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データのメタデータ一覧

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データ名 ⇅	データベース名 ⇅	DOI ⇅	説明 ⇅	データファイル ⇅	簡易検索URL ⇅	データ取得方法 ⇅	解析方法 ⇅	データ件数 ⇅	データ詳細
I・M・A・G・Eデータ	DNA ProbeLocator	10.18908/lsdba.nbdc01077-005	I.M.A.G.E コンソーシアムの cDNA 配列について、H-InvDB のユニークな転写物にマップした結果のリスト	dnaprobelocator_image.zip (689MB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dnaprobelocator_image	I.M.A.G.E. Consortiumより取得	遺伝子・転写物との対応関係をマッピング処理にて取得	1,673,144件	データ詳細 open_in_full
Locuslinkデータ	DNA ProbeLocator	10.18908/lsdba.nbdc01077-006	遺伝子座に関するアノテーション情報ただし、chrが「_random」を含むエントリは、各座標に関して注意が必要である。 UCSCの「_random」を含むゲノム配列の構成は、染色体中の位置が未確定のセグメントを 50,000bpのスペーサーで挟んで１本に繋いだものとなっている（ http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download9, http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download10 ）。このゲノム配列にHIT転写物がマッピングされているので、以下の座標表記となっている。 h_*：各セグメント上の座標を示す。セグメントの区別は記載なし。なお同一転写物のexonが異なるセグメントにマッピングされているケースもある。	dnaprobelocator_locuslink.zip (2.5MB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dnaprobelocator_locuslink	H-Invitational DBから取得	-	35,005件	データ詳細 open_in_full
Refgene_exonデータ	DNA ProbeLocator	10.18908/lsdba.nbdc01077-007	H-Invitational transcript ID (HIT) に関するアノテーション情報ただし、chrが「_random」を含むエントリは、各座標に関して注意が必要である。 UCSCの「_random」を含むゲノム配列の構成は、染色体中の位置が未確定のセグメントを 50,000bpのスペーサーで挟んで１本に繋いだものとなっている（ http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download9, http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download10 ）。このゲノム配列にHIT転写物がマッピングされているので、以下の座標表記となっている。 a_：各セグメント上の座標を示す。セグメントの区別は記載なし。 cds_、e_*：セグメントを50,000bpのスペーサーを挟みつつ１本に繋いだ上での座標。なお同一転写物のexonが異なるセグメントにマッピングされているケースもある。	dnaprobelocator_refgene_exon.zip (19.1MB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dnaprobelocator_refgene_exon	H-Invitational DBから取得	-	167,564件	データ詳細 open_in_full
SNPデータ	DNA ProbeLocator	10.18908/lsdba.nbdc01077-008	各染色体上のSNPの座標やアリルタイプの情報	dnaprobelocator_snp.zip (93.8MB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dnaprobelocator_snp	H-Invitational DBからデータを取得	-	10,170,122件	データ詳細 open_in_full
DGGE	eDDASs	10.18908/lsdba.nbdc01572-002.V003	DGGEによる土壌微生物相の分析結果。ただし表示の便宜のため、Soilの大半の項目を含む。	eddass_dgge.zip (361 KB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/eddass_dgge	各農耕地土壌から抽出されたDNAの微生物群集解析をPCR-DGGE法によって行った詳しくは標準マニュアル(http://www.niaes.affrc.go.jp/project/edna/edna_jp/manual_pdf.html)を参照	・DGGEゲル画像はGelCompar II ver. 5.1 (Applied Math, Kortrijk, Belgium) で解析された・各多様性指数は標準化されたDGGEゲル画像のバンド情報から算出された	6,759 件	データ詳細 open_in_full
データ名	データベース名	DOI	説明	データファイル	簡易検索URL	データ取得方法	解析方法	データ件数	データ詳細