{ "title": { "path": "ページのURLのパス", "name": "データ名", "database_name": "データベース名", "doi": "DOI", "description": "データ内容の説明", "files": "データファイル", "file_name": "データファイル名", "file_url": "データのURL", "file_size": "ファイルサイズ", "togodb_url": "簡易検索URL", "data_acquisition": "データ取得方法", "analysis": "解析方法", "data_number": "データ件数", "details": "データ詳細" }, "data": [ { "path": "jp\/acest\/data-1.html", "name": "AcEST", "database_name": "AcEST", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00839-001", "description": "ホウライシダEST（Adiantum capillus-veneris）配列とそのアノテーション（Clone ID、ライブラリ名、Blastx検索結果等）。CSV 形式テキストファイル。", "files": [ { "file_name": "acest_est.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/acest\/LATEST\/acest_est.zip", "file_size": "110MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/archive_acest", "data_acquisition": "キャピラリーシーケンサー", "analysis": "機能アノテーション（UniProtKB\/Swiss-Prot 、及びUniProtKB\/TrEMBLデータベースとの間のblastx検索結果）", "data_number": "30,540件", "details": [ { "name": "Clone id", 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"UniProtKB\/Swiss-Prot(release 56.9)データベースとの間でblastx検索を行い、ヒットした配列のAccessionとDefinition。TogoDBでは、Uniprot へのリンク。" }, { "name": "Align Length", "description": "上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメント長" }, { "name": "Bit score", "description": "上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメントのScore (bit)" }, { "name": "E-value", "description": "上記ヒットした配列と、ホウライシダEST配列との間のアライメントのE-value" }, { "name": "Report", "description": "UniProtKB\/Swiss-Prot(release 56.9)データベースとのblastx検索結果" }, { "name": "UniProt ID", "description": "上記ヒットした配列のUniProt ID" } ] }, { "path": "jp\/acest\/data-3.html", "name": "BlastX Result : TrEMBL", "database_name": "AcEST", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00839-003", "description": "ホウライシダ EST（AcEST, Adiantum capillus-veneris EST）配列と、UniProtKB\/TrEMBL(release 39.9) データベースとの間でblastx検索を実行した結果。Blastxヒットリストのうち、各ヒットのアラインメント情報を一つの行に記載。 CSV 形式テキストファイル。", "files": [ { "file_name": "blasthits_tr.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/acest\/LATEST\/blasthits_tr.zip", "file_size": 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"10.18908\/lsdba.nbdc00839-004", "description": "ホウライシダ EST（AcEST, Adiantum capillus-veneris EST）から構成されるコンティグ配列の情報。CSV 形式テキストファイル。", "files": [ { "file_name": "acestcontig.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/acest\/LATEST\/acestcontig.zip", "file_size": "1.34MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/archive_acestcontig", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "4,298件", "details": [ { "name": "Contig ID", "description": "ホウライシダのコンティグ配列のID" }, { "name": "Length", "description": "ホウライシダのコンティグ配列の長さ" }, { "name": "Number of clones", "description": "ホウライシダのコンティグ配列を構成するESTクローンの数" }, { "name": "Definition", "description": "定義" }, { "name": "Link to clone list", "description": "TogoDB版では、ホウライシダのコンティグ配列を構成するESTクローンリストへのリンク。ダウンロードファイルでは空白となる。" }, { "name": "Clone ID", "description": "ホウライシダのコンティグ配列を構成するESTクローンIDとAcESTのクローン情報へのリンク。" }, { "name": "Sequence", "description": "塩基配列" } ] }, { "path": "jp\/acest\/data-5.html", "name": "About Libraries", "database_name": "AcEST", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00839-005", "description": "ホウライシダ EST（AcEST, Adiantum capillus-veneris EST）のcDNAライブラリーに関する情報。CSV 形式テキストファイル。", "files": [ { "file_name": "acest_library.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/acest\/LATEST\/acest_library.zip", "file_size": "2KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/archive_acest_library", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "4件", "details": [ { "name": "Name", "description": "ホウライシダ ESTライブラリ名" }, { "name": "About", "description": "ホウライシダ ESTライブラリ作成情報" }, { "name": "References", "description": "ホウライシダ ESTライブラリ作成に関する参考文献" } ] }, { "path": "jp\/aoe\/data-1.html", "name": "遺伝子発現データリスト", "database_name": "AOE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00467-001", "description": "公共データベースに登録された遺伝子発現データについて、各種統計情報から検索・閲覧・比較することができる目次サイトです。", "files": [ { "file_name": "aoe_data_list.zip", "file_url": 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"name": "5'EST配列", "database_name": "Arabidopsis thaliana EST index", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00364-002", "description": "シロイヌナズナの5' EST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。 データ件数は、14,027件。", "files": [ { "file_name": "Arabi_5dash.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kazusa_arabi_est_index\/LATEST\/Arabi_5dash.tar.gz", "file_size": "2.3MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "キャピラリーシーケンサー", "analysis": "", "data_number": "14,027件", "details": [] }, { "path": "jp\/kazusa-arabi-est-index\/data-3.html", "name": "3'EST配列", "database_name": "Arabidopsis thaliana EST index", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00364-003", "description": "シロイヌナズナの3' EST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。 データ件数は、39,205件。", "files": [ { "file_name": "Arabi_3dash.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kazusa_arabi_est_index\/LATEST\/Arabi_3dash.tar.gz", "file_size": "6.4MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "キャピラリーシーケンサー", "analysis": "", "data_number": "39,205件", "details": [] }, { "path": "jp\/astra\/data-1.html", "name": "遺伝子座", "database_name": "ASTRA", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00371-001", "description": "遺伝子座と、その中に現れるスプライシングパターン", "files": [ { "file_name": "astra_locus.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/astra\/LATEST\/astra_locus.zip", "file_size": "887 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/astra_locus", "data_acquisition": "イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所　分子遺伝部　遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp:\/\/cdna01.dna.affrc.go.jp\/pub\/data\/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。\r\nヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp:\/\/ftp.ncbi.nih.gov\/genomes\/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp:\/\/ftp.sanger.ac.uk\/pub\/) とTIGR研究所 (ftp:\/\/ftp.tigr.org\/pub\/data\/Eukaryotic_Projects\/o_sativa\/annotaion_dbs\/pseudomolecules\/version_3.0\/)から取得した。", "analysis": "ゲノムへのマップ位置とcDNAのアノテーションを元に遺伝子名を特定", "data_number": "17,034 件", "details": [ { "name": "Locus ID", "description": "データベース固有のlocus ID" }, { "name": "UniGene ID", "description": "UniGene ID" }, { "name": "Species", "description": "生物種" }, { "name": "Chr. 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}, { "path": "jp\/astra\/data-3.html", "name": "エキソン", "database_name": "ASTRA", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00371-003", "description": "バリアントに含まれるエキソン", "files": [ { "file_name": "astra_exon.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/astra\/LATEST\/astra_exon.zip", "file_size": "5.9 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/astra_exon", "data_acquisition": "イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所　分子遺伝部　遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp:\/\/cdna01.dna.affrc.go.jp\/pub\/data\/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。\r\nヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp:\/\/ftp.ncbi.nih.gov\/genomes\/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp:\/\/ftp.sanger.ac.uk\/pub\/) とTIGR研究所 (ftp:\/\/ftp.tigr.org\/pub\/data\/Eukaryotic_Projects\/o_sativa\/annotaion_dbs\/pseudomolecules\/version_3.0\/)から取得した。", "analysis": "完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。", "data_number": "676,111 件", "details": [ { "name": "Exon ID", "description": "データベース固有のエキソンID" }, { "name": "Species", "description": "生物種" }, { "name": "Locus ID", "description": "データベース固有のlocus ID" }, { "name": "cDNA ID", "description": "データベース固有のcDNA ID" }, { "name": "Left in cDNA", "description": "エキソンのcDNA上の位置(左)" }, { "name": "Right in cDNA", "description": "エキソンのcDNA上の位置(右)" }, { "name": "Left in genome", "description": "エキソンのゲノム上の位置(左)" }, { "name": "Right in genome", "description": "エキソンのゲノム上の位置(右)" } ] }, { "path": "jp\/astra\/data-4.html", "name": "スプライシングパターン", "database_name": "ASTRA", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00371-004", "description": "選択的スプライシング\/選択的転写開始のパターン", "files": [ { "file_name": "astra_splicing_pattern.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/astra\/LATEST\/astra_splicing_pattern.zip", "file_size": "1.2 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/astra_splicing_pattern", "data_acquisition": "イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所　分子遺伝部　遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp:\/\/cdna01.dna.affrc.go.jp\/pub\/data\/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。\r\nヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp:\/\/ftp.ncbi.nih.gov\/genomes\/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp:\/\/ftp.sanger.ac.uk\/pub\/) とTIGR研究所 (ftp:\/\/ftp.tigr.org\/pub\/data\/Eukaryotic_Projects\/o_sativa\/annotaion_dbs\/pseudomolecules\/version_3.0\/)から取得した。", "analysis": "完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。", "data_number": "156,654 件", "details": [ { "name": "ID", "description": "スプライシングパターンID" }, { "name": "Species", "description": "生物種" }, { "name": "Locus ID", "description": "データベース固有のlocus ID" }, { "name": "Region", "description": "遺伝子座内のスプライシング領域番号" }, { "name": "Splicing pattern", "description": "遺伝子座内のスプライシングパターン番号" }, { "name": "cDNA ID", "description": "データベース固有のcDNA ID" }, { "name": "Splicing left", "description": "スプライシング領域のゲノム上の位置(左)" 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"Subject", "description": "技術開発研究題目" }, { "name": "Project Theme", "description": "研究課題のテーマ" }, { "name": "Principal Investigator", "description": "代表研究者名" }, { "name": "Affiliation", "description": "所属機関" }, { "name": "Backgrounds", "description": "技術開発研究題目の背景" }, { "name": "Highlights", "description": "技術開発研究題目のハイライト" }, { "name": "Outline", "description": "技術開発研究題目の概要" }, { "name": "Application", "description": "開発されたプロトコルを利用して行われたターゲットタンパク研究課題の課題番号 (簡易検索サイトでは、研究課題成果データベースの各課題成果へリンク)" }, { "name": "Article", "description": "関連論文 (簡易検索サイトではPubMedへリンク) (複数ある場合、データの並び順は下記「PubMed」と対応する)" }, { "name": "PubMed ID", "description": "PubMed ID (複数ある場合、データの並び順は上記「Article」と対応する)" }, { "name": "CSML File", "description": "技術開発研究成果画像（CSMLファイル）のファイル名 (簡易検索サイトではダウンロードデータへのリンク)" } ] }, { "path": "jp\/atatlas\/data-2.html", "name": "Protein", "database_name": "AT Atlas", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01162-002", "description": "「ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題」によって開発されたプロトコルを利用して構造が解かれたタンパク質の一覧です。", "files": 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"description": "「ターゲットタンパク研究技術開発研究課題」における成果をCell Illustratorを使って表現した図について、画像にしたものです。技術開発研究題目１つに対して1つのPNG形式ファイルがあります (１つの研究課題につき、技術開発研究題目は１つから複数あり、複数の場合はIDで区別されています)。", "files": [ { "file_name": "at_atlas_png.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/at_atlas\/LATEST\/at_atlas_png.zip", "file_size": "5.37 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "15件", "details": [] }, { "path": "jp\/dicty-atlas\/data-1.html", "name": "cDNAクローンの発生時期別の局在画像", "database_name": "Atlas (ISH Data Base)", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00373-001", "description": "Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報を収録したもの。 158件。", "files": [ { "file_name": "dicty_atlas.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dicty_atlas\/LATEST\/dicty_atlas.zip", "file_size": "8KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dicty_atlas_db", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": 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"jp\/dicty-atlas\/data-3.html", "name": "cDNAクローンの発生時期別の局在画像ファイル", "database_name": "Atlas (ISH Data Base)", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00373-003", "description": "Dictyostelium discoideum cDNAクローンについて、Whole-mount in situ hybridization に基づく空間的遺伝子発現情報の画像ファイル。 JPEG形式の990ファイル。 画像ファイル名は、以下の規則で名付けされている。\r\n「（クローン名）_(発生段階）（発生段階の通し番号）.jpg 」\r\n例：sla128_culminant1.jpg　の場合\r\nクローン名：sla128\r\n発生段階: culminant\r\n通し番号: 1", "files": [ { "file_name": "dicty_atlas_images.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dicty_atlas\/LATEST\/dicty_atlas_images.zip", "file_size": "125MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "990件", "details": [] }, { "path": "jp\/autophagy\/data-1.html", "name": "Protein List", "database_name": "Autophagy Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01196-001", "description": "オートファジー関連タンパク質とそのホモログのリスト。", "files": [ { "file_name": "autophagy_protein.zip", "file_url": 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homologous\r\n配列による相同性検索の結果、ホモログの可能性があるタンパク質。\r\nただしアノテーションがついていないタンパク質は灰色で表示される。", "files": [ { "file_name": "autophagy_homolog.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/autophagy\/LATEST\/autophagy_homolog.zip", "file_size": "60.1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/autophagy_homolog", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "465 件", "details": [ { "name": "Function", "description": "タンパク質の機能" }, { "name": "Cluster", "description": "タンパク質の機能グループごとに割り振られた番号" }, { "name": "(生物種の学名)", "description": "オーソログ・ホモログのリスト" } ] }, { "path": "jp\/autophagy\/data-6.html", "name": "PI3P", "database_name": "Autophagy Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01196-006", "description": "オートファジーの進行過程で必須なリン脂質であるホスファチジル・イノシトール3リン酸 (PI3P) に結合する可能性の高いタンパク質のリスト。\r\nリスト中のタンパク質は、FYVE ドメインを持つものであるか、またはPX ドメインを持つもののうちでPI3P に特異的に結合すると予測されるものである。", "files": [ { "file_name": "autophagy_pi3p.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/autophagy\/LATEST\/autophagy_pi3p.zip", "file_size": "46.9 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/autophagy_pi3p", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "2,437 件", "details": [ { "name": "Organism", "description": "タンパク質を生成する生物種の学名 (一般名)" }, { "name": "GTOP ID", "description": "GTOP データベースにおける遺伝子のID" }, { "name": "Symbol", "description": "遺伝子シンボル" }, { "name": "Synonyms", "description": "遺伝子の別名" }, { "name": "Gene Name", "description": "遺伝子名" }, { "name": "Gene ID", "description": "NCBI Entrez Gene データベースにおける遺伝子のID" }, { "name": "GI", "description": "NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (遺伝子情報番号)" }, { "name": "Protein Accession", "description": "NCBI Protein データベースにおけるタンパク質のID (バージョン付きアクセション番号)" }, { "name": "Description", "description": "NCBI Entrez Gene データベースに記載されているタンパク質の説明" }, { "name": "Predicted Disordered Regions", "description": "DICHOT 法により天然変性領域と予測された領域" } ] }, { "path": "jp\/bodyparts3d\/data-1.html", "name": "３次元臓器モデルのIDと臓器名称等との対応表 (IS-Aツリー)", "database_name": "BodyParts3D", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00837-001", "description": "IS-Aツリーで利用できる３次元臓器モデルのリストです。 3次元臓器モデルの概念IDと表現ID、臓器名称等との対応について記述したタブ区切りテキストファイルです。", "files": [ { "file_name": "isa_parts_list.txt (IS-Aツリー、日本語)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/bodyparts3d\/LATEST\/isa_parts_list.txt", "file_size": "296 KB" }, { "file_name": "isa_parts_list_e.txt (IS-Aツリー、英語)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/bodyparts3d\/LATEST\/isa_parts_list_e.txt", "file_size": "126 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/bodyparts3d_isa_parts_list", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "2,905 件", "details": [ { "name": "concept id", "description": "対応するFMA (Foundational Model of Anatomy) のID。" }, { "name": "representation id", "description": "概念の3次元表現に対するID。バージョン、treeが変わっても一意になっています。" }, { "name": "en", "description": "英語名。 主にFMAのpreferred nameを採用。" }, { "name": "kanji", "description": "漢字" }, { "name": "kana", "description": "かな" } ] }, { "path": "jp\/bodyparts3d\/data-2.html", "name": "３次元臓器モデルのIDと臓器名称等との対応表 (PART-OFツリー)", "database_name": "BodyParts3D", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00837-002", "description": "PART-OFツリーで利用できる３次元臓器モデルのリストです。 3次元臓器モデルの概念IDと表現ID、臓器名称等との対応について記述したタブ区切りテキストファイルです。", "files": [ { "file_name": "partof_parts_list.txt (PART-OFツリー、日本語)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/bodyparts3d\/LATEST\/partof_parts_list.txt", "file_size": "140 KB" }, { "file_name": "partof_parts_list_e.txt (PART-OFツリー、英語)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/bodyparts3d\/LATEST\/partof_parts_list_e.txt", "file_size": "58 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/bodyparts3d_partof_parts_list", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "1,368 件", "details": [ { "name": "concept id", "description": "対応するFMA (Foundational Model of Anatomy) のID。" }, { "name": "representation id", "description": "概念の3次元表現に対するID。バージョン、treeが変わっても一意になっています。" }, { "name": "en", "description": "英語名。 主にFMAのpreferred nameを採用。" }, { "name": "kanji", "description": "漢字" }, { "name": "kana", "description": "かな" } ] }, { "path": "jp\/bodyparts3d\/data-3.html", "name": "臓器、器官間の包含関係記述データ (IS-Aツリー)", "database_name": "BodyParts3D", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00837-003", "description": "ダウンロード可能な3次元臓器モデルの臓器、器官間の包含関係を記述したファイルです。", "files": [ { "file_name": "isa_inclusion_relation_list.txt", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/bodyparts3d\/LATEST\/isa_inclusion_relation_list.txt", "file_size": "203 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/bodyparts3d_isa_inclusion_relation_list", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "2,904 件", "details": [ { "name": "parent id", "description": "親にあたる臓器概念のID" }, { "name": "parent name", "description": "親にあたる臓器概念の英語名" }, { "name": "child id", "description": "親の一部にあたる臓器概念のID" }, { "name": "child name", "description": "親の一部にあたる臓器概念の英語名" } ] }, { "path": "jp\/bodyparts3d\/data-4.html", "name": "臓器、器官間の包含関係記述データ (PART-OFツリー)", "database_name": "BodyParts3D", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00837-004", "description": "ダウンロード可能な3次元臓器モデルの臓器、器官間の包含関係を記述したファイルです。", "files": [ { "file_name": "partof_inclusion_relation_list.txt", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/bodyparts3d\/LATEST\/partof_inclusion_relation_list.txt", "file_size": "90 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/bodyparts3d_partof_inclusion_relation_list", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "1,367 件", "details": [ { "name": "parent id", "description": "親にあたる臓器概念のID" }, { "name": "parent name", "description": "親にあたる臓器概念の英語名" }, { "name": "child id", "description": "親の一部にあたる臓器概念のID" }, { "name": "child name", "description": "親の一部にあたる臓器概念の英語名" } ] }, { "path": "jp\/bodyparts3d\/data-5.html", "name": "複合臓器定義データ (IS-Aツリー)", "database_name": "BodyParts3D", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00837-005", "description": "BodyParts3Dでは最小単位 (ELEMENT) のポリゴンデータを作成し、これらの組み合わせによって複合的に定義される臓器 (COMPOUND) のデータは用意していません。このデータは、COMPOUNDがどのELEMENTの集合として構成されているかを記述しています。", "files": [ { "file_name": "isa_element_parts.txt", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/bodyparts3d\/LATEST\/isa_element_parts.txt", "file_size": "1.1 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/bodyparts3d_isa_element_parts", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "29,549 件", "details": [ { "name": "concept id", "description": "COMPOUND概念のID" }, { "name": "name", "description": "COMPOUND概念の英語名" }, { "name": "element file id", "description": "ELEMENTのポリゴンデータファイルID" } ] }, { "path": "jp\/bodyparts3d\/data-6.html", "name": "複合臓器定義データ (PART-OFツリー)", "database_name": "BodyParts3D", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00837-006", "description": "BodyParts3Dでは最小単位 (ELEMENT) 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"Vector-capping methodによる出芽酵母完全長cDNAライブラリーから作成した完全長cDNAクローンの5'末端配列、 及びPhredソフトウェアによる配列クオリティ値、及びSGD、dbEST、UCSC Genome Browserへのリンク。 SGDへのリンクは、ゲノムマッピングされたcDNAのみにある。 dbEST、UCSC Genome Browserへのリンクは、その内、5'端が完全なcDNAのみにある。 SGDへのリンク数は、51,027、dbEST、UCSC Genome Browserへのリンク数は、31,847、cDNA総数は83,706。 CSV形式のテキストファイル。", "files": [ { "file_name": "yeast_seq_qual.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/yeast_cdna\/LATEST\/yeast_seq_qual.zip", "file_size": "59.9MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/budding_yeast_cdna_sequencing_project", "data_acquisition": "塩基配列：シーケンシング\r\nクオリティ値：Phredによるベースコール", "analysis": "", "data_number": "83,706件", "details": [ { "name": "Clone ID", "description": "クローンID、SGDにおけるName" }, { "name": "Link to SGD", "description": "ゲノムマッピングされたcDNAのクローンIDを元にした、SGD（Saccharomyces Genome Database, \t\thttp:\/\/www.yeastgenome.org\/） へリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、Clone IDのみ。" }, { "name": "Link to dbEST", "description": "5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元にしたNCBIのdbESTへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイ ブファイルでは、アクセッションのみ。" }, { "name": "Link to UCSC Genome Browser", "description": "5'端が完全なcDNAのGenBankのアクセッションを元に、UCSC Genome Browserへリンク。リンクはTogoDB版にあり、アーカイブファイルでは、アクセッションのみ。" }, { "name": "Sequence", "description": "出芽酵母の完全長cDNAクローンの5'末端配列データ。FASTA形式" }, { "name": "Quality", "description": "Phredのクオリティ値" } ] }, { "path": "jp\/yeast-cdna\/data-2.html", "name": "出芽酵母における完全長cDNAクローンの5'末端塩基配列", "database_name": "Budding yeast cDNA sequencing project", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00838-002", "description": "出芽酵母のcDNA配列データ。FASTA形式の配列データ、各cDNAにつき１ファイルで、tar.gz形式で1つのファイルに圧縮。83,706件。", "files": [ { "file_name": "Sequence.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/yeast_cdna\/LATEST\/Sequence.tar.gz", "file_size": "21MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "シーケンシング", "analysis": "", "data_number": "83,706件", "details": [] }, { "path": "jp\/yeast-cdna\/data-3.html", "name": "cDNA配列のクオリティデータ", "database_name": "Budding yeast cDNA sequencing project", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00838-003", "description": "Phredのクオリティ値。PHD形式で、cDNAデータにつき1ファイルで、tar.gz形式で1つのファイルに圧縮。83,706件。", "files": [ { "file_name": "Quality.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/yeast_cdna\/LATEST\/Quality.tar.gz", "file_size": "45MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "Phredによるベースコール", "analysis": "", "data_number": "83,706件", "details": [] }, { "path": "jp\/yeast-cdna\/data-4.html", "name": "ベクター配列", "database_name": "Budding yeast cDNA sequencing project", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00838-004", "description": "シークエンシングに使用したベクター配列。マルチFASTA形式。7件。", "files": [ { "file_name": "vector_seqeunce.fasta.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/yeast_cdna\/LATEST\/vector_seqeunce.fasta.gz", "file_size": "1KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "7件", "details": [] }, { "path": "jp\/chemtheatre\/data-1.html", "name": "プロジェクト情報", "database_name": "ChemTHEATRE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01632-001.V002", "description": "化学物質のモニタリングを行った研究および研究者の情報です。", "files": [ { "file_name": "ct_project.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/chemtheatre\/LATEST\/ct_project.zip", "file_size": "47 KB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/ct_project", "data_acquisition": "文献から取得", "analysis": "", "data_number": "102件", "details": [ { "name": "Project ID", "description": "プロジェクトID" }, { "name": "Link", "description": "このプロジェクトで取得したSample及びMeasured Dataへのリンク（簡易検索のみ）" }, { "name": "Submitter Name", "description": "データ提供者名" }, { "name": "Submitter Affiliation", "description": "データ提供者所属機関" }, { "name": "Submitter Department", "description": "データ提供者所属部署" }, { "name": "Submetter City", "description": "データ提供者所属機関のある都市" }, { "name": "Submetter Country", "description": "データ提供者所属機関のある国" }, { "name": "Corresponding Author Name", "description": "代表研究者名" }, { "name": "Corresponding 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{ "name": "Unit", "description": "測定値の単位" } ] }, { "path": "jp\/chip-atlas\/data-1.html", "name": "Experiment list", "database_name": "ChIP-Atlas", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01558-001.V020", "description": "Sequence Read Archive における Experiment ID に従って分類された ChIP-Seq データのメタデータのリスト。リファレンスゲノムデータ、抗原、細胞株の分類などの情報を含む。詳しくは https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki#downloads_doc を参照のこと。", "files": [ { "file_name": "chip_atlas_experiment_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/LATEST\/chip_atlas_experiment_list.zip", "file_size": "20 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/chip_atlas_experiment_list", "data_acquisition": "Sequence Read Archive からダウンロードしたデータを標準的なChIP-Seq データ解析パイプラインで処理することによって得られたデータに対して、人手でメタデータの整理を行った。", "analysis": "https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki を参照のこと。", "data_number": "279,509 件", "details": [ { "name": "Experimental ID", "description": "Experimental ID (SRX, ERX, DRX)" }, { "name": 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{ "name": "Peak-call (BED) (q < 1E-20)", "description": "Link to a BED4-formatted peak-call data file with the q-value threshold 1E-20." }, { "name": "Peak-call (BigBed) (q < 1E-05)", "description": "Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-05)." }, { "name": "Peak-call (BigBed) (q < 1E-10)", "description": "Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-10)." }, { "name": "Peak-call (BigBed) (q < 1E-20)", "description": "Link to a BigBed-formatted peak-call data file binarized from the corresponding BED4 file (q < 1E-20)." } ] }, { "path": "jp\/chip-atlas\/data-2.html", "name": "File list", "database_name": "ChIP-Atlas", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01558-002.V020", "description": "メタデータによる分類に従って結合されたbed ファイルのリストとその分類のリスト。リファレンスゲノム、抗原、細胞株、結合された各実験データのID の情報を含む。詳しくは https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki#downloads_doc を参照のこと。", "files": [ { "file_name": "chip_atlas_file_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/LATEST\/chip_atlas_file_list.zip", "file_size": "28 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/chip_atlas_file_list", "data_acquisition": "Sequence Read Archive からダウンロードしたデータを標準的なChIP-Seq データ解析パイプラインで処理することによって得られたデータのリストを取得した。", "analysis": "https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki を参照のこと。", "data_number": "573,691 件", "details": [ { "name": "File name", "description": "File name" }, { "name": "Genome assembly", "description": "Genome assembly" }, { "name": "Antigen class", "description": "Antigen class" }, { "name": "Antigen", "description": "Antigen" }, { "name": "Cell type class", "description": "Cell type class" }, { "name": "Cell type", "description": "Cell type" }, { "name": "Threshold", "description": "Threshold" }, { "name": "Experimental IDs included", "description": "Experimental IDs included" }, { "name": "Peak-call (BED)", "description": "Link to a BED9 + GFF3 format file concatenated and converted from the BED4-formatted peak-call data files of the experiments in the \"Experimental IDs included\"." } ] }, { "path": "jp\/chip-atlas\/data-3.html", "name": "Analysis list", "database_name": "ChIP-Atlas", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01558-003.V020", "description": "ChIP-Atlas において提供している Target gene analysis および Colocalization analysis のファイルパスを生成するためのメタデータのリスト。詳しくは https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki#downloads_doc を参照のこと。", "files": [ { "file_name": "chip_atlas_analysis_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/LATEST\/chip_atlas_analysis_list.zip", "file_size": "131 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/chip_atlas_analysis_list", "data_acquisition": "Sequence Read Archive からダウンロードしたデータを処理することによって得られたbed ファイルを元に解析を行い、その結果をリストとして出力した。", "analysis": "https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki を参照のこと。", "data_number": "4,249 件", "details": [ { "name": "Antigen", "description": "Antigen" }, { "name": "Cell type class in Colocalization", "description": "Cell type class in Colocalization (comma separated)" }, { "name": "Recorded (+) or not (-) in Target Genes", "description": "Target gene analysis performed or not (+\/-)" }, { "name": "Genome assembly", "description": "Genome assembly" }, { "name": "Target Genes (TSS ±1k)", "description": "Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 1 kb of each TSS (transcription start site)." }, { "name": "Target Genes (TSS ±5k)", "description": "Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 5 kb of each TSS (transcription start site)." }, { "name": "Target Genes (TSS ±10k)", "description": "Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the genes bound by the given antigen in the range of ± 10 kb of each TSS (transcription start site)." }, { "name": "Colocalization (TSV)", "description": "Link to a TSV (Tab-Separeted Values) file that describes the protein colocalization with the given antigen in the given cell type class." }, { "name": "Colocalization (GML)", "description": "Link to a GML (Graph Modelling Language) file that describes the protein colocalization in the given cell type class." } ] }, { "path": "jp\/chip-atlas\/data-4.html", "name": "Antigen list", "database_name": "ChIP-Atlas", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01558-004.V020", "description": "ChIP-Atlas において提供しているデータに含まれる抗原の名称のリスト。詳しくは https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki#downloads_doc を参照のこと。", "files": [ { "file_name": "chip_atlas_antigen_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/LATEST\/chip_atlas_antigen_list.zip", "file_size": "715 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/chip_atlas_antigen_list", "data_acquisition": "ChIP-Atlas のメタデータ整理を経て得られた名称をリスト化した。", "analysis": "https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki を参照のこと。", "data_number": "5,311 件", "details": [ { "name": "Genome assembly", "description": "Genome assembly" }, { "name": "Antigen class", "description": "Antigen class" }, { "name": "Antigen", "description": "Antigen" }, { "name": "Number of experiments", "description": "Number of experiments" }, { "name": "Experimental IDs included", "description": "Experimental IDs included" } ] }, { "path": "jp\/chip-atlas\/data-5.html", "name": "Cell type list", "database_name": "ChIP-Atlas", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01558-005.V020", "description": "ChIP-Atlas において提供しているデータに含まれる細胞株の名称のリスト。詳しくは https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki#downloads_doc を参照のこと。", "files": [ { "file_name": "chip_atlas_celltype_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/LATEST\/chip_atlas_celltype_list.zip", "file_size": "680 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/chip_atlas_celltype_list", "data_acquisition": "ChIP-Atlas のメタデータ整理を経て得られた名称をリスト化した。", "analysis": "https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki を参照のこと。", "data_number": "4,956 件", "details": [ { "name": "Genome assembly", "description": "Genome assembly" }, { "name": "Cell type class", "description": "Cell type class" }, { "name": "Cell type", "description": "Cell type" }, { "name": "Number of experiments", "description": "Number of experiments" }, { "name": "Experimental IDs included", "description": "Experimental IDs included" } ] }, { "path": "jp\/chip-atlas\/data-6.html", "name": "データディレクトリ", "database_name": "ChIP-Atlas", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01558-006.V020", "description": "ChIP-Atlas において既報のChIP-Seq データを再解析し得られたデータをリファレンスゲノムデータごとに整理されたディレクトリ内で公開している。