ID 代表的ESTのアクセション番号 ORF Name ORFの名前 Frame フレーム番号 ORF Number ORFの番号 Threshold 配列長（終止コドンを含む）の閾値 Length 配列の長さ (bp) Sequence アミノ酸配列

Rep ID 代表的ESTのアクセション番号 ORF Name ORFの名前 CRC64 各配列におけるCRC64の値 Length 配列の長さ (bp) Analysis 解析プログラム Signature Accession モチーフのaccession Signature Description モチーフのdescription Start location モチーフの開始位置 Stop location モチーフの終了位置 Score 機能部位配列への一致度のE-value Status 機能部位配列との一致状況のステータス (“T”=一致) InterPro accession InterProアノテーションのaccession InterPro description InterProアノテーションのdescription GO terms GOターム

Registered library name 登録されたライブラリ名 Library synonym ライブラリ別名 (オリジナルの名前) Local library name ローカルライブラリ名 Strain/Race 系統 Organ/Tissue 臓器/組織 Developmental stage 発生ステージ Sex 性別 Vector ベクター名 Cloning sites クローニング部位 Sequence direction シークエンス解析を行った方向 Accession number 対応するクローンのアクセション番号 Clone name クローン名の命名規則 Note 注釈

D番号 KEGG DRUGエントリのアクセッション番号。各エントリは化学構造または化学成分を反映しています。 分類 分類 (Mixture, Crude, Formula を区別) 一般名 医薬品の一般名 成分 成分 組成式 医薬品の組成式 質量 医薬品の質量 分子量 医薬品の分子量 構造式 医薬品の構造式（簡易検索画面のみ） 配列 ペプチドやポリケチドのアミノ酸配列 配列のタイプ 配列のタイプ (NRP, PK, Peptide) ソース 原料となる生物種名 [NCBI Taxonomy ID] 上位グループ 医薬品が属するDGroup 注釈１ 我が国の薬効分類番号、WHO の ATC コード、また同一化合物が KEGG COMPOUNDまたはKEGG ENVIRON データベースにある場合はそのC番号またはE番号 効能 薬効その他の生理活性情報 [KEGG DISEASEのH番号] 疾患 医薬品が治療する疾患名 注釈２ コメント (適応症など) ターゲット 医薬品のターゲット（標的）情報 [対応するヒトの遺伝子 と KEGG Orthology 番号] 代謝 薬物代謝酵素、薬物トランスポーターの情報 [遺伝子情報] 相互作用 CYP 誘導・阻害、ゲノムバイオマーカー、その他相互作用分子の情報 リンク 外部データベースへのリンク情報

E番号 KEGG ENVIRONエントリのアクセッション番号 名称 天然物の名称 カテゴリ カテゴリ (生薬、精油、メディカルハーブのいずれか) 成分 成分の名称 [ 成分がKEGG COMPOUNDデータベースにある場合はそのC番号] ソース 原料となる生物種名 [生物のNCBI Taxonomy ID] 注釈１ 同一化合物がKEGG DRUGデータベースにある場合はそのD番号 (簡易検索サイトではリンク） 注釈２ コメント (原料に使用する生物の部位、主要成分、効能など) リンク CAS登録番号

H番号 KEGG DISEASEエントリのアクセッション番号 名称 疾患名、別名を含む (日英) 下位グループ この疾患の下位概念の疾患名 上位グループ この疾患の上位概念の疾患名 [H番号] 概要 疾患の簡単な説明文 カテゴリ 疾患カテゴリ ネットワーク この疾患を含む分子ネットワーク[KEGG NETWORKエントリ番号] 病因遺伝子 既知の病因遺伝子 [KEGG GENESエントリ番号] [KEGG ORTHOLOGYエントリID] 病原体 既知の病原体 (GENOMEまたはVGENOMEにある場合はその名称またはエントリID) 環境要因 既知の環境要因 (KEGG COMPOUNDまたはKEGG DRUGデータベースにある場合はそのC番号またはD番号) 発癌物質 既知の発癌物質 (発癌物質がKEGG COMPOUNDまたはKEGG DRUGデータベースにある場合はそのC番号またはD番号) 治療薬 代表的な治療薬 [KEGG DRUGに存在する場合はD番号] 注釈 コメント (英) リンク 外部データベースへのリンク情報 文献 文献情報

DG番号 KEGG DGROUPエントリのアクセッション番号 分類 分類 ("Chemical"はChemicalグループ、それ以外は医薬品グループ) 名称 Drugグループの名称 ステム 医薬品のステム 構造式 医薬品の構造式（簡易検索画面のみ） メンバー Drugグループに属する医薬品とKEGG DRUGのD番号の一覧 上位グループ このDrugグループの上位にあるグループ 注釈１ WHO の ATC コード 注釈２ コメント（用途など）

