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データのメタデータ一覧
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データ名 データベース名 DOI 説明 データファイル 簡易検索URL データ取得方法 解析方法 データ件数 データ詳細
遺伝子名称シソーラス 遺伝子名称シソーラス 10.18908/lsdba.nbdc00966-001

さまざまなデータベースや論文で利用されている表記を専門的キュレータが編集して、 遺伝子が持つ多様な表記のあいだの関係を明かにした遺伝子名シソーラス

dictionary.zip
(4.6MB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/lsdb_gene_thesaurus

Entrez Gene, Swiss-Prot, HGNCの各データベースより遺伝子の別名について記載している部分を抽出

1.さまざまな遺伝子・ゲノムデータベースのエリアス(同義語)情報から遺伝子名を網羅的に収集する。
2. 生物学の知識を持つキュレータにより名称が指す遺伝子の同一関係を確認しグループ化、対応関係に混乱を生じる不適切名称(多義語 異なる遺伝子のアクロニムなど)を削除。
3. 文献データベースMEDLINE抄録から遺伝子を指す用語を拾い未登録の名称を収集する。
4. 辞書の遺伝子名検出性能を評価する。
5. 検出できなかった用語を辞書に付加し、別の文献セットで4-5を繰り返す。

遺伝子ファミリ 遺伝子数: 12,110 名称数: 27,923 ヒト 遺伝子数: 27,959 名称数: 145,623 マウス 遺伝子数: 48,545 名称数: 173,375 ラット 遺伝子数: 17,319 名称数: 61,801 ゼブラフィッシュ 遺伝子数: 24,230 名称数: 60,270 ショウジョウバエ 遺伝子数: 30,708 名称数: 96,934 線虫 遺伝子数: 25,304 名称数: 96,220 出芽酵母 遺伝子数: 7,359 名称数: 29,533 分裂酵母 遺伝子数: 7,943 名称数: 15,431 枯草菌 遺伝子数: 4,206 名称数: 14,816)
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データ名 データベース名 DOI 説明 データファイル 簡易検索URL データ取得方法 解析方法 データ件数 データ詳細