各Experiment ごとのデータはBigWig ファイル、Bed ファイル, BigBed ファイルを用意している。抗体と細胞種ごとに結合されたデータはBed ファイルを用意している。また、Target genes analysis およびColocalization analysis で用いたデータも公開している。詳細は https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki#peak_browser_doc を参照のこと。\r\n※過去バージョンのデータはダウンロードできません。", "files": [ { "file_name": "hg19", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/data\/hg19\/", "file_size": "25 TB" }, { "file_name": "hg38", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/data\/hg38\/", "file_size": "25 TB" }, { "file_name": "mm9", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/data\/mm9\/", "file_size": "19 TB" }, { "file_name": "mm10", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/data\/mm10\/", "file_size": "19 TB" }, { "file_name": "ce10", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/data\/ce10\/", "file_size": "285 GB" }, { "file_name": "ce11", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/data\/ce11\/", "file_size": "285 GB" }, { "file_name": "dm3", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/data\/dm3\/", "file_size": "872 GB" }, { "file_name": "dm6", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/data\/dm6\/", "file_size": "827 GB" }, { "file_name": "sacCer3", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/data\/sacCer3\/", "file_size": "194 GB" }, { "file_name": "rn6", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/chip-atlas\/data\/rn6\/", "file_size": "722 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "Sequence Read Archive からダウンロードしたデータを標準的なデータ解析パイプラインによって処理した。詳細はhttps:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki を参照のこと。", "analysis": "https:\/\/github.com\/inutano\/chip-atlas\/wiki を参照のこと。", "data_number": "5,428,910 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/kazusa-chlamy-est-index\/data-1.html", "name": "EST配列一覧", "database_name": "Chlamydomonas reinhardtii EST index", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00028-001", "description": "クラミドモナスのEST配列データの一覧。CSV形式のテキストファイル。 データ件数は51,011件。", "files": [ { "file_name": "kazusa_chlamy_est.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kazusa_chlamy_est_index\/LATEST\/kazusa_chlamy_est.zip", "file_size": "4.9MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kazusa_chlamy_est", "data_acquisition": "キャピラリーシーケンサー", "analysis": "", "data_number": "51,011件", "details": [ { "name": "Accession", "description": "GenBank Accession。TogoDB版のみに、NCBI dbESTへのリンク。" }, { "name": "Clone ID", "description": "クローンID" }, { "name": "Sequence", "description": "EST配列" } ] }, { "path": "jp\/kazusa-chlamy-est-index\/data-2.html", "name": "EST配列", "database_name": "Chlamydomonas reinhardtii EST index", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00028-002", "description": "クラミドモナスのEST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。 データ件数は51,011件。", "files": [ { "file_name": "Chlamy_tfa.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kazusa_chlamy_est_index\/LATEST\/Chlamy_tfa.tar.gz", "file_size": "7.7MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "キャピラリーシーケンサー", "analysis": "", "data_number": "51,011件", "details": [] }, { "path": "jp\/clest\/data-1.html", "name": "クローン", "database_name": "ClEST", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01137-001", "description": "トコジラミESTクローン情報", "files": [ { "file_name": "clest_clone.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/clest\/LATEST\/clest_clone.zip", "file_size": "660 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/clest_clone", "data_acquisition": "ABI3130xlを用いたサンガーシークエンス法による５’側からの配列決定", "analysis": "phredによるベースコール", "data_number": "7,389 件", "details": [ { "name": "Clone ID", "description": "クローンID" }, { "name": "Library", "description": "ライブラリの由来組織" }, { "name": "Category", "description": "配列の分類" }, { "name": "Cluster", "description": "クラスタリング後のID" }, { "name": "ACC No. of clone", "description": "クローンのアクセッションナンバー" }, { "name": "Length", "description": "クローン配列長" }, { "name": "Sequence", "description": "配列" } ] }, { "path": "jp\/clest\/data-2.html", "name": "クラスター", "database_name": "ClEST", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01137-002", "description": "Blastx相同性検索やGOアノテーションを含むクラスター情報", "files": [ { "file_name": "clest_cluster.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/clest\/LATEST\/clest_cluster.zip", "file_size": "525 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/clest_cluster", "data_acquisition": "「Clone」データ", "analysis": "Phred\/phrapによるクラスタリング、NCBIのNon-redundantタンパク質データベースに対するBlastx相同性検索、Blast2GOを用いたGOアノテーションとDescriptionの記載", "data_number": "3,161 件", "details": [ { "name": "Cluster ID", "description": "クラスターID" }, { "name": "Description", "description": "予測された遺伝子機能" }, { "name": "Category", "description": "配列の分類" }, { "name": "Length", "description": "コンセンサス配列長" }, { "name": "Sequence", "description": "コンセンサス配列" }, { "name": "Source", "description": "由来クローン" }, { "name": "No. of clones", "description": "由来クローンの数" }, { "name": "Top Blastx hit (E value < 1e-6)", "description": "Blastx検索トップヒットの遺伝子名" }, { "name": "ACC No.", "description": "Blastx検索トップヒットのアクセッションナンバー" }, { "name": "E-value", "description": "Blastx検索トップヒットのE-value" }, { "name": "GO", "description": "GOアノテーション" } ] }, { "path": "jp\/confc\/data-1.html", "name": "タンパク質結合による構造変化のデータ", "database_name": "ConfC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00400-001", "description": "タンパク質配列の相同性が90%以上で、重ね合わせたタンパク質構造の原子間の距離が20Å以上のタンパク質ペアを登録する。", "files": [ { "file_name": "confc_all.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/confc\/LATEST\/confc_all.zip", "file_size": "14.2 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/confc_all", "data_acquisition": "タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank)", "analysis": "重ね合わせたタンパク質立体構造の二面角の変化を計算し、構造変化の大きい部位を求めるためにZ soreを計算した。", "data_number": "352 件", "details": [ { "name": "confID", "description": "このテーブルのID" }, { "name": "classID", "description": "構造変化のクラスの情報も含むID" }, { "name": "index", "description": "レコードのインデックス" }, { "name": "pdbIDA", "description": "構造比較したPDBのＩD（Ａ）" }, { "name": "pdbIDB", "description": "構造比較したPDBのＩD（Ｂ）" }, { "name": "pdbChainA", "description": "構造比較したPDBのチェインＩD（Ａ）" }, { "name": "pdbChainB", "description": "構造比較したPDBのチェインＩD（Ｂ）" }, { "name": "confDatafile", "description": "構造解析結果ファイル(zip形式)へのリンク" }, { "name": "confClass", "description": "構造変化の種類（結合分子の種類）" }, { "name": "confName", "description": "構造変化の名前（結合分子の情報）" }, { "name": "dmax", "description": "重ね合わせたタンパク質構造の原子間距離の最大値" }, { "name": "rmsd", "description": "重ね合わせたタンパク質構造のRMSD値" }, { "name": "identity", "description": "タンパク質配列の一致度" } ] }, { "path": "jp\/confc\/data-2.html", "name": "タンパク質結合による構造変化の補助データ", "database_name": "ConfC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00400-002", "description": "二面角φ、ψのZ scoreをもとに、構造変化の大きい部位のデータを登録する。", "files": [ { "file_name": "confc_part.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/confc\/LATEST\/confc_part.zip", "file_size": "231 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/confc_part", "data_acquisition": "タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank),　機能部位", "analysis": "重ね合わせたタンパク質立体構造の二面角の変化を計算し、構造変化の大きい部位を求めるために二面角変化のZ scoreを計算し、閾値よりＺ scoreの大きい領域を決める。", "data_number": "12,692 件", "details": [ { "name": "confID", "description": "ConfAllテーブルのＩＤ" }, { "name": "siteNo", "description": "N端から数えたsiteの番号" }, { "name": "siteStart1", "description": "構造1におけるsiteのN端の二面角番号" }, { "name": "siteStartR1", "description": "構造1におけるsiteのN端の残基番号" }, { "name": "siteEnd1", "description": "構造1におけるsiteのC端の二面角番号" }, { "name": "siteEndR1", "description": "構造1におけるsiteのC端の残基番号" }, { "name": "siteLength1", "description": "構造１の残基長" }, { "name": "siteStart2", "description": "構造２におけるsiteのN端の二面角番号" }, { "name": "siteStartR2", "description": "構造２におけるsiteのN端の残基番号" }, { "name": "siteEnd2", "description": "構造２におけるsiteのC端の二面角番号" }, { "name": "siteEndR2", "description": "構造２におけるsiteのC端の残基番号" }, { "name": "siteLength2", "description": "構造２の残基長" }, { "name": "phiMax", "description": "二面角φの変化の最大値" }, { "name": "psiMax", "description": "二面角ψの変化の最大値" } ] }, { "path": "jp\/confc\/data-3.html", "name": "進化的構造変化データ", "database_name": "ConfC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00400-003", "description": "タンパク質配列の置換や挿入・欠損などによる構造変化の情報を登録する", "files": [ { "file_name": "confc_ev.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/confc\/LATEST\/confc_ev.zip", "file_size": "373 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/confc_ev", "data_acquisition": "タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank)", "analysis": "", "data_number": "169,962 件", "details": [ { "name": "confEVID", "description": "このテーブルのID" }, { "name": "pdbIDA", "description": "構造比較したPDBのＩD（Ａ）" }, { "name": "pdbIDB", "description": "構造比較したPDBのＩD（Ｂ）" }, { "name": "pdbChainA", "description": "構造比較したPDBのチェインＩD（Ａ）" }, { "name": "pdbChainB", "description": "構造比較したPDBのチェインＩD（Ｂ）" }, { "name": "identity", "description": "配列一致率" }, { "name": "indelSize", "description": "解析した挿入・欠損の数" }, { "name": "alignment", "description": "配列のアライメント" }, { "name": "indel", "description": "挿入・欠損の解析結果" } ] }, { "path": "jp\/confc\/data-4.html", "name": "構造的ゆらぎデータ", "database_name": "ConfC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00400-004", "description": "タンパク質立体構造データベースPDBの温度因子の値を用いて、構造的ゆらぎ（構造がゆらいでいる）領域を登録する。", "files": [ { "file_name": "confc_disorder.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/confc\/LATEST\/confc_disorder.zip", "file_size": "3.7 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/confc_disorder", "data_acquisition": "タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank)", "analysis": "構造的ゆらぎの大きい部位を求めるために、温度因子の値のZ soreを計算し、Ｚ scoreの大きい領域を決める。", "data_number": "130,563 件", "details": [ { "name": "confID", "description": "このテーブルのID" }, { "name": "classID", "description": "構造変化のクラス" }, { "name": "pdbID", "description": "PDB ID" }, { "name": "pdbChain", "description": "PDBチェインID" }, { "name": "method", "description": "実験方法" }, { "name": "program", "description": "リファイメントプログラム" }, { "name": 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"temperatureFactorAve", "description": "温度因子の平均" }, { "name": "temperatureFactorStddev", "description": "温度因子の標準偏差" }, { "name": "checkOccupy", "description": "1.00未満のOCCUPANCYの使用の有無" }, { "name": "modelNumber", "description": "MODEL NUMBERの使用の有無" } ] }, { "path": "jp\/confc\/data-5.html", "name": "構造解析結果", "database_name": "ConfC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00400-005", "description": "PDBファイルの構造解析を行った結果（生データ）\r\n各解析結果は、「タンパク質結合による構造変化のデータ」テーブルからリンクされている", "files": [ { "file_name": "confc_datafile.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/confc\/LATEST\/confc_datafile.zip", "file_size": "63.9 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "352 件", "details": [] }, { "path": "jp\/confc\/data-6.html", "name": "タンパク質立体構造イメージ", "database_name": "ConfC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00400-006", "description": "構造的ゆらぎのあるタンパク質立体構造のイメージ\r\n各イメージは、「構造的ゆらぎデータ」テーブルからリンクされている", "files": [ { "file_name": "confc_structure_image.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/confc\/LATEST\/confc_structure_image.zip", "file_size": "1.3 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "130,547 件", "details": [] }, { "path": "jp\/create-portal\/data-1.html", "name": "InGaP", "database_name": "CREATE portal", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00403-001", "description": "mKIAA遺伝子のマウス臓器や培養細胞株での発現", "files": [ { "file_name": "create_portal_ingap.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/create-portal\/LATEST\/create_portal_ingap.zip", "file_size": "57.6 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/create_portal_ingap", "data_acquisition": "ウェスタンブロット：成体マウス臓器や培養細胞の抽出液をSDS-PAGEで分離し、抗mKIAA抗体と抗ウサギIgG抗体によりHRPで化学発光させた結果をCCDイメージング装置で観察しました。\r\n免疫組織化学：固定化したマウス脳切片を抗mKIAA抗体とFITC標識抗ウサギIgG抗体により蛍光標識して共焦点レーザー顕微鏡で観察しました。\r\n細部内局在解析：HEK293細胞を一過性の形質転換で発現させたGFP融合KIAA\/mKIAAを蛍光顕微鏡で観察しました。\r\ncDNAマイクロアレイ：mKIAA cDNAをマイクロアレイヤーでスライドガラス上のナイロンメンブレンにスポットしたアレイに対して、[a-33P]dCTPで標識したマウスの臓器や脳由来のmRNAをハイブリダイゼションさせ、結果をマイクロアレイスキャナーで解析しました。", "analysis": "", "data_number": "274 件", "details": [ { "name": "mKIAA No.", "description": "マウスKIAAの遺伝子番号" }, { "name": "Clone name", "description": "クローン名" }, { "name": "Accession No.", "description": "DDBJ\/GenBank\/EMBLデータベース登録番号" }, { "name": "Alias Name", "description": "遺伝子名" }, { "name": "Antigen size", "description": "抗原の大きさ" }, { "name": "Antigen solubility", "description": "抗原の可溶性" }, { "name": "Homolog human clone", "description": "相同なヒトクローン名" }, { "name": "Reference protein", "description": "参照タンパク質" }, { "name": "Predicted molecular weight", "description": "予想される分子量" }, { "name": "Predicted gene function", "description": "予想される遺伝子機能（ジーンオントロジー番号）" }, { "name": "Antigen sequence name", "description": "抗原の配列名" }, { "name": "Antigen sequence", "description": "抗原のアミノ酸配列" }, { "name": "Purification tag", "description": "精製タグの状況" }, { "name": "Western blot (adult organs)", "description": "ウェスタンブロットの結果（成体マウスの臓器）" }, { "name": "Western blot (cell lines)", "description": "ウェスタンブロットの結果（培養細胞株）" }, { "name": "Infrared Fluorescence scanner (cerebellum)", "description": "赤外蛍光による観察（小脳）" }, { "name": "Infrared Fluorescence scanner (forebrain 1)", "description": "赤外蛍光による観察（前脳１）" }, { "name": "Infrared Fluorescence scanner (forebrain 2)", "description": "赤外蛍光による観察（前脳２）" }, { "name": "Confocal laser scanning microscope (neocortex 1)", "description": "共焦点レーザー顕微鏡による観察（新皮質１）" }, { "name": "Confocal laser scanning microscope (neocortex 2)", "description": "共焦点レーザー顕微鏡による観察（新皮質２）" }, { "name": "confocal laser scanning microscope (hippocampus)", "description": "共焦点レーザー顕微鏡による観察（海馬）" }, { "name": "Confocal laser scanning microscope (cerebellum)", "description": "共焦点レーザー顕微鏡による観察（小脳）" }, { "name": "Immunoprecipitation", "description": "免疫沈降の結果" }, { "name": "Mascot search results", "description": "質量分析でのMascot解析の結果" }, { "name": "Ectopic expression (phase)", "description": "培養細胞でのKIAAの発現（位相差像）" }, { "name": "Ectopic expression (fluoro)", "description": "培養細胞でのKIAAの発現（蛍光像）" }, { "name": "mKIAA cDNA array analysis", "description": "マウスKIAA cDNAのアレイ実験の結果" } ] }, { "path": "jp\/create-portal\/data-2.html", "name": "InCeP", "database_name": "CREATE portal", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00403-002", "description": "mKIAAの細胞内情報伝達経路", "files": [ { "file_name": "create_portal_incep.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/create-portal\/LATEST\/create_portal_incep.zip", "file_size": "1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/create_portal_incep", "data_acquisition": "免疫沈降：成体マウスの組織もしくは培養細胞株の抽出液を用いて抗mKIAA抗体を用いた免疫沈降を行いました。\r\n質量分析：共沈したタンパク質をSDS-PAGEにより分離し、切り出したタンパク質バンドを質量分析により解析しました。", "analysis": "質量分析：LC-MSによる質量分析の結果をMascot解析し、共沈したタンパク質を予想しました。\r\nKeyMolnet解析：KeyMolnetのソフトを用いて、質量分析の結果同定されたタンパク質情報と既存のタンパク質相互作用の情報を合わせてmKIAAの細胞内情報伝達経路のイメージ図を作成しました。", "data_number": "50 件", "details": [ { "name": "mKIAA No.", "description": "マウスKIAAの遺伝子番号" }, { "name": "Pathway image", "description": "情報伝達経路のイメージ" }, { "name": "KeyMolnet file", "description": "KeyMolnetソフト由来のファイル" }, { "name": "Reference", "description": "関連論文" } ] }, { "path": "jp\/create-portal\/data-3.html", "name": "InCeP画像", "database_name": "CREATE portal", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00403-003", "description": "mKIAAの細胞内情報伝達経路の画像ファイル", "files": [ { "file_name": "create_portal_images.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/create-portal\/LATEST\/create_portal_images.zip", "file_size": "13.4 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "「KeyMolnet data」より", "analysis": "", "data_number": "76 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/create-portal\/data-4.html", "name": "KeyMolnet data", "database_name": "CREATE portal", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00403-004", "description": "mKIAAの細胞内情報伝達経路のKeyMolnetファイル", "files": [ { "file_name": "create_portal_keymolnet.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/create-portal\/LATEST\/create_portal_keymolnet.zip", "file_size": "7.1 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "「Mascot search results」より", "analysis": "KeyMolnetのソフトを用いて、質量分析の結果同定されたタンパク質情報と既存のタンパク質相互作用の情報を合わせてmKIAAの細胞内情報伝達経路のイメージ図を作成しました。", "data_number": "76 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/create-portal\/data-5.html", "name": "Mascot search results", "database_name": "CREATE portal", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00403-005", "description": "Mascot解析結果ファイル", "files": [ { "file_name": "create_portal_mascot.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/create-portal\/LATEST\/create_portal_mascot.zip", "file_size": "321 KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "免疫沈降：成体マウスの組織もしくは培養細胞株の抽出液を用いて抗mKIAA抗体を用いた免疫沈降を行いました。\r\n質量分析：共沈したタンパク質をSDS-PAGEにより分離し、切り出したタンパク質バンドを質量分析により解析しました。", "analysis": "質量分析：LC-MSによる質量分析の結果をMascot解析し、共沈したタンパク質を予想しました。", "data_number": "38 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/dhaplodb\/data-1.html", "name": "SNP 一覧 (Phase II)", "database_name": "D-HaploDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00036-001", "description": "D2（Phase II）のSNP一覧。\r\nD1（Phase I、Perlegen社アレイによる281K SNPデータ）に、Affymetrix 500Kアレイを用いて決定したデータをマージし、品質管理（QC）を行ったもの（74サンプル分）。連鎖不平衡領域（LD bin）を算出してある。\r\nPhase IIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、SNP単位の情報を表形式にまとめたもの。", "files": [ { "file_name": "dhaplo_d2_snp_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dhaplodb\/LATEST\/dhaplo_d2_snp_list.zip", "file_size": "16.6MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dhaplo_d2_snp_list#ja", "data_acquisition": "Perlegen 281K arrays、Affymetrix 500K arrays", "analysis": "Perlegen 281K arraysによる解析については Kukita et al. (2005) に記載のとおりである。Affymetrix 500K arraysによる解析についてはHigasa et al. (2009) に記載されているが論文ではアノテーションにゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用しているのに対し、D2では Build35 を使用しており、同じ参照配列を使用したPerlegen 281K arrays の結果と統合している。なお、タイピングの結果、1%以下の割合でヘテロと判定された箇所があるが、これらはエラー判定の可能性が高い（全胞状奇胎ではヘテロは基本的にないはずであり、実際にこれらのコールの再現性も悪い）のですべてノーコールに変換している。LD binの解析方法についてはLD bin一覧の解析方法の項目を参照のこと。", "data_number": "581,235件", "details": [ { "name": "RefSNP ID", "description": "RefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク）" }, { "name": "Affy\/Perlegen ID", "description": "Affymetrix社またはPerlegen社のマイクロアレイのユニークID。" }, { "name": "Chromosome", "description": "SNPが存在する染色体。" }, { "name": "Position", "description": "SNPの染色体上の位置。 (NCBI Build 35)" }, { "name": "Alleles", "description": "対立遺伝子。" }, { "name": "MAF", "description": "SNPの対立遺伝子の頻度。 (MAF: Minor allele frequency)" }, { "name": "Genotypes", "description": "74セットの胞状奇胎の試料についての遺伝子型。" }, { "name": "LD bin", "description": "LD binの名称。 (簡易検索では、「LD bin 一覧」テーブルへのリンク)" }, { "name": "tagSNP", "description": "tagSNPであるかどうかを示すフラグ。\r\n1: tagSNPである。\r\n0: tagSNPではない。\r\n-: LD binに含まれないSNP。" }, { "name": "Best tagSNP", "description": "Best tagSNPであるかどうかを示すフラグ。\r\n1: Best tagSNPである。\r\n0: Best tagSNPではない。\r\n-: LD binに含まれないSNP。" } ] }, { "path": "jp\/dhaplodb\/data-2.html", "name": "SNP 一覧 (Phase III)", "database_name": "D-HaploDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00036-002", "description": "D3（Phase III）のSNP一覧（1M SNP、87サンプル分）。\r\n基本的にはKukita et al. (2010)記載の通りに作成されているが、論文のQCはより厳しくさらに２サンプル（CHM010とCHM035)が排除されている。連鎖不平衡領域（LD bin）を算出してある。\r\nPhase IIIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、SNP単位の情報を表形式にまとめたもの。", "files": [ { "file_name": "dhaplo_d3_snp_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dhaplodb\/LATEST\/dhaplo_d3_snp_list.zip", "file_size": "23.9MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dhaplo_d3_snp_list#ja", "data_acquisition": "Affymetrix SNP 6.0", "analysis": "全胞状奇胎(CHM)100検体をAffymetrix SNP 6.0 arrays でジェノタイピングした。アノテーションにはゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用した。Kukita et al.(2010)に記載の方法に従って、蛍光シグナル比(log2R)が低値であったSNP、CNV解析により欠失領域にあると判定されたSNP、およびヘテロと判定されたSNPをノーコールに変換した。このあとサンプルコール率およびSNPコール率によるQCを行い最終的に87CHMについての876KSNPのタイピング結果を取得した。LD binの解析方法についてはLD bin一覧の解析方法の項目を参照のこと。", "data_number": "876,399件", "details": [ { "name": "RefSNP ID", "description": "RefSNP ID (rs番号)。 (簡易検索ではdbSNPへのリンク）" }, { "name": "Affy\/Perlegen ID", "description": "Affymetrix社またはPerlegen社のマイクロアレイのユニークID。" }, { "name": "Chromosome", "description": "SNPが存在する染色体。" }, { "name": "Position", "description": "SNPの染色体上の位置。 (NCBI Build 36)" }, { "name": "Alleles", "description": "対立遺伝子。" }, { "name": "MAF", "description": "SNPの対立遺伝子の頻度。 (MAF: Minor allele frequency)" }, { "name": "Genotypes", "description": "87セットの胞状奇胎の試料についての遺伝子型。" }, { "name": "LD bin", "description": "LD binの名称。 (簡易検索では、「LD bin 一覧」テーブルへのリンク)" }, { "name": "tagSNP", "description": "tagSNPであるかどうかを示すフラグ。\r\n1: tagSNPである。\r\n0: tagSNPではない。\r\n-: LD binに含まれないSNP。" }, { "name": "Best tagSNP", "description": "Best tagSNPであるかどうかを示すフラグ。\r\n1: Best tagSNPである。\r\n0: Best tagSNPではない。\r\n-: LD binに含まれないSNP。" } ] }, { "path": "jp\/dhaplodb\/data-3.html", "name": "LD bin 一覧 (Phase II)", "database_name": "D-HaploDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00036-003", "description": "D2（Phase II）のLD bin 一覧。\r\nLD bin （連鎖不平衡領域）は、r2 (連鎖不平衡の指標)の高いSNP同士をグループ化したもの。\r\nPhase IIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、LD bin単位の情報を表形式にまとめたもの。", "files": [ { "file_name": "dhaplo_d2_ld_bin_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dhaplodb\/LATEST\/dhaplo_d2_ld_bin_list.zip", "file_size": "3.0MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dhaplo_d2_ld_bin_list#ja", "data_acquisition": "Perlegen 281K arrays、Affymetrix 500K arrays", "analysis": "連鎖不平衡の尺度としてSNP間(お互いの距離が300 kb以内であるもの）のr2を計算した。このとき解析対象としたSNPはアレル頻度5%以上に限定した。相互のr2が0.8以上であるSNPをLD binにまとめ、その中からtagSNPおよびbest tagSNP（tagSNPの中で、他のSNPsに対するr2の平均が最も高いもの）を選んだ。LD binおよびtagSNPの計算にはCarlsonら（AJHG 74: 106-120, 2004）のldSelectプログラムをハプロイドデータを扱えるように改変して用いた。", "data_number": "254,762件", "details": [ { "name": "LD bin", "description": "LD binの名称。" }, { "name": "Chromosome", "description": "LD binが存在する染色体。 (Chr1～Chr22, ChrX)" }, { "name": "Position Start", "description": "LD binの染色体上の開始位置。 (NCBI Build 35)" }, { "name": "Position End", "description": "LD binの染色体上の終了位置。 (NCBI Build 35)" }, { "name": "SNPs Count", "description": "LD binに含まれるSNPの数。" }, { "name": "tagSNPs Count", "description": "LD binに含まれるtagSNPの数。" }, { "name": "Best tagSNP", "description": "LD binに含まれるtagSNPのうち、r2が最も高いSNPのRefSNP ID (rs番号)。\r\n(簡易検索ではdbSNPへのリンク）" } ] }, { "path": "jp\/dhaplodb\/data-4.html", "name": "LD bin 一覧 (Phase III)", "database_name": "D-HaploDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00036-004", "description": "D3（Phase III）のLD bin一覧。\r\nLD bin （連鎖不平衡領域）は、r2 (連鎖不平衡の指標)の高いSNP同士をグループ化したもの。\r\nPhase IIIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、LD bin単位の情報を表形式にまとめたもの。", "files": [ { "file_name": "dhaplo_d3_ld_bin_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dhaplodb\/LATEST\/dhaplo_d3_ld_bin_list.zip", "file_size": "3.1MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dhaplo_d3_ld_bin_list#ja", "data_acquisition": "Affymetrix SNP 6.0", "analysis": "連鎖不平衡の尺度としてSNP間(お互いの距離が300 kb以内であるもの）のr2を計算した。このとき解析対象としたSNPはアレル頻度5%以上に限定した。相互のr2が0.8以上であるSNPをLD binにまとめ、その中からtagSNPおよびbest tagSNP（tagSNPの中で、他のSNPsに対するr2の平均が最も高いもの）を選んだ。LD binおよびtagSNPの計算にはCarlsonら（AJHG 74: 106-120, 2004）のldSelectと同様の原理に基づくTagzillaプログラムを用いた。", "data_number": "250,751件", "details": [ { "name": "LD bin", "description": "LD binの名称。" }, { "name": "Chromosome", "description": "LD binが存在する染色体。 (Chr1～Chr22, ChrX)" }, { "name": "Position Start", "description": "LD binの染色体上の開始位置。 (NCBI Build 36)" }, { "name": "Position End", "description": "LD binの染色体上の終了位置。 (NCBI Build 36)" }, { "name": "SNPs Count", "description": "LD binに含まれるSNPの数。" }, { "name": "tagSNPs Count", "description": "LD binに含まれるtagSNPの数。" }, { "name": "Best tagSNP", "description": "LD binに含まれるtagSNPのうち、r2が最も高いSNPのRefSNP ID (rs番号)。\r\n(簡易検索ではdbSNPへのリンク）" } ] }, { "path": "jp\/dhaplodb\/data-5.html", "name": "Genotype Data (Phase II)", "database_name": "D-HaploDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00036-005", "description": "D2（Phase II）の遺伝子型データ。\r\nD1（Phase I、Perlegen社アレイによる281K SNPデータ）に、Affymetrix 500Kアレイを用いて決定したデータをマージし、品質管理（QC）を行ったもの（74サンプル分）。", "files": [ { "file_name": "mole_info_DhaploD2.txt.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dhaplodb\/LATEST\/mole_info_DhaploD2.txt.gz", "file_size": "13.7MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "Perlegen 281K arrays、Affymetrix 500K arrays によるSNPジェノタイピング", "analysis": "Perlegen  281K arraysによる解析については Kukita et al. (2005) に記載のとおりである。Affymetrix 500K arraysによる解析についてはHigasa et al. (2009) に記載されているが論文ではアノテーションにゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用しているのに対し、D2では Build35 を使用しており、同じ参照配列を使用したPerlegen  281K arrays の結果と統合している。なお、タイピングの結果、1%以下の割合でヘテロと判定された箇所があるが、これらはエラー判定の可能性が高い（全胞状奇胎ではヘテロは基本的にないはずであり、実際にこれらのコールの再現性も悪い）のですべてノーコールに変換している。", "data_number": "581,235件", "details": [ { "name": "rs", "description": "RefSNP accession ID (rs number)" }, { "name": "chr", "description": "SNPが存在する染色体の番号 (1-22,X)" }, { "name": "pos", "description": "SNPの染色体上の位置" }, { "name": "allele1", "description": "対立遺伝子1" }, { "name": "allele2", "description": "対立遺伝子2" }, { "name": "gtype", "description": "74セット分の胞状奇胎の試料の遺伝子型" } ] }, { "path": "jp\/dhaplodb\/data-6.html", "name": "Genotype Data (Phase III)", "database_name": "D-HaploDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00036-006", "description": "D3（Phase III）の遺伝子型データ（876K SNP、87サンプル分）。\r\n基本的にはKukita et al. (2010)記載の通りに作成されているが、論文のQCはより厳しくさらに２サンプル（CHM010とCHM035)が排除されている。ダウンロードデータにはコピー数多型（CNV）は含まれていない。", "files": [ { "file_name": "mole_info_DhaploD3.txt.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dhaplodb\/LATEST\/mole_info_DhaploD3.txt.gz", "file_size": "23.8MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "Affymetrix SNP 6.0 arrays　によるジェノタイピング", "analysis": "全胞状奇胎(CHM)100検体をAffymetrix SNP 6.0 arrays でジェノタイピングした。アノテーションにはゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用した。Kukita et al.(2010)に記載の方法に従って、蛍光シグナル比(log2R)が低値であったSNP、CNV解析により欠失領域にあると判定されたSNP、およびヘテロと判定されたSNPをノーコールに変換した。このあとサンプルコール率およびSNPコール率によるQCを行い最終的に87CHMについての876KSNPのタイピング結果を取得した。", "data_number": "876,399件", "details": [ { "name": "chr", "description": "染色体番号 (1-22,X)" }, { "name": "sample", "description": "データセットの名称" }, { "name": "rs", "description": "RefSNP accession ID (rs number)" }, { "name": "pos", "description": "染色体上の位置" }, { "name": "allele1", "description": "対立遺伝子1" }, { "name": "allele2", "description": "対立遺伝子2" }, { "name": "gtype", "description": "87セット分の胞状奇胎の試料の遺伝子型" }, { "name": "ss", "description": "Affymetrix社のマイクロアレイでのユニークID" } ] }, { "path": "jp\/dhaplodb\/data-7.html", "name": "LD_bin Data (Phase II)", "database_name": "D-HaploDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00036-007", "description": "D2（Phase II）の連鎖不平衡領域（LD bin）の算出結果。\r\nGFFフォーマットのファイルで、２種類の行が含まれており、カラム#3で区別されている。\r\n・LD_BIN行　：　LD binに含まれるSNP、さらにtagSNP、Best tagSNP(※)を示す。\r\n・LD_BIN_BOUNDARIES行　：　LD binの境界を示す。\r\n（※Best tagSNP：LD bin内の他のSNPに対するr2の平均が最高値を示すSNP）", "files": [ { "file_name": "bin_2R80M5.gff.gz (GFF形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dhaplodb\/LATEST\/bin_2R80M5.gff.gz", "file_size": "12.1MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "「Genotype Data (Phase II)」を解析", "analysis": "連鎖不平衡の尺度としてSNP間(お互いの距離が300 kb以内であるもの）のr2を計算した。このとき解析対象としたSNPはアレル頻度5%以上に限定した。相互のr2が0.8以上であるSNPをLD binにまとめ、その中からtagSNPおよびbest tagSNP（tagSNPの中で、他のSNPsに対するr2の平均が最も高いもの）を選んだ。LD binおよびtagSNPの計算にはCarlsonら（AJHG 74: 106-120, 2004）のldSelectプログラムをハプロイドデータを扱えるように改変して用いた。", "data_number": "SNP: 541,686件\r\nLD Bin: 254,762件", "details": [ { "name": "seqname", "description": "SNPの存在する染色体。 (e.g. Chr1)" }, { "name": "source", "description": "データセットの名称。 (e.g. CHM_2R80M5Z)" }, { "name": "feature", "description": "データの種別。SNPの情報またはLD binの境界の情報。\r\n(e.g. LD_BIN, LD_BIN_BOUNDARIES)" }, { "name": "start", "description": "SNP、またはbin左端の染色体上の位置。 (NCBI Build 35)" }, { "name": "end", "description": "SNP、またはbin右端の染色体上の位置。" }, { "name": "score", "description": "LD_BIN行では、2:Best tagSNP、1:tagSNP、0:他のSNP。LD_BIN_BOUNDARIES行では常に\".\"" }, { "name": "strand", "description": "（常に\"+\"）" }, { "name": "frame", "description": "（常に\".\"）" }, { "name": "attributes", "description": "次の複数のデータを含む項目。\r\nld_bin: LD binの名称（これ以外はLD_BIN行にのみ存在）\r\nRSID: RefSNP ID (rs番号)\r\ntagging: tagSNPかどうかを示すフラグ\r\nbesttag: Best tagSNPかどうかを示すフラグ\r\nSNPID: Affymetrix社のマイクロアレイのユニークID\r\n(e.g. ld_bin 2R80M5Z_10_1 ; RSID rs16930466 ; tagging 1 ; besttag 0 ; SNPID SNP_A-2110939)" } ] }, { "path": "jp\/dhaplodb\/data-8.html", "name": "LD_bin Data (Phase III)", "database_name": "D-HaploDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00036-008", "description": "D3（Phase III）の連鎖不平衡領域（LD bin）の算出結果。\r\nGFFフォーマットのファイルで、２種類の行が含まれており、カラム#3で区別されている。\r\n・LD_BIN行　：　LD binに含まれるSNP、さらにtagSNP、Best tagSNP(※)を示す。\r\n・LD_BIN_BOUNDARIES行　：　LD binの境界を示す。\r\n（※Best tagSNP：LD bin内の他のSNPに対するr2の平均が最高値を示すSNP）", "files": [ { "file_name": "bin_3R80M5Zb36.gff.gz (GFF形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dhaplodb\/LATEST\/bin_3R80M5Zb36.gff.gz", "file_size": "12.8MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "「Genotype Data (Phase IIＩ)」を解析", "analysis": "連鎖不平衡の尺度としてSNP間(お互いの距離が300 kb以内であるもの）のr2を計算した。このとき解析対象としたSNPはアレル頻度5%以上に限定した。相互のr2が0.8以上であるSNPをLD binにまとめ、その中からtagSNPおよびbest tagSNP（tagSNPの中で、他のSNPsに対するr2の平均が最も高いもの）を選んだ。LD binおよびtagSNPの計算にはCarlsonら（AJHG 74: 106-120, 2004）のldSelectと同様の原理に基づくTagzillaプログラムを用いた。", "data_number": "SNP: 565,646件\r\nLD Bin: 250,751件", "details": [ { "name": "seqname", "description": "SNPの存在する染色体。 (e.g. Chr1)" }, { "name": "source", "description": "データセットの名称。 (e.g. CHM_3R80M5Z)" }, { "name": "feature", "description": "データの種別。SNPの情報またはLD binの境界の情報。\r\n(e.g. LD_BIN, LD_BIN_BOUNDARIES)" }, { "name": "start", "description": "SNP、またはbin左端の染色体上の位置。 (NCBI Build 36)" }, { "name": "end", "description": "SNP、またはbin右端の染色体上の位置。" }, { "name": "score", "description": "LD_BIN行では、2:Best tagSNP、1:tagSNP、0:他のSNP。LD_BIN_BOUNDARIES行では常に\".\"" }, { "name": "strand", "description": "（常に\"+\"）" }, { "name": "frame", "description": "（常に\".\"）" }, { "name": "attributes", "description": "次の複数のデータを含む項目。