N番号 KEGG NETWORKのエントリ番号(Network) 名称 分子ネットワークの名称 定義 分子ネットワークの定義 要素のIDによって表記された定義 上記の定義を要素のIDで表記したもの 上位グループ この分子ネットワークを含むマップ ネットワークのタイプ 分子ネットワークのタイプ 疾患 この分子ネットワークに関連する疾患 [KEGG DISEASEのH番号] 遺伝子 この分子ネットワークに含まれる遺伝子 遺伝子の変異 この分子ネットワークに含まれる遺伝子変異 代謝産物 この分子ネットワークに含まれる代謝産物 阻害因子 この分子ネットワークに含まれる阻害因子 文献 文献情報

nt番号 KEGG NETWORKのエントリ番号(Network Map) 名称 マップの名称 ネットワークマップ名称 ネットワークマップの名称 疾患 この分子ネットワークに関連する疾患 [KEGG DISEASEのH番号] リンク 外部データベースへのリンク情報 メンバー このネットワークマップに含まれる分子ネットワーク[KEGG NETWORKのN番号]

バリアントID KEGG VARIANTのエントリ番号 名称 バリアントの名称 遺伝子 遺伝子名 生物種 生物種 バリエーション バリエーション名と外部データベースへのリンク情報 マップ このバリアントを含む分子ネットワークマップ ネットワーク このバリアントを含む分子ネットワーク 文献 文献情報

ag_id Algae ID (このデータベース独自のID) protein タンパク質名 kegg_id KEGG ID (データなし) ec EC番号 equation 化学反応式 domain 分類 phylum 分類階級（門） order 分類階級（目） family 分類階級（科） reaction_mechanism 反応メカニズム (データなし) pathway パスウェイ情報 (データなし) curator キュレーター species 生物種名 gene 遺伝子名 reference 参考文献 amino_seq_accession アミノ酸配列Accession ID amino_seq アミノ酸配列 dna_seq_accession DNA配列Accession ID dna_seq DNA配列

id 連番 C_ID 代謝物と生物種の対毎に付与されたID 代謝物質名 代謝物の名称 生物活性（機能） 生物活性（機能）情報 生物種 標的となる生物種 論文 参考論文

種名 種名 KNApSAcK Core Link Core System (生物種-代謝物関係データ)へのリンク (簡易検索サイトのみ) 健康・薬用・効能 (英語) 健康・薬用・効能 (英語) 健康・薬用・効能 (日本語) 健康・薬用・効能 (日本語) 書籍 参考文献

C_ID 代謝物と生物種の対毎に付与されたID CAS RN CAS登録番号 Metabolite 代謝物の名称 Molecular Formula 代謝物の組成式 Organism 生物種名 Kingdom 生物種の界名 Family 生物種の科名 Genus 生物種の属名 SMILES 代謝物の組成式をSMILESで表したもの InChI 代謝物の組成式をInChIKeyで表したもの InChIKey 代謝物の組成式をInChIKeyで表したもの Reference 参考 Structural formula 代謝物の組成式画像ファイル名（簡易検索ではサムネイルを表示）

Name 代謝物名称 Formula 組成式 C_ID KNApSAcK ID Function 機能 Target 機能が対象とする生物 Reference 参考文献

id 連番 食べ合わせ判定 食べ合わせ判定（○or×） 食べ合わせ 食べ合わせ食材 効能 食べ合わせによる効能 文献 文献情報

食材名 食材名 学名 学名 効能 効能 機能性天然物 機能性天然物 文献 文献

代謝物名 代謝物和名 英名 代謝物英語名 機能 機能 文献 文献

id 連番 分類 加工食品の種類 製品番号 製品番号 県名 製品が生産されている県名 市区町村名 製品が生産されている市区町村名 製品名 加工食品の製品名 食材 製品に含まれる食材名 オントロジー 食材用語 学名 オントロジーの学名 科名 オントロジーの科名 界名 オントロジーの界名 製造者 製品の製造者 販売者 製品の販売者

Company or Reference 企業名或いは文献 Jamu Name ジャムのブランド名称 Jamu Effect 効能 Jamu Effect Group 効能グループ Ingredient Herbs ジャムに配合されたハーブの名称 Jamu Source ジャムの情報元

Herb Name ハーブ名 Herb Name (Indonesia) ハーブ名（インドネシア） Herb Name (English/Chinese) ハーブ名（英語、中国語） Position of Plants 植物の部位 Effect 効能 Comment その他記述 Reference 文献 Scientific Names 学名

漢方名[Kampo Name] 漢方の名称 (漢字) 漢方名[Rome] 漢方の名称 (ローマ字) 漢方名[Kana] 漢方の名称 (かな) 文献[Reference] 参考文献 生薬名[Herb Name] 生薬の名称 書籍 書籍

生薬名 (漢字) 生薬の名称 (漢字) 生薬名 (カナ) 生薬の名称 (カナ) 慣用名 慣用の名称 (英語) 学名 学名 文献[Reference] 参考文献 効能[Effect] 効能 効能グループ[EffectGroup] 効能グループ その他[Note] その他記載

大分類 生物種の大分類 種名 生物種の名称 学名 (一般名) 生物種の学名 (一般) 科名 生物種の科名 原産 原産 日本伝来 日本伝来 概説 概説 食用 食用 健康促進・薬用 健康促進・薬用 一般文献 一般文献 加工品 加工品 画像 画像へのリンク (簡易検索サイトのみ)

