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生命科学系データベースアーカイブ

SSBD

データベースの説明

データベース全般

info 名称 SSBD
info 名称の読み方 エスエスビーディー
info 別名 生命動態システム科学の統合データベース
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
遠里 由佳子
作成者英名:
Yukako Tohsato
作成者所属:
理化学研究所 生命システム研究センター 発生動態研究チーム
作成者の文献検索:
作成者氏名:
ホー ケネス
作成者英名:
Kenneth H. L. Ho
作成者所属:
理化学研究所 生命システム研究センター 発生動態研究チーム
作成者氏名:
京田 耕司
作成者英名:
Koji Kyoda
作成者所属:
理化学研究所 生命システム研究センター 発生動態研究チーム
作成者氏名:
大浪 修一*
作成者英名:
Shuichi Onami
作成者所属:
理化学研究所 生命システム研究センター 発生動態研究チーム
作成者の文献検索:
info 連絡先 

〒650-0047 神戸市中央区港島南町2-2-3
理化学研究所 生命システム研究センター
大浪 修一
E-mail: ssbd address

info データベース分類 その他の分子生物学データベース
info データベース分類 動態データベース
info 生物種 
生物種名:
Mus musculus
Taxonomy ID:
生物種名:
Zebrafish
Taxonomy ID:
生物種名:
Drosophila melanogaster
Taxonomy ID:
生物種名:
Caenorhabditis elegans
Taxonomy ID:
生物種名:
Escherichia coli
Taxonomy ID:
info データベースの説明 

顕微鏡を活用した計測や数理モデリングで得られる時空間情報を数値として有する定量データのデータベースです。さまざまな生物の分子や細胞、個体の動態の定量データを収集・公開しており、格納されているデータはブラウザ上で 多次元表示することができます。

info データベースの特長・有用性・活用方法 

定量データとそのメタ情報はBiological Dynamics Markup Language（BDML）形式のファイルとしてダウンロードできます。RESTful APIを介してSSBDの定量データを解析するクライアントアプリケーションを、プログラミング言語やプラットフォームに制限されることなく 開発できます。さらには、定量データを可視化・解析するためのソフトウェアや、定量データの元となる動画像もダウンロードできます。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 

ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム
(H24-26年度)「生命動態システム科学のデータベースの統合化」

info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
ライフサイエンスデータベース統合推進事業 統合化推進プログラム (H24-26年度)「生命動態システム科学のデータベースの統合化」
info 論文等 
文献名:
Biological Dynamics Markup Language (BDML): an open format for representing quantitative biological dynamics data
著者名:
Koji Kyoda, Yukako Tohsato, Kenneth H. L. Ho, Shuichi Onami
雑誌名/掲載年月/号:
Bioinformatics/2015年4月/Volume 31, Issue 7
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

国立研究開発法人 理化学研究所

info オリジナルサイト 
info 運用開始年月日 2013/9/3
info 最終更新年月日 2014/11/20
info 統括サイト -
info データの一括ダウンロードサイト -
info 参照先データベース 

Ensembl, WormBase, PubMed

info 一覧表示 無し
info クエリ検索 有り
info Webサービス 有り
info WebサービスURL 
info ユーザ登録 無し