\r\nld_bin: LD binの名称（これ以外はLD_BIN行にのみ存在）\r\nRSID: RefSNP ID (rs番号)\r\ntagging: tagSNPかどうかを示すフラグ\r\nbesttag: Best tagSNPかどうかを示すフラグ\r\nSNPID: Affymetrix社のマイクロアレイのユニークID\r\n(e.g. ld_bin 3R80M5Z_10_2 ; RSID rs16930466 ; tagging 1 ; besttag 0 ; SNPID SNP_A-2110939)" } ] }, { "path": "jp\/dbspire\/data-1.html", "name": "PROSITEリスト", "database_name": "DB-SPIRE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00411-001", "description": "PROSITEのエントリとPDBのエントリおよびチェインへのマッチング状況を示したリストです。", "files": [ { "file_name": "dbspire_prosite_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbspire\/LATEST\/dbspire_prosite_list.zip", "file_size": "29.1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dbspire_prosite_list", "data_acquisition": "PROSITE", "analysis": "ワード検索、モチーフ検索", "data_number": "1,565 件", "details": [ { "name": "prositeLisAC", "description": "PROSITE DO番号" }, { "name": "PROSITE Info", "description": "prositeLisACに対応するPROSITE情報のエントリにリンク（簡易検索のみ）" }, { "name": "prositeLisFamilySize", "description": "PROSITE DO番号に対応するACの個数" }, { "name": "prositeLisDE", "description": "PROSITE DO番号に対応するdescription" }, { "name": "prositeLisPatternSize", "description": "PROSITE DO番号に対応するパターンACの個数" }, { "name": "prositeLisRuleSize", "description": "PROSITE DO番号に対応するルールACの個数" }, { "name": "prositeLisRuleWithPASize", "description": "PROSITE DO番号に対応するパターン・ルールACの個数" }, { "name": "prositeLisRuleWithMASize", "description": "PROSITE DO番号に対応するマトリクス・ルールACの個数" }, { "name": "prositeLisMatrixSize", "description": "PROSITE DO番号に対応するマトリクスACの個数" }, { "name": "prosite3dLisIdSize", "description": "PROSITEのデータベースにアノテーションされているPROSITE DO番号に対応するPDBの個数" }, { "name": "prosite3dSeqIdLisSize", "description": "本データベースでPROSITE DO番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数" }, { "name": "prosite3dSeqChainLisSize", "description": "本データベースでPROSITE DO番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数" }, { "name": "prosite3dAtomIdLisSize", "description": "本データベースでPROSITE DO番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBの個数" }, { "name": "prosite3dAtomChainLisSize", "description": "本データベースでPROSITE DO番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数" } ] }, { "path": "jp\/dbspire\/data-2.html", "name": "PROSITE情報", "database_name": "DB-SPIRE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00411-002", "description": "PROSITEリストに対応するPROSITEエントリ情報とPDBのエントリおよびチェインへのマッチング状況のデータです。", "files": [ { "file_name": "dbspire_prosite_info.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbspire\/LATEST\/dbspire_prosite_info.zip", "file_size": "54.8 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dbspire_prosite_info", "data_acquisition": "PROSITE", "analysis": "ワード検索、モチーフ検索", "data_number": "2,178 件", "details": [ { "name": "prositeAC", "description": "PROSITE AC番号" }, { "name": "PDB SEQRES", "description": "prositeACに対応するPROSITE - PDB SEQRESマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ）" }, { "name": "prositeID", "description": "PROSITE ID" }, { "name": "prositeIDType", "description": "ACのタイプ" }, { "name": "prositeDE", "description": "当該PROSITEエントリの説明" }, { "name": "prositeDO", "description": "PROSITE DO番号" }, { "name": "prosite3dSize", "description": "PROSITEデータベースで、本エントリにアノテーション付けされたPDBの個数" }, { "name": "prosite3dSeqIdSize", "description": "本データベースでPROSITE AC番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数" }, { "name": "prosite3dSeqChainSize", "description": "本データベースでPROSITE AC番号に対応するSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数" }, { "name": "prosite3dAtomIdSize", "description": "本データベースでPROSITE AC番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBの個数" }, { "name": "prosite3dAtomChainSize", "description": "本データベースでPROSITE AC番号に対応するATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数" } ] }, { "path": "jp\/dbspire\/data-3.html", "name": "PROSITE - PDB SEQRESマッチングデータ", "database_name": "DB-SPIRE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00411-003", "description": "本データベースでPROSITEエントリに対応するSEQRES配列とマッチしたPDBエントリとチェインの配列番号", "files": [ { "file_name": "dbspire_prosite_pdb_seq.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbspire\/LATEST\/dbspire_prosite_pdb_seq.zip", "file_size": "4.1 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dbspire_prosite_pdb_seq", "data_acquisition": "PROSITE\r\nタンパク質立体構造データベースPDB(Protein Data Bank)", "analysis": "ワード検索、モチーフ検索", "data_number": "654,777 件", "details": [ { "name": "prositeAC", "description": "PROSITE AC番号" }, { "name": "pdbID", "description": "PDB ID" }, { "name": "pdbChain", "description": "PDBチェイン" }, { "name": "pdbMatchLine", "description": "SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号" } ] }, { "path": "jp\/dbspire\/data-4.html", "name": "BLOCKSリスト", "database_name": "DB-SPIRE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00411-004", "description": "BLOCKSのエントリとPDBのエントリおよびチェインへのマッチング状況を示したリストです。", "files": [ { "file_name": "dbspire_blocks_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbspire\/LATEST\/dbspire_blocks_list.zip", "file_size": "113 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dbspire_blocks_list", "data_acquisition": "BLOCKS", "analysis": "ワード検索、モチーフ検索", "data_number": "5,900 件", "details": [ { "name": "blocksFamilyAC", "description": "BLOCKSデータベースのファミリーAC番号" }, { "name": "BLOCKS Info", "description": "blocksFamilyACに対応するBLOCKS情報のエントリにリンク（簡易検索のみ）" }, { "name": "blocksType", "description": "このACの由来（PRINTSまたはPROTOMAT）" }, { "name": "blocksFamilySize", "description": "同じファミリーAC番号を持つBLOCKSエントリの個数" }, { "name": "blocksPrints", "description": "PRINTSデータベースのAC番号（blocksTypeがPRINTSの場合のみ）" }, { "name": "blocksName", "description": "BLOCKSデータベースの当該エントリの説明" }, { "name": "blocks3dIdFamilySize", "description": "MASTによりアノテーション付けされたPDBの個数" }, { "name": "blocks3dChainFamilySize", "description": "MASTによりアノテーション付けされたPDBチェインの個数" }, { "name": "blocks3dSeqIdFamilySize", "description": "本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数" }, { "name": "blocks3dSeqChainFamilySize", "description": "本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数" }, { "name": "blocks3dAtomIdFamilySize", "description": "本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBの個数" }, { "name": "blocks3dAtomChainFamilySize", "description": "本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数" } ] }, { "path": "jp\/dbspire\/data-5.html", "name": "BLOCKS情報", "database_name": "DB-SPIRE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00411-005", "description": "BLOCKSリストに対応するBLOCKSエントリ情報とPDBのエントリおよびチェインへのマッチング状況のデータです。", "files": [ { "file_name": "dbspire_blocks_info.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbspire\/LATEST\/dbspire_blocks_info.zip", "file_size": "305 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dbspire_blocks_info", "data_acquisition": "BLOCKS", "analysis": "ワード検索、モチーフ検索", "data_number": "29,068 件", "details": [ { "name": "blocksAC", "description": "BLOCKSデータベースのAC番号" }, { "name": "PDB SEQRES", "description": "BLOCKS ACに対応するBLOCKS - PDB SEQRESマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ）" }, { "name": "PDB ATOM", "description": "BLOCKS ACに対応するBLOCKS - PDB ATOMマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ）" }, { "name": "blocksACFamily", "description": "本エントリのファミリーAC番号" }, { "name": "Family VS PDB", "description": "ファミリーAC番号に対応するBLOCKS - PDBマッチングデータへのリンク（簡易検索のみ）" }, { "name": "blocksID", "description": "BLOCKS ID" }, { "name": "blocksDE", "description": "本エントリの説明" }, { "name": "blocks3dIdSize", "description": "MASTによりアノテーション付けされたPDBの個数" }, { "name": "blocks3dChainSize", "description": "MASTによりアノテーション付けされたPDBチェインの個数" }, { "name": "blocks3dSeqIdSize", "description": "本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBの個数" }, { "name": "blocks3dSeqChainSize", "description": "本データベースでSEQRES配列とマッチングしたPDBチェインの個数" }, { "name": "blocks3dAtomIdSize", "description": "本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBの個数" }, { "name": "blocks3dAtomChainSize", "description": "本データベースでATOM配列とマッチングしたPDBチェインの個数" } ] }, { "path": "jp\/dbspire\/data-6.html", "name": "BLOCKS - PDBマッチングデータ", "database_name": "DB-SPIRE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00411-006", "description": "本データベースでBLOCKSエントリとマッチしたPDBエントリとチェインのデータ", "files": [ { "file_name": "dbspire_blocks_pdb.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbspire\/LATEST\/dbspire_blocks_pdb.zip", "file_size": "512 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dbspire_blocks_pdb", "data_acquisition": "BLOCKS, PDB", "analysis": "ワード検索、モチーフ検索", "data_number": "166,232 件", "details": [ { "name": "blocksFamilyAC", "description": "BLOCKSデータベースのファミリーAC番号" }, { "name": "pdbID", "description": "PDB ID" }, { "name": "pdbChain", "description": "PDBチェイン" } ] }, { "path": "jp\/dbspire\/data-7.html", "name": "BLOCKS - PDB SEQRESマッチングデータ", "database_name": "DB-SPIRE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00411-007", "description": "本データベースでBLOCKSエントリに対応したSEQRES配列とマッチしたPDBエントリとチェインのデータ", "files": [ { "file_name": "dbspire_blocks_pdb_seq.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbspire\/LATEST\/dbspire_blocks_pdb_seq.zip", "file_size": "6.4 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dbspire_blocks_pdb_seq", "data_acquisition": "BLOCKS, PDB", "analysis": "ワード検索、モチーフ検索", "data_number": "858,156 件", "details": [ { "name": "blocksAC", "description": "BLOCKSデータベースのAC番号" }, { "name": "pdbID", "description": "PDB ID" }, { "name": "pdbChain", "description": "PDBチェイン" }, { "name": "pdbMatchLine", "description": "SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号" } ] }, { "path": "jp\/dbspire\/data-8.html", "name": "BLOCKS - PDB ATOMマッチングデータ", "database_name": "DB-SPIRE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00411-008", "description": "本データベースでBLOCKSエントリに対応したATOM配列とマッチしたPDBエントリとチェインのデータ", "files": [ { "file_name": "dbspire_blocks_pdb_atom.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbspire\/LATEST\/dbspire_blocks_pdb_atom.zip", "file_size": "6.2 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dbspire_blocks_pdb_atom", "data_acquisition": "BLOCKS, PDB", "analysis": "ワード検索、モチーフ検索", "data_number": "824,198 件", "details": [ { "name": "blocksAC", "description": "BLOCKSデータベースのAC番号" }, { "name": "pdbID", "description": "PDB ID" }, { "name": "pdbChain", "description": "PDBチェイン" }, { "name": "pdbIndex", "description": "ATOM行の開始番号" }, { "name": "pdbMatchLine", "description": "SEQRES配列とマッチングしたPDBの配列番号" } ] }, { "path": "jp\/dbqsnp\/data-1.html", "name": "アレル頻度データ", "database_name": "dbQSNP", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00042-001", "description": "プールしたDNAを定量的蛍光PCR-SSCP解析して得られた、日本人及び西欧人でのSNPアレル頻度", "files": [ { "file_name": "dbqsnp_frequency.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbqsnp\/LATEST\/dbqsnp_frequency.zip", "file_size": "159 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dbqsnp_frequency", "data_acquisition": "日本人8人について、DBTSSに記載された遺伝子転写開始点周辺（上流1 kb、下流0.2 kb）の配列をサンガー法でシークエンス解析し、SNPを同定した。次にそのSNPを含む短断片についてプールDNA-蛍光PCR-SSCP法（ABI3100シークエンサーを利用、Kukita et al. 2002, Baba et al. 2003）を行い、該当するSNPの日本人集団および西洋人集団におけるアレル頻度を決定した（Tahira et al. 2005)。このほかに、全身性エリテマトーデスに関連する候補ＳＮＰを症例および対照のプールDNAで解析した結果（Miyagawa et al. 2008 および坂口ら、日本分子生物学会 2005）、乳がんに関連する候補ＳＮＰを症例および対照のプールDNAで解析した結果（宮城ら、日本癌学会学術総会 2004）を含む。", "analysis": "蛍光PCR-SSCP法におけるデータ解析はdbQSNPデータ解析システムに組み込んだQUISCAにより行った（Higasa et al. 2002; Sasaki et al. 2001; Tahira et al. 2005)。またプールDNAを用いたSNPアレル頻度の計算は、プールサンプルの各アレルのピーク高をヘテロサンプルのピーク高で補正する方法により行った（Sasaki et al. 2001)。ここで解析したSNPは順次NCBIのdbSNPに登録した（ハンドル名：KYUGEN)。それにより、refSNPのIDが付与されたので、その情報を加えた（dbSNP Build 128)。また、GenBank contig (NT sequence)の配列（NCBI Build 36)と比較した。", "data_number": "16,503 件", "details": [ { "name": "dbQSNP_id", "description": "dbQSNPにおけるID" }, { "name": "strand", "description": "STSのforward strandをGenBank contig (NT sequence, NCBI Build 36) と比べた場合の向き。SNPは常にSTSのforward strandで記述してあることに注意。" }, { "name": "contig_id", "description": "STSと最も高い homologyを示したGenBank contig (NT sequence, NCBI Build 36) のID" }, { "name": "rs#", "description": "dbSNP refSNPでのaccession #. (dbSNP Build 128)" }, { "name": "allele_1", "description": "allele 1の配列" }, { "name": "allele_2", "description": "allele 2の配列" }, { "name": "AF_allele_1", "description": "allele 1のアレル頻度" }, { "name": "AF_allele_2", "description": "allele ２のアレル頻度" }, { "name": "pool_id", "description": "DNAプールのID (下記参照、いずれも末梢血リンパ球由来のDNA）\r\n西欧人のプールとしては、CAU200 （Caucasian Panel of 200; HD200 としてコリエル医学研究所から入手)を主に使用した。このほかに、CP (CEPHの両親世代）、COP (HD100)も使用。\r\n\r\n日本人のプールとしては、主にJSA426 （九州地区の健常人集団）を用いた。日本各地で収集された健康人DNAのプールも一部で用いた (JPK, JPK2, JPK3, JCM253, NCEP, NCL_P, NCP269, NCE_SP, JNCL_SP）。\r\n\r\nこのほかに、複数の地域の健常人集団（JPK、JPK2、JPK3、JCM253、NCEP、NCL_P、NCP269、NCE_SP、 JNCL_SP）、乳がん患者の試料（BREP、BRLP、JBRE_SP、 JBRL_SP）、 九州地区の全身性エリテマトーデス患者の試料 （ SLEP264、SLEP183）も用いた。" }, { "name": "#individual", "description": "プールに含まれる個人の人数" } ] }, { "path": "jp\/dbqsnp\/data-2.html", "name": "配列データ", "database_name": "dbQSNP", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00042-002", "description": "複数の個人（ほとんどの場合、8人）で標的配列（STS）をPCR増幅し、シーケンスすることによって同定されたSNPおよび周辺配列", "files": [ { "file_name": "dbqsnp_fasta.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbqsnp\/LATEST\/dbqsnp_fasta.zip", "file_size": "1.0 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dbqsnp_fasta", "data_acquisition": "個人のDNAをPCR増幅しサンガー法でシークエンス解析を行った。SNP配列は、Phred\/Phrap\/Polyphredソフトウエア(http:\/\/www.phrap.org\/; http:\/\/droog.gs.washington.edu\/polyphred\/) を用いて検出し、目視により確認した。挿入・欠失変異は我々が独自開発したソフトウエアにより行った（三浦ら、特許第4009481号）。", "analysis": "ここで解析したSNPは順次NCBIのdbSNPに登録した（ハンドル名：KYUGEN)。", "data_number": "10,848 件", "details": [ { "name": "dbQSNP_id", "description": "dbQSNPにおけるID" }, { "name": "allele_Pos", "description": "配列の中でのSNPの位置（多型の一番目の塩基の位置）。必ず多型の5’側の配列の長さプラス１となる。" }, { "name": "total_Len", "description": "塩基配列の全体の長さ。多型の5’側、3’側、および多型の長さ(ins\/delの場合は長いほう）を足したもの。" }, { "name": "Internal_STS_ID", "description": "dbQSNPにおける標的配列のID" }, { "name": "alleles", "description": "SNPアレルの配列を\"\/\"で区切って示したもの" }, { "name": "sequence", "description": "塩基配列" } ] }, { "path": "jp\/dbqsnp\/data-3.html", "name": "オリジナル・データセット", "database_name": "dbQSNP", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00042-003", "description": "オリジナルサイト（http:\/\/qsnp.gen.kyushu-u.ac.jp\/download\/、運用終了） より利用可能だったファイル群\r\n- Readme.txt, dbQSNP.15.fasta.txt（配列データの元データ）, Frequency.15.txt（アレル頻度データの元データ） とサブディレクトリ pml\/ が含まれる\r\n- サブディレクトリ old\/ は含まれていない\r\n- pml\/ は可搬性が高いXMLベースのPML (Polymorphism Markup Language) 形式のデータを含む", "files": [ { "file_name": "dbQSNPdownload.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dbqsnp\/LATEST\/dbQSNPdownload.tar.gz", "file_size": "1.2 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "アレル頻度データ および 配列データ のページを参照", "analysis": "アレル頻度データ および 配列データ のページを参照", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/dgby\/data-1.html", "name": "実験リスト", "database_name": "DGBY", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00953-001", "description": "行われた実験と公開されたデータセットのまとめ", "files": [ { "file_name": "英語版: dgby_main_en.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dgby\/LATEST\/dgby_main_en.zip", "file_size": "1KB" }, { "file_name": "日本語版(UTF8): dgby_main_ja_utf8.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dgby\/LATEST\/dgby_main_ja_utf8.zip", "file_size": "1KB" }, { "file_name": "日本語版(SJIS): dgby_main_ja_sjis.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dgby\/LATEST\/dgby_main_ja_sjis.zip", "file_size": "1KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dgby_main_ja", "data_acquisition": "DNA マイクロアレイによるパン酵母の遺伝子発現プロファイル\r\n出芽酵母の非必須遺伝子の破壊株セットを用いたゲノムワイドなスクリーニング", "analysis": "網羅的遺伝子発現解析（トランスクリプトミクス）\r\n網羅的表現型解析（フェノミクス）", "data_number": "7件", "details": [ { "name": "ID", "description": "実験ID" }, { "name": "Post-genomic approache", "description": "実験手法" }, { "name": "Stress", "description": "実験条件" }, { "name": "Data file (GEO)", "description": "GEO内の登録ID" }, { "name": "Data file (CSV)", "description": 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"製パン用のパン酵母は、栄養分や温度条件等の厳密な管理を受けながら好気的条件下で培養されます。パン酵母は、パン生地に加えられると急激な環境条件の変化に曝されます。このような環境変化に対して、パン酵母はどのように適応しているのかを明らかにするため、我々はパン生地発酵の初期過程におけるパン酵母の遺伝子発現プロファイルを取得しました。その結果、酸素呼吸から発酵への移行を裏付けるように、発酵初期にはTCAサイクルに関連する遺伝子の発現が抑制されると共に、解糖系関連遺伝子の発現上昇が確認されました。また、unfolded protein response (UPR)に関連する遺伝子の発現が上昇するなど、興味深い現象も観察されました。", "files": [ { "file_name": "GEO Accession No: GSE3043", "file_url": "http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/projects\/geo\/query\/acc.cgi?acc=GSE3043", "file_size": "" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "Affymetrix Yeast Genome S98 Array", "analysis": "", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/dgby\/data-3.html", "name": "ＤＮＡ マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析 - 高ショ糖ストレス", "database_name": "DGBY", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00953-003", "description": "パン酵母には、菓子パン等に用いられる高糖生地の発酵に適したものや、フランスパン等の無糖生地の発酵に適したものなど、生地の種類に応じた様々な種類が存在します。我々は、高糖生地用パン酵母（HS株）と無糖生地用パン酵母（LS株）を用いて、発酵過程における遺伝子発現変化や発酵特性等を比較し、両株の特徴付けを試みました。その結果、グリセロールやトレハロースといった適合溶質の代謝に関連する遺伝子の発現は、ショ糖含有条件ではHS株よりもLS株において高レベルであることが分かりました。しかし、適合溶質の生合成関連遺伝子の発現レベルと適合溶質の細胞内濃度との相関は低いことが分かりました。", "files": [ { "file_name": "GEO Accession No: GSE4295", "file_url": "http:\/\/www.ncbi.nlm.nih.gov\/projects\/geo\/query\/acc.cgi?acc=GSE4295", "file_size": "" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "Affymetrix Yeast Genome 2.0 Array", "analysis": "", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/dgby\/data-4.html", "name": "ＤＮＡ マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析 - 乾燥ストレス", "database_name": "DGBY", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00953-004", "description": "ドライイーストは、培養したパン酵母を乾燥して製造されますが、その過程で酵母には熱や乾燥を伴う過酷なストレス（乾燥ストレス）が負荷されます。我々はドライイースト製造を模倣した通風乾燥過程におけるパン酵母の遺伝子発現変化を解析し、乾燥ストレスがパン酵母の遺伝子発現に及ぼす影響を調べました。その結果、乾燥初期にはタンパク質のフォールディングに関与する遺伝子の発現が一過的に上昇していました。また、乾燥過程において脂肪酸代謝関連遺伝子の発現が高く維持されていることが示唆されました。", "files": [ { 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"パン酵母は、ドライイースト製造の過程で過酷な乾燥ストレスに曝されます。我々は、乾燥ストレス耐性に必要な遺伝子を明らかにすることを目的に、出芽酵母の非必須遺伝子の破壊株セットを用いたゲノムワイドなスクリーニングを行いました。その結果、乾燥ストレス感受性を示す278株の遺伝子破壊株を同定することが出来ました。感受性株の破壊遺伝子の中には、液胞酸性化を担う液胞型プロトンATPaseやミトコンドリア機能に関与するものが多く含まれていました。これらの機能は、乾燥ストレスによって液胞酸性化欠損株の細胞内pHが顕著に低下すること、および乾燥ストレスによってミトコンドリア膜電位が喪失することから、乾燥ストレス耐性において重要な役割を担っている可能性が示唆されました。乾燥ストレス感受性と酸化ストレス感受性との関連について調べたところ、酸化ストレスは乾燥ストレスに対する感受性を決定付ける重要な要素であるにも関わらず、酸化ストレス耐性への関与が知られている活性酸素種消去システムは、乾燥ストレス耐性には必須ではない可能性が示唆されました。", "files": [ { "file_name": "CSV形式: dgby_air_drying_stress.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dgby\/LATEST\/dgby_air_drying_stress.zip", "file_size": "89KB" }, { "file_name": "オリジナルファイル(Excel形式): Air-drying_stress.xls", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dgby\/LATEST\/Air-drying_stress.xls", "file_size": "676KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dgby_air_drying_stress", "data_acquisition": 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Yokota. 1992. 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Kojima, T. Tsuchida, K. Hoshino, Y. Yamada, …)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-10.html", "name": "基準株 (Fungiの化学成分情報)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-010", "description": "同定・分類関連情報のサブカテゴリ。菌類 (Fungi)の化学成分情報のうち、基準株の情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_ident9.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_ident9.zip", "file_size": "2.1KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_ident9", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "176件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "基準株", "description": "基準株であることを示す印として、\"基準株\"と記入している。" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-11.html", "name": "アルカリ抽出多糖 (Fungiの化学成分情報)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-011", "description": "同定・分類関連情報のサブカテゴリ。菌類 (Fungi)の化学成分情報のうち、アルカリ抽出多糖に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_ident10.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_ident10.zip", "file_size": "1.7KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_ident10", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "81件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "アルカリ抽出多糖", "description": "アルカリ抽出多糖 (例: Mannose)" }, { "name": "出典", "description": "参照文献 (例: Gorin, P. A. J. and Spencer, J. F. T. Proton magnetic resonance…)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-12.html", "name": "細胞壁組成 (Fungiの化学成分情報)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-012", "description": "同定・分類関連情報のサブカテゴリ。菌類 (Fungi)の化学成分情報のうち、細胞壁組成に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_ident11.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_ident11.zip", "file_size": "0.4KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_ident11", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "5件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "細胞壁組成", "description": "細胞壁組成 (例: Glucose&Mannose)" }, { "name": "出典", "description": "参照文献 (例: Lopandic, J., Prillinger, H., Molnar, O. and Gimenez-Jurado, G. 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微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-014", "description": "同定・分類関連情報のサブカテゴリ。菌類 (Fungi)の化学成分情報のうち、キノン組成に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_ident13.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_ident13.zip", "file_size": "3.7KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_ident13", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "178件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "キノン組成", "description": "キノン組成" }, { "name": "出典", "description": "参照文献 (例: Suzuki, M. and Nakase, T. unpublished data. )" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-15.html", "name": "菌体糖組成 (Fungiの化学成分情報)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-015", "description": "同定・分類関連情報のサブカテゴリ。菌類 (Fungi)の化学成分情報のうち、菌体糖組成に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_ident14.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_ident14.zip", "file_size": "2.1KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_ident14", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "176件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "菌体糖組成", "description": "菌体糖組成 (例: Glucose&Mannose)" }, { "name": "出典", "description": "参照文献 (例: Suzuki, M. and Nakase, T. unpublished data.)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-16.html", "name": "脂肪酸関連 (Fungiの化学成分情報)", "database_name": "DIAM - 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微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-018", "description": "DIAM-微生物情報の前身となるデータベースで公開していた同定・分類関連情報 （詳細はデータベースの説明の背景・プロジェクト欄の「中間データH12」の説明を参照のこと）。酵母の化学成分情報を含む。DIAM-微生物情報に登録されていた生物種名(Taxonomy ID) と対応するエントリーのみ、生物種リストの「同定・分類」項目にリンクをしている。\r\nExcel版のReference No.に対応する出典情報については、J2-分類同定用文献.xlsを参照のこと。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_previous_ident2.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_previous_ident2.zip", "file_size": "8.1KB" }, { "file_name": "yeast.zip (Excel形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/yeast.zip", "file_size": "19.8KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_previous_ident2", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "201件", "details": [ { "name": "Species\r\n【Excel版では、Genus, Species, Sub-species\/ varietyの項目に分かれる。】", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain\r\n【Strain No.】", "description": "株の名称" }, { "name": "基準株\r\n【Status of strain】", "description": "基準株であることを示す印として、\"T\"と記入している。" }, { "name": "キノン組成\r\n【Quinone (Composition)】", "description": "キノンの種類" }, { "name": "出典 (キノン組成)\r\n【Quinone (Reference No.)】", "description": "キノンの参照文献" }, { "name": "G＋C含量 (Low)\r\n【G+C (Low)】", "description": "収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値" }, { "name": "G＋C含量 (High)\r\n【G+C (High)】", "description": "収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値" }, { "name": "G＋C含量測定法\r\n【G+C (Method)】", "description": "G＋C含量測定法" }, { "name": "出典 (G＋C含量)\r\n【G+C (Reference No.)】", "description": "G＋C含量情報の参照文献" }, { "name": "細胞壁糖組成\r\n【細胞壁 (糖組成)】", "description": "細胞壁糖組成" }, { "name": "出典 (細胞壁糖組成)\r\n【Reference No.】", "description": "細胞壁糖組成の参照文献" }, { "name": "菌体糖組成\r\n【菌体糖組成 (糖名）】", "description": "菌体糖組成" }, { "name": "出典 (菌体糖組成)\r\n【菌体糖組成 (Reference No.)】", "description": "菌体糖組成の参照文献" }, { "name": "アルカリ抽出多糖\r\n【ｱﾙｶﾘ抽出多糖 (糖名）】", "description": "アルカリ抽出多糖" }, { "name": "出典 (アルカリ抽出多糖)\r\n【ｱﾙｶﾘ抽出多糖 (Reference No.)】", "description": "アルカリ抽出多糖の参照文献" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-19.html", "name": "中間データH12 (Bacteriaの化学成分情報1)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-019", "description": "DIAM-微生物情報の前身となるデータベースで公開していた同定・分類関連情報 （詳細はデータベースの説明の背景・プロジェクト欄の「中間データH12」の説明を参照のこと）。主にグラム陰性細菌の化学成分情報を含む。 DIAM-微生物情報に登録されていた生物種名(Taxonomy ID) と対応するエントリーのみ、生物種リストの「同定・分類」項目にリンクをしている。 Excel版のReference No.に対応する出典情報については、J2-分類同定用文献.xlsを参照のこと。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_previous_ident3.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_previous_ident3.zip", "file_size": "68.1KB" }, { "file_name": "f-gram.zip (Excel形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/f-gram.zip", "file_size": "92.3KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_previous_ident3", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "2958件", "details": [ { "name": "Species\r\n【Excel版では、Genus, Species, Sub-species\/ varietyの項目に分かれる。】", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain\r\n【Strain No.】", "description": "株の名称" }, { "name": "基準株\r\n【Status of strain】", "description": "基準株であることを示す印として、\"T\"と記入している。" }, { "name": "キノン組成\r\n【Quinone (Composition)】", "description": "キノン組成" }, { "name": "出典 (キノン組成)\r\n【Quinione (Reference No.)】", "description": "キノン組成の参照文献" }, { "name": "出典 (脂肪酸)\r\n【 (Reference No.)】", "description": "脂肪酸関連情報の参照文献" }, { "name": "G＋C含量 (Low)\r\n【G+C (Low)】", "description": "収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値" }, { "name": "G＋C含量 (High)\r\n【G+C (High)】", "description": "収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値" }, { "name": "G＋C含量測定法\r\n【G+C (Method)】", "description": "G＋C含量測定法" }, { "name": "出典 (G＋C含量)\r\n【G+C (Reference No.)】", "description": "G＋C含量情報の参照文献" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-20.html", "name": "中間データH12 (Bacteriaの化学成分情報2)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-020", "description": "DIAM-微生物情報の前身となるデータベースで公開していた同定・分類関連情報 （詳細はデータベースの説明の背景・プロジェクト欄の「中間データH12」の説明を参照のこと）。主にグラム陽性細菌 (High G＋C) の化学成分情報を含む。\r\nDIAM-微生物情報に登録されていた生物種名(Taxonomy ID) と対応するエントリーのみ、生物種リストの「同定・分類」項目にリンクをしている。\r\nExcel版のReference No.に対応する出典情報については、J2-分類同定用文献.xlsを参照のこと。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_previous_ident4.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_previous_ident4.zip", "file_size": "(6.0KB)" }, { "file_name": "g-gram-high.zip (Excel形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/g-gram-high.zip", "file_size": "16.1KB" }, { "file_name": "J2-reference.zip (Excel形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/J2-reference.zip", "file_size": "85.5KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_previous_ident4", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "222件", "details": [ { "name": "Species\r\n【Excel版では、Genus, Speciesの項目に分かれる。】", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "G＋C含量 (Low)\r\n【G+C (Low)】", "description": "収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値" }, { "name": "G＋C含量 (High)\r\n【G+C (High)】", "description": "収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値" }, { "name": "出典 (G＋C含量)\r\n【G+C (Reference No.)】", "description": "G＋C含量情報の参照文献" }, { "name": "出典 (脂肪酸)\r\n【脂肪酸 (Reference No.)】", "description": "脂肪酸関連情報の参照文献" }, { "name": "キノン組成\r\n【Quinone (Composition)】", "description": "キノン組成" }, { "name": "出典 (キノン組成)\r\n【Quinone (Reference No.)】", "description": "キノン組成の参照文献" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-21.html", "name": "中間データH12 (Bacteriaの化学成分情報3)", "database_name": "DIAM - 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分離源、至適生育温度等)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-022", "description": "DIAM-微生物情報の前身となるデータベースで公開していた同定・分類関連情報 （詳細はデータベースの説明の背景・プロジェクト欄の「中間データH15」の説明を参照のこと）。 微生物が分離された場所や至適生育温度などの生理学的情報を含む。DIAM-微生物情報のサブカテゴリ「分離源、至適生育温度等 (生理学的情報)」に対応する。DIAM 微生物情報に登録されていた生物種名(Taxonomy ID) と対応するエントリーのみ、生物種リストの「同定・分類」項目にリンクしている。 Excel版のReference No.に対応する出典情報については、J2-分類同定用文献.xlsを参照のこと。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_previous_ident6.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_previous_ident6.zip", "file_size": "75.4KB" }, { "file_name": "habitat.zip (Excel形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/habitat.zip", "file_size": "146KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_previous_ident6", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "3828件", "details": [ { "name": "Species\r\n【Excel版では、GENUS, SPECIES,　SUBSPECIEの項目に分かれる。】", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "分離源\r\n【分離源】", "description": "分離された場所 (例: 臨床、尿)" }, { "name": "温度\r\n【Temp.】", "description": "至適生育温度もしくは、生育温度領域 (例: 10-45)" }, { "name": "pH\r\n【pH】", "description": "至適生育pHもしくは、生育pH領域 (例: 6-7.7)" }, { "name": "出典\r\n【REFERENCE】", "description": "参照文献 (例: 45:802* (volume:pages in the IJSB) )" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-23.html", "name": "中間データH15 (Bacteriaの化学成分情報1)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-023", "description": "DIAM-微生物情報の前身となるデータベースで公開していた同定・分類関連情報 （詳細はデータベースの説明の背景・プロジェクト欄の「中間データH15」の説明を参照のこと）。 主にグラム陰性菌の化学成分情報を含む。DIAM-微生物情報に登録されている生物種名(Taxonomy ID) と対応するエントリーのみ、生物種リストの「同定・分類」項目にリンクしている。 Excel版のReference No.に対応する出典情報については、J2-分類同定用文献.xlsを参照のこと。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_previous_ident7.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_previous_ident7.zip", "file_size": "87.5KB" }, { "file_name": "gram_negative1.zip (Excel形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/gram_negative1.zip", "file_size": "153.6KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_previous_ident7", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "2148件", "details": [ { "name": "Species\r\n【Excel版では、Genus, specis, Subの項目に分かれる。】", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain\r\n【Strain No.】", "description": "株の名称" }, { "name": "基準株\r\n【St.】", "description": "基準株であることを示す印として、\"T\"と記入している。" }, { "name": "キノン組成\r\n【Quinone】", "description": "キノン組成" }, { "name": "G＋C含量\r\n【G+C】", "description": "G＋C含量" }, { "name": "G＋C含量測定法\r\n【G+C , Meth)】", "description": "G＋C含量測定法" }, { "name": "菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸）\r\n【N】", "description": "菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸）" }, { "name": "菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸）\r\n【2-OH】", "description": "菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸）" }, { "name": "菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸）\r\n【3-OH】", "description": "菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸）" }, { "name": "出典 (菌体脂肪酸組成)\r\n【reference】", "description": "菌体脂肪酸組成情報の参照文献" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-24.html", "name": "中間データH15 (Bacteriaの化学成分情報2)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-024", "description": "DIAM-微生物情報の前身となるデータベースで公開していた同定・分類関連情報 （詳細はデータベースの説明の背景・プロジェクト欄の「中間データH15」の説明を参照のこと）。