Index イオンID Metal 金属名 Protein Name タンパク質名 SCOP ID SCOP-ID Metal Ion 金属イオン Residues 金属が結合するアミノ酸残基 PDB ID PDB-ID PDB Files PDBファイル数 PDB Sites PDBサイト数 EC EC番号 Remark 備考

krid 反応ID enzyme 酵素名 kegg id KEGG番号 ec EC番号 equation 反応 C-class 代謝物分類-1 C-subclass 代謝物分類-2 final product 最終生成物 eclass 酵素分類 reaction_mechanism 反応メカニズム pathway 反応経路図

krid 反応ID speceis 生物種 gene_name 遺伝子名 reference 文献 amino_seq アミノ酸配列 accession Accession No.

国名 国名（日本語） 国名(正式) 国名（正式：英語） 国名(略式) 国名（略式：英語） 国番号 国番号 地域 地域 Species Name 生物種名 Purpose 目的 Reference 文献

Category データのカテゴリ Title データのタイトル Description データの説明 Sequence data file fastaファイルのデータファイル名 Data file (CSV) CSVファイルのデータファイル名 Data file (TogoDB) 簡易検索サイト(TogoDB)のテーブル名

ACCESSION_NO KOMEに掲載されている全完全長cDNAクローンは日本DNAデータバンク(DDBJ)に登録されている。 この項目はDDBJにおける該当クローンのアクセッション番号を示している。 CLONE_ID 完全長cDNAクローン１つ１つに固有のID BELONG 完全長cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 CLUSTER_ID 完全長のクラスターＩＤ。 完全長クローン同士でBlastnを実行した時に閾値1e-180以下で相同性が認められるものを同一クラスターとしている。 Cluster IDはその通し番号である。 LENGTH 完全長cDNAの塩基配列数 POLYA_CUT_LENGTH ポリA領域なしの完全長cDNAの塩基配列数 SEQ_QUALITY 完全長cDNAの配列中に含まれるＮ以外の割合 POLYA_CUT_SEQ_QUALITY ポリA領域なしの完全長cDNAの配列中に含まれるＮ以外の割合 SEQ_ACCURACY 完全長cDNAのシークエンスの精度情報。 シークエンス時の塩基毎の解読精度の平均値を算出している。 LIBRARY 該当クローンを抽出する時に用いられたライブラリーの情報。 そのライブラリを作成した試料の器官、処理条件等について記述されている。

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BAC_ACCESSION_NO マッピングされたBACのアクセッション番号 CHROMOSOME マッピングされたBACの染色体番号 BAC_START_POS BAC上のアラインメント開始位置 BAC_END_POS BAC上のアラインメント終端位置 CDNA_START_POS cDNA上のアラインメント開始位置 CDNA_END_POS cDNA上のアラインメント終端位置 STRAND マッピングされたcDNAストランドの向き TU_ID マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BAC_ACCESSION_NO マッピングされたBACのアクセッション番号 CHROMOSOME マッピングされたBACの染色体番号 BAC_START_POS BAC上のエキソン開始位置 BAC_END_POS BAC上のエキソン終端位置 CDNA_START_POS cDNA上のエキソン開始位置 CDNA_END_POS cDNA上のエキソン終端位置 STRAND マッピングされたcDNAストランドの向き TU_ID マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 HIT_NUMBER cDNAクローンのマッピングサイト数 PSEUDOMOLECULE マッピングされたpseudomoleculeの名称 CHROMOSOME マッピングされたpseudomoleculeの染色体番号 CHR_START_POS pseudomolecule上のアラインメント開始位置 CHR_END_POS pseudomolecule上のアラインメント終端位置 CDNA_START_POS cDNA上のアラインメント開始位置 CDNA_END_POS cDNA上のアラインメント終端位置 STRAND マッピングされたcDNAストランドの向き TU_ID マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 HIT_NUMBER cDNAクローンのマッピングサイト数 PSEUDOMOLECULE マッピングされたpseudomoleculeのアクセッション番号 CHROMOSOME マッピングされたpseudomoleculeの染色体番号 CHR_START_POS pseudomolecule上のエキソン開始位置 CHR_END_POS pseudomolecule上のエキソン終端位置 CDNA_START_POS cDNA上のエキソン開始位置 CDNA_END_POS cDNA上のエキソン終端位置 STRAND マッピングされたcDNAストランドの向き TU_ID マッピングされたTU(Transcriptional Unit)のID

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blast検索結果の順位 ACCESSION GenBankエントリのアクセッション番号 DEFINITION GenBankクローンの定義 DIVISION GenBankのディビジョン SCORE blastn検索のスコア EXPECT blastn検索の期待値 IDENTITIES 配列の同一性 STRAND1_1 データベース配列のストランドの向き（常にPlus） STRAND1_2 クエリ配列のストランドの向き