主にグラム陰性菌の化学成分情報を含む。 DIAM-微生物情報に登録されている生物種名(Taxonomy ID) と対応するエントリーのみ、生物種リストの「同定・分類」項目にリンクしている。 Excel版のReference No.に対応する出典情報については、J2-分類同定用文献.xlsを参照のこと。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_previous_ident8.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_previous_ident8.zip", "file_size": "192.3KB" }, { "file_name": "gram_negative2.zip (Excel形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/gram_negative2.zip", "file_size": "452.3KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_previous_ident8", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "5235件", "details": [ { "name": "Species\r\n【Excel版では、Genus, specis, Subの項目に分かれる。】", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain\r\n【Strain No.】", "description": "株の名称" }, { "name": "基準株\r\n【St.】", "description": "基準株であることを示す印として、\"T\"と記入している。" }, { "name": "キノン組成\r\n【Quinone】", "description": "キノン組成" }, { "name": "G＋C含量\r\n【G+C】", "description": "G＋C含量" }, { "name": "G＋C含量測定法\r\n【G+C , Meth)】", "description": "G＋C含量測定法" }, { "name": "菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸）\r\n【N】", "description": "菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸）" }, { "name": "菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸）\r\n【2-OH】", "description": "菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸）" }, { "name": "菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸）\r\n【3-OH】", "description": "菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸）" }, { "name": "出典 (菌体脂肪酸組成)\r\n【reference】", "description": "菌体脂肪酸組成情報の参照文献" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-25.html", "name": "中間データH15 (Bacteriaの化学成分情報 - キノン組成)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-025", "description": "DIAM-微生物情報の前身となるデータベースで公開していた同定・分類関連情報 （詳細はデータベースの説明の背景・プロジェクト欄の「中間データH15」の説明を参照のこと）。 主にグラム陰性菌のキノン組成などの化学成分情報を含む。メジャーなキノン、マイナーなキノンの項目が追加されている。DIAM-微生物情報に登録されている生物種名(Taxonomy ID) と対応するエントリーのみ、生物種リストの「同定・分類」項目にリンクしている。 Excel版のReference No.に対応する出典情報については、J2-分類同定用文献.xlsを参照のこと。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_previous_ident9.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_previous_ident9.zip", "file_size": "48.9KB" }, { "file_name": "Quinone.zip (Excel形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/Quinone.zip", "file_size": "93KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_previous_ident9", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "1438件", "details": [ { "name": "Species\r\n【Species】", "description": "項目名については、DIAMオリジナル版の「同定・分類」参照のこと。" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain\r\n【Strain】", "description": "株の名称" }, { "name": "基準株\r\n【Status】", "description": "基準株であることを示す印として、\"T\"と記入している。" }, { "name": "キノン組成 （Major)\r\n【Major】", "description": "メジャーなキノンの種類" }, { "name": "キノン組成 (Minor)\r\n【Minor】", "description": "マイナーなキノンの種類" }, { "name": "出典1 (キノン組成)\r\n【Reference1】", "description": "キノン組成の参照文献" }, { "name": "出典2 (キノン組成)\r\n【Reference2】", "description": "キノン組成の参照文献" }, { "name": "出典3 (キノン組成)\r\n【Reference3】", "description": "キノン組成の参照文献" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-26.html", "name": "中間データH15 (Bacteriaの化学成分情報 - G＋C含量)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-026", "description": "DIAM-微生物情報の前身となるデータベースで公開していた同定・分類関連情報 （詳細はデータベースの説明の背景・プロジェクト欄の「中間データH15」の説明を参照のこと）。主にグラム陰性菌のG＋C含量などの化学成分情報を含む。G＋C含量の項目に、HighとLowが追加されている。DIAM-微生物情報に登録されていた生物種名(Taxonomy ID) と対応するエントリーのみ、生物種リストの「同定・分類」項目にリンクしている。 Excel版のReference No.に対応する出典情報については、J2-分類同定用文献.xlsを参照のこと。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_previous_ident10.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_previous_ident10.zip", "file_size": "66.0KB" }, { "file_name": "G+Ccontent.zip (Excel形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/G+Ccontent.zip", "file_size": "123.6KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_previous_ident10", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "1890件", "details": [ { "name": "Species\r\n【Species】", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain\r\n【Strain】", "description": "株の名称" }, { "name": "基準株\r\n【Status】", "description": "基準株であることを示す印として、\"T\"と記入している。" }, { "name": "G＋C含量 (High)\r\n【High】", "description": "収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最大値" }, { "name": "G＋C含量 (Low)\r\n【Low】", "description": "収集した文献データにおける記述のG+C含量にばらつきがあるときの、最小値" }, { "name": "G＋C含量測定法\r\n【Method】", "description": "G＋C含量測定法" }, { "name": "出典1 (G＋C含量)\r\n【Reference1】", "description": "G＋C含量情報の参照文献" }, { "name": "出典2 (G＋C含量)\r\n【Reference2】", "description": "G＋C含量情報の参照文献" }, { "name": "出典3 (G＋C含量)\r\n【Reference3】", "description": "G＋C含量情報の参照文献" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-27.html", "name": "中間データH15 (Bacteriaの化学成分情報 - 菌体脂肪酸組成)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-027", "description": "DIAM-微生物情報の前身となるデータベースで公開していた同定・分類関連情報 （詳細はデータベースの説明の背景・プロジェクト欄の「中間データH15」の説明を参照のこと）。主にグラム陰性菌の菌体脂肪酸組成などの化学成分情報を含む。 2-ヒドロキシ脂肪酸、3-ヒドロキシ脂肪酸、無極性脂肪酸の項目が追加されている。DIAM-微生物情報に登録されている生物種名(Taxonomy ID) と対応するエントリーのみ、生物種リストの「同定・分類」項目にリンクしている。 Excel版のReference No.に対応する出典情報については、J2-分類同定用文献.xlsを参照のこと。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_previous_ident11.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_previous_ident11.zip", "file_size": "70.7KB" }, { "file_name": "FATTYACID.zip (Excel形式)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/FATTYACID.zip", "file_size": "137.4KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_previous_ident11", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "2614件", "details": [ { "name": "Species\r\n【Species】", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain\r\n【Strain】", "description": "株の名称" }, { "name": "基準株\r\n【Status】", "description": "基準株であることを示す印として、\"T\"と記入している。" }, { "name": "菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸）\r\n【2-OH FA】", "description": "菌体脂肪酸組成 （2-ヒドロキシ脂肪酸）" }, { "name": "菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸）\r\n【3-OH FA】", "description": "菌体脂肪酸組成 （3-ヒドロキシ脂肪酸）" }, { "name": "菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸）\r\n【Non-polar FA】", "description": "菌体脂肪酸組成 （無極性脂肪酸）" }, { "name": "出典1 (菌体脂肪酸組成)\r\n【Reference1】", "description": "菌体脂肪酸組成情報の参照文献" }, { "name": "出典2 (菌体脂肪酸組成)\r\n【Reference 2】", "description": "菌体脂肪酸組成情報の参照文献" }, { "name": "出典3 (菌体脂肪酸組成)\r\n【Reference3】", "description": "菌体脂肪酸組成情報の参照文献" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-28.html", "name": "バイオセーフティレベル", "database_name": "DIAM - 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微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-029", "description": "安全関連情報ののサブカテゴリ。ヒトへの安全性に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_biosafety2.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_biosafety2.zip", "file_size": "1.7KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_biosafety2", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "26件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "特定病原体等", "description": "特定病原体等 (例: 二種病原体等)" }, { "name": "病原体等の名称 （属：和名）", "description": "病原体等の名称 （属：和名） (例: バシラス属)" }, { "name": "病原体等の名称 （種：和名）", "description": "病原体等の名称 （種：和名） (例: アントラシス(別名炭疽菌） )" }, { "name": "疾患の名称", "description": "疾患の名称 (例: 炭疽)" }, { "name": "疾病分類", "description": "疾病分類 (例: 4類感染症)" }, { "name": "BSL", "description": "バイオセーフティレベル分類 (1?4)" }, { "name": "備考", "description": "備考 (例: 遺伝子型がI型、II型のもの)" }, { "name": "出典", "description": "参照文献 (例: 「病原体等の名称と疾患名称の対照表」… )" }, { "name": "病名 （ヒト）", "description": "ヒトに対する病気の名称 (例: コクシジオイデス症)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-30.html", "name": "動物への安全性", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-030", "description": "安全関連情報ののサブカテゴリ。動物への安全性に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_biosafety3.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_biosafety3.zip", "file_size": "1.7KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_biosafety3", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "51件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "病名 （動物）", "description": "動物に対する病気の名称 (例: 淡水魚(鮎、鮒、金魚） --> 真菌性肉芽腫症、水カビ病)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-31.html", "name": "病原性 (有\/無)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-031", "description": "安全関連情報のサブカテゴリ。病原性の有無に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_biosafety4.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_biosafety4.zip", "file_size": "1.0KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_biosafety4", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "59件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "病原性", "description": "病原性の有無 (有る場合に、\"有\"と記入している)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-32.html", "name": "植物への安全性", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-032", "description": "安全関連情報のサブカテゴリ。植物への安全性に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_biosafety5.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_biosafety5.zip", "file_size": "3.5KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_biosafety5", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "138件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "植物病原菌", "description": "植物病原菌である場合に、\"植物病原菌\"と記入している。" }, { "name": "植物防疫法", "description": "植物防疫法に記載がある場合に、\"記載あり\"と記入している。" }, { "name": "病徴名と植物名", "description": "病徴名と植物名 (例: *--> リンゴ、ナシ、パイナップル)" }, { "name": "備考", "description": "備考 (例: 日本未記載)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-33.html", "name": "細菌毒素", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-033", "description": "安全関連情報のサブカテゴリ。細菌毒素に関する情報を含む。 「細菌毒素ハンドブック」（櫻井純・本田武司・小熊恵二編、(株)サイエンスフォーラム, 2002年2月）の情報に一部更新を加えて国立遺伝学研究所が構築した「細菌毒素データベース」から、微生物名が記載された毒素のみを収載。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_biosafety6.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_biosafety6.zip", "file_size": "10.6KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_biosafety6", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "804件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "物質名 （英語）", "description": "物質名 （英語） (例: cytolethal distending toxin A (CDTA) )" }, { "name": "属性 （英語）", "description": "属性 （英語） (例: cytolethal distending toxin)" }, { "name": "種類", "description": "種類 (例: エキソトキシン)" }, { "name": "備考1", "description": "備考1 (例: 膜障害毒素ファミリー)" }, { "name": "備考2", "description": "備考2 (例: 細菌性ポア形成毒素)" }, { "name": "出典", "description": "参照文献 (例: 国立遺伝学研究所が構築した「細菌毒素データベース」…)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-34.html", "name": "製品 (修飾酵素)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-034", "description": "利用関連情報のサブカテゴリ。製品 (修飾酵素)に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_util1.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_util1.zip", "file_size": "2.1KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_util1", "data_acquisition": "調査、検索、一部微生物名からの自動抽出", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "35件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "酵素 （修飾酵素）", "description": "修飾酵素の名称 (例: BAL3l Nuclease)" }, { "name": "酵素慣用名", "description": "酵素慣用名 (例: DNA Methylase Alu I)" }, { "name": "EC番号", "description": "EC番号 (例: 2.1.1)" }, { "name": "作用", "description": "酵素の作用についての説明 (例: 一本鎖または二本鎖核酸を両端から分解)" }, { "name": "認識・切断部位", "description": "認識・切断部位 (例: AGCT)" }, { "name": "歴史", "description": "1960年代以降の報文または特許公報" }, { "name": "製法", "description": "製法 (例: 組換え体より精製)" }, { "name": "販売者・生産者", "description": "販売者・生産者 (例: 第一化学（NEW ENGLAND BIOLABS）、タカラバイオ（タカラバイオ）、東洋紡（東洋紡） )" }, { "name": "備考", "description": "備考 (例: 菌株番号BAL31)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-35.html", "name": "製品 (制限酵素)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-035", "description": "利用関連情報のサブカテゴリ。製品 (制限酵素)に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_util2.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_util2.zip", "file_size": "7.7KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_util2", "data_acquisition": "調査、検索、一部微生物名からの自動抽出", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "286件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "酵素 （制限酵素）", "description": "制限酵素の名称 (例: Aat Ｉ、StuI)" }, { "name": "切断方法", "description": "切断方法 (例: blunt end)" }, { "name": "認識・切断部位", "description": "認識・切断部位 (例: AGG＾CCT)" }, { "name": "メチル化の影響", "description": "メチル化の影響がある場合に、\"有\"と記入している。" }, { "name": "スター活性", "description": "スター活性 (例: 高酵素濃度… )" }, { "name": "歴史", "description": "1960年代以降の報文または特許公報" }, { "name": "製法", "description": "製法 (例: 組換え体より精製)" }, { "name": "販売者・生産者", "description": "販売者・生産者 (例: 東洋紡（東洋紡）、第一化学（NEW ENGLAND BIOLABS）… )" }, { "name": "備考", "description": "備考 (例: 低タンパク質濃度で不安定)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-36.html", "name": "製品 (食品・食品原料等)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-036", "description": "利用関連情報のサブカテゴリ。製品 (食品・食品原料等)に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_util3.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_util3.zip", "file_size": "32.8KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_util3", "data_acquisition": "調査、検索、一部微生物名からの自動抽出", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "953件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "製品 （食品・食品原料等）", "description": "食品・食品原料等の名称 (例: 醸造酢)" }, { "name": "用途", "description": "用途 (例: ナタ原料)" }, { "name": "使用形態", "description": "使用形態 (例: 菌体、生産物)" }, { "name": "製法", "description": "製法 (例: 酢酸発酵)" }, { "name": "利用地域", "description": "利用地域 (例: 世界中)" }, { "name": "出典", "description": "参照文献 (例: 「日本醸造協会誌」79,403（1984） )" }, { "name": "備考", "description": "備考 (例: 食酢もろみ中より分離．…)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-37.html", "name": "製品 (食品・工業用酵素)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-037", "description": "利用関連情報のサブカテゴリ。製品 (食品・工業用酵素)に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_util4.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_util4.zip", "file_size": "0.5KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_util4", "data_acquisition": "調査、検索、一部微生物名からの自動抽出", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "2件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "酵素 （食品・工業用酵素）", "description": "食品・工業用酵素の名称 (Lipase, Triacylglycerol lipase)" }, { "name": "EC番号", "description": "EC番号 (例: 3.1.1.3)" }, { "name": "販売者・生産者", "description": "販売者・生産者 (例: 天野製薬（天野製薬） )" }, { "name": "用途", "description": "用途 (例: 油脂の改質)" }, { "name": "歴史", "description": "歴史 (例: 1990年頃商品化)" }, { "name": "備考", "description": "備考 (例: 組換え体使用、宿主：Aspergillus oryzae、位置特異性のないリバーゼ)" }, { "name": "出典", "description": "参考文献 (例: なし)" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-38.html", "name": "製品 (抗生物質)", "database_name": "DIAM - 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微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-040", "description": "利用関連情報のサブカテゴリ。*GILSP自動化リスト (GILSP遺伝子組換え微生物リスト) に関する情報を含む。\r\n*GILSP: Good Industrial Large-Scale Practice, 優良工業規範\r\n経済産業省版と厚生労働省版のGILSP自動化リストに収録されている微生物の一覧。簡易検索では、リストの別表の閲覧が可能。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_gilsp.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_gilsp.zip", "file_size": "4.2KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_gilsp", "data_acquisition": "調査、検索", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "324件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "宿主 （カタカナ：経済省版のみ）", "description": "宿主 （カタカナ：経済省版のみ） (例: アスペルギルス・ニガー1208-160)" }, { "name": "ベクター （←は当該ベクターの由来を指す）", "description": "ベクター （←は当該ベクターの由来を指す） (例: pBSFAHY83)" }, { "name": "別表の分類", "description": "経済産業省　別表第ニ（挿入DNA）、厚生労働省　別表第二（挿入DNA）及び別表第三（選択マーカー遺伝子）。\r\n経済産業省のGILSP遺伝子組換え生物等リスト及び厚生労働省のGILSP遺伝子組換え生物等リストから抜粋した別表を閲覧可能。\r\n別表第一に掲げる宿主・ベクターと別表第二に掲げる任意の宿主・ベクター用挿入DNA並びに別表第三に掲げる選択マーカー遺伝子を組合わせて構成された遺伝子組換え微生物を経済産業大臣及び厚生労働大臣が定めるGILSP遺伝子組換え微生物とする。" } ] }, { "path": "jp\/diam-microbe\/data-41.html", "name": "特許公報 (公告、特許)", "database_name": "DIAM - 微生物情報", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01076-04-041", "description": "利用関連情報のサブカテゴリ。特許公報に関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "diam_microbe_patent.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/diam-microbe\/LATEST\/diam_microbe_patent.zip", "file_size": "53.5MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/diam_microbe_patent", "data_acquisition": "調査、検索、一部微生物名からの自動抽出", "analysis": "専門家会合等で妥当性を検討", "data_number": "137112件", "details": [ { "name": "Species", "description": "生物種の名称" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBIのTaxonomy Browser ID" }, { "name": "Strain", "description": "株の名称" }, { "name": "発行国", "description": "発行国 (例: 日本国特許庁（ＪＰ） )" }, { "name": "公報種別", "description": "公報種別 (例: 特許公報（Ｂ２） )" }, { "name": "特許番号", "description": "特許番号 (例: 特許第４３０１７８９号（Ｐ４３０１７８９）)" }, { "name": "登録日", "description": "登録日 (例: 平成２１年０５月０１日（２００９．０５．０１） )" }, { "name": "発行日", "description": "発行日 (例: 平成２１年０７月２２日（２００９．０７．２２） )" }, { "name": "発明の名称", "description": "発明の名称 (例: 特定植物属の検出方法)" }, { "name": "国際特許分類", "description": "国際特許分類" }, { "name": "FI", "description": "国内特許分類 (FI)" } ] }, { "path": "jp\/dicty-cdb\/data-1.html", "name": "EST配列とそのアノテーション（アミノ酸配列、相同性検索結果）", "database_name": "Dicty_cDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00419-001", "description": "細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNAクローンの塩基配列とそのアノテーション （アミノ酸配列、相同性検索結果（ターゲットDB：dicty EST-DB、DNA-DB、タンパク質-DB））。 クローンの粘菌内局在画像のデータベースであるAtlas データベース（http:\/\/dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp\/~tools\/bin\/ISH\/index.html）へのリンクやナショナルバイオリソースプロジェクト（http:\/\/www.nbrp.jp\/）へのリンク、dictyBase（http:\/\/dictybase.org\/)へのリンクがある。 EST配列が含まれるコンティグの表へのリンクも設置している。 各クローンについて、5'EST配列、3'EST配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、全長cDNA配列の４つのカテゴリーを設けている。 5'EST配列と3'EST配列が両方ある場合は、5'EST配列と3'EST配列の連結処理を行い、二つの配列を10個のハイフンで接続した配列を生成 する。 二つの配列間に重複領域がある場合は、重ね合わせて得られた配列を全長配列とする。 また、クローンによっては、重ね合わせることができない場合にも、配列間の隙間を配列決定して全長配列を得ている場合がある。5'EST配列、3'EST 配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、全長cDNA配列のIDとして、クローンIDの末尾にそれぞれF、Z、P、Eをつけて区別している。 各クローン毎に、一つの行にこれらの配列を格納している。 これらの配列のなかから、全長cDNA配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、5'EST配列、あるいは3'EST配列の順に優先順位をつけて、一 つの配列を代表配列として選択し、BLASTによる相同性検索を行っている。 検索は、dicty_cDBのクローン配列とのblastn検索、公共DNA配列とのblastn検索、公共タンパク質配列とのblastx検索を行い、 トップ10ヒットの情報を格納している。 CSV 形式テキストファイル。", "files": [ { "file_name": "dicty_cdb_clone.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dicty_cdb\/LATEST\/dicty_cdb_clone.zip", "file_size": "181MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dicty_cdb_clone", "data_acquisition": "キャピラリーシーケンサー", "analysis": "５種類の発生段階に由来する11種類のcDNAライブラリーから得られたクローン配列をシークエンシングしたもの", "data_number": "97,337件", "details": [ { "name": "IDs and Links", "description": "" }, { "name": "Library", "description": "配列が得られた５種類の発生段階に由来する14種類（AF, AH, CF, CH, FC, FC-IC, FCL, SF, SH, SL, SS, VF, VH, VS）のcDNAライブラリー。" }, { "name": "Clone ID", "description": "cDNAクローンのID" }, { "name": "Atlas ID", "description": "Atlas データベース（リンク）のID、Atlas データベースへのリンク" }, { "name": "NBRP ID", "description": "ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRPリンクにする)で提供されている全長ORFをカバーするcDNAクローンのID。 TogoDB版には「ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP)細胞性粘菌」の遺伝子データベース （http:\/\/nenkin.lab.nig.ac.jp\/genes）へのリンク。" }, { "name": "dictyBase ID", "description": "dictyBase（http:\/\/dictybase.org\/）のProtein Coding GeneのID。TogoDB版には、dictyBaseへのリンク。" }, { "name": "Link to Contig", "description": "ESTが含まれるコンティグへのリンク（TogoDB版のみ）" }, { "name": "Representative Seq. and Annotation", "description": "" }, { "name": "Representative seq. 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Cells, Vol. 13, No. 1, pp. 1-4, http:\/\/molcells.inforang.com\/article_pdf\/Ksmcb\/13\/Ksmcb13-1-1.pdf、 http:\/\/dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp\/cDNAproject.html、 http:\/\/lifesciencedb.jp\/houkoku\/pdf\/001\/c009.pdf ）", "files": [ { "file_name": "dicty_cdb_lib.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dicty_cdb\/LATEST\/dicty_cdb_lib.zip", "file_size": "1KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dicty_cdb_lib", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "14件", "details": [ { "name": "cDNA library name", "description": "cDNAライブラリーの名称（AF, AH, CF, CH, FC, FC-IC, FCL, SF, SH, SL, SS, VF, VH, VS）" }, { "name": "stages of the life cycle", "description": "細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのライフサイクルにおけるステージ\r\n1)vegetatively growing cells （増殖期）(V)\r\n2)asexually developing cells at the aggregating（集合期） (A)\r\n3)slug cells （移動体期） (S)\r\n4)culminating stages （形態形成期）（C)\r\n5)sexually fusion-competent KAX3 cells (配偶子期) (F)" }, { "name": "cDNA library construction method", "description": "cDNAライブラリー構築方法\r\n1) Conventional oligo-d(T) primed, directional cDNA libraries (dir)\r\n2) Full-length cDNA libraries（oligocapped method） (fl)\r\n3) Gamete-specific subtraction library (sub)" }, { "name": "cDNA library construction protocol", "description": "cDNAライブラリ作成のプロトコルを説明するWebページへのリンク" }, { "name": "Size fractionation", "description": "クローンのサイズ分画\r\n1) 長いクローンの分画（long)\r\n2) 短いクローンの分画（short）\r\n3) 分画なし（no）" }, { "name": "clone size", "description": "クローンサイズ（kb）" } ] }, { "path": "jp\/dmpd\/data-1.html", "name": "マクロファージの分化、活性化に関する文献リストとそのパスウェイ", "database_name": "DMPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00558-001", "description": "キュレーションを行ったマクロファージの分化、活性化に関しての文献リスト。リストは CSV 形式テキストファイル。", "files": [ { "file_name": "dmpd.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dmpd\/LATEST\/dmpd.zip", "file_size": "16KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dynamic_macrophage_pathway_csml_db", "data_acquisition": "PubMed での検索", "analysis": "文献をキュレータが読み、 Cell Illustrator Online (CIO) を用いて CSML フォーマットのパスウェイに変換", "data_number": "231件", "details": [ { "name": "PubmedID", "description": "論文のPubMed ID(PMID)" }, { "name": "Title", "description": "論文のタイトル" }, { "name": "Authors", "description": "論文の著者名" }, { "name": "Publication", "description": "論文の掲載誌名" }, { "name": "Pathway", "description": "パスウェイの図（ダウンロードデータでは空欄）" }, { "name": "PNG File", "description": "パスウェイの図（PNGファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ)" }, { "name": "SVG File", "description": "パスウェイの図（SVGファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ)" }, { "name": "HTML File", "description": "パスウェイ情報（HTMLファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ)" }, { "name": "CSML File", "description": "パスウェイ情報（CSMLファイル）へのリンク (ダウンロードデータでは、存在を示すフラグ)" }, { "name": "Open .csml file with CIOPlayer", "description": "CSMLファイルをCell Illustrator Online Player で開くためのリンク（ダウンロードデータでは空欄）" }, { "name": "Open .csml file with CIO", "description": "CSMLファイルをCell Illustrator 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"ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dnaprobelocator\/LATEST\/dnaprobelocator_acegene.zip", "file_size": "1.2MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dnaprobelocator_acegene", "data_acquisition": "DNAチップ研究所から提供しているプローブ情報を取得", "analysis": "AceGeneプローブとH-InvII FLcDNA配列の、BLASTによるマッピングを行い、プローブ－配列の対応とブラストスコアを取得しました。", "data_number": "207,497件", "details": [ { "name": "probe_set", "description": "プローブセット名" }, { "name": "probe", "description": "プローブID" }, { "name": "hit", "description": "H-Invitational transcript ID (HIT)" }, { "name": "hix", "description": "H-Invitational cluster ID (HIX)" }, { "name": "score", "description": "プローブのマッピングスコア (BLASTスコア)" } ] }, { "path": "jp\/dnaprobelocator\/data-2.html", "name": "Agilentデータ", "database_name": "DNA ProbeLocator", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01077-002", "description": "Agilent社　Agilent-012097 Human 1A Oligo Microarray (V2) (G4110B)\r\nAgilent社　Agilent-012391 Whole Human Genome Oligo Microarray (G4112A)", "files": [ { "file_name": "dnaprobelocator_agilent.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dnaprobelocator\/LATEST\/dnaprobelocator_agilent.zip", "file_size": "5.4MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dnaprobelocator_agilent", "data_acquisition": "Agilent社から提供しているプローブ情報を取得", "analysis": "遺伝子・転写物との対応関係をマッピング処理にて取得", "data_number": "294,045 件", "details": [ { "name": "probe_set", "description": "プローブセットID\r\nPGID215:Human 1A Oligo Microarray\r\nPGID247:Whole Human Genome Oligo Microarray" }, { "name": "probe", "description": "プローブ名 (AgilentのSPOT_ID)" }, { "name": "no", "description": "プローブに結合する複数のHIT_IDにおける通し番号" }, { "name": "total_no", "description": "プローブが結合するHITの数" }, { "name": "hit", "description": "H-Invitational transcript ID (HIT)" }, { "name": "hix", "description": "H-Invitational cluster ID (HIX)" }, { "name": "acc", "description": "GenBank accession number" }, { "name": "hit_cnt", "description": "特定のHITへのプローブの結合領域の数" }, { "name": "info", "description": "プローブの結合位置情報 (結合開始座標：終了座標：ストランド：ミスマッチ数)" }, { "name": "min_pos", "description": "プローブが結合するHITの中での最小座標" }, { "name": "max_pos", "description": "プローブが結合するHITの中での最大座標" } ] }, { "path": "jp\/dnaprobelocator\/data-3.html", "name": "Genechipデータ", "database_name": "DNA ProbeLocator", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01077-003", "description": "Affymetrix GeneChip\r\n\r\n1. HG-Focus\r\n2. HG-U133A\r\n3. HG-U133A_2\r\n4. HG-U133B\r\n5. HG-U133_Plus_2\r\n6. HG-U95A\r\n7. HG-U95Av2\r\n8. HG-U95B\r\n9. HG-U95C\r\n10. HG-U95D\r\n11. HG-U95E\r\n12. HuGene FL\r\n13. 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Consortiumより取得", "analysis": "遺伝子・転写物との対応関係をマッピング処理にて取得", "data_number": "1,673,144件", "details": [ { "name": "probe_set", "description": "プローブセット名" }, { "name": "acc", "description": "ESTのGenBank Accession ID" }, { "name": "lst", "description": "(full length cDNAのNCBI GenBank accession):(blastにおける対応開始位置)(type(+\/-))(対応する配列の長さ):(4桁=score)(2桁=percentage)(probability)\r\n\r\n*scoreは整数 または（整数部小数部併せて４桁の）小数\r\n*percentageは00のとき100の意味\r\n*probabilityは\r\n・Zの場合、0\r\n・_(整数)の場合、e-(整数)\r\n・(整数)、つまり「_」なしの場合、(1桁)e-(残りの桁)" } ] }, { "path": "jp\/dnaprobelocator\/data-6.html", "name": "Locuslinkデータ", "database_name": "DNA ProbeLocator", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01077-006", "description": "遺伝子座に関するアノテーション情報\r\n\r\nただし、chrが「_random」を含むエントリは、各座標に関して注意が必要である。 UCSCの「_random」を含むゲノム配列の構成は、染色体中の位置が未確定のセグメントを 50,000bpのスペーサーで挟んで１本に繋いだものとなっている （ http:\/\/genome.ucsc.edu\/FAQ\/FAQdownloads.html#download9, http:\/\/genome.ucsc.edu\/FAQ\/FAQdownloads.html#download10 ）。 このゲノム配列にHIT転写物がマッピングされているので、以下の座標表記となっている。\r\nh_*：各セグメント上の座標を示す。セグメントの区別は記載なし。\r\nなお同一転写物のexonが異なるセグメントにマッピングされているケースもある。", "files": [ { "file_name": "dnaprobelocator_locuslink.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/dnaprobelocator\/LATEST\/dnaprobelocator_locuslink.zip", "file_size": "2.5MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dnaprobelocator_locuslink", "data_acquisition": "H-Invitational DBから取得", "analysis": "", "data_number": "35,005件", "details": [ { "name": "hosac", "description": "H-Invitational cluster ID (HIX)" }, { "name": "chr", "description": "染色体番号" }, { "name": "h_start", "description": "遺伝子座開始座標" }, { "name": "h_end", "description": "遺伝子座終了座標" }, { "name": "strand", "description": "ストランド" }, { "name": "ext", "description": "H-Invitational transcript ID (HIT)" }, { "name": "acc", "description": "Genbank accession number" }, { "name": "unigene", "description": "Unigene entry name" }, { "name": "locus", "description": 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"http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/dnaprobelocator_refgene_exon", "data_acquisition": "H-Invitational DBから取得", "analysis": "", "data_number": "167,564件", "details": [ { "name": "chr", "description": "染色体番号" }, { "name": "a_start", "description": "転写物マッピングの開始座標" }, { "name": "a_end", "description": "転写物マッピングの終了座標" }, { "name": "a_name", "description": "転写物の名前" }, { "name": "strand", "description": "ストランド" }, { "name": "cds_start", "description": "CDS開始座標" }, { "name": "cds_end", "description": "CDS終了座標" }, { "name": "exon_count", "description": "エクソン数" }, { "name": "e_start", "description": "エクソン開始座標" }, { "name": "e_end", "description": "エクソン終了座標" }, { "name": "ext", "description": "H-Invitational transcript ID (HIT)" }, { "name": "hosac", "description": "H-Invitational cluster ID (HIX)" }, { "name": "unigene", "description": "Unigene entry name" }, { "name": "locus", "description": "Locus ID" }, { "name": "omim", "description": "Omim ID" }, { "name": "definition", 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*はその反復（処理区）を代表するサンプルであることを示す\r\n　　001539-1.1, 001539-1.2 ・・・ドットの後の数字は、1反復（処理区）の土からDNA抽出を複数回 行った場合の識別\r\n　　001541-1.mix ・・・ ドットの後の｢mix｣表示は、同じ土からとった複数のDNA抽出サンプルを 混合した場合の識別\r\n　　001542-1.repeat ・・・ ドットの後の｢repeat｣表示は、既に同一サンプルを登録してある場合の識別" }, { "name": "Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)", "description": "" }, { "name": "DGGE Standardized", "description": "標準マニュアルに従ってDGGEを実行（B: 一般細菌相、F: 糸状菌相、N: 線虫相）" }, { "name": "Associated Data (関連データ)", "description": "" }, { "name": "Repeat Data (反復データ)", "description": "反復データがある場合に表示" }, { "name": "Sample Registration (サンプル登録)", "description": "" }, { "name": "Collector (採取者名)", "description": "採取者名" }, { "name": "Affiliation (所属名)", "description": "所属名" }, { "name": "Sampling Date (採取年月日)", "description": "採取年月日" }, { "name": "Experimental Purpose (試験目的)", "description": "" }, { "name": "Experimental Purpose (試験目的)", "description": "例）肥料と収量の関係" }, { "name": "Experimental Plan (試験設計)", "description": "" }, { "name": "Experimental Plan 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"Accession Number (アクセッション番号)", "description": "" }, { "name": "Soil Icon", "description": "土壌群と土地利用を記号で表示\r\n図: https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/archive\/eddass\/images\/soil_icon.png" }, { "name": "Accession Number (アクセッション番号)", "description": "管理者が指定する土壌登録番号\r\n＊Accession Numberの識別\r\n・ハイフン前方の6桁の数字が同じ場合、同一反復(処理)区かつ同一採取日のサンプルであることを示す\r\n・ハイフン後方について\r\n例）001531-1, 001531-2・・・ 1処理区の2反復\r\n　　001533-0 ・・・ 反復のない場合\r\n　　001534-a, 001534-b ・・・ １処理区内の2サブサンプル\r\n　　001536-1a, 001536-1b ・・・ １反復内の2サブサンプル\r\n　　001538-1* ・・・ *はその反復（処理区）を代表するサンプルであることを示す\r\n　　001539-1.1, 001539-1.2 ・・・ドットの後の数字は、1反復（処理区）の土からDNA抽出を複数回 行った場合の識別\r\n　　001541-1.mix ・・・ ドットの後の｢mix｣表示は、同じ土からとった複数のDNA抽出サンプルを 混合した場合の識別\r\n　　001542-1.repeat ・・・ ドットの後の｢repeat｣表示は、既に同一サンプルを登録してある場合の識別" }, { "name": "Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)", "description": "" }, { "name": "DNA Marker Information (対象マーカー情報)", "description": "marker for bacterium, fungas, nematodeから選択" }, { "name": "Lane Number (レーン番号)", "description": 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"jp\/esol\/data-1.html", "name": "タンパク質の可溶率", "database_name": "eSOL", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00440-001", "description": "シャペロンを含まない無細胞タンパク質合成系（PURE system）を用いて合成した際のタンパク質の可溶率。