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blast検索結果の順位 ACCESSION GenBankエントリのアクセッション番号 DEFINITION GenBankクローンの定義 DIVISION GenBankのディビジョン SCORE blastx検索のスコア EXPECT blastx検索の期待値 IDENTITIES 配列の同一性 FRAME 完全長cDNAクローンの翻訳されたフレーム

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BLAST_TYPE Blastのタイプ (blastnまたはblastx) HIT_ACCESSION GenBankエントリのアクセッション番号 DIVISION GenBankのディビジョン DEFINITION GenBankクローンの定義 RANK blast検索結果の順位 SCORE blastn/x検索のスコア EXPECT blastn/x検索の期待値

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BLAST_TYPE Blastのタイプ (blastnまたはblastx) HIT_ACCESSION GenBankエントリのアクセッション番号 DIVISION GenBankのディビジョン DEFINITION GenBankクローンの定義 RANK blast検索結果の順位 SCORE blastn/x検索のスコア EXPECT blastn/x検索の期待値

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BAC_ACCESSION_NO GenBankエントリのアクセッション番号 DEFINITION GenBankエントリの定義 EXPECT blastn検索の期待値 SCORE blastn検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 INDICA_ACCESSION GenBankエントリのアクセッション番号 DEFINITION GenBankエントリの定義 EXPECT blastn検索の期待値 SCORE blastn検索のスコア STRAND cDNAストランドの向き

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 ARRAY_ELEMENT G-Arrayプローブのエレメント PROBE_ACCESSION G-Arrayプローブのアクセッション番号 PROBE_CLONE_NAME G-Arrayプローブのクローン名 EXPECT blastn検索の期待値 SCORE blastn検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 FULL_CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 TOS_NAME Tos17クローン名 BAC_ACCESSION_NO マッピングされたBACのアクセッション番号 TOS_INSERT_POSITION BAC上のTos17クローンの挿入位置 cDNA_START_POSITION cDNA上のTos17クローンの開始位置 cDNA_END_POSITION cDNA上のTos17クローンの終端位置

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 HIT_NO sigscan検索の順位 SIGNAL_NAME シグナルエレメントの名称 SIGNAL_TYPE シグナルのタイプ LOCATION シグナルの位置 STRAND クエリcDNA配列のストランドの向き SIGNAL_SEQ シグナル配列 SIGNAL_ID PLACEのシグナルエレメントID

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 FRAME_NO フレーム番号 START_POSITION 最長のORFの開始位置 STOP_POSITION 最長のORFの終端位置 LENGTH 最長のORFの長さ OCCUPATION 完全長cDNAの塩基配列上の占有率

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 MIPS_CODE Arabidopsis thalianaのMIPSコード DEFINITION Arabidopsis thalianaのCDSの定義 EXPECT blastp検索の期待値 SCORE blastp検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blast検索結果の順位 PIR_ACCESSION PIRタンパク質データベースでのアクセッション番号 DEFINITION PIRタンパク質の定義 EXPECT blastx検索の期待値 SCORE blastx検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blast検索結果の順位 DEFINITION SwissProtタンパク質の定義 ENTRY_NAME SwissProtタンパク質の名称 EXPECT blastx検索の期待値 SCORE blastx検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blast検索結果の順位 UNIPROT ID Uniprot ID DEFINITION Uniprotタンパク質の定義 EXPECT blastx検索の期待値 SCORE blastx検索のスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 INTERPRO_ID InterProでのモチーフのID INTERPRO_NAME InterProでのモチーフの名称 METHOD モチーフ検索プログラム ACCESSION_ID モチーフのアクセッション番号 SHORT_NAME モチーフの短い名称 LOCATION モチーフの位置 EXPECT InterPro検索結果の期待値

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK blocks検索結果の順位 ACCESSION blocksモチーフのアクセッション番号 DESCRIPTION blocksモチーフの説明 STRENGTH blimps検索の強度 SCORE blimps検索のスコア RF Reading Frame （アミノ酸配列のため常に0） POSITION モチーフの位置 MOTIF_SEQ blocksモチーフのアミノ酸配列 MOTIF_LENGTH blocksモチーフのアミノ酸の長さ

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 GO_ACCESSION 遺伝子オントロジーのアクセッション番号

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 GO_ACCESSION 遺伝子オントロジーのアクセッション番号

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 GO_ACCESSION 遺伝子オントロジーのアクセッション番号

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 COUNT 膜貫通領域の数 WAY 5 '末端の向き

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RANK PSORT予測の順位 TARGET シグナルのターゲットとなる細胞小器官 CERTAINTY PSORT予測の確実性 SCORE WoLF PSORTのスコア

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 RPD_ID 完全長cDNAクローンに対応するイネプロテオームデータベースにおけるタンパク質のID SCORE blastn検索のスコア COVERAGE タンパク質のカバレッジ

ACCESSION 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_ID 完全長cDNAクローンのID CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 CLUSTER_ID クラスターID BELONG cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） SEQUENCE 塩基配列