\r\n788個の凝集性タンパク質に対しては、合成時に分子シャペロンを加えた場合の凝集抑制効果データも含む。\r\nシャペロンを加えた場合の濃度は以下の通り。\r\n・TF (Trigger factor): 5.0 (monomer) μM\r\n・GroE (GroEL and GroES): 0.5 (tetradecamer) and 1.0 (heptamer) μM\r\n・KJE (DnaK, DnaJ and GrpE): 5.0 (monomer), 2.0 (monomer), and 2.0 (monomer) μM", "files": [ { "file_name": "esol.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/esol\/LATEST\/esol.zip", "file_size": "192 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/esol", "data_acquisition": "合成後に一部を分取(Total)した後、残りを遠心(21,600×g、30分)し、上清(Sup)とTotalをそれぞれSDS-PAGEで単離し、[35S]メチオニンのオートラジオグラフィーにより定量している。", "analysis": "", "data_number": "4,132件　（うち可溶率データが存在するものが3,173件、シャペロンによる凝集抑制効果データが存在するものが788件）", "details": [ { "name": "JW_ID", "description": "大腸菌K-12株W3110亜株に対してGenoBaseで割り当てた遺伝子ID" }, { "name": "ECK 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"THP-1_TimeSeries_Microarray", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom4\/LATEST\/THP-1_TimeSeries_Microarray", "file_size": "10MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "マイクロアレイ(Illumina)", "analysis": "", "data_number": "2ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom4\/data-3.html", "name": "THP-1分化の時系列データ(qRT-PCR)", "database_name": "FANTOM web resource", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00448-003", "description": "ヒト白血病由来細胞株（THP-1）が単芽球様から単球様に変化する際の転写開始点（TSS）の動態を、定量リアルタイムPCR法により経時的に測定し、それぞれの時点において活性なプロモーターと、その発現量をモニタしたプロファイリングデータ。", "files": [ { "file_name": "THP-1_TimeSeries_qRT-PCR", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom4\/LATEST\/THP-1_TimeSeries_qRT-PCR", "file_size": "288KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "定量リアルタイムPCR法", "analysis": "", "data_number": "2ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom4\/data-4.html", "name": "ChIP-chipデータ", "database_name": "FANTOM web resource", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00448-004", "description": "予測された転写制御ネットワークを確認するために、少数の転写因子に対して行われたChIP-chip法（クロマチン免疫沈降法によりえられたDNAフラグメントをマイクロアレイを用いて検出する手法）による実験データ。", "files": [ { "file_name": "ChIP-chip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom4\/LATEST\/ChIP-chip", "file_size": "1.81GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "ChIP-chip法（クロマチン免疫沈降法によりえられたDNAフラグメントをマイクロアレイを用いて検出する手法）", "analysis": "", "data_number": "82ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom4\/data-5.html", "name": "遺伝子ノックダウンデータ", "database_name": "FANTOM web resource", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00448-005", "description": "予測された転写制御ネットワークを確認するために、少数の転写因子に対して行われたsiRNAによる遺伝子ノックダウン実験のデータ。", "files": [ { "file_name": "siRNA_Knockdown", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom4\/LATEST\/siRNA_Knockdown", "file_size": "48MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "siRNAによる遺伝子ノックダウン", "analysis": "", "data_number": "2ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom4\/data-6.html", "name": "ヒトサンプルデータ(qRT-PCR)", "database_name": "FANTOM web resource", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00448-006", "description": "定量リアルタイムPCR法によって得られたヒトのサンプルデータ。", "files": [ { "file_name": "Human_Sample_qRT-PCR", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom4\/LATEST\/Human_Sample_qRT-PCR", "file_size": "367KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "定量リアルタイムPCR法", "analysis": "", "data_number": "2ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom4\/data-7.html", "name": "マウスサンプルデータ(qRT-PCR)", "database_name": "FANTOM web resource", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00448-007", "description": "定量リアルタイムPCR法によって得られたマウスのサンプルデータ。", "files": [ { "file_name": "Mouse_Sample_qRT-PCR", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom4\/LATEST\/Mouse_Sample_qRT-PCR", "file_size": "93KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "定量リアルタイムPCR法", "analysis": "", "data_number": "2ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom4\/data-8.html", "name": "タンパク質-タンパク質相互作用データ", "database_name": "FANTOM web resource", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00448-008", "description": "当データベースに収めた転写因子に関わるタンパク質-タンパク質相互作用のデータ。", "files": [ { "file_name": "PPI", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom4\/LATEST\/PPI", "file_size": "90KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "文献より取得", "analysis": "", "data_number": "4ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom4\/data-9.html", "name": "EdgeExpressDBエクスポートデータ", "database_name": "FANTOM web resource", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00448-009", "description": "予測を含む遺伝子間の関係、もしくは遺伝子-プロモータの関係を表示したFANTOM4 EdgeExpressDBをエクスポートしたデータ。", "files": [ { "file_name": "eeDB_export", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom4\/LATEST\/eeDB_export", "file_size": "17.4MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "17ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom4\/data-10.html", "name": "ヒトRNAサンプルデータ(CAGE)", "database_name": "FANTOM web resource", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00448-010", "description": "CAGE法によって得られたヒトRNAのサンプルデータ。", "files": [ { "file_name": "Human_RNA_Sample", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom4\/cage\/Human_RNA_Sample", "file_size": "13.2GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "CAGE法", "analysis": "", "data_number": "126ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom4\/data-11.html", "name": "マウスRNAサンプルデータ(CAGE)", "database_name": "FANTOM web resource", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00448-011", "description": "CAGE法によって得られたマウスRNAのサンプルデータ。", "files": [ { "file_name": "Mouse_RNA_Sample", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom4\/cage\/Mouse_RNA_Sample", "file_size": "407MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "CAGE法", "analysis": "", "data_number": "197ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-1.html", "name": "HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-001.V003", "description": "FANTOM5プロジェクトにおいて、HeliScopeCAGE法を使って得られた、 経時変化のデータおよびある時点のスナップショットのデータ。\r\n「basic」ディレクトリ以下のサブディレクトリに含まれる各ファイルの内容は、下記の通りである。\r\n \r\n末尾に「CAGEScan」がつくサブディレクトリ(humanのみ)\r\n00_.assay_sdrf.txt:各サンプルについての実験情報をタブ区切り形式で記載したもの。*.bam:リード配列を参照配列にマッピングした結果をバイナリ形式で表現したファイル (BAM形式)。*.bam.bai:BAM形式のファイルに対するインデックスファイル。*.3prime.fq.gz:CAGEscanタグの3'末端側の配列データファイル（FASTQ形式）。*.5prime.fq.gz:CAGEscanタグの5'末端側の配列データファイル（FASTQ形式）。*.clusters.bed.gzCAGEscanによるクラスタリング結果を標準的なBED12形式で記載したファイル。4カラム目はクラスタの代表となるCAGEタグ名を、5カラム目はクラスタを構成するペア数を表す。*.pairs.bed.gzCAGEscan法によってマッピングされたペアのデータで、標準的なBED12形式で記載されている。4カラム目はリード配列のペア名を、5カラム目は2つのリード配列のマッピングクオリティの合計値を表す。\r\n \r\n上記以外のサブディレクトリ\r\n00_.assay_sdrf.txt:各サンプルについての実験情報をタブ区切り形式で記載したもの。*.bam:リード配列を参照配列にマッピングした結果をバイナリ形式で表現したファイル (BAM形式)。*.bam.bai:BAM形式のファイルに対するインデックスファイル。*.ctss.bed.gz:CAGEタグの解析で同定した転写開始点の情報をBED形式で記載したファイル。*.rdna.fa.gz:リボソームDNAの配列データファイル (FASTA形式)。", "files": [ { "file_name": "fantom5_experimental_details.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/LATEST\/fantom5_experimental_details.zip", "file_size": "273 KB" }, { "file_name": "basic", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/LATEST\/basic\/", "file_size": "3.7 TB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/fantom5_experimental_details", "data_acquisition": "", "analysis": "HeliScopeCAGE法 (http:\/\/fantom.gsc.riken.jp\/protocols\/heliscope.html)Delve (ショートリード用アラインメントソフトウェア) (http:\/\/fantom.gsc.riken.jp\/jp\/software\/)", "data_number": "", "details": [ { "name": "Extract name", "description": "実験の内部ID" }, { "name": "FF ontology", "description": "FANTOMで定義されたオントロジーのID" }, { "name": "Description", "description": "実験の説明" }, { "name": "Catalog ID", "description": "RNAのカタログID" }, { "name": "Category", "description": "実験のカテゴリ" }, { "name": "Species", "description": "生物種 (ヒトまたはマウス)" }, { "name": "Sex", "description": "性別" }, { "name": "Age", "description": "年齢" }, { "name": 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"CAGE法で計測したRNA転写開始活性に関するピーク領域のデータ。", "files": [ { "file_name": "CAGE_peaks", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/LATEST\/extra\/CAGE_peaks\/", "file_size": "4.1 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "CAGE法DPI（Decomposition-based peak identification）法", "data_number": "35 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-3.html", "name": "Pathway enrichment and co-expression cluster analysis", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-003.V003", "description": "発現データに対して共発現クラスタ解析を行い、各クラスタについてGene OntologyやPathwayでエンリッチメント解析を行った。", "files": [ { "file_name": "Co-expression_clusters", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/phase1.3\/extra\/Co-expression_clusters\/", "file_size": "86 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "共発現クラスタ解析\r\nGOstatエンリッチメント解析\r\nPathwayエンリッチメント解析", "data_number": "14 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-4.html", "name": "Enhancers", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-004.V003", "description": "Phase1およびPhase2において、CAGE法を用いてRNAの転写量を計測し、同定したヒトおよびマウスのエンハンサーのデータ。", "files": [ { "file_name": "Enhancers", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/LATEST\/extra\/Enhancers\/", "file_size": "160 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "CAGE法", "data_number": "9 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-5.html", "name": "Results of de-novo and Motif activity analyses", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-005.V003", "description": "転写開始点領域近傍における転写因子結合部位モチーフの解析結果。\r\n\r\n- HOMER等による de novoモチーフ解析\r\n- de novo モチーフや既知転写因子結合モチーフ(JASPARに登録されているもの)と、CAGEで測定された転写開始活性との相関に関する有意性", "files": [ { "file_name": "Motifs", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/phase1.3\/extra\/Motifs\/", "file_size": "6.2 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "JASPER モチーフ探索\r\nHOMER モチーフ解析", "data_number": "400 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-6.html", "name": "Sample ontology, GOstat and ontology term enrichment", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-006.V003", "description": "Phase 2.0で作製したサンプルを表現するためのオントロジー。このオントロジーは、Cell Ontology、Disease Ontology およびPan-vertebrate Uberon Ontology の上に構築したものであり、ファイルはOBO形式で提供している。", "files": [ { "file_name": "Ontology", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/LATEST\/extra\/Ontology\/", "file_size": "1.8 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "2 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-7.html", "name": "CAGE peaks identified as true TSS by TSS classifier", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-007.V003", "description": "CAGE法で測定した転写開始点の各ピークについて、近傍配列が既知TSSの特徴を持つ(TSS-like)かどうかを評価したもの。ファイル「TSS_human.bed.gz」と「TSS_mouse.bed.gz」は、同定した転写開始点のデータを含む。", "files": [ { "file_name": "TSS_classifier", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/phase1.3\/extra\/TSS_classifier\/", "file_size": "32 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "TSS Classifier（http:\/\/sourceforge.net\/p\/tometools\/wiki\/TssClassifier\/）", "data_number": "4 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-8.html", "name": "(reprocessed)HeliscopeCAGE sequencing, Delve mapping and CAGE TSS aggregation", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-008.V003", "description": "FANTOM5プロジェクトにおいて、HeliScopeCAGE法を使って得られた、 経時変化のデータおよびある時点のスナップショットのデータ。phase2.0で得られたヒト及びマウスのリード配列に対して、新たな参照配列(hg38\/mm10)を使って再度マッピングを行った。\r\n「basic」ディレクトリに含まれる各ファイルの内容は、下記の通りである。\r\n \r\n00_.assay_sdrf.txt:\r\n各サンプルについての実験情報をタブ区切り形式で記載したもの。\r\n\r\n*.bam:\r\nリード配列を参照配列にマッピングした結果をバイナリ形式で表現したファイル (BAM形式)。\r\n\r\n*.bam.bai:\r\nBAM形式のファイルに対するインデックスファイル。\r\n\r\n*.ctss.bed.gz:\r\nCAGEタグの解析で同定した転写開始点の情報をBED形式で記載したファイル。\r\n\r\n*.rdna.fa.gz:\r\nリボソームDNAの配列データファイル (FASTA形式)。", "files": [ { "file_name": "fantom5_rp_exp_details.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/LATEST\/fantom5_rp_exp_details.zip", "file_size": "240KB" }, { "file_name": "(reprocessed)basic (Homo sapiens)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/hg38_latest\/basic\/", "file_size": "1.4TB" }, { "file_name": "(reprocessed)basic (Mus musculus)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/mm10_latest\/basic\/", "file_size": "894 GB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/fantom5_rp_exp_details", "data_acquisition": "", "analysis": "HeliScopeCAGE法 (http:\/\/fantom.gsc.riken.jp\/protocols\/heliscope.html)\r\nDelve (ショートリード用アラインメントソフトウェア) (http:\/\/fantom.gsc.riken.jp\/jp\/software\/)", "data_number": "", "details": [ { "name": "Extract name", "description": "実験の内部ID" }, { "name": "FF ontology", "description": "FANTOMで定義されたオントロジーのID" }, { "name": "Description", "description": "実験の説明" }, { "name": "Catalog ID", "description": "RNAのカタログID" }, { "name": "Category", "description": "実験のカテゴリ" }, { "name": "Species", "description": "生物種 (ヒトまたはマウス)" }, { "name": "Sex", "description": "性別" }, { "name": "Age", "description": "年齢" }, { "name": "Developmental stage", "description": "発達段階" }, { "name": "Tissue", "description": "組織" }, { "name": "Cell lot", "description": "細胞のロット番号" }, { "name": "Cell type", "description": "細胞の種別" }, { "name": "Catalogue ID", "description": "細胞のカタログ番号" }, { "name": "Collaboration", "description": "共同研究先" }, { "name": "Provider", "description": "細胞の提供元" }, { "name": "Extraction protocol", "description": "RNA抽出の実験手法" }, { "name": "Material type", "description": "RNAサンプルの種別" }, { "name": "RNA tube", "description": "RNAチューブの内部ID。Extract nameと同じ。" }, { "name": "Sample name", "description": "サンプル名" }, { "name": "RNA extraction", "description": "RNA抽出の実験手法" }, { "name": "RNA ID", "description": "RNAの内部ID" }, { "name": "Comment on RNA", "description": "RNAに関するコメント" }, { "name": "ratio_260\/230", "description": "サンプルの吸光度比(260nm\/230nm)" }, { "name": "ratio_260\/280", "description": "サンプルの吸光度比(260nm\/280nm)" }, { "name": "Concentration", "description": "RNA濃度" }, { "name": "lsid", "description": "サンプルグループのID" }, { "name": "Library protocol", "description": "ライブラリ化の実験手法" }, { "name": "Library ID", "description": "ライブラリID" }, { "name": "Sequence protocol", "description": "配列決定の手法" }, { "name": "Machine name", "description": "マシン名" }, { "name": "Run name", "description": "ラン名" }, { "name": "Flowcell channel", "description": "フローセルのチャネル" }, { "name": "Alignment protocol", "description": "配列マッピングの手法" }, { "name": "BAM file", "description": "リード配列の参照配列へのマッピング結果 (BAM形式)" }, { "name": "BAI file", "description": "BAMファイルのインデックスファイル" }, { "name": "CAGE TSS file", "description": "CAGEタグの解析で同定した転写開始点 (BED形式)" }, { "name": "Ribosomal DNA sequence file", "description": "リボソームDNAリピートユニットにヒットした配列のデータファイル（FASTA形式）" } ] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-9.html", "name": "(reprocessed)CAGE peaks", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-002.V003", "description": "CAGE法で計測したヒト及びマウスのRNA転写開始活性に関するピーク領域のデータ。新たな参照配列(hg38\/mm10)を使って再度マッピングを行った。", "files": [ { "file_name": "(reprocessed)CAGE_peaks (Homo sapiens)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/hg38_latest\/extra\/CAGE_peaks\/", "file_size": "22MB" }, { "file_name": "(reprocessed)CAGE_peaks (Mus musculus)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/mm10_latest\/extra\/CAGE_peaks\/", "file_size": "16.5MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "CAGE法\r\nDPI（Decomposition-based peak identification）法", "data_number": "ヒト：8ファイル、マウス：8ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-10.html", "name": "CAGE_peaks_annotation", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-010.V003", "description": "CAGE法で計測したヒト及びマウスのRNA転写開始活性に関するピーク領域のアノテーション情報。", "files": [ { "file_name": "CAGE_peaks_annotation", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/LATEST\/extra\/CAGE_peaks_annotation", "file_size": "195 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "CAGE法", "data_number": "9 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-11.html", "name": "(reprocessed)CAGE_peaks_annotation", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-011.V003", "description": "CAGE法で計測したヒト及びマウスのRNA転写開始活性に関するピーク領域のアノテーション情報。新たな参照配列(hg38\/mm10)に対して再度マッピングを行った。", "files": [ { "file_name": "(reprocessed)CAGE_peaks_annotation (Homo sapiens)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/hg38_latest\/extra\/CAGE_peaks_annotation\/", "file_size": "19MB" }, { "file_name": "(reprocessed)CAGE_peaks_annotation (Mus musculus)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/mm10_latest\/extra\/CAGE_peaks_annotation\/", "file_size": "14MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "CAGE法", "data_number": "ヒト：4ファイル、マウス：4 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-12.html", "name": "(reprocessed)CAGE_peaks_expression", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-012.V003", "description": "CAGE法で計測したヒト及びマウスのRNA転写活性に関するピーク領域の発現情報。新たな参照配列(hg38\/mm10)を使って再度マッピングを行った。", "files": [ { "file_name": "(reprocessed)CAGE_peaks_expression (Homo sapiens)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/hg38_latest\/extra\/CAGE_peaks_expression\/", "file_size": "1.8 GB" }, { "file_name": "(reprocessed)CAGE_peaks_expression (Mus musculus)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/mm10_latest\/extra\/CAGE_peaks_expression\/", "file_size": "1.0 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "CAGE法", "data_number": "ヒト：7ファイル、マウス：7ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-13.html", "name": "(reprocessed)pooled_ctss", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-013.V003", "description": "phase1.0から2.0までに使用したヒト及びマウスの全CAGEタグ配列のマッピング情報。新たな参照配列(hg38\/mm10)を使って再度マッピングを行った。", "files": [ { "file_name": "(reprocessed)pooled_ctss (Homo sapiens)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/hg38_latest\/extra\/pooled_ctss\/", "file_size": "6.5GB" }, { "file_name": "(reprocessed)pooled_ctss (Mus musculus)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/mm10_latest\/extra\/pooled_ctss\/", "file_size": "4.5GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "ヒト：2ファイル、マウス：2ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-14.html", "name": "DRA_accession_tables", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-014.V003", "description": "DRA (http:\/\/trace.ddbj.nig.ac.jp\/dra\/index.html)に登録されたFANTOM5サンプルデータのアクセション番号リスト。", "files": [ { "file_name": "fantom5_dra_accession_tables.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/LATEST\/fantom5_dra_accession_tables.zip", "file_size": "64 KB" }, { "file_name": "DRA_accession_tables", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/LATEST\/extra\/DRA_accession_tables", "file_size": "251KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/fantom5_dra_accession_tables", "data_acquisition": "DRA", "analysis": "", "data_number": "3,075 件", "details": [ { "name": "Library ID", "description": "核酸配列ライブラリのID" }, { "name": "FF ontology", "description": "FANTOMで定義されたオントロジーのID" }, { "name": "DRA sample accession number", "description": "DRAのサンプルアクセション番号" }, { "name": "DRA experiment accession number", "description": "DRAの実験アクセション番号" }, { "name": "DRA run accession number", "description": "DRAのランアクセション番号" }, { "name": "DRA analysis accession number (BAM)", "description": "DRAの解析アクセション番号（マッピング結果、BAMファイル）" }, { "name": "DRA analysis accession number (BED)", "description": "DRAの解析アクセション番号（転写開始点の情報、BEDファイル）" }, { "name": "Experiment method", "description": "実験手法" } ] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-15.html", "name": "Gene_level_expression", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-015.V003", "description": "ヒト及びマウスの各サンプルにおいて、同じ遺伝子にマッピングされるGAGEタグの数を集計した表です。タグ数を単純集計した表(counts)とRLE（相対対数発現量）法で計算したTPM(Transcripts Per Million)の表(tpm)があります。", "files": [ { "file_name": "gene_level_expression", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/LATEST\/extra\/gene_level_expression", "file_size": "415MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "単純集計、RLE（相対対数発現量）法", "data_number": "4 件", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-16.html", "name": "Summary_CAGEScan", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-016.V003", "description": "CAGEscan法による実験結果のサマリを核酸配列ライブラリ毎にまとめたもの。", "files": [ { "file_name": "fantom5_summary_cagescan.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/LATEST\/fantom5_summary_cagescan.zip", "file_size": "4.64 KB" }, { "file_name": "Summary_CAGEScan", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/LATEST\/extra\/Summary_CAGEScan", "file_size": "62KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/fantom5_summary_cagescan", "data_acquisition": "CAGEscan法(http:\/\/fantom.gsc.riken.jp\/jp\/protocols\/nanocage.html)", "analysis": "", "data_number": "61 件", "details": [ { "name": "Library ID", "description": "核酸配列ライブラリのID" }, { "name": "Raw", "description": "計測されたリード数" }, { "name": "Removed by extraction", "description": "抽出により削除したリード数" }, { "name": "Extracted", "description": "解析により抽出したリード数" }, { "name": "Removed by artifacts", "description": "削除した人工リード(artifact)数" }, { "name": "Filtered for artifact", "description": "artifactを削除した後のリード数" }, { "name": "Removed by rRNA", "description": "rRNAとして削除したリード数" }, { "name": "Filtered for rRNA", "description": "rRNAを削除した後のリード数" }, { "name": "Non alignment", "description": "ゲノムにマッピングできなかったリード数" }, { "name": "Genome mapped", "description": "ゲノムにマッピングされたリード数" }, { "name": "Duplicated", "description": "重複のあるリード数" }, { "name": "Uniquely mapped", "description": "重複のないリード数" }, { "name": "Inproperly mapped pairs", "description": "ゲノムに適切にマッピングされなかったリードのペア数" }, { "name": "Properly mapped pairs", "description": "ゲノムに適切にマッピングされたリードのペア数" }, { "name": "Total pairs", "description": "ペアの総数" }, { "name": "Exon", "description": "エクソンにあるペア数" }, { "name": "Intergenic", "description": "エクソンの間にあるペア数" }, { "name": "Promoter", "description": "プロモーターにあるペア数" } ] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-17.html", "name": "(reprocessed)Enhancers", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-017.V003", "description": "CAGE法を用いてRNAの転写量を計測し、同定したヒトおよびマウスのエンハンサーのデータ。新たな参照配列(hg38\/mm10)を用いて解析し直した。", "files": [ { "file_name": "(reprocessed)enhancer (Homo sapiens)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/hg38_latest\/extra\/enhancer", "file_size": "101MB" }, { "file_name": "(reprocessed)enhancer (Mus musculus)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/mm10_latest\/extra\/enhancer", "file_size": "7.3MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "CAGE法", "data_number": "ヒト：5ファイル、マウス：4ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fantom5\/data-18.html", "name": "(reprocessed)DPI_clustering", "database_name": "FANTOM5", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01389-018.V003", "description": "ヒトおよびマウスの再マッピングデータ（data-8へのリンク）に対してDPI（Decomposition-based peak identification）法を用いてピークを同定した結果（BED形式ファイル）。\r\n*.tc.bed.gz:オリジナルの定義によるCAGEタグのクラスタデータ。*.tc.decompose_smoothing_merged.bed.gz:DPIによる全てのピークデータ。*.tc.decompose_smoothing_merged.ctssMaxCounts3.bed.gz:ピークとして許容できるデータを抽出したもの。*.tc.decompose_smoothing_merged.ctssMaxCounts11_ctssMaxTpm1.bed.gz:ピークとしてより確からしいと考えられるデータ。", "files": [ { "file_name": "(reprocessed)DPI_clustering (Homo sapiens)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/hg38_latest\/extra\/DPI_clustering", "file_size": "150MB" }, { "file_name": "(reprocessed)DPI_clustering (Mus musculus)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fantom5\/datafiles\/reprocessed\/hg38_latest\/extra\/DPI_clustering", "file_size": "124MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "ヒト：4ファイル、マウス：4ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/fluorome\/data-1.html", "name": "Cyanobacteria ORF情報とクロロフィル蛍光時系列データ", "database_name": "Fluorome", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00451-001", "description": "Cyanobacteria ORF情報（ORF name、Gene name、Location of mutation、Product description）と蛍光時系列グラフ画像ファイル名。 CSV形式のテキストファイル。", "files": [ { "file_name": "fluorome.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fluorome\/LATEST\/fluorome.zip", "file_size": "21KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/fluorome", "data_acquisition": "Cyanobacteria ORF情報：CyanoBaseから取得した。", "analysis": "", "data_number": "766件", "details": [ { "name": "ID", "description": "データのID" }, { "name": "BOX", "description": "ORFの管理ID" }, { "name": "ORF", "description": "ORFのID" }, { "name": "Gene name", "description": "遺伝子名" }, { "name": "Location of mutation", "description": "変異位置" }, { "name": "Product description", "description": "遺伝子産物" }, { "name": "Fluorescence kinetics (Low light)", "description": "クロロフィル蛍光時系列データ（弱光）のグラフ画像ファイル名" }, { "name": "Fluorescence kinetics (High light)", "description": "クロロフィル蛍光時系列データ（強光）のグラフ画像ファイル名" }, { "name": "Similar ORF list", "description": "ORFリストへのリンク情報" } ] }, { "path": "jp\/fluorome\/data-2.html", "name": "Cyanobacteria変異体のクロロフィル蛍光時系列数値データ", "database_name": "Fluorome", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00451-002", "description": "変異体の細胞を弱光条件から強光条件に移した直後の蛍光強度変化を時系列データとして取得した。 対照として、野生型の細胞からも同時に蛍光の時系列データを取得した。 培養時の明るさを２種類設定（200、及び 20 micro-mol photons \/m2 s）してそれぞれデータを取得した。\r\nデータファイルはグラフ画像ファイルの元データである。\r\n各データはタブ区切りテキストファイルで全データをZIP形式で圧縮。 ファイル名はBOX名と弱光（L）、強光（H）と拡張子（.txt)。\r\n(例：01_C_10_H.txt、01_C_10_L.txt）", "files": [ { "file_name": "fluorome_data.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fluorome\/LATEST\/fluorome_data.zip", "file_size": "49MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "1,493件", "details": [ { "name": "Time", "description": "時間" }, { "name": "データ列の1列目から5列目", "description": "野生型のクロロフィル蛍光時系列データ" }, { "name": "データ列の6列目から10列目", "description": "変異体のクロロフィル蛍光時系列データ" } ] }, { "path": "jp\/fluorome\/data-3.html", "name": "クロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル", "database_name": "Fluorome", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00451-003", "description": "変異体、野生型のクロロフィル蛍光時系列データのグラフ画像ファイル。 弱光条件、強光条件のグラフ画像ファイル（PNG形式）、計1,493ファイルをZIP形式で圧縮。", "files": [ { "file_name": "fluorome_graph.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fluorome\/LATEST\/fluorome_graph.zip", "file_size": "35MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "1,493件", "details": [] }, { "path": "jp\/fluorome\/data-4.html", "name": "Cyanobacteria変異体間の、クロロフィル蛍光時系列データ比較に基づく類似度距離", "database_name": "Fluorome", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00451-004", "description": "異なる変異体のクロロフィル蛍光時系列データの類似度を2種類の方法で定量化した類似距離。\r\n変異体と野生型の135点の蛍光時系列データを、135次元空間の表現型ベクトルと見なし、2つの変異体の表現型ベクトルがなす角度を類似距離として定義したtype 1、および、2つの変異体の蛍光時系列データの連続する２点間の差分値（傾き）の偏差二乗和を類似距離として定義したtype 2の2種類の方法で計算した。培養のばらつきによる誤差を最小にするため、変異体のデータは、その変異体と同じプレートにおいて培養された野生株のデータによってノーマライズしたのちにそれぞれの計算を行なっている。type1においては、変異体の蛍光強度を野性株の蛍光強度で割った値の対数をノーマライズデータとし、type2においては、変異体の傾きから野生型の傾きを引き算したものをノーマライズデータとした。\r\n上述以外の詳細はOzaki & Sonoike (2009) Photosyn. Res. 101, 47-58を参照。\r\nCSV形式のテキストファイル。", "files": [ { "file_name": "fluorome_sim.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/fluorome\/LATEST\/fluorome_sim.zip", "file_size": "30MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/fluorome_sim", "data_acquisition": "Cyanobacteria変異体のクロロフィル蛍光時系列データを解析", "analysis": "", "data_number": "586,608件", "details": [ { "name": "id", "description": "データのID" }, { "name": "Vector similarity distance (low)", "description": "弱光条件で培養した細胞での類似度距離（データをベクトルで表したときのベクトルがなす角度）" }, { "name": "Differential similarity distance (low)", "description": "弱光条件で培養した細胞での類似度距離（データの各点の傾きの偏差二乗和）" }, { "name": "Fluorescence kinetics of ORF1 (low)", "description": "ORF1のクロロフィル蛍光時系列データ（弱光条件）のグラフ画像ファイル名" }, { "name": "Fluorescence kinetics of ORF2 (low)", "description": "ORF2のクロロフィル蛍光時系列データ（弱光条件）のグラフ画像ファイル名" }, { "name": "Vector similarity distance (high)", "description": "強光条件で培養した細胞での類似度距離（データをベクトルで表したときのベクトルがなす角度）" }, { "name": "Differential similarity distance (high)", "description": "強光条件で培養した細胞での類似度距離（データの各点の傾きの偏差二乗和）" }, { "name": "Fluorescence kinetics of ORF1 (high)", "description": "ORF1のクロロフィル蛍光時系列データ（強光条件）のグラフ画像ファイル名" }, { "name": "Fluorescence kinetics of ORF2(high)", "description": "ORF2のクロロフィル蛍光時系列データ（強光条件）のグラフ画像ファイル名" }, { "name": "BOX1", "description": "ORF1の管理ID" }, { "name": "ORF1 Location of mutation", "description": "ORF1の変異位置" }, { "name": "ORF1", "description": "ORF1のID" }, { "name": "ORF1 Gene name", "description": "ORF1の遺伝子名" }, { "name": "ORF1 Product description", "description": "ORF1の遺伝子産物" }, { "name": "BOX2", "description": "ORF2の管理ID" }, { "name": "ORF2 Location of mutation", "description": "ORF2の変異位置" }, { "name": "ORF2", "description": "ORF2のID" }, { "name": "ORF2 Gene name", "description": "ORF2の遺伝子名" }, { "name": "ORF2 Product description", "description": "ORF2の遺伝子産物" } ] }, { "path": "jp\/frnadb\/data-1.html", "name": "fRNAdbサマリ", "database_name": "fRNAdb", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00452-001", "description": "機能性RNAデータベースは、文献で報告された機能性RNAを収集し、塩基配列、ゲノム位置、2次構造、文献情報などと関連付けてカタログ化したものである。", "files": [ { "file_name": "frnadb_summary.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/frnadb\/LATEST\/frnadb_summary.zip", "file_size": "46.5 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/frnadb_summary", "data_acquisition": "RNA情報は文献および既存データベースからの収集による。ゲノム位置、2次構造は計算機による予測による。文献情報は、RNAファミリ名を題名・要旨に含むものを検索したものである。", "analysis": "", "data_number": "510,055 件", "details": [ { "name": "ID", "description": "エントリのID" }, { "name": "Accession", "description": "アクセション番号" }, { "name": "Description", "description": "説明" }, { "name": "SO name", "description": "配列オントロジーによる分類" }, { "name": "Organism", "description": "生物種" }, { "name": "Xref", "description": "クロスリファレンス情報" }, { "name": "Length", "description": "配列長" }, { "name": "Sequence", "description": "配列" }, { "name": "Second Structure Thumbnail", "description": "RNA二次構造画像のサムネイル" }, { "name": "Second Structure (PNG)", "description": "RNA二次構造画像（PNG形式）" }, { "name": "Second Structure (PDF)", "description": "RNA二次構造画像（PDF形式）" } ] }, { "path": "jp\/frnadb\/data-2.html", "name": "データベースダンプ", "database_name": "fRNAdb", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00452-002", "description": "オリジナルサイトで公開されていたデータベースをダンプしたデータ\r\nfRNAdb.pdf：データベースのスキーマ図\r\nfRNAdb_schema.sql：データベースのスキーマファイル\r\nfRNAdb_table.7z：データベースのダンプファイル\r\nfRNAdbtsv.zip：ダンプファイルをタブ区切りテキストに変換したファイル", "files": [ { "file_name": "Database_Dump", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/frnadb\/LATEST\/Database_Dump", "file_size": "673 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "RNA情報は文献および既存データベースからの収集による。