ACCESSION_NO 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 BELONG cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） SEQ_DATA トリミング後の配列データ TRIM_TOP 元の配列にトリミングした後の開始位置 TRIM_END 元の配列にトリミングした後の終端位置 TRIM_LENGTH トリミング後の配列の長さ

ACCESSION 完全長cDNAクローンのアクセッション番号 CLONE_ID 完全長cDNAのID CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 CLUSTER_ID クラスターID BELONG 完全長cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS） SEQUENCE アミノ酸配列

CLONE_NAME 完全長cDNAクローンの名称 3'EST_NAME 3 'ESTの名称 5'EST_NAME 5 'ESTの名称

3'EST_NAME 3 'ESTの名称 SEQUENCE 3 'ESTの配列

5'EST_NAME 5 'ESTの名称 SEQUENCE 5 'ESTの配列

mAb Name モノクローナル抗体 Representative image 代表的な免疫染色顕微鏡画像。TogoDBでは画像が表示され、ダウンロードデータでは画像ファイル名となる。 Localization 局在 Green Costaining DAPI（DNAを染色）またはMH27（上皮の細胞間接着を染色）による同時染色（緑色） Isotype アイソタイプ Images 胚発生過程各時期の免疫染色顕微鏡画像。HTML形式の表で記述される。

id ID sui Unique identifier for string cui suiに対するUnique identifier for concept resolved_by_synonym_occurrence_count 同一文献中に同義語が出現したことにより、このcuiを割り当てることができた回数 major このsuiに対するcuiは、resolved_by_synonym_occurrence_countが最大のものかどうかを示すフラグ。すなわち、この多義語に対してコンセプトが全文献中において、最もメジャーがどうかを示している。

id ID sui Unique identifier for string method 方法のフラグ（r:ルールにより設定した（n文字以下など）、f:フラグにより設定した（ストリングのリストなど）） date タイムスタンプ

str_idx_id string_indexテーブルの主キー cui Unique Identifier for concept ambiguous このインデックスに多義語ストリングが位置しているかどうか acrotagger_solve_status http://www.ebi.ac.uk/Rebholz/software.htmlで紹介されているAcroTaggerというツールを適用した結果。結局AcrotaggerはLEGENDAに導入されていないため、空欄である。 legenda_solve_status 0: 多義語でない、1: 文脈により多義語を解決した 2: 多義語を最もメジャーなコンセプトに倒した、3: カウントが0のためメジャーなコンセプトか判断ができなかったが、１つのコンセプトに倒した

id ID cui1 Unique identifier for concept 1 cui2 Unique identifier for concept 2 max_before_first_occurrence_rec_cooccurence Max(Af、Bf)の値 total_rec_count Tabの値 probability Pabの値 mim 2つの確率変数の相互依存の尺度（Mutual Information Measure(equation(1)におけるPab/(Pa * Pb)の値)

id ID cui Unique identifier for concept before_first_occurrence_rec_count Af、Bfの値 total_rec_count Ta、Tbの値 probability Pa、Pbの値

id ID cui Unique identifier for concept dictionary_category_id 1:遺伝子、2:疾患、4:遺伝子機能、5:物質

id ID sui1 Unique identifier for string 1 cui1 Unique identifier for concept 1 sui2 Unique identifier for string 2 cui2 Unique identifier for concept 2 num_coocs 文共起の件数 num_docs 文共起が存在する文献の件数

id ID name カテゴリ名

id ID string_index_id1 string_index用キーid sui1 Unique identifier for string 1 cui1 Unique identifier for concept 1 string_index_id2 string_index用キーid sui2 Unique identifier for string 2 cui2 Unique identifier for concept 2

id ID cui1 Unique Identifier for concept 1 cui2 Unique Identifier for concept 2 mim cui1、cui2に関するMIMスコア num_coocs 文共起の件数 num_docs cui1とcui2のペアによる文共起が存在する文献の件数

id ID pmid PubMed ID xml MEDLINEのPubDateタグ内の出版年情報(XML形式)

id ID pmid PubMed ID pubdate MEDLINEのPubDateタグ内の出版年情報(Date型)

id ID cui Unique identifier for concept lat Language of term ts conceptの中の代表termかどうかを示すTerm status lui Unique identifier for term stt termの中の代表stringかどうかを示すString type sui Unique identifier for string str String lrl cui,suiでMRSOを引いた時に最も低いcrlの値であるLeast restriction level

id ID cui Unique identifier of concept lui Unique identifier of term sui Unique identifier of string sab Abbreviated source name for source vocabulary (由来するDBの略称) tty Abbreviated for term type name in source vocabulary（termの分野の略称） code Unique identifier or code for string in that source（由来するDB内でのID） srl Source restriction level（由来するDBのデータライセンスレベル）

id ID str_idx_id string_indexテーブルの主キー category NERツールで対象とした辞書カテゴリID ner 対象とするstring_indexを辞書カテゴリIDに対応するNamed Entityとして認識できるか否かを示すフラグ（0：認識できない、1：認識できる）

id ID disease_cui 疾患のcui disease_name 疾患名 mim_number 疾患に対応するOMIMのID gene_id 遺伝子に対応するEntrezGeneのGene ID gene_name 遺伝子名

id ID pmid sui(Unique Identifier for string)が出現しているPubMed ID sen_id suiが出現しているセンテンスID(0=タイトル、1=アブストラクトの一文目) index_start pmid、sen_id中のsuiに対応するストリングの出現開始位置（0始まり） index_end pmid、sen_id中のsuiに対応するストリングの出現修了位置 sui インデックスされているストリングに対応するsui

id ID sui Unique Identifier for string method 判断方法（r:ルールにより設定した（n文字以下など）、f:フラグにより設定した（ストリングのリストなど）） date タイムスタンプ

id ID sui Unique identifier for string method 判断方法（r:ルールにより設定した（n文字以下など）、f:フラグにより設定した（ストリングのリストなど）） date タイムスタンプ

LIGANDBOX_ID LigandBox内のID SINGLE single conformerとして抽出された場合は"true"そうでなければ"false" SOURCE データ提供元 SOURCE_ID データ提供元におけるID MOLECULAR_FORMULA 分子式 MOLECULAR_WEIGHT 分子量 MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷 NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数 NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数 NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数 TPSA トポロジカル極性表面積 HOMO 最高被占軌道エネルギー値 LUMO 最低空軌道エネルギー値 LOGP 分配係数 LOGS 水に対する溶解度 MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL

LIGANDBOX_ID LigandBox内のID SINGLE single conformerとして抽出された場合は"TRUE"そうでなければ"FALSE" SOURCE データ提供元 SOURCE_ID データ提供元におけるID MOLECULAR_FORMULA 分子式 MOLECULAR_WEIGHT 分子量 MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷 NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数 NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数 NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数 TPSA トポロジカル極性表面積 HOMO 最高被占軌道エネルギー値 LUMO 最低空軌道エネルギー値 LOGP 分配係数 LOGS 水に対する溶解度 MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL

LIGANDBOX_ID LigandBox内のID SINGLE single conformerとして抽出された場合は"true"そうでなければ"false" SOURCE データ提供元 SOURCE_ID データ提供元におけるID MOLECULAR_FORMULA 分子式 MOLECULAR_WEIGHT 分子量 MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷 NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数 NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数 NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数 TPSA トポロジカル極性表面積 HOMO 最高被占軌道エネルギー値 LUMO 最低空軌道エネルギー値 LOGP 分配係数 LOGS 水に対する溶解度 MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL

LIGANDBOX_ID LigandBox内のID SINGLE single conformerとして抽出された場合は"TRUE"そうでなければ"FALSE" SOURCE データ提供元 SOURCE_ID データ提供元におけるID MOLECULAR_FORMULA 分子式 MOLECULAR_WEIGHT 分子量 MOLECULAR_CHARGE 分子総電荷 NUM_OF_DONOR 水素結合ドナー原子数 NUM_OF_ACCEPTOR 水素結合アクセプタ原子数 NUM_OF_CHIRAL_ATOMS 光学活性中心原子数 TPSA トポロジカル極性表面積 HOMO 最高被占軌道エネルギー値 LUMO 最低空軌道エネルギー値 LOGP 分配係数 LOGS 水に対する溶解度 MOL2_FILE 当該エントリのmol2ファイルのURL

Accession GenBank Accession。TogoDB版のみに、NCBI dbESTへのリンク。 Clone ID クローンID EST Type ESTの種類。5'、 3'、iwate、 kagawaの4種。 Sequence EST配列

Contig ID コンティグのID EST ID このコンティグを構成するESTのID群。TogoDB版では、ESTのID群のテーブルへのリンク Swiss-Prot Swiss-Protに対するblastxによる相同性検索のトップヒット Swiss-Prot ID 上記のエントリのアクセッション番号。TogoDB版では、UniProtへのリンク KEGG GENES KEGG GENESに対する相同性検索のトップヒット KEGG GENES ID KEGG GENESに対する相同性検索のトップヒットのID。TogoDB版では、KEGG GENESへのリンク Ciona JGI-Cionaに対する相同性検索のトップヒット Ciona ID JGI-Cionaに対する相同性検索のトップヒットのID。TogoDB版では、JGIへのリンク。 KEGG Orthology 関連するKEGG OrthologyのEntryとName KEGG Orthology ID 関連するKEGG OrthologyのEntry。TogoDB版では、KEGG Orhologyのリンク NT sequence コンセンサス塩基配列 Length of NT sequence 塩基配列の長さ AA sequence コンセンサス塩基配列から翻訳されたアミノ酸配列 Length of AA sequence アミノ酸配列の長さ

Clone ID クローンのID Stage クローンを得た発生段階 FE：受精卵（fertilized egg） CL：卵割期（cleavage stage） GS：原腸胚（gastrula） NR：神経胚（neurula） Contig ID このクローンのESTが含まれるコンティグのID 5' EST 5'ESTのID 3' EST 3'ESTのID