ゲノム位置、2次構造は計算機による予測による。文献情報は、RNAファミリ名を題名・要旨に含むものを検索したものである。", "analysis": "", "data_number": "4ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/frnadb\/data-3.html", "name": "配列データ", "database_name": "fRNAdb", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00452-003", "description": "機能性RNAの配列ファイル（FASTA形式）\r\n・sequence.zip：以下の各ファイルの配列をすべてまとめたもの\r\n・mirna.zip：miRNAの配列\r\n・ncrna.zip：ncRNAの配列\r\n・shortread.zip：ショートリードシーケンサーから得られた配列\r\n・上記以外：各生物種の配列", "files": [ { "file_name": "Sequence_Data", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/frnadb\/LATEST\/Sequence_Data", "file_size": "102 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "文献および既存データベースからの収集による。", "analysis": "", "data_number": "14ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/frnadb\/data-4.html", "name": "マッピング情報", "database_name": "fRNAdb", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00452-004", "description": "４生物種ゲノムに対するマッピング結果\r\n・dm3_*.zip：ショウジョウバエ\r\n・hg18_*.zip：ヒト\r\n・mm9_*.zip：マウス\r\n・rn3_*.zip：ラット", "files": [ { "file_name": "Mapping_Information", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/frnadb\/LATEST\/Mapping_Information", "file_size": "120 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "12ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/frnadb\/data-5.html", "name": "RNA二次構造イメージ", "database_name": "fRNAdb", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00452-005", "description": "各エントリのRNA二次構造の画像データ\r\n・png.zip：RNA二次構造の画像データ（PNG形式）\r\n・pdf.zip：RNA二次構造の画像データ（PDF形式）\r\n・thumbnail.zip：RNA二次構造画像のサムネイル（JPG形式）", "files": [ { "file_name": "RNA_secondary_structure_image", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/frnadb\/LATEST\/RNA_secondary_structure_image", "file_size": "9.6 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "「配列データ」より取得", "analysis": "RNAニ次構造予測ツールCentroidFoldによる予測結果（可能なもののみ）を利用している。", "data_number": "3ファイル （Zipファイル内の画像データは、それぞれ 338,167ファイル）", "details": [] }, { "path": "jp\/frnadb\/data-6.html", "name": "補足データ", "database_name": "fRNAdb", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00452-006", "description": "・xref.zip：エントリのID、アクセション番号、マッピングされたゲノム上の位置（ヒトのみ）\r\n・count_taxon.tsv：fRNAdbに収録された全生物種のリストと収録数", "files": [ { "file_name": "Supplementary_Data", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/frnadb\/LATEST\/Supplementary_Data", "file_size": "3.8 MB" } 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"Sequence", "description": "アミノ酸配列" } ] }, { "path": "jp\/gclust\/data-2.html", "name": "９５生物種のタンパク質アミノ酸配列間の類似度比較に基づくクラスター", "database_name": "Gclust Server", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00464-002", "description": "本データベース中のアミノ酸配列データを総当たりでBLASTP検索し、E-valueとオーバーラップスコア（相同な領域の割合）をクラスタリングの条件として用い、 クラスター毎に最適なE-valueとオーバーラップスコアの領域を求める方法 （Bioinformatics 2009 Mar 1;25(5):599-605.） でクラスタリングを行った。 CSV形式のテキストファイル。", "files": [ { "file_name": "gclust_cluster.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/gclust\/LATEST\/gclust_cluster.zip", "file_size": "8.72MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/gclust_cluster", "data_acquisition": "本データベース中の配列データ", "analysis": "", "data_number": "206,764件", "details": [ { "name": "Cluster ID", "description": "クラスターのID" }, { "name": "Representative sequence ID", "description": "クラスターを代表する配列のID。gclust_seqを参照する。" }, { "name": "Link to cluster sequences", "description": "クラスターに属する配列リストへのリンク（空欄）" }, { "name": "Link to related sequences", "description": "クラスター形成に用いなかった類似関係にある配列リストへのリンク" }, { "name": "Sequence length", "description": "アミノ酸配列長" }, { "name": "Representative annotation", "description": "クラスターの代表的なアノテーション" }, { "name": "Number of Sequences", "description": "クラスターに含まれる配列数" }, { "name": "Homologs", "description": "クラスターに含まれる配列数" }, { "name": "Clustering threshold", "description": "クラスタリングに用いたE-valueの閾値" }, { "name": "Plants (7species) (%)", "description": "植物・藻 (Plants and algae)の7種中、このクラスタに含まれた種の割合" }, { "name": "Other bikonts (9species) (%)", "description": "他のバイコンタ(Bikonts (Chromalveolata, Excavata))の9種中、このクラスタに含まれた種の割合" }, { "name": "Cyano (25species) (%)", "description": "シアノバクテリア(Cyanobacteria)の25種中、このクラスタに含まれた種の割合" }, { "name": "Photo Bact (15species) (%)", "description": "光合成細菌(Photosynthetic bacteria)　15種中、このクラスタに含まれた種の割合" }, { "name": "Other Bact (31species) (%)", "description": "非光合成細菌(Non-photosynthetic bacteria)の31種中、このクラスタに含まれた種の割合" }, { "name": "Opisthokonts (8species) (%)", "description": "オピストコンタ(Opisthokonts)の8種中、このクラスタに含まれた種の割合" }, { "name": "Number of Sequences for each species", "description": "クラスターに含まれる生物種毎の配列数" }, { "name": "Species not appearing in this cluster", "description": "クラスターに含まれなかった生物種" } ] }, { "path": "jp\/gclust\/data-3.html", "name": "クラスターと類似関係にあるアミノ酸配列のID", "database_name": "Gclust Server", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00464-003", "description": "９５生物種のタンパク質アミノ酸配列の各クラスターに対して類似性はあるが、クラスター形成には用いなかったタンパク質アミノ酸配列のID。CSV形式のテキス トファイル。", "files": [ { "file_name": "gclust_related.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/gclust\/LATEST\/gclust_related.zip", "file_size": "69MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "本データベース中のアミノ酸配列データ", "analysis": "", "data_number": "14,444,047件", "details": [ { "name": "Cluster ID", "description": "クラスターのID" }, { "name": "Sequence ID", "description": "配列のID" } ] }, { "path": "jp\/gclust\/data-4.html", "name": "クラスタリングに使用したアミノ酸配列（マルチFASTA形式）", "database_name": "Gclust Server", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00464-004", "description": "９５生物種の予測されたタンパク質のアミノ酸配列、及びそれらのアノテーション。FASTA形式ファイル。", "files": [ { "file_name": "all95.fa.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/gclust\/LATEST\/original\/all95.fa.zip", "file_size": "161MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/gclust\/data-5.html", "name": "配列IDとアノテーション情報", "database_name": "Gclust Server", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00464-005", "description": "９５生物種の予測されたタンパク質のアミノ酸配列のID、長さ、アノテーション情報を記した タブ区切りテキストファイル。", "files": [ { "file_name": "all95.p.table.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/gclust\/LATEST\/original\/all95.p.table.zip", "file_size": "7.28MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "", "details": [ { "name": "フィールド１", "description": "アミノ酸配列のID(Sequence ID)" }, { "name": "フィールド２", "description": "アミノ酸配列の長さ" }, { "name": "フィールド３", "description": "アミノ酸配列のアノテーション" } 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"name": "GTH", "description": "Guillardia theta" }, { "name": "NGR", "description": "Naegleria gruberi" }, { "name": "PFA", "description": "Plasmodium falciparum" }, { "name": "PHRA", "description": "Phytophthora ramorum" }, { "name": "PHSO", "description": "Phytophthora sojae" }, { "name": "PTR", "description": "Phaeodactylum tricornutum" }, { "name": "TET", "description": "Tetrahymena thermophila SB210" }, { "name": "TPS", "description": "Thalassiosira pseudonana" }, { "name": "Ana", "description": "Anabaena sp. 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PCC 6301" }, { "name": "S79", "description": "Synechococcus sp. PCC 7942" }, { "name": "S81", "description": "Synechococcus sp. WH8102" }, { "name": "S93", "description": "Synechococcus sp. CC9311" }, { "name": "S96", "description": "Synechococcus sp. CC9605" }, { "name": "Syn", "description": "Synechocystis sp. 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C58" }, { "name": "Bja", "description": "Bradyrhizobium japonicum USDA 110" }, { "name": "Bma", "description": "Burkholderia mallei ATCC 23344" }, { "name": "Bms", "description": "Brucella suis 1330" }, { "name": "Bpe", "description": "Bordetella pertussis Tohama I" }, { "name": "Bsu", "description": "Bacillus subtilis Marburg 168" }, { "name": "Ccr", "description": "Caulobacter crescentus CB15" }, { "name": "Cvi", "description": "Chromobacterium violaceum ATCC 12472" }, { "name": "Eba", "description": "Azoarcus sp EbN1" }, { "name": "Eco", "description": "Escherichia coli K-12" }, { "name": "Fal", "description": "Frankia alni ACN14a" }, { "name": "Fra", "description": "Frankia sp. CcI3" }, { "name": "Gox", "description": "Gluconobacter_oxydans_621H" }, { "name": "Hal", "description": "Halobacterium sp. NRC-1" }, { "name": "Mac", "description": "Methanosarcina acetivorans str. C2A" }, { "name": "Mes", "description": "Mesorhizobium sp. 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Nat. Genet. 2002 Jul;31(3):241-7.に記載された4,868マイクロサテライトマーカーについて，日本人32検体の遺伝子型を取得し，アレル頻度よりヘテロ接合度を算出した。", "files": [ { "file_name": "heterozygosity_jp.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/heterozygosity_jp\/LATEST\/heterozygosity_jp.zip", "file_size": "113KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/heterozygosity_jp", "data_acquisition": "キャピラリーシーケンサー", "analysis": "", "data_number": "5,037件", "details": [ { "name": "Marker name", "description": "マーカー名。　簡易検索ではNCBI UniSTSへのリンク。" }, { "name": "Marker name (Also known as)", "description": "マーカー名 (別称)。簡易検索ではNCBI UniSTSへのリンク。" }, { "name": "Chromosome", "description": "染色体の番号" }, { "name": "Position", "description": "染色体上の位置" }, { "name": "Position (bp) UCSC 2006 Mar, 2004 Jul*, 2003 May**", "description": "UCSCによる染色体上の位置 (bp) *は2004 Jul.、**は2003 May、それ以外は2006 Mar.のバージョン。" }, { "name": "No. of Alleles (observed)", "description": "アレル数" }, { "name": "Het", "description": "ヘテロ接合度" }, { "name": "Position 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"登録されたPDBエントリから、水素を含む構造（中性子回折による構造と、分解能1.0Å以下のX線回折による構造）を自動選択し、情報を自動抽出", "data_number": "97件", "details": [ { "name": "Molecule No.", "description": "分子番号（オリジナルDBとアーカイブでは異なるものがあるので注意）" }, { "name": "Molecule Name", "description": "分子名称" }, { "name": "Molecule Classification", "description": "PROTEIN, DNA等の分類" }, { "name": "Wild\/Mutant", "description": "野生型・変異型の別" }, { "name": "PDB ID", "description": "データ処理対象分子のPDB ID" }, { "name": "Resolution", "description": "分解能（Å）" }, { "name": "Lattice Constant A", "description": "格子定数(a)" }, { "name": "Lattice Constant B", "description": "格子定数(b)" }, { "name": "Lattice Constant C", "description": "格子定数(c)" }, { "name": "Lattice Constant alpha", "description": "格子定数(alpha)" }, { "name": "Lattice Constant beta", "description": "格子定数(beta)" }, { "name": "Lattice Constant gamma", "description": "格子定数(gamma)" }, { "name": "Space Group", "description": "空間群" }, { "name": "Z value", "description": "Z値" }, { "name": "Experimental Method", "description": 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Cを自動抽出している。\r\nAをドナー原子、Cをアクセプター原子と呼んでいる。\r\nドナー原子が炭素となる特殊な水素結合（C-H…X型）も含めていることに注意。", "files": [ { "file_name": "hhdb_hbondinfo.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/hhdb\/LATEST\/hhdb_hbondinfo.zip", "file_size": "2.3MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/hhdb_hbondinfo", "data_acquisition": "PDB", "analysis": "A: Bに共有結合した原子\r\nB: 水素原子（HまたはD）\r\nC: 窒素、酸素または硫黄原子(N, O, S)\r\nについて、距離BCが2.7Å、2.6Å、3.1Å以内（それぞれCがN,　O,　Sの場合）で、かつ２つのベクトルABとBCがなす角が90度以内となる三原子A, B, Cを自動抽出", "data_number": "75,360件", "details": [ { "name": "Molecule No.", "description": "分子番号" }, { "name": "Access Code", "description": "アクセスコード" }, { "name": "Hydrogen ID", "description": "水素原子のAtom ID" }, { "name": "Acceptor ID", "description": "アクセプター原子のAtom ID" }, { "name": "Donor ID", "description": "ドナー原子のAtom ID" }, { "name": "Donor Chain ID", "description": "ドナーChain ID" }, { "name": "Donor Residue No.", "description": "ドナー残基番号" }, { "name": "Donor Insertion Code", 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(Alseuosmiaceae)、アルゴフィラ科 (Argophyllaceae)、キク科 (Asteraceae) 、カリケラ科 (Calyceraceae)、キキョウ科　(Campanulaceae)、カルポデタ科 (Carpodetaceae)、クサトベラ科 (Goodeniaceae)、ミツガシワ科 (Menyanthaceae)、ペンタフラグマタ科（Pentaphragmataceae)、フェリネ科(Phellinaceae)、ローセア科 (Rousseaceae)、スチリダ科 (Stylidiaceae) の植物名(学名、ラテン語)、科以下の分類ランク名 (亜科、連、亜連、属、種、亜種、変種)、染色体数、DNA量、核及び葉緑体DNAの塩基配列（genBank access番号)、 調査個体数、材料産地、繫殖方法、発表論文著者名、発表年、論文名、掲載誌名、巻号、ページを収録したデータベースです。", "files": [ { "file_name": "index_chromosome_number_asteraceae.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/asteraceae-chr-index\/LATEST\/index_chromosome_number_asteraceae.zip", "file_size": "13 MB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/db\/index_chr_num_asteraceae", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "223,225", "details": [ { "name": "No.", "description": "Number、更新の都度変更" }, { "name": "Family \/ Subfamily", "description": "所属科\/亜科名" }, { "name": "Tribe \/ Subtribe", "description": "所属連\/亜連名" }, { "name": "Genus", "description": 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"description": "多形探索実験において、多型が位置する遺伝子領域区分\r\n- promoter*1: GenBankエントリ中のアノテーション\r\n- promoter*2: GENSCANによる予測\r\n- promoter*3: 推定プロモータ (RefSeqのmRNAレコードの開始位置の1.5kb上流)\r\n- CDS*1: GenBankエントリ中のアノテーション\r\n- CDS*2: GENSCANによる予測\r\n- CDS*3: cDNAとのホモロジー検索による抽出\r\n- exon*1: GenBankエントリ中のアノテーション（either positively or passively）\r\n- exon*3: mRNA\/cDNA\/Unigeneレコードとのホモロジー検索による抽出\r\n- intron*1: GenBankエントリ中のアノテーションまたはExon*1やCDS*1の間\r\n- intron*2: CDS*2の間\r\n- intron*3: Exon*3やCDS*3の間\r\n- others: 遺伝子の周辺領域" }, { "name": "Type", "description": "多型の種類\r\n- SNP：一塩基多型\r\n- IND：挿入／欠失\r\n- MIC：マイクロサテライト" }, { "name": "Frequencies", "description": "dbSNPにおけるマイナーアレル頻度（複数）\r\n[ ]内の値はJSNPのオリジナルアレル頻度" }, { "name": "allele", "description": "実験で得られたアレル" }, { "name": "dbSNP ss#", "description": "dbSNPにおけるss （submitted SNP） number" }, { "name": "dbSNP rs#", "description": "dbSNPにおけるrs （reference SNP） number" }, { "name": "HGVbase-ID", "description": "HGVbaseにおけるID" }, { "name": "5' assay", "description": "多型の5’側の配列" }, { "name": "3' assay", "description": "多型の3’側の配列" }, { "name": "Screened Accession", "description": "多型探索実験で対象とした配列のアクセション番号" }, { "name": "Screened Position", "description": "多型探索実験で対象とした配列上の多型の位置" }, { "name": "Screened Symbol", "description": "多型探索実験で対象とした配列に関連する遺伝子名" }, { "name": "Screened OMIM-ID", "description": "多型探索実験で対象とした配列に関連するOMIM ID" } ] }, { "path": "jp\/jsnp\/data-4.html", "name": "Mapping Information", "database_name": "JSNP", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00114-004", "description": "多型をゲノムにマッピングした結果。\r\n「Dump JSNP」 http:\/\/snp.ims.u-tokyo.ac.jp\/map\/cgi-bin\/Dump\/snp_region_filter.cgi より提供されていた。", "files": [ { "file_name": "jsnp_dump.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/jsnp\/LATEST\/jsnp_dump.zip", "file_size": "24 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/jsnp_dump", "data_acquisition": "データ「Screening Information」「Allele Frequency」より", "analysis": "多型前後配列をRefSeq（GRCh37）のゲノムコンティグ配列（NT）（MaskerAidで反復配列をマスキング済）にBLASTでマッピング。\r\n前処理として多型探索実験時の選択領域をe-PCRで絞り込み。", "data_number": "980,939 件", "details": [ { "name": "snp_id", "description": "JSNP ID" }, { "name": "snp_type", "description": "多型の種類：SNPまたはIND(挿入\/欠失)" }, { "name": "5_flank_seq", "description": "多型の5'側の配列" }, { "name": "na_var", "description": "塩基多型" }, { "name": "3_flank_seq", "description": "多型の3'側の配列" }, { "name": "for_primer", "description": "e-PCRにおけるフォワードプライマー塩基配列" }, { "name": "back_primer", "description": "バックワードプライマー塩基配列" }, { "name": "product_size", "description": "PCR産物の配列長" }, { "name": "freq_minor", "description": "JSNPオリジナルのマイナーアレル頻度（-1：頻度情報なし）" }, { "name": "freq_major", "description": "JSNPオリジナルのメジャーアレル頻度" }, { "name": "chr", "description": "多型がマッピングされた染色体番号" }, { "name": "chr_start", "description": "染色体上の多型の開始位置" }, { "name": "chr_end", "description": "染色体上の多型の終了位置" }, { "name": "chr_direct", "description": "染色体に対する前後配列の向き" }, { "name": "contig_acc", 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\"\/chromosome\" 、\"\/map\"\r\n- EntrezGeneの \"CHR\"、\"MAP\"\r\n- UniGeneの \"CHROMOSOME\"、\"CYTOBAND\"" }, { "name": "In Gene", "description": "マッピング結果において多型が位置する遺伝子領域区分\r\n- promoter*1: GenBankエントリ中のアノテーション\r\n- promoter*2: GENSCANによる予測\r\n- promoter*3: 推定プロモータ (RefSeqのmRNAレコードの開始位置の1.5kb上流)\r\n- CDS*1: GenBankエントリ中のアノテーション（either positively or passively）\r\n- CDS*2: GENSCANによる予測\r\n- CDS*3: cDNAとのホモロジー検索による抽出\r\n- exon*1: GenBankエントリ中のアノテーション（either positively or passively）\r\n- exon*3: mRNA\/cDNA\/Unigeneレコードとのホモロジー検索による抽出\r\n- intron*1: GenBankエントリ中のアノテーションまたはExon*1やCDS*1の間\r\n- intron*2: CDS*2の間\r\n- intron*3: Exon*3やCDS*3の間\r\n- others: 遺伝子の周辺領域" }, { "name": "Type", "description": "多型の種類" }, { "name": "Frequencies", "description": "dbSNPにおけるマイナーアレル頻度（複数）\r\n[ ]内の値はJSNPのオリジナルアレル頻度" }, { "name": "allele", "description": "アレル塩基配列" }, { "name": "dbSNP ss#", "description": "dbSNPにおけるss (submitted SNP) number" }, { "name": "dbSNP rs#", "description": "dbSNPにおけるrs (reference SNP) 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"多型（SNPと挿入／欠失）情報とそれらの前後配列、および日本人集団におけるアレル頻度。\r\n「Flat ｆiles」 ftp:\/\/ftp.hgc.jp\/pub\/hgc\/db\/snp\/ にて提供されていた。", "files": [ { "file_name": "jsnp_flat_files", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/jsnp\/LATEST\/jsnp_flat_files\/", "file_size": "128 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "「Polymorphism Sequence」「Allele Frequency」と同等", "analysis": "", "data_number": "11 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/kaiko-cdna\/data-1.html", "name": "EST詳細", "database_name": "KAIKOcDNA", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00951-001", "description": "カイコのEST(cDNA)配列の一覧です。2011年9月時点の公的データベースに登録したEST、および、2010年6月時点での公的データベースに登録したcDNAで構成されます。", "files": [ { "file_name": "kaiko_cdna_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kaiko-cdna\/LATEST\/kaiko_cdna_main.zip", "file_size": "157 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kaiko_cdna_main", "data_acquisition": "", "analysis": "各ESTに対し、6種類のデータベースでBLAST検索を行い、注釈（アノテーション）を付けています。\r\nESTはBLASTN (all-against-all) でグループ分けされました。それぞれのグループ（クラスタ）に対して、各contigのもっとも上流の領域を含むクローンを代表的配列 (EST) として選びました。各代表的配列には、InterProScanによって注釈を付けました。", "data_number": "532,655 件", "details": [ { "name": "Accession Number", "description": "アクセション番号" }, { "name": "Clone Name", "description": "クローン名" }, { "name": "Length", "description": "配列の長さ (bp)" }, { "name": "GO check_date", "description": "InterProScan実行日" }, { "name": "GO Iprscan Value", "description": "InterProScan結果へのリンク" }, { "name": "GO ID", "description": "GO ID一覧" }, { "name": "NR blast_date", "description": "BLAST実行日(DB: NCBI-nr)" }, { "name": "NR value", "description": "BLAST検索結果概要(DB: NCBI-nr)" }, { "name": "NR definition", "description": "相同な配列のdefinition(DB: NCBI-nr)" }, { "name": "Drosophila blast_date", "description": "BLAST実行日(DB: D. melanogasterタンパク質配列)" }, { "name": "Drosophila value", "description": "BLAST検索結果概要(DB: D. melanogasterタンパク質配列)" }, { "name": "Drosophila 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PRI - primate sequences\r\n2. ROD - rodent sequences\r\n3. MAM - other mammalian sequences\r\n4. VRT - other vertebrate sequences\r\n5. INV - invertebrate sequences\r\n6. PLN - plant, fungal, and algal sequences\r\n7. BCT - bacterial sequences\r\n8. VRL - viral sequences\r\n9. PHG - bacteriophage sequences\r\n13. 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"http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_indica_genome_blast_search_result", "data_acquisition": "BGI RISで公開されているインディカ種のイネゲノムデータを使用。", "analysis": "インディカ種のイネゲノム配列に対してblastn検索(blast2.2.12)を行った。（上部ヒットのみ）\r\n閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。", "data_number": "35,736 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "INDICA_ACCESSION", "description": "GenBankエントリのアクセッション番号" }, { "name": "DEFINITION", "description": "GenBankエントリの定義" }, { "name": "EXPECT", "description": "blastn検索の期待値" }, { "name": "SCORE", "description": "blastn検索のスコア" }, { "name": "STRAND", "description": "cDNAストランドの向き" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-13.html", "name": "RMOS blastn result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-013", "description": "コメESTマイクロアレイ（G-アレイ）に対してblastn検索した結果", "files": [ { "file_name": "kome_rmos_blastn_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_rmos_blastn_result.zip", "file_size": "74 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_rmos_blastn_result", "data_acquisition": "Rice Microarray Opening Site (RMOS)で公開されているイネゲノムデータを使用。", "analysis": "コメESTマイクロアレイ（G-アレイ）に対してblastn検索(blast2.2.12)を行った。（上部ヒットのみ）\r\n閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。", "data_number": "5,024 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "ARRAY_ELEMENT", "description": "G-Arrayプローブのエレメント" }, { "name": "PROBE_ACCESSION", "description": "G-Arrayプローブのアクセッション番号" }, { "name": "PROBE_CLONE_NAME", "description": "G-Arrayプローブのクローン名" }, { "name": "EXPECT", "description": "blastn検索の期待値" }, { "name": "SCORE", "description": "blastn検索のスコア" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-14.html", "name": "Tos17 link result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-014", "description": "Tos17ミュータントクローンとの対応情報", "files": [ { "file_name": "kome_tos17_link_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_tos17_link_result.zip", "file_size": "49 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_tos17_link_result", "data_acquisition": "イネミュータントパネルデータベースで公開されているTos17ミュータント隣接塩基配列を使用。", "analysis": "Tos17隣接塩基配列、完全長クローンをイネゲノムBACコンティグにマッピングし、互いに重複した部分があるものを対応していると予測した。\r\nマッピングのためには閾値1e-100でBlastn検索を行った。", "data_number": "2,864 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "FULL_CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "TOS_NAME", "description": "Tos17クローン名" }, { "name": "BAC_ACCESSION_NO", "description": "マッピングされたBACのアクセッション番号" }, { "name": "TOS_INSERT_POSITION", "description": "BAC上のTos17クローンの挿入位置" }, { "name": "cDNA_START_POSITION", "description": "cDNA上のTos17クローンの開始位置" }, { "name": "cDNA_END_POSITION", "description": "cDNA上のTos17クローンの終端位置" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-15.html", "name": "PLACE search result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-015", "description": "PLACE：シス作用調節DNAエレメントのデータベースに対してシグナル検索した結果", "files": [ { "file_name": "kome_place_search_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_place_search_result.zip", "file_size": "43 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_place_search_result", "data_acquisition": "ジャポニカ種イネゲノムデータにマッピングを行った結果を使用。\r\nシス作用調節DNAエレメントのデータベースはPLACE 22.0を使用。", "analysis": "完全長cDNAクローンの予想上流領域に対するシスエレメント解析。\r\nジャポニカ種イネゲノムデータにマッピングを行った結果を元に、マッピングされた部位の上流1000bを予想上流領域とし、その配列に対してシスエレメント解析を行った。", "data_number": "5,158,379 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "HIT_NO", "description": "sigscan検索の順位" }, { "name": "SIGNAL_NAME", "description": "シグナルエレメントの名称" }, { "name": "SIGNAL_TYPE", "description": "シグナルのタイプ" }, { "name": "LOCATION", "description": "シグナルの位置" }, { "name": "STRAND", "description": "クエリcDNA配列のストランドの向き" }, { "name": "SIGNAL_SEQ", "description": "シグナル配列" }, { "name": "SIGNAL_ID", "description": "PLACEのシグナルエレメントID" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-16.html", "name": "ORF information", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-016", "description": "最長ORFの情報", "files": [ { "file_name": "kome_orf_infomation.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_orf_infomation.zip", "file_size": "526 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_orf_infomation", "data_acquisition": "", "analysis": "完全長cDNAからORF(Open Reading Frame)を予測した時の、ORF開始位置と終端位置、及び完全長クローンに対するORFの占有率を示す。\r\n完全長クローンの中から開始コドンと終止コドンを探し出し、開始コドンと終止コドンの領域が最も長くなるようにとったものをLongest ORFとする。", "data_number": "37,073 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "FRAME_NO", "description": "フレーム番号" }, { "name": "START_POSITION", "description": "最長のORFの開始位置" }, { "name": "STOP_POSITION", "description": "最長のORFの終端位置" }, { "name": "LENGTH", "description": "最長のORFの長さ" }, { "name": "OCCUPATION", "description": "完全長cDNAの塩基配列上の占有率" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-17.html", "name": "Arabidopsis CDS blastp result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-017", "description": "Arabidopsis thaliana予想CDS（コーディング領域）に対するblastp検索結果", "files": [ { "file_name": "kome_arabidopsis_cds_blastp_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_arabidopsis_cds_blastp_result.zip", "file_size": "3.6 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_arabidopsis_cds_blastp_result", "data_acquisition": "Arabidopsis thalianaの予想CDSデータ（The TIGR Arabidopsis thaliana Database ver5）を使用。", "analysis": "Arabidopsis thalianaの予想CDSデータをデータベース、完全長クローンをクエリにしてBlastpを実行した。\r\n閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。", "data_number": "137,642 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "MIPS_CODE", "description": "Arabidopsis thalianaのMIPSコード" }, { "name": "DEFINITION", "description": "Arabidopsis thalianaのCDSの定義" }, { "name": "EXPECT", "description": "blastp検索の期待値" }, { "name": "SCORE", "description": "blastp検索のスコア" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-18.html", "name": "PIR search result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-018", "description": "PIRプロテインデータベースでblastx検索した結果", "files": [ { "file_name": "kome_pir_search_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_pir_search_result.zip", "file_size": "29 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_pir_search_result", "data_acquisition": "データベースはPIR Release 80.00 (December 31, 2004)を使用。", "analysis": "PIRプロテインデータベースに対して、Blastxを行った。\r\n閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。", "data_number": "1,549,409 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "RANK", "description": "blast検索結果の順位" }, { "name": "PIR_ACCESSION", "description": "PIRタンパク質データベースでのアクセッション番号" }, { "name": "DEFINITION", "description": "PIRタンパク質の定義" }, { "name": "EXPECT", "description": "blastx検索の期待値" }, { "name": "SCORE", "description": "blastx検索のスコア" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-19.html", "name": "SwissProt search result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-019", "description": "SwissProtプロテインデータベースに対してblastx検索した結果", "files": [ { "file_name": "kome_swissprot_search_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_swissprot_search_result.zip", "file_size": "30 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_swissprot_search_result", "data_acquisition": "データベースはSWISS-PROTプロテインデータベースを使用。", "analysis": "SWISS-PROTプロテインデータベースに対して、Blastxを行った。\r\n閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。", "data_number": "1,286,530 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "RANK", "description": "blast検索結果の順位" }, { "name": "DEFINITION", "description": "SwissProtタンパク質の定義" }, { "name": "ENTRY_NAME", "description": "SwissProtタンパク質の名称" }, { "name": "EXPECT", "description": "blastx検索の期待値" }, { "name": "SCORE", "description": "blastx検索のスコア" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-20.html", "name": "UniProt search blastx result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-020", "description": "UniProtプロテインデータベースに対してblastx検索した結果", "files": [ { "file_name": "kome_uniprot_search_blastx_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_uniprot_search_blastx_result.zip", "file_size": "1.4 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_uniprot_search_blastx_result", "data_acquisition": "データベースはUniProt Knowledgebase Release 6.3を使用。", "analysis": "UniProtプロテインデータベースに対して、Blastxを行った。\r\n閾値は1e-10とし、最も相同性が高かったものを表示している。", "data_number": "42,146 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "RANK", "description": "blast検索結果の順位" }, { "name": "UNIPROT ID", "description": "Uniprot ID" }, { "name": "DEFINITION", "description": "Uniprotタンパク質の定義" }, { "name": "EXPECT", "description": "blastx検索の期待値" }, { "name": "SCORE", "description": "blastx検索のスコア" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-21.html", "name": "InterPro search result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-021", "description": "InterProモチーフデータベースの検索結果", "files": [ { "file_name": "kome_interpro_search_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_interpro_search_result.zip", "file_size": "2.1 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_interpro_search_result", "data_acquisition": "データベースはInterProデータベース バージョン8.0を使用。", "analysis": "完全長cDNAクローンに対してInerProモチーフデータベース検索を行った。\r\nInterProデータベースはバージョン8.0を、InterProプログラムはバージョン3.3を利用している。\r\n解析に使われた検索プログラムは以下の９つである。\r\nBlastProDom\r\nFPrintScan\r\nHMMPfam\r\nHMMPIR\r\nHMMSmart\r\nHMMTigr\r\nProfileScan\r\nScanRegExp\r\nSuperFamily", "data_number": "110,589 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "INTERPRO_ID", "description": "InterProでのモチーフのID" }, { "name": "INTERPRO_NAME", "description": "InterProでのモチーフの名称" }, { "name": "METHOD", "description": "モチーフ検索プログラム" }, { "name": "ACCESSION_ID", "description": "モチーフのアクセッション番号" }, { "name": "SHORT_NAME", "description": "モチーフの短い名称" }, { "name": "LOCATION", "description": "モチーフの位置" }, { "name": "EXPECT", "description": "InterPro検索結果の期待値" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-22.html", "name": "Blocks search result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-022", "description": "Blocksモチーフデータベースの検索結果", "files": [ { "file_name": "kome_blocks_search_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_blocks_search_result.zip", "file_size": "60 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_blocks_search_result", "data_acquisition": "データベースとしてBlocks Database Version 14.0 (October 2003)を使用。", "analysis": "既知のモチーフデータベースであるBlocksに検索をかけた。\r\nデータベースとしてBlocks Database Version 14.0 (October 2003)を、検索プログラムはBLIMPS Version 3.6を用いた。", "data_number": "1,603,600 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { 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"http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_go_classification_genbank", "data_acquisition": "GenBankの相同性検索結果を使用。", "analysis": "GenBankデータ１０ディビジョンに対してのBlastx結果を元に、GO(遺伝子オントロジー)分類を行った。", "data_number": "1,655,603 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "GO_ACCESSION", "description": "遺伝子オントロジーのアクセッション番号" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-24.html", "name": "GO classification InterPro", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-024", "description": "InterProモチーフ検索結果を元にGO(遺伝子オントロジー)分類した結果", "files": [ { "file_name": "kome_go_classification_interpro.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_go_classification_interpro.zip", "file_size": "645 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_go_classification_interpro", "data_acquisition": "InterProモチーフ検索結果を使用。", "analysis": "InterProモチーフ検索結果を元に、GO(遺伝子オントロジー)分類を行った。", "data_number": "181,478 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "GO_ACCESSION", "description": "遺伝子オントロジーのアクセッション番号" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-25.html", "name": "GO classification Arabidopsis", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-025", "description": "Arabidopsis thalianaの予想CDSへの相同性検索結果を元にGO(遺伝子オントロジー)分類した結果", "files": [ { "file_name": "kome_go_classification_arabidopsis.