EST ID ESTのID Contig ID このESTが含まれるコンティグのID Clone ID このESTが得られたクローンのID EST type EST塩基配列の読み取り方向。5'側の場合、5であり、3'側の場合、3となる。 Stage クローンを得た発生段階 FE：受精卵（fertilized egg） CL：卵割期（cleavage stage） GS：原腸胚（gastrula） NR：神経胚（neurula） NT sequence 塩基配列 Length of NT sequence 塩基配列の長さ Comment "Singleton"とある場合、このESTは他のESTとコンティグを形成しないことを示す

id 内部用連番ID accession MassBankレコードID record_title MassBankレコードタイトル name サンプルの名称 date 作成日付 authors 著者名 license データに対するライセンス（Creative Commons） formula 組成式 exact_mass mass解析値 group データ登録機関名

id 内部ID accession 分析毎に付与されたID sample_name 試料名 sample_condition 試料の状態に関する詳細情報 fraction 抽出画分名 instrument 分析機器名 program 解析に使用したプログラム名 method 分析手法の詳細情報 reference 参考文献 author 著者名 author_affiliation 著者所属名 comment コメント end Excelで開いた場合に最終列を示すためのタグ

Collection Name 収録コレクション名 Data Element Public ID Data ElementのＩＤ Data Element Long Name Data Element 名:具体的、または抽象的な事柄について、事実、提案、観測等のような、ある情報に対する表現形式 Data Element Version Data Elementのバージョン Data Element Definition Data Elementの説明 Data Element Begin Date Data Elementの利用開始日付 Data Element Source Data Elementの出典元 Data Element Example Data Elementの使用例 Data Element Comment Data Elementの注釈 Data Element Context Name Data Elementのリソース名 Data Element Context Version Data Elementのリソースのバージョン Object Class Public ID Object ClassのＩＤ Object Class Long Name Object Class 名:データ要素を開発する上で概念に関する情報を維持することを目的とするData Element Conceptのオブジェクト表現 Object Class Version Object Classのバージョン Object Class Definition Object Classの説明 Object Class Context Name Object Classのリソース名 Object Class Concept Name Object Class Concept名 Property Public ID PropertyのＩＤ Property Long Name Property名:データ要素を開発する上で概念に関する情報を維持することを目的とするData Element Conceptのオブジェクト表現の属性情報 Property Version Propertyのバージョン Property Definition Propertyの説明 Property Context Name Propertyのリソース名 Property Concept Name Property Concept名 Value Domain Public ID Value DomainのＩＤ Value Domain Long Name Value Domain名：Data Elementに関する値の表現形式　例(java.lang.String) Value Domain Version Value Domainのバージョン Value Domain Definition Value Domainの説明 Value Domain Type Value Domainのタイプ Value Domain Datatype Value Domainのデータ・タイプ Value Domain Min Length Value Domainの最小長 Value Domain Max Length Value Domainの最大長 Value Domain Min Value Value Domainの最小値 Value Domain Max Value Value Domainの最大値 Value Domain Decimal Place Value Domainの小数点の位置 Value Domain Format Value Domainの形式 Value Domain Unit Of Measure Value Domainの単位 Value Domain Concept Name Value Domain Concept名 Value Meaning_Valid Values Value（値）域で意味のある値：選択可能な値 Document ドキュメント：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Document Name ドキュメント名：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Document Type ドキュメント･タイプ：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Information Resource Name 情報リソース名：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Information Resource ID 情報リソースのID：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Information Resource Type 情報リソース・タイプ：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Information Origin 情報源：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Organization Name 組織名：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Representative Name 代表者名：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Date Of Submission 提出日：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Submitting Organization 提出組織：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Reference Document 参照ドキュメント：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報 Reference Document Org 参照ドキュメントの組織：Data Elementを開発する上での、その他の付随情報

Clone name クローン名 F cluster 5'ESTのクラスター R cluster 3'ESTのクラスター Top blastx blastxのトップヒット Expression Expression Patternにデータが存在する場合、クローン名が表示される。TogoDB版では、Expression Patternへのリンク Link to UniGene クローン名。TogoDB版では、UniGeneへのリンク 5' sequence 5'ESTの塩基配列 Link to dbEST(5' seq) クローン名。TogoDB版では、5'ESTのNCBI dbESTへのリンク 3' sequence 3'ESTの塩基配列 Link to dbEST(3' seq) クローン名。TogoDB版では、3'ESTのNCBI dbESTへのリンク

Clone name クローン名 Value blastx結果のE-value Score blastx結果のスコア Hit blastxによってヒットしたタンパク質の由来データベース名、ID、アノテーション。

Clone name クローン名 Image 画像ファイル名。TogoDBでは、画像が表示される。 Expression Pattern 局在部位 Stage 発生段階 Top blastx blastxのトップヒット。TogoDB版では、cDNAクローン毎のホモロジー検索(blastx)結果ヘのリンク。

Library ライブラリ名 RNA source RNAを取得したメダカの系統、発生段階、使用部位の情報 Vector ベクター名 Cloning site クローニングに用いた制限酵素 Library size ライブラリのサイズ

LG 連鎖群（Linkage Group、染色体) Gene Name (EST) 遺伝子名またはEST名 Forward Primer 順方向プライマー配列 Reverse Primer 逆方向プライマー配列 Small Gel Image ゲル画像（小）とその注釈（系統名、染色体上の位置） Large Gel Image ゲル画像（大）

Rcluster 3' ESTの配列のクラスター名 Clone クローン名 Blastx クローンのblastxでのトップヒットの配列のアノテーション

Clone name クローン名 Library ライブラリー名 5' end seq. ID 5'末端の配列ID Acc. of 5' end 5'末端の配列のアクセション番号 Tissue cluster of 5' end 5'末端の配列の組織別クラスターID Merge cluster of 5' end 5'末端の配列のマージクラスターID Homology of 5' end 5'末端のホモロジー検索結果 Score of 5' end 上記ホモロジー検索のスコア E-value of 5' end 上記ホモロジー検索のE-value 3' end seq. ID 3'末端の配列ID Acc. of 3' end 3'末端の配列のアクセション番号 Tssue cluster of 3' end 3'末端の配列の組織別クラスターID Merge cluster of 3' end 3'末端の配列のマージクラスターID Homology of 3' end 3'末端のホモロジー検索結果 Score of 3' end 上記ホモロジー検索のスコア E-value of 3' end 上記ホモロジー検索のE-value Full length seq. ID 完全長配列のID (へのリンク）

Cluster マージクラスターID olea (embryo ST22) 胚 (ST22)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク oleb (embryo ST35) 胚 (ST35)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olec (embryo ST40) 稚魚 (ST40)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olvl (male liver) 雄肝臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olli (female liver) 雌肝臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olbr (brain) 脳由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olgi (gill) 鰓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olki (kidney) 腎臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olsp (spleen) 脾臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olte (testis) 精巣由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク olova (ovary) 卵巣由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク Homology クラスター内の代表配列に対するホモロジー検索結果

Full length seq. ID 完全長配列のID Library ライブラリー名 (各ライブラリ名の略称についてはMerge cluster listを参照） Homology ホモロジー検索結果 Score 上記ホモロジー検索のスコア E-value 上記ホモロジー検索のE-value

Sample Set ID サンプルセットID Title サンプルセット名 Description サンプルセット情報の詳細 実験の目的、サンプル間の関連性など、データを解釈する上での重要な概念を記述する。 Authors 著者 Reference 関連する文献情報 Comment コメント Experimental Conditions Experimental Conditionsへのリンク (簡易検索ページのみ)

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Sample ID サンプルID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Title サンプル名 Organism - Scientific Name 生物　（学術名） Organism - ID 生物　（TaxonomyID) Compound - ID 化合物ID Compound - Source 試薬入手情報 Preparation 生育方法、特定の処理、サンプリング部位、サンプリング方法、試薬の調製法等 Comment コメント Analytical Method IDs Analytical Method (M)へのリンク (簡易検索ページのみ)

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"Sample ID"も含めて"ID"に統合) Analytical Method ID 分析方法ID (簡易検索ページでは"Sample ID"も含めて"ID"に統合) Title 分析名 Analytical Method Details ID 適用した分析詳細情報のID (簡易検索ページでは"Sample Set ID"も含める) Sample Amount 使用したサンプル量 他サンプルとの比較のために、定量データをノーマライズするのに必要な情報 Comment コメント Data Analysis IDs Data Analysis (D)へのリンク (簡易検索ページのみ)

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"Sample ID"と"Analytical Method ID"も含めて"ID"に統合) Data Analysis ID データ解析方法ID (簡易検索ページでは"Sample ID"と"Analytical Method ID"も含めて"ID"に統合) Title データ解析方法名 Data Analysis Details ID データ解析方法詳細情報のID (簡易検索ページでは"Sample Set ID"も含める) Recommended decimal places of mass 有効数字桁数 Comment コメント

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Analytical Method Details ID 分析詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Title 分析手法名 Instrument 機器の名前とベンダー名 Instrument Type 機器の種類 Ionization Method イオン化方法 Ion Mode ポジティブ分析、ネガティブ分析の区別 Description 分析方法の詳細 サンプルに依存する情報以外の、分析機器、条件の詳細をすべて記述する。 Comment_of_details コメント

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Data Analysis Details ID データ解析手法詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Title 解析手法の詳細情報名 Description 解析手法の詳細 使ったソフトウェア、そこで採用したパラメーター等、データ解析法の詳細をすべて記述する。 Comment_of_details コメント

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Annotation Method Details ID アノテーション方法ID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Title アノテーション方法名 Description アノテーションの詳細 どのような判断基準でアノテーションを付けたか。 Comment_of_details コメント

Sample Set ID サンプルセットID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Sample Preparation ID サンプル調製方法の詳細情報のID (簡易検索ページでは"ID"に統合) Title サンプル調製方法名 Description サンプル調製方法の詳細 生体サンプルであれば成育・栽培・培養方法や、薬剤処理などの詳細を記述する。分析手法に依存する化合物抽出方法などは、ここではなくMSに記載する。 Comment_of_details コメント