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_go_classification_arabidopsis.zip", "file_size": "418 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_go_classification_arabidopsis", "data_acquisition": "Arabidopsis thalianaの予想CDSへのBlast結果を使用。", "analysis": "Arabidopsis thalianaの予想CDSへのBlast結果を元に、GO(遺伝子オントロジー)分類を行った。", "data_number": "94,013 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "GO_ACCESSION", "description": "遺伝子オントロジーのアクセッション番号" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-26.html", "name": "Memsat search result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-026", "description": "memsatによる膜貫通領域予測（疎水性アミノ酸配列予測）の結果", "files": [ { "file_name": "kome_memsat_search_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_memsat_search_result.zip", "file_size": "209 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_memsat_search_result", "data_acquisition": "memsatを使用。", "analysis": "memsatによる膜貫通領域予測（疎水性アミノ酸配列予測）を行った。", "data_number": "37,073 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "COUNT", "description": "膜貫通領域の数" }, { "name": "WAY", "description": "5 '末端の向き" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-27.html", "name": "pSort search result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-027", "description": "PSORTを用いた細胞内局在予測結果", "files": [ { "file_name": "kome_psort_search_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_psort_search_result.zip", "file_size": "823 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_psort_search_result", "data_acquisition": "pSort version 5.8を使用。", "analysis": "pSortを用いた細胞内局在予測を行った。", "data_number": "147,789 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "RANK", "description": "PSORT予測の順位" }, { "name": "TARGET", "description": "シグナルのターゲットとなる細胞小器官" }, { "name": "CERTAINTY", "description": "PSORT予測の確実性" }, { "name": "SCORE", "description": "WoLF PSORTのスコア" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-28.html", "name": "RPD link result", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-028", "description": "Rice Proteome Database におけるタンパク質を表示", "files": [ { "file_name": "kome_rpd_link_result.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_rpd_link_result.zip", "file_size": "14 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_rpd_link_result", "data_acquisition": "完全長cDNAクローンに対応するRice Proteome Databaseにおけるタンパク質。", "analysis": "", "data_number": "1,258 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "RPD_ID", "description": "完全長cDNAクローンに対応するイネプロテオームデータベースにおけるタンパク質のID" }, { "name": "SCORE", "description": "blastn検索のスコア" }, { "name": "COVERAGE", "description": "タンパク質のカバレッジ" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-29.html", "name": "Nucleotide Sequence", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-029", "description": "完全長cDNAの塩基配列（トリミングされた配列）", "files": [ { "file_name": "CSV形式: kome_ine_full_sequence_db.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_ine_full_sequence_db.zip", "file_size": "19 MB" }, { "file_name": "FASTA形式: kome_ine_full_sequence_db.fasta.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_ine_full_sequence_db.fasta.zip", "file_size": "21 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_ine_full_sequence_db", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "37,132 件", "details": [ { "name": "ACCESSION", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_ID", "description": "完全長cDNAクローンのID" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "CLUSTER_ID", "description": "クラスターID" }, { "name": "BELONG", "description": "cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS）" }, { "name": "SEQUENCE", "description": "塩基配列" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-30.html", "name": "Trimming information", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-030", "description": "該当クローンの塩基配列のうち、ベクター配列の混入であると予想される部分、ポリＡ配列であると予想される部分を排除済みの塩基配列。\r\nこのような配列は32127クローン中161件存在する。", "files": [ { "file_name": "kome_trimming_information.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_trimming_information.zip", "file_size": "63 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_trimming_information", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "161 件", "details": [ { "name": "ACCESSION_NO", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "BELONG", "description": "cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS）" }, { "name": "SEQ_DATA", "description": "トリミング後の配列データ" }, { "name": "TRIM_TOP", "description": "元の配列にトリミングした後の開始位置" }, { "name": "TRIM_END", "description": "元の配列にトリミングした後の終端位置" }, { "name": "TRIM_LENGTH", "description": "トリミング後の配列の長さ" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-31.html", "name": "Amino Acid Sequence", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-031", "description": "完全長cDNAクローンの最長ORF部分をアミノ酸に翻訳した配列。\r\n最長ORFを予測出来なかったものについては表示されない。", "files": [ { "file_name": "CSV形式: kome_ine_full_sequence_amino_db.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_ine_full_sequence_amino_db.zip", "file_size": "7.4 MB" }, { "file_name": "FASTA形式: kome_ine_full_sequence_amino_db.fasta.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_ine_full_sequence_amino_db.fasta.zip", "file_size": "7.7 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_ine_full_sequence_amino_db", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "37,073 件", "details": [ { "name": "ACCESSION", "description": "完全長cDNAクローンのアクセッション番号" }, { "name": "CLONE_ID", "description": "完全長cDNAのID" }, { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "CLUSTER_ID", "description": "クラスターID" }, { "name": "BELONG", "description": "完全長cDNAをシークエンシングした研究機関の頭文字（R：RIKEN、F：FAIS）" }, { "name": "SEQUENCE", "description": "アミノ酸配列" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-32.html", "name": "OPS index", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-032", "description": "OPS (Oryza Partial Sequence) のインデックス。完全長クローン名と3'及び5'EST名の対応。\r\n解読済みのESTのみ。", "files": [ { "file_name": "kome_ops_index.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_ops_index.zip", "file_size": "2.6 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_ops_index", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "382,787 件", "details": [ { "name": "CLONE_NAME", "description": "完全長cDNAクローンの名称" }, { "name": "3'EST_NAME", "description": "3 'ESTの名称" }, { "name": "5'EST_NAME", "description": "5 'ESTの名称" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-33.html", "name": "All 3' EST", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-033", "description": "3端EST配列", "files": [ { "file_name": "CSV形式: kome_est_3end_all.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_est_3end_all.zip", "file_size": "70 MB" }, { "file_name": "FASTA形式: kome_est_3end_all.fasta.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_est_3end_all.fasta.zip", "file_size": "76 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_est_3end_all", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "536,885 件", "details": [ { "name": "3'EST_NAME", "description": "3 'ESTの名称" }, { "name": "SEQUENCE", "description": "3 'ESTの配列" } ] }, { "path": "jp\/kome\/data-34.html", "name": "All 5' EST", "database_name": "KOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00120-034", "description": "5端EST配列", "files": [ { "file_name": "CSV形式: kome_est_5end_all.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_est_5end_all.zip", "file_size": "26 MB" }, { "file_name": "FASTA形式: kome_est_5end_all.fasta.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kome\/LATEST\/kome_est_5end_all.fasta.zip", "file_size": "27 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kome_est_5end_all", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "241,854 件", "details": [ { "name": "5'EST_NAME", "description": "5 'ESTの名称" }, { "name": "SEQUENCE", "description": "5 'ESTの配列" } ] }, { "path": "jp\/ktmabdb\/data-1.html", "name": "モノクローナル抗体コレクションと免疫染色顕微鏡画像", "database_name": "KTmAbDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01038-001", "description": "線虫C. elegans胚の特異的な細胞型・組織・細胞内構造を認識するモノクローナル抗体コレクションと、各抗体の胚発生過程各時期の免疫染色顕微鏡画像", "files": [ { "file_name": "ktmabdb.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/ktmabdb\/LATEST\/ktmabdb.zip", "file_size": "3KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/ktmabdb", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "モノクローナル抗体コレクション：18件\r\n免疫染色顕微鏡画像：131件", "details": [ { "name": "mAb Name", "description": "モノクローナル抗体" }, { "name": "Representative image", "description": "代表的な免疫染色顕微鏡画像。TogoDBでは画像が表示され、ダウンロードデータでは画像ファイル名となる。" }, { "name": "Localization", "description": "局在" }, { "name": "Green Costaining", "description": "DAPI（DNAを染色）またはMH27（上皮の細胞間接着を染色）による同時染色（緑色）" }, { "name": "Isotype", "description": "アイソタイプ" }, { "name": "Images", "description": "胚発生過程各時期の免疫染色顕微鏡画像。HTML形式の表で記述される。" } ] }, { "path": "jp\/ktmabdb\/data-2.html", "name": "免疫染色顕微鏡画像ファイル", "database_name": "KTmAbDB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01038-002", "description": "各モノクローナル抗体の胚発生過程各時期の免疫染色顕微鏡画像の画像ファイル。 JPEG形式の131ファイル。 画像ファイル名は、以下の規則で名付けされている。 同時染色の画像の場合、「ol」がファイル名に付与される。\r\n「（モノクローナル抗体）_(胚発生過程時期）（番号）(_ol).jpg 」\r\n例：KT02_2 cell_1_ol.jpg　の場合\r\n抗体名：KT02\r\n胚発生過程時期: 2 cell\r\n番号: 1\r\n同時染色: ol", "files": [ { "file_name": "ktmabdb_images.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/ktmabdb\/LATEST\/ktmabdb_images.zip", "file_size": "8.35MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "131件", "details": [] }, { "path": "jp\/legenda\/data-1.html", "name": "ambig_sui", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-001", "description": "文献中に出現した多義語suiに対して、文献によりcui（Unique identifier for concept）を割り当てた際の統計値", "files": [ { "file_name": "legenda_ambig_sui.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_ambig_sui.zip", "file_size": "1.0 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/legenda_ambig_sui", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "124,004 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "sui", "description": "Unique identifier for string" }, { "name": "cui", "description": "suiに対するUnique identifier for concept" }, { "name": "resolved_by_synonym_occurrence_count", "description": "同一文献中に同義語が出現したことにより、このcuiを割り当てることができた回数" }, { "name": "major", "description": "このsuiに対するcuiは、resolved_by_synonym_occurrence_countが最大のものかどうかを示すフラグ。すなわち、この多義語に対してコンセプトが全文献中において、最もメジャーがどうかを示している。" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-2.html", "name": "case_sensitive_sui", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-002", "description": "大文字、小文字を区別する（Case sensitive）sui（Unique identifier for string）に関する情報", "files": [ { "file_name": "legenda_case_sensitive_sui.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_case_sensitive_sui.zip", "file_size": "323 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/legenda_case_sensitive_sui", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "55,230 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "sui", "description": "Unique identifier for string" }, { "name": "method", "description": "方法のフラグ（r:ルールにより設定した（n文字以下など）、f:フラグにより設定した（ストリングのリストなど））" }, { "name": "date", "description": "タイムスタンプ" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-3.html", "name": "concept_index", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-003", "description": "文献中にあらわれるconceptのインデックス", "files": [ { "file_name": "legenda_concept_index.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_concept_index.zip", "file_size": "846 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "ストリンクインデキシングで記録（string_index）した位置に、どのコンセプトが記録されているかを解析", "data_number": "187,494,756 件", "details": [ { "name": "str_idx_id", "description": "string_indexテーブルの主キー" }, { "name": "cui", "description": "Unique Identifier for concept" }, { "name": "ambiguous", "description": "このインデックスに多義語ストリングが位置しているかどうか" }, { "name": "acrotagger_solve_status", "description": "http:\/\/www.ebi.ac.uk\/Rebholz\/software.htmlで紹介されているAcroTaggerというツールを適用した結果。結局AcrotaggerはLEGENDAに導入されていないため、空欄である。" }, { "name": "legenda_solve_status", "description": "0: 多義語でない、1: 文脈により多義語を解決した 2: 多義語を最もメジャーなコンセプトに倒した、3: カウントが0のためメジャーなコンセプトか判断ができなかったが、１つのコンセプトに倒した" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-4.html", "name": "cui_cooc_pair_probability_info_by_doc", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-004", "description": "論文(http:\/\/www.biomedcentral.com\/1471-2105\/5\/145）のequation(2)に関する情報", "files": [ { "file_name": "legenda_cui_cooc_pair_probability_info_by_doc.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_cui_cooc_pair_probability_info_by_doc.zip", "file_size": "953 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "BioMed Centralからダウンロード", "analysis": "", "data_number": "42,524,120 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "cui1", "description": "Unique identifier for concept 1" }, { "name": "cui2", "description": "Unique identifier for concept 2" }, { "name": "max_before_first_occurrence_rec_cooccurence", "description": "Max(Af、Bf)の値" }, { "name": "total_rec_count", "description": "Tabの値" }, { "name": "probability", "description": "Pabの値" }, { "name": "mim", "description": "2つの確率変数の相互依存の尺度（Mutual Information Measure(equation(1)におけるPab\/(Pa * Pb)の値)" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-5.html", "name": "cui_probability_info_by_doc", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-005", "description": "論文(http:\/\/www.biomedcentral.com\/1471-2105\/5\/145）のequation(3)(4)に関する情報", "files": [ { "file_name": "legenda_cui_probability_info_by_doc.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_cui_probability_info_by_doc.zip", "file_size": "2.9 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "180,594 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "cui", "description": "Unique identifier for concept" }, { "name": "before_first_occurrence_rec_count", "description": "Af、Bfの値" }, { "name": "total_rec_count", "description": "Ta、Tbの値" }, { "name": "probability", "description": "Pa、Pbの値" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-6.html", "name": "cui_to_dictionary_category", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-006", "description": "cui（Unique identifier for concept）に対する辞書カテゴリIDの割り当てデータ", "files": [ { "file_name": "legenda_cui_to_dictionary_category.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_cui_to_dictionary_category.zip", "file_size": "3.1 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/legenda_cui_to_dictionary_category", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "659,540 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "cui", "description": "Unique identifier for concept" }, { "name": "dictionary_category_id", "description": "1:遺伝子、2:疾患、4:遺伝子機能、5:物質" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-7.html", "name": "dcooc_summary", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-007", "description": "ストリングのペアが何件かの直接共起をもつ情報のサマリー", "files": [ { "file_name": "legenda_dcooc_summary.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_dcooc_summary.zip", "file_size": "308 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "string_indexとdirect_coocを結合させて、「cui1 <= cui2, !(sui1 == sui2 && cui1 == cui2)」を満たすデータを抽出", "data_number": "28,405,139 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "sui1", "description": "Unique identifier for string 1" }, { "name": "cui1", "description": "Unique identifier for concept 1" }, { "name": "sui2", "description": "Unique identifier for string 2" }, { "name": "cui2", "description": "Unique identifier for concept 2" }, { "name": "num_coocs", "description": "文共起の件数" }, { "name": "num_docs", "description": "文共起が存在する文献の件数" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-8.html", "name": "dictionary_category", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-008", "description": "辞書のカテゴリ情報", "files": [ { "file_name": "legenda_dictionary_category.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_dictionary_category.zip", "file_size": "253 B" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/legenda_dictionary_category", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "5 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "name", "description": "カテゴリ名" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-9.html", "name": "direct_cooc", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-009", "description": "全ての行が「cui1<= cui2, !(sui1 == sui2 && cui1== cui2)」を満たす文共起データ", "files": [ { "file_name": "legenda_direct_cooc.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_direct_cooc.zip", "file_size": "2.0 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "247,195,583 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "string_index_id1", "description": "string_index用キーid" }, { "name": "sui1", "description": "Unique identifier for string 1" }, { "name": "cui1", "description": "Unique identifier for concept 1" }, { "name": "string_index_id2", "description": "string_index用キーid" }, { "name": "sui2", "description": "Unique identifier for string 2" }, { "name": "cui2", "description": "Unique identifier for concept 2" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-10.html", "name": "direct_cui_relation", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-010", "description": "コンセプトペアに対して、MIMスコア、直接共起数、出現ドキュメント数を記録した情報であり、Relation Viewを表示するために検索データとして利用している", "files": [ { "file_name": "legenda_direct_cui_relation.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_direct_cui_relation.zip", "file_size": "908 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "string_indexとconcept_indexから共起が存在する文献の数（num_docs）を作成する。また、MIMスコアはcui_cooc_pair_probability_info_by_docを利用する。", "data_number": "85,048,240 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "cui1", "description": "Unique Identifier for concept 1" }, { "name": "cui2", "description": "Unique Identifier for concept 2" }, { "name": "mim", "description": "cui1、cui2に関するMIMスコア" }, { "name": "num_coocs", "description": "文共起の件数" }, { "name": "num_docs", "description": "cui1とcui2のペアによる文共起が存在する文献の件数" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-11.html", "name": "medline", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-011", "description": "MEDLINEのPMIDとPubDateタグ内の出版年情報をXML形式で格納したデータ", "files": [ { "file_name": "legenda_medline.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_medline.zip", "file_size": "9.6 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "2,140,917,413 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "pmid", "description": "PubMed ID" }, { "name": "xml", "description": "MEDLINEのPubDateタグ内の出版年情報(XML形式)" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-12.html", "name": "medline_pubdate", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-012", "description": "MEDLINEのPMIDとPubDateタグ内の出版年情報をDBのDATE型に変換したデータ", "files": [ { "file_name": "legenda_medline_pubdate.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_medline_pubdate.zip", "file_size": "102 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "18,798,701 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "pmid", "description": "PubMed ID" }, { "name": "pubdate", "description": "MEDLINEのPubDateタグ内の出版年情報(Date型)" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-13.html", "name": "mrcon", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-013", "description": "コンセプトに関する情報（UMLS MetathesaurusのMRCONファイルに対応するデータ）", "files": [ { "file_name": "legenda_mrcon.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/legenda\/LATEST\/legenda_mrcon.zip", "file_size": "29 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", 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"data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "2,089,525 件", "details": [ { "name": "id", "description": "ID" }, { "name": "cui", "description": "Unique identifier of concept" }, { "name": "lui", "description": "Unique identifier of term" }, { "name": "sui", "description": "Unique identifier of string" }, { "name": "sab", "description": "Abbreviated source name for source vocabulary (由来するDBの略称)" }, { "name": "tty", "description": "Abbreviated for term type name in source vocabulary（termの分野の略称）" }, { "name": "code", "description": "Unique identifier or code for string in that source（由来するDB内でのID）" }, { "name": "srl", "description": "Source restriction level（由来するDBのデータライセンスレベル）" } ] }, { "path": "jp\/legenda\/data-15.html", "name": "ner_index", "database_name": "Legenda", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00549-015", "description": "NER（Named Entity Recognition）ツールにstring_indexデータを処理した結果", "files": [ { "file_name": "legenda_ner_index.zip", "file_url": 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"ナミキ商事株式会社から提供された化合物データです(2017年10月時点)。化合物が複数の配座異性体を持つ場合、それらを全て含んでいます。Mol2フォーマットで１つのファイルに記載されています。Mol2フォーマットの中のコメント部分を別途CSVファイルとしてまとめています。これは簡易検索で検索することができます。", "files": [ { "file_name": "ligandbox_namiki_multiple.zip（CSVフォーマット）", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/ligandbox\/LATEST\/ligandbox_namiki_multiple.zip", "file_size": "199MB" }, { "file_name": "Namiki_Multiple.mol2.gz（Mol2フォーマット）", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/ligandbox\/LATEST\/Namiki_Multiple.mol2.gz", "file_size": "8.8GB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/ligandbox_namiki", "data_acquisition": "ナミキ商事株式会社から提供", "analysis": "", "data_number": "8,353,035件", "details": [ { "name": "LIGANDBOX_ID", "description": "LigandBox内のID" }, { "name": "SINGLE", "description": "single conformerとして抽出された場合は\"TRUE\"そうでなければ\"FALSE\"" }, { "name": "SOURCE", "description": "データ提供元" }, { "name": "SOURCE_ID", "description": "データ提供元におけるID" }, { "name": "MOLECULAR_FORMULA", 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EST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。データ件数は7,320件。", "files": [ { "file_name": "Lotus_kagawa.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kazusa_lotus_est_index\/LATEST\/Lotus_kagawa.tar.gz", "file_size": "1.3MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "キャピラリーシーケンサー", "analysis": "", "data_number": "7,320件", "details": [] }, { "path": "jp\/magest\/data-1.html", "name": "コンティグ", "database_name": "MAGEST", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00128-001", "description": "マボヤESTをアセンブルして得られたコンセンサス配列のアノテーションや配列情報。11,299件。", "files": [ { "file_name": "magest_contig.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/magest\/LATEST\/magest_contig.zip", "file_size": "5.37MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/magest_contig", "data_acquisition": "EGassembler", "analysis": "", "data_number": "11,299件", "details": [ { "name": "Contig ID", "description": "コンティグのID" }, { "name": "EST ID", "description": "このコンティグを構成するESTのID群。TogoDB版では、ESTのID群のテーブルへのリンク" }, { "name": "Swiss-Prot", "description": "Swiss-Protに対するblastxによる相同性検索のトップヒット" }, { "name": "Swiss-Prot ID", "description": "上記のエントリのアクセッション番号。TogoDB版では、UniProtへのリンク" }, { "name": "KEGG GENES", "description": "KEGG GENESに対する相同性検索のトップヒット" }, { "name": "KEGG GENES ID", "description": "KEGG GENESに対する相同性検索のトップヒットのID。TogoDB版では、KEGG GENESへのリンク" }, { "name": "Ciona", "description": "JGI-Cionaに対する相同性検索のトップヒット" }, { "name": "Ciona ID", "description": "JGI-Cionaに対する相同性検索のトップヒットのID。TogoDB版では、JGIへのリンク。" }, { "name": "KEGG Orthology", "description": "関連するKEGG OrthologyのEntryとName" }, { "name": "KEGG Orthology ID", "description": "関連するKEGG OrthologyのEntry。TogoDB版では、KEGG Orhologyのリンク" }, { "name": "NT sequence", "description": "コンセンサス塩基配列" }, { "name": "Length of NT sequence", "description": "塩基配列の長さ" }, { "name": "AA sequence", "description": "コンセンサス塩基配列から翻訳されたアミノ酸配列" }, { "name": "Length of AA sequence", "description": "アミノ酸配列の長さ" } ] }, { "path": "jp\/magest\/data-2.html", "name": "クローン", "database_name": "MAGEST", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00128-002", "description": "マボヤの各発生段階から得られたcDNAクローンの情報。60,037件。", "files": [ { "file_name": "magest_clone.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/magest\/LATEST\/magest_clone.zip", "file_size": "530KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/magest_clone", "data_acquisition": "ホヤ受精卵を三田ら(Mita-Miyazawa et al., 1985)の方法で化学的にコリオン除去した後、 AGPCを用いてpoly(A) RNAを抽出（Chomczynski and Sacchi, 1987）し、 Oligotex-dT30ビーズ(Roche Japan, Tokyo)を用いて精製した。 5μgのpoly(A) RNAからoligo(dT)-primed cDNA libraryを作成した。 cDNAはlambda uni-ZAP cDNA synthesis kit (Stratagene)を用いて合成した後、精製した。", "analysis": "", "data_number": "60,037件", "details": [ { "name": "Clone ID", "description": "クローンのID" }, { "name": "Stage", "description": "クローンを得た発生段階\r\nFE：受精卵（fertilized egg）\r\nCL：卵割期（cleavage stage）\r\nGS：原腸胚（gastrula）\r\nNR：神経胚（neurula）" }, { "name": "Contig ID", "description": "このクローンのESTが含まれるコンティグのID" }, { "name": "5' EST", "description": "5'ESTのID" }, { "name": "3' EST", "description": "3'ESTのID" } ] }, { "path": "jp\/magest\/data-3.html", "name": "EST", "database_name": "MAGEST", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00128-003", "description": "マボヤESTの配列情報。 102,190件。", "files": [ { "file_name": "magest_est.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/magest\/LATEST\/magest_est.zip", "file_size": "17.2MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/magest_est", "data_acquisition": "ABI PRISM 377 sequencer, Big-Dye dideoxy chain terminators", "analysis": "", "data_number": "102,190件", "details": [ { "name": "EST ID", "description": "ESTのID" }, { "name": "Contig ID", "description": "このESTが含まれるコンティグのID" }, { "name": "Clone ID", "description": "このESTが得られたクローンのID" }, { "name": "EST type", "description": "EST塩基配列の読み取り方向。5'側の場合、5であり、3'側の場合、3となる。" }, { "name": "Stage", "description": "クローンを得た発生段階\r\nFE：受精卵（fertilized egg）\r\nCL：卵割期（cleavage stage）\r\nGS：原腸胚（gastrula）\r\nNR：神経胚（neurula）" }, { "name": "NT sequence", "description": "塩基配列" }, { "name": "Length of NT sequence", "description": "塩基配列の長さ" }, { "name": "Comment", "description": "\"Singleton\"とある場合、このESTは他のESTとコンティグを形成しないことを示す" } ] }, { "path": "jp\/massbank\/data-1.html", "name": "MassBank Record Index", "database_name": "MassBank", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00298-001", "description": "MassBankに登録されている個別レコードデータのインデックス情報", "files": [ { "file_name": "massbank_record_index.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/massbank\/LATEST\/massbank_record_index.zip", "file_size": "814 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/massbank_main", "data_acquisition": "各データ提供機関から、mass解析データを登録\r\nftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/massbank\/LATEST\/README.html#MassBankContributorList", "analysis": "", "data_number": "45,260 件", "details": [ { "name": "id", "description": "内部用連番ID" }, { "name": "accession", 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"files": [ { "file_name": "medaka_est_db_homology.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/medaka_est_db\/LATEST\/medaka_est_db_homology.zip", "file_size": "25.1MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/medaka_est_homology\/", "data_acquisition": "", "analysis": "公共のタンパク質データベース（NCBIのnr）に対するblastx", "data_number": "1,078,478件", "details": [ { "name": "Clone name", "description": "クローン名" }, { "name": "Value", "description": "blastx結果のE-value" }, { "name": "Score", "description": "blastx結果のスコア" }, { "name": "Hit", "description": "blastxによってヒットしたタンパク質の由来データベース名、ID、アノテーション。" } ] }, { "path": "jp\/medaka-est-db\/data-3.html", "name": "メダカ cDNAクローン毎の遺伝子発現の局在部位", "database_name": "Medaka EST Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01000-003", "description": "クローン毎に遺伝子の発現の局在部位を画像で示したもの。924件。", "files": [ { "file_name": "medaka_est_db_expression.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/medaka_est_db\/LATEST\/medaka_est_db_expression.zip", "file_size": "28KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/medaka_est_expression\/", "data_acquisition": "In Situ Proを用いたin situ hybridization", "analysis": "", "data_number": "924件", "details": [ { "name": "Clone name", "description": "クローン名" }, { "name": "Image", "description": "画像ファイル名。TogoDBでは、画像が表示される。" }, { "name": "Expression Pattern", "description": "局在部位" }, { "name": "Stage", "description": "発生段階" }, { "name": "Top blastx", "description": "blastxのトップヒット。TogoDB版では、cDNAクローン毎のホモロジー検索(blastx)結果ヘのリンク。" } ] }, { "path": "jp\/medaka-est-db\/data-4.html", "name": "メダカ cDNAクローン毎の遺伝子発現の局在部位　画像ファイル", "database_name": "Medaka EST Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01000-004", "description": "メダカ cDNAクローン毎の遺伝子発現の局在部位　画像ファイル。1000個のJPEGファイルをZIP形式で圧縮している。 画像ファイル名は、(クローンのr clusterのID)+(.jpg)となる。", "files": [ { "file_name": "medaka_est_db_expression_images.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/medaka_est_db\/LATEST\/medaka_est_db_expression_images.zip", "file_size": "51.5MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "In Situ Proを用いたin situ hybridization", "analysis": "", "data_number": "924件", "details": [] }, { "path": "jp\/medaka-est-db\/data-5.html", "name": "メダカ cDNAライブラリ", "database_name": "Medaka EST Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01000-005", "description": "Medaka のcDNAライブラリ情報。3件。", "files": [ { "file_name": "medaka_est_db_lib.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/medaka_est_db\/LATEST\/medaka_est_db_lib.zip", "file_size": "1KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/medaka_est_lib\/", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "3件", "details": [ { "name": "Library", "description": "ライブラリ名" }, { "name": "RNA source", "description": "RNAを取得したメダカの系統、発生段階、使用部位の情報" }, { "name": "Vector", "description": "ベクター名" }, { "name": "Cloning site", "description": "クローニングに用いた制限酵素" }, { "name": "Library size", "description": "ライブラリのサイズ" } ] }, { "path": "jp\/medaka-est-db\/data-6.html", "name": "M-marker 2003", "database_name": "Medaka EST Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01000-006", "description": "迅速マッピングシステム M-marker 2003で使用されるプライマー情報と、各メダカ系統におけるＰＣＲ産物のゲル画像。 北と南のメダカ系統間でPCR断片長多型を示すESTマーカーが染色体ごとに２つずつ選ばれており、変異のマッピングが可能。48件。", "files": [ { "file_name": "medaka_est_db_mmarker.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/medaka_est_db\/LATEST\/medaka_est_db_mmarker.zip", "file_size": "1.88MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/medaka_est_db_mmarker\/", "data_acquisition": "PCR、電気泳動", "analysis": "", "data_number": "48件", "details": [ { "name": "LG", "description": "連鎖群（Linkage Group、染色体)" }, { "name": "Gene Name (EST)", "description": "遺伝子名またはEST名" }, { "name": "Forward Primer", "description": "順方向プライマー配列" }, { "name": "Reverse Primer", "description": "逆方向プライマー配列" }, { "name": "Small Gel Image", "description": "ゲル画像（小）とその注釈（系統名、染色体上の位置）" }, { "name": "Large Gel Image", "description": "ゲル画像（大）" } ] }, { "path": "jp\/medaka-est-db\/data-7.html", "name": "Medaka Microarray 8Kのクローンリスト", "database_name": "Medaka EST Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01000-007", "description": "オリゴDNAマイクロアレイ「Medaka Microarray 8K」に載せられたクローンのリスト。 クラスター8,091種を選択し、3' ESTをもとにしてアジレントテクノロジー社により60-merオリゴヌクレオチドを合成。8,091件。", "files": [ { "file_name": "medaka_est_db_microarray_clone.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/medaka_est_db\/LATEST\/medaka_est_db_microarray_clone.zip", "file_size": "104KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/medaka_est_db_microarray_clone\/", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "8,091件", "details": [ { "name": "Rcluster", "description": "3' ESTの配列のクラスター名" }, { "name": "Clone", "description": "クローン名" }, { "name": "Blastx", "description": "クローンのblastxでのトップヒットの配列のアノテーション" } ] }, { "path": "jp\/medaka-full-length-cdna-db\/data-1.html", "name": "クローン一覧", "database_name": "Medaka Full-length cDNA Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00147-001", "description": "メダカcDNAクローンの3'及び5'末端配列の情報と各組織\/発生段階別ライブラリごとに作成したクラスター (Tissue cluster)及び全ライブラリを対象としたクラスター (Merge cluster)の情報。", "files": [ { "file_name": "medaka_full_length_cdna_clone.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/medaka-full-length-cdna-db\/LATEST\/medaka_full_length_cdna_clone.zip", "file_size": "99MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/medaka_full_length_cdna_clone", "data_acquisition": "ABI3730XLを用いたサンガーシーケンス法により配列を取得 (Phrap法によるQuality check Phredスコア >30)し、FASTAによるクラスタリングを行っている。", "analysis": "NCBI proteinのnon-redundant protein sequencesに対するblastx（version 2.2.15）でトップヒットを採用。", "data_number": "257,122件", "details": [ { "name": "Clone name", "description": "クローン名" }, { "name": "Library", "description": "ライブラリー名" }, { "name": "5' end seq. ID", "description": "5'末端の配列ID" }, { "name": "Acc. of 5' end", "description": "5'末端の配列のアクセション番号" }, { "name": "Tissue cluster of 5' end", "description": "5'末端の配列の組織別クラスターID" }, { "name": "Merge cluster of 5' end", "description": "5'末端の配列のマージクラスターID" }, { "name": "Homology of 5' end", "description": "5'末端のホモロジー検索結果" }, { "name": "Score of 5' end", "description": "上記ホモロジー検索のスコア" }, { "name": "E-value of 5' end", "description": "上記ホモロジー検索のE-value" }, { "name": "3' end seq. ID", "description": "3'末端の配列ID" }, { "name": "Acc. of 3' end", "description": "3'末端の配列のアクセション番号" }, { "name": "Tssue cluster of 3' end", "description": "3'末端の配列の組織別クラスターID" }, { "name": "Merge cluster of 3' end", "description": "3'末端の配列のマージクラスターID" }, { "name": "Homology of 3' end", "description": "3'末端のホモロジー検索結果" }, { "name": "Score of 3' end", "description": "上記ホモロジー検索のスコア" }, { "name": "E-value of 3' end", "description": "上記ホモロジー検索のE-value" }, { "name": "Full length seq. ID", "description": "完全長配列のID (へのリンク）" } ] }, { "path": "jp\/medaka-full-length-cdna-db\/data-2.html", "name": "クラスター一覧", "database_name": "Medaka Full-length cDNA Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00147-002", "description": "クラスター情報の一覧。全データをマージして作成したクラスター (Merge cluster)と由来組織及び発生段階ライブラリごとに作成したクラスター (Tissue cluster)の2種類のクラスタが存在する。ここではMerge clusterごとにTissue cluster（ライブラリ）別のクローン数の内訳とクローン情報一覧へのリンクを示している。Tissue clusterのクローン数は由来組織ごとの擬似的な発現量として把握することに利用可能である。\r\nさらにMerge clusterごとに代表クローンを１つ選定しBlast検索の結果を示している。代表クローンの一部は完全長配列を決定している (完全長配列を決定した代表クローン一覧を参照)。", "files": [ { "file_name": "medaka_full_length_cdna_merge_cluster.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/medaka-full-length-cdna-db\/LATEST\/medaka_full_length_cdna_merge_cluster.zip", "file_size": "813KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/medaka_full_length_cdna_merge_cluster", "data_acquisition": "なし", "analysis": "全データをマージし、FASTAによってクラスタリング。", "data_number": "47,902件", "details": [ { "name": "Cluster", "description": "マージクラスターID" }, { "name": "olea (embryo ST22)", "description": "胚 (ST22)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "oleb (embryo ST35)", "description": "胚 (ST35)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "olec (embryo ST40)", "description": "稚魚 (ST40)由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "olvl (male liver)", "description": "雄肝臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "olli (female liver)", "description": "雌肝臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "olbr (brain)", "description": "脳由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "olgi (gill)", "description": "鰓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "olki (kidney)", "description": "腎臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "olsp (spleen)", "description": "脾臓由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "olte (testis)", "description": "精巣由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "olova (ovary)", "description": "卵巣由来のクラスターに含まれるクローンの数とクローンリストへのリンク" }, { "name": "Homology", "description": "クラスター内の代表配列に対するホモロジー検索結果" } ] }, { "path": "jp\/medaka-full-length-cdna-db\/data-3.html", "name": "完全長配列を決定した代表クローン一覧", "database_name": "Medaka Full-length cDNA Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00147-003", "description": "各マージクラスタの代表クローンの重複のない完全長cDNA配列情報とホモロジー検索結果。クラスター一覧も参照のこと。", "files": [ { "file_name": "medaka_full_length_cdna_nr.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/medaka-full-length-cdna-db\/LATEST\/medaka_full_length_cdna_nr.zip", "file_size": "8.7MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/medaka_full_length_cdna_non_redundant", "data_acquisition": "各クラスターの代表クローンを選別後、クローンを混合しshotgunライブラリーを作成する。ショットガンシークエンスを行い、代表クローンの 5'及び3'配列をseedとしてアセンブル (Phred\/Phrap)をおこなう。この方法により各代表クローンの全長配列を取得する。アセンブリーにより全長配列が得られない場合にはプライマー 歩行を行い全長配列を完成させる。", "analysis": "NCBI proteinのnon-redundant protein sequencesに対するblastx（version 2.2.15）でトップヒットを採用。", "data_number": "15,381件", "details": [ { "name": "Full length seq. ID", "description": "完全長配列のID" }, { "name": "Library", "description": "ライブラリー名 (各ライブラリ名の略称についてはMerge cluster listを参照）" }, { "name": "Homology", "description": "ホモロジー検索結果" }, { "name": "Score", "description": "上記ホモロジー検索のスコア" }, { "name": "E-value", "description": "上記ホモロジー検索のE-value" } ] }, { "path": "jp\/metabolonote\/data-1.html", "name": "Sample Set (SE)", "database_name": "Metabolonote", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01324-001", "description": "研究の目的に応じた実験データのまとまりについての情報。\r\nどのサンプルをどのコントロールと比較するべきか等、データの解釈・取り扱いに関する情報を含む。", "files": [ { "file_name": "metabolonote_sample_set.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/metabolonote\/LATEST\/metabolonote_sample_set.zip", "file_size": "41 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/metabolonote_sample_set", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "52 件", "details": [ { "name": "Sample Set ID", "description": "サンプルセットID" }, { "name": "Title", "description": "サンプルセット名" }, { "name": "Description", "description": "サンプルセット情報の詳細\r\n実験の目的、サンプル間の関連性など、データを解釈する上での重要な概念を記述する。" }, { "name": "Authors", "description": "著者" }, { "name": "Reference", "description": "関連する文献情報" }, { "name": "Comment", "description": "コメント" }, { "name": "Experimental Conditions", "description": "Experimental Conditionsへのリンク (簡易検索ページのみ)" } ] }, { "path": "jp\/metabolonote\/data-2.html", "name": "Sample (S)", "database_name": "Metabolonote", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01324-002", "description": "分析したサンプルの調製方法に関する情報", "files": [ { "file_name": "metabolonote_sample.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/metabolonote\/LATEST\/metabolonote_sample.zip", "file_size": "110 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/metabolonote_sample", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "185 件", "details": [ { "name": "Sample Set ID", "description": "サンプルセットID (簡易検索ページでは\"ID\"に統合)" }, { "name": "Sample ID", "description": "サンプルID (簡易検索ページでは\"ID\"に統合)" }, { "name": "Title", "description": "サンプル名" }, { "name": "Organism - Scientific Name", "description": "生物　（学術名）" }, { "name": "Organism - ID", "description": "生物　（TaxonomyID)" }, { "name": "Compound - ID", "description": "化合物ID" }, { "name": "Compound - Source", "description": "試薬入手情報" }, { "name": "Preparation", "description": "生育方法、特定の処理、サンプリング部位、サンプリング方法、試薬の調製法等" }, { "name": "Comment", "description": "コメント" }, { "name": "Analytical Method IDs", "description": "Analytical Method (M)へのリンク (簡易検索ページのみ)" } ] }, { "path": "jp\/metabolonote\/data-3.html", "name": "Analytical Method (M)", "database_name": "Metabolonote", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01324-003", "description": "サンプルを機器分析した方法に関する情報", "files": [ { "file_name": "metabolonote_analytical_method.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/metabolonote\/LATEST\/metabolonote_analytical_method.zip", "file_size": "269 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/metabolonote_analytical_method", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "527 件", "details": [ { "name": "Sample Set ID", "description": "サンプルセットID (簡易検索ページでは\"Sample ID\"も含めて\"ID\"に統合)" }, { "name": "Analytical Method ID", "description": "分析方法ID (簡易検索ページでは\"Sample ID\"も含めて\"ID\"に統合)" }, { "name": "Title", "description": "分析名" }, { "name": "Analytical Method Details ID", "description": "適用した分析詳細情報のID (簡易検索ページでは\"Sample Set ID\"も含める)" }, { "name": "Sample Amount", "description": "使用したサンプル量\r\n他サンプルとの比較のために、定量データをノーマライズするのに必要な情報" }, { "name": "Comment", "description": "コメント" }, { "name": "Data Analysis IDs", "description": "Data Analysis (D)へのリンク (簡易検索ページのみ)" } ] }, { "path": "jp\/metabolonote\/data-4.html", "name": "Data Analysis (D)", "database_name": "Metabolonote", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01324-004", "description": "分析データをPC等で解析した方法に関する情報", "files": [ { "file_name": "metabolonote_data_analysis.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/metabolonote\/LATEST\/metabolonote_data_analysis.zip", "file_size": "444 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/metabolonote_data_analysis", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "915 件", "details": [ { "name": "Sample Set ID", "description": "サンプルセットID (簡易検索ページでは\"Sample ID\"と\"Analytical Method ID\"も含めて\"ID\"に統合)" }, { "name": "Data Analysis ID", "description": "データ解析方法ID (簡易検索ページでは\"Sample ID\"と\"Analytical Method ID\"も含めて\"ID\"に統合)" }, { "name": "Title", "description": "データ解析方法名" }, { "name": "Data Analysis Details ID", "description": "データ解析方法詳細情報のID (簡易検索ページでは\"Sample Set ID\"も含める)" }, { "name": "Recommended decimal places of mass", "description": "有効数字桁数" }, { "name": "Comment", "description": "コメント" } ] }, { "path": "jp\/metabolonote\/data-5.html", "name": "Analytical Method Details (MS)", "database_name": "Metabolonote", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01324-005", "description": "複数の分析実験に共通に適用した分析手法の詳細情報。\r\nどのような装置をどのような設定で用いたか、などを含む。\r\nM（Analytical Method）で参照されます。", "files": [ { "file_name": "metabolonote_analytical_method_details.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/metabolonote\/LATEST\/metabolonote_analytical_method_details.zip", "file_size": "73 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/metabolonote_analytical_method_details", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "65 件", "details": [ { "name": "Sample Set ID", "description": "サンプルセットID (簡易検索ページでは\"ID\"に統合)" }, { "name": "Analytical Method Details ID", "description": "分析詳細情報のID (簡易検索ページでは\"ID\"に統合)" }, { "name": "Title", "description": "分析手法名" }, { "name": "Instrument", "description": "機器の名前とベンダー名" }, { "name": "Instrument Type", "description": "機器の種類" }, { "name": "Ionization Method", "description": "イオン化方法" }, { "name": "Ion Mode", "description": "ポジティブ分析、ネガティブ分析の区別" }, { "name": "Description", "description": "分析方法の詳細\r\nサンプルに依存する情報以外の、分析機器、条件の詳細をすべて記述する。" }, { "name": "Comment_of_details", "description": "コメント" } ] }, { "path": "jp\/metabolonote\/data-6.html", "name": "Data Analysis Details (DS)", "database_name": "Metabolonote", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01324-006", "description": "複数のデータ解析に共通して適用したデータ解析手法の詳細情報。\r\nどのようなソフトウェアをどのようなパラメーターで解析したかなどを含む。\r\nD（Data Analysis）で参照されます。", "files": [ { "file_name": "metabolonote_data_analysis_details.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/metabolonote\/LATEST\/metabolonote_data_analysis_details.zip", "file_size": "67 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/metabolonote_data_analysis_details", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "91 件", "details": [ { "name": "Sample Set ID", "description": "サンプルセットID (簡易検索ページでは\"ID\"に統合)" }, { "name": "Data Analysis Details ID", "description": "データ解析手法詳細情報のID (簡易検索ページでは\"ID\"に統合)" }, { "name": "Title", "description": "解析手法の詳細情報名" }, { "name": "Description", "description": "解析手法の詳細\r\n使ったソフトウェア、そこで採用したパラメーター等、データ解析法の詳細をすべて記述する。" }, { "name": "Comment_of_details", "description": "コメント" } ] }, { "path": "jp\/metabolonote\/data-7.html", "name": "Annotation Method (AM)", "database_name": "Metabolonote", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01324-007", "description": "どのような基準でピークのアノテーションをつけたかという情報。", "files": [ { "file_name": "metabolonote_annotation_method_details.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/metabolonote\/LATEST\/metabolonote_annotation_method_details.zip", "file_size": "26 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/metabolonote_annotation_method_details", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "35 件", "details": [ { "name": "Sample Set ID", "description": "サンプルセットID (簡易検索ページでは\"ID\"に統合)" }, { "name": "Annotation Method Details ID", "description": "アノテーション方法ID (簡易検索ページでは\"ID\"に統合)" }, { "name": "Title", "description": "アノテーション方法名" }, { "name": "Description", "description": "アノテーションの詳細\r\nどのような判断基準でアノテーションを付けたか。" }, { "name": "Comment_of_details", "description": "コメント" } ] }, { "path": "jp\/metabolonote\/data-8.html", "name": "Sample Preparation (SS)", "database_name": "Metabolonote", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01324-008", "description": "複数のサンプルに共通に適用した調整方法の詳細情報。\r\n生体サンプルなら、どのような成育をさせたか、どんな薬剤処理をしたか、どの部位をサンプリングしたか、などを含む。\r\nS（Sample）で参照されます。", "files": [ { "file_name": "metabolonote_sample_preparation_details.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/metabolonote\/LATEST\/metabolonote_sample_preparation_details.zip", "file_size": "13 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/metabolonote_sample_preparation_details", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "13 件", "details": [ { "name": "Sample Set ID", "description": "サンプルセットID (簡易検索ページでは\"ID\"に統合)" }, { "name": "Sample Preparation ID", "description": "サンプル調製方法の詳細情報のID (簡易検索ページでは\"ID\"に統合)" }, { "name": "Title", "description": "サンプル調製方法名" }, { "name": "Description", "description": "サンプル調製方法の詳細\r\n生体サンプルであれば成育・栽培・培養方法や、薬剤処理などの詳細を記述する。分析手法に依存する化合物抽出方法などは、ここではなくMSに記載する。" }, { "name": "Comment_of_details", "description": "コメント" } ] }, { "path": "jp\/metabolonote\/data-9.html", "name": "Experimental Conditions", "database_name": "Metabolonote", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01324-009", "description": "実験サンプルについての情報を、分析情報やデータ解析情報などの情報も含めて、一覧としてまとめたもの。", "files": [ { "file_name": "metabolonote_experimental_conditions.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/metabolonote\/LATEST\/metabolonote_experimental_conditions.zip", "file_size": "15 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/metabolonote_experimental_conditions", "data_acquisition": "８つの情報 (Sample Set、Sample、Analytical Method 、Analytical Method Details、 Data Analysis、Data Analysis Details、Annotation Method、Sample Preparation) から、表題などの代表的な項目を選定して結合。", "analysis": "", "data_number": "915 件", "details": [ { "name": "Data Analysis ID", "description": "データ解析方法ID" }, { "name": "Sample Set ID", "description": "サンプルセットID (簡易検索では非表示)" }, { "name": "Sample Set", "description": "サンプルセット名" }, { "name": "Sample ID", "description": "サンプルID (簡易検索では非表示)" }, { "name": "Sample", "description": "サンプル名" }, { "name": "Analytical Method ID", "description": "分析方法ID (簡易検索では非表示)" }, { "name": "Sample Amount", "description": "使用したサンプル量" }, { "name": "Sample Comment", "description": "サンプルに関するコメント" }, { "name": "Analytical Method Details ID", "description": "分析詳細情報のID (簡易検索では非表示)" }, { "name": "Analytical Method Details", "description": "分析手法名" }, { "name": "Data Analysis Details ID", "description": "データ解析方法詳細情報のID (簡易検索では非表示)" }, { "name": "Data Analysis Details", "description": "解析手法の詳細情報名" }, { "name": "Recommended decimal places of mass", "description": "有効数字桁数" }, { "name": "Annotation Method ID", "description": "アノテーション方法ID (簡易検索では非表示)" }, { "name": "Annotation Method", "description": "アノテーション方法名" }, { "name": "Sample Preparation ID", "description": "サンプル調製方法の詳細情報のID (簡易検索では非表示)" }, { "name": "Sample Preparation", "description": "サンプル調製方法名" } ] }, { "path": "jp\/microtom-bac-end-sequence\/data-1.html", "name": "BAC end sequence", "database_name": "Micro-Tom BAC End Sequence Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01107-001", "description": "トマト品種マイクロトムのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列データ。", "files": [ { "file_name": "microtom_bac_end_sequence.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microtom-bac-end-sequence\/LATEST\/microtom_bac_end_sequence.zip", "file_size": "18.6MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/microtom_bac_end_sequence", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "49,175件", "details": [ { "name": "Clone ID", "description": "BACクローンID" }, { "name": "Accession of forward seq.", "description": "挿入断片のT7側末端の配列のDDBJ\/GenBank\/EMBLのアクセション番号 (簡易検索ではNCBIへのリンク）" }, { "name": "Version of forward seq.", "description": "挿入断片のT7側末端の配列のDDBJ\/GenBank\/EMBLのバージョン番号" }, { "name": "Length of forward seq.", "description": "挿入断片のT7側末端の配列の配列長" }, { "name": "Forward sequence", "description": "挿入断片のT7側末端の配列の塩基配列" }, { "name": "Accession of reverse seq.", "description": "挿入断片のSP6側末端の配列のDDBJ\/GenBank\/EMBLのアクセション番号 (簡易検索ではNCBIへのリンク)" }, { "name": "Version of reverse seq.", "description": "挿入断片のSP6側末端の配列のDDBJ\/GenBank\/EMBLのバージョン番号" }, { "name": "Length of reverse seq.", "description": "挿入断片のSP6側末端の配列の配列長" }, { "name": "Reverse sequence", "description": "挿入断片のSP6側末端の配列の塩基配列" } ] }, { "path": "jp\/microbedb\/data-1.html", "name": "BRC", "database_name": "MicrobeDB.jp", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01181-001.V002", "description": "NBRCとJCMから提供していただいた菌株データを、MCCVやMEO等のオントロジーを利用しRDF化したデータです。\r\nデータファイル（tar.gzip圧縮）は２つのディレクトリに分かれています（データ詳細参照）。", "files": [ { "file_name": "brc.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microbedb\/LATEST\/brc.tar.gz", "file_size": "6.7 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "NBRCとJCMから提供していただきました。", "analysis": "", "data_number": "1,183,864 トリプル", "details": [ { "name": "brc\/nbrc\/", "description": "NBRC保存菌株のRDFファイルです。" }, { "name": "brc\/jcm\/", "description": "JCM保存菌株のRDFファイルです。" } ] }, { "path": "jp\/microbedb\/data-2.html", "name": "GTPS", "database_name": "MicrobeDB.jp", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01181-002", "description": "公開微生物ゲノム情報を定期的に再アノテーションし全タンパク質コード遺伝子の品質評価を加えたデータベースGene Trek in Prokaryote Space (GTPS)のデータをRDF化したデータです。", "files": [ { "file_name": "gtps.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microbedb\/LATEST\/gtps.tar.gz", "file_size": "1.6 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "公共DB", "analysis": "GTPSのデータを各ゲノムのRepliconごとにSequence Ontology等を用いてRDF化しました。", "data_number": "197,069,932 トリプル", "details": [] }, { "path": "jp\/microbedb\/data-3.html", "name": "MBGD", "database_name": "MicrobeDB.jp", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01181-003", "description": "微生物比較ゲノムデータベースMBGDで構築しているオーソロググループやその他の関連情報をRDF化したデータです。", "files": [ { "file_name": "mbgd.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microbedb\/LATEST\/mbgd.tar.gz", "file_size": "671 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "公共DB", "analysis": "MBGDのデータについて、MBGD default Ortholog Clusterのデータをdefault.ttlとして、オーソログクラスタリングで使用した遺伝子のデータをgene.ttlとして、遺伝子を取得したゲノムのデータをgenome.ttlとして、各生物の系統のデータをorganism.ttlとして、MBGDの各遺伝子IDとUniProt IDとの対応関係をuniprot.ttlとして、それぞれTurtleファイルで記述してあります。", "data_number": "291,714,037 トリプル", "details": [] }, { "path": "jp\/microbedb\/data-4.html", "name": "Ontology", "database_name": "MicrobeDB.jp", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01181-004.V002", "description": "MicrobeDB.jp version 2で使用している様々なオントロジーのファイルです。\r\nただし、Sequence Ontology(SO)やGene Ontology(GO)などの広く流通しているオントロジーは含みません。\r\nデータファイル（tar.gzip圧縮）は複数のディレクトリに分かれています（データ詳細参照）。", "files": [ { "file_name": "ontology.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microbedb\/LATEST\/ontology.tar.gz", "file_size": "91 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "MPOとMCCVは共同研究者であるオントロジー開発者から提供していただきました。NCBI TaxonomyとINSDCオントロジーはDDBJサイトから取得しました。それ以外は本プロジェクトで作成しました。", "analysis": "", "data_number": "21,722,610 トリプル", "details": [ { "name": "ontology\/meo\/meo.ttl", "description": "微生物の生息環境を定義したオントロジー MEO" }, { "name": "ontology\/meo\/meo_fma_mapping.ttl", "description": "MEOのIDとFMA(Foundational Model of Anatomy)とのIDマッピングのデータのRDFファイルです。" }, { "name": "ontology\/msv\/msv.ttl", "description": "メタゲノムのサンプルリング環境について記述する際に使用する語彙を定義したオントロジー MSV" }, { "name": "ontology\/mdbv\/mdbv.rdf", "description": "MicrobeDB.jp version 2で使用する語彙を定義したオントロジー MDBV" }, { "name": "ontology\/mgfo\/mgfo.ttl", "description": "MBGDによる微生物の遺伝子の機能分類を定義したオントロジー MGFO" }, { "name": "ontology\/pdo\/pdo.owl", "description": "微生物が関連する病気を定義したオントロジー PDO" }, { "name": "ontology\/csso\/csso.owl", "description": "PDOで定義した病気が引き起こす症状を定義したオントロジー CSSO" }, { "name": "ontology\/mpo\/mpo.ttl", "description": "微生物の表現型を定義したオントロジー MPO" }, { "name": "ontology\/mccv\/mccv.ttl", "description": "菌株保存機関の菌株情報について記述するための語彙を定義したオントロジー MCCV" }, { "name": "ontology\/taxonomy\/taxonomy.ttl", "description": "生物の系統関係を記述するためのオントロジー NCBI Taxonomyについて、DDBJで独自にRDF化したファイルです。" }, { "name": "ontology\/insdc\/nucleotide.ttl", "description": "INSDCで使用する用語を定義したオントロジーです。" } ] }, { "path": "jp\/microbedb\/data-5.html", "name": "Refsequence", "database_name": "MicrobeDB.jp", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01181-005.V002", "description": "微生物の高精度ドラフトまたは完全ゲノム(RefSeq\/GenBank)のアノテーション情報をRDF化したデータです。対応するアミノ酸配列データは、MicrobeDB.jp version 2において、MBGDのオーソログクラスタリングや、メタゲノム中の遺伝子の機能推定等に用いております。\r\nデータファイル（tar.gzip圧縮）はゲノムごとのディレクトリに分かれており、repliconごとのゲノムRDFファイルが存在します。", "files": [ { "file_name": "refsequence.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microbedb\/LATEST\/refseq.tar.gz", "file_size": "49 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "微生物の、完全ゲノムおよび、MBGDの基準によって高精度と判定されたドラフトゲノムのアノテーション情報について、RefSeq\/GenBankのGenBank形式ファイルをNCBIサイトからダウンロードしRDFに変換しました。", "analysis": "", "data_number": "4,165,436,499 トリプル", "details": [] }, { "path": "jp\/microbedb\/data-6.html", "name": "SRA", "database_name": "MicrobeDB.jp", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01181-006.V002", "description": "INSDC DRA\/ERA\/SRA由来のメタ16S・メタゲノムサンプルに付随した情報をRDF化したデータ。メタデータはオントロジー(MEO\/MSV\/Taxonomy)を用いてアノテーション付けされています。統一された解析パイプラインでサンプルごとに配列を解析し、系統および遺伝子機能組成を推定したデータも存在します。\r\nデータファイル（tar.gzip圧縮）は複数のディレクトリに分かれています（データ詳細参照）。", "files": [ { "file_name": "sra.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microbedb\/LATEST\/sra.tar.gz", "file_size": "8.4 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "INSDC DRA\/ERA\/SRAからメタ16S・メタゲノムサンプルのメタデータと配列データを取得しました。", "analysis": "サンプルごとのDNA配列データは、クオリティフィルタリング後に配列の多様性をもとにメタ16Sかメタゲノムデータかを自動で判定し、その後VITCOMIC2によって系統組成の推定を行いました。遺伝子機能組成の推定はメタゲノムデータのみについて行い、リードから遺伝子予測後にGHOSTXを用いてRefsequenceデータベースに対して配列相同性検索を行うことで推定しました。", "data_number": "1,926,303,942 トリプル", "details": [ { "name": "sra\/metadata\/meo_mapping\/", "description": "INSDC DRA\/ERA\/SRAのメタ16S・メタゲノムサンプルの環境情報をMEOでアノテーションしたRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/metadata\/msv_mapping\/", "description": "INSDC DRA\/ERA\/SRAのメタ16S・メタゲノムサンプルの環境関連のメタデータのRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/metadata\/host_taxonomy_mapping\/", "description": "INSDC DRA\/ERA\/SRAのメタ16S・メタゲノムサンプルの宿主の情報をNCBI TaxonomyでアノテーションしたRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/metadata\/sra_description\/", "description": "INSDC DRA\/ERA\/SRAのメタ16S・メタゲノムサンプルのメタデータ(環境関連の記述以外)のRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/sra\/function\/mbgd\/", "description": "INSDC DRA\/ERA\/SRAのメタゲノムサンプルのMBGDオーソログクラスタ組成のRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/sra\/function\/mgfo\/", "description": "INSDC DRA\/ERA\/SRAのメタゲノムサンプルのMBGDオーソログ機能組成のRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/sra\/function\/ko\/", "description": "INSDC DRA\/ERA\/SRAのメタゲノムサンプルのKEGGオーソログ組成のRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/sra\/function\/pathway\/", "description": "INSDC DRA\/ERA\/SRAのメタゲノムサンプルのKEGGパスウェイ組成のRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/sra\/taxonomy\/", "description": "INSDC DRA\/ERA\/SRAのメタ16S・メタゲノムサンプルの系統組成のRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/env\/function\/mbgd\/", "description": "MEOごとにINSDC DRA\/ERA\/SRAのメタゲノムサンプルのMBGDオーソログクラスタ組成を集計したRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/env\/function\/mgfo\/", "description": "MEOごとにINSDC DRA\/ERA\/SRAのメタゲノムサンプルのMBGDオーソログ機能組成を集計したRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/env\/function\/ko\/", "description": "MEOごとにINSDC DRA\/ERA\/SRAのメタゲノムサンプルのKEGGオーソログ機能組成を集計したRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/env\/function\/pathway\/", "description": "MEOごとにINSDC DRA\/ERA\/SRAのメタゲノムサンプルのKEGGパスウェイ組成を集計したRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/env\/taxonomy\/meta16s\/", "description": "MEOごとにINSDC DRA\/ERA\/SRAのメタ16Sサンプルの系統組成を集計したRDFファイルです。" }, { "name": "sra\/analysis\/env\/taxonomy\/metagenome\/", "description": "MEOごとにINSDC DRA\/ERA\/SRAのメタゲノムサンプルの系統組成を集計したRDFファイルです。" } ] }, { "path": "jp\/microbedb\/data-7.html", "name": "Disease", "database_name": "MicrobeDB.jp", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01181-007.V002", "description": "微生物の系統名と関連する病気とその症状、および原因遺伝子の情報をNCBI TaxonomyやPDO、CSSO等のオントロジーを用いて紐付けたRDFデータです。", "files": [ { "file_name": "disease.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microbedb\/LATEST\/disease.tar.gz", "file_size": "1.2 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "微生物の系統名と関連する病気とその症状、および原因遺伝子の情報は、論文等からマニュアルで抽出しました。", "analysis": "", "data_number": "253,056 トリプル", "details": [] }, { "path": "jp\/microbedb\/data-8.html", "name": "GOLD", "database_name": "MicrobeDB.jp", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01181-008.V002", "description": "JGI GOLDに存在するゲノム解読済み微生物のメタデータについて、MPOを用いて表現型をアノテーションした結果と、各微生物の系統をNCBI Taxonomyでアノテーションした結果のRDFデータです。", "files": [ { "file_name": "gold.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microbedb\/LATEST\/gold.tar.gz", "file_size": "882 KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "JGI GOLDからゲノム解読済み微生物のメタデータを取得しました。", "analysis": "", "data_number": "138,948 トリプル", "details": [] }, { "path": "jp\/microbedb\/data-9.html", "name": "NCBI", "database_name": "MicrobeDB.jp", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01181-009.V002", "description": "MicrobeDB.jp version 2で使用するNCBI関連データをRDF化したデータです。\r\nデータファイル（tar.gzip圧縮）は４つのディレクトリに分かれています（データ詳細参照）。", "files": [ { "file_name": "ncbi.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microbedb\/LATEST\/ncbi.tar.gz", "file_size": "79 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "NCBIで提供されている各種データ(XML,TSV)のファイルをパースし、MicrobeDB.jp version 2で使用するデータを抽出しました。", "analysis": "", "data_number": "14,905,682 トリプル", "details": [ { "name": "ncbi\/bioproject\/", "description": "NCBI BioProjectのメタデータのRDFファイルです。" }, { "name": "ncbi\/biosample\/", "description": "NCBI BioSampleのメタデータについて、MEO,MSV,NCBI Taxonomyを用いてアノテーションしたRDFファイルです。" }, { "name": "ncbi\/pubmed\/", "description": "PubMedのメタデータのRDFファイルです。" }, { "name": "ncbi\/assembly\/", "description": "NCBI AssemblyのAssembly ReportsのメタデータのRDFファイルです。" } ] }, { "path": "jp\/microbedb\/data-10.html", "name": "Ortholog", "database_name": "MicrobeDB.jp", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01181-010.V002", "description": "2015年1月版のMBGDに存在する、微生物オーソログの情報をRDF化したデータです。Refsequenceのゲノム配列を基にオーソログクラスタリングをすることで、作成しました。メタゲノム中の遺伝子の機能推定等に用いております。各オーソログクラスタがどの系統由来のどの遺伝子から構成されているか、およびそのクラスタの機能分類等の情報がRDFファイルに記述されています。", "files": [ { "file_name": "ortholog.tar.gz", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/microbedb\/LATEST\/ortholog.tar.gz", "file_size": "5.5 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "MBGDのサイトよりダウンロードしました。", "analysis": "", "data_number": "1,610,893,814 トリプル", "details": [] }, { "path": "jp\/mouse-b6n-bac-clone-db\/data-1.html", "name": "Mouse B6N BAC end sequence", "database_name": "Mouse B6N BAC Clone Database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00959-001", "description": "C57BL\/6N 系統マウスのBACライブラリーを構成するクローンの末端配列データ。", "files": [ { "file_name": "mouse_b6n_bac_clone.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/mouse-b6n-bac-clone-db\/LATEST\/mouse_b6n_bac_clone.zip", "file_size": "64.2MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/mouse_b6n_bac_clone", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "128,007件", "details": [ { "name": "Clone ID", "description": "BACクローンID (簡易検索ではMouse BAC browserへのリンク）" }, { "name": "Accession of forward seq.", "description": "5'末端配列のDDBJ\/GenBank\/EMBLのアクセション番号 (簡易検索ではNCBIへのリンク)" }, { "name": "Version of forward seq.", "description": "5'末端配列のDDBJ\/GenBank\/EMBLのバージョン番号" }, { "name": "Length of forward seq.", "description": "5'末端配列の配列長" }, { "name": "Forward sequence", "description": "5'末端配列の塩基配列" }, { "name": "Accession of reverse seq.", "description": "3'末端配列のDDBJ\/GenBank\/EMBLのアクセション番号 (簡易検索ではNCBIへのリンク)" }, { "name": "Version of reverse seq.", "description": "3'末端配列のDDBJ\/GenBank\/EMBLのバージョン番号" }, { "name": "Length of reverse seq.", "description": "3'末端配列の配列長" }, { "name": "Reverse sequence", "description": "3'末端配列の塩基配列" } ] }, { "path": "jp\/mouse-basement-membrane-bodymap\/data-1.html", "name": "Protein List", "database_name": "Mouse Basement Membrane Bodymap", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00574-001", "description": "本データベース中の画像で確認することのできる基底膜タンパク質の一覧です。", "files": [ { "file_name": "matrixome_protein.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/matrixome\/LATEST\/matrixome_protein.zip", "file_size": "2.1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/matrixome_protein", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "42", "details": [ { "name": "Protein Category", "description": "タンパク質カテゴリ" }, { "name": "Protein Name", "description": "タンパク質名" }, { "name": "Mouse Genomic Loci", "description": "マウスゲノム上におけるタンパク質の遺伝子座" }, { "name": "Human Genomic Loci", "description": "ヒトゲノム上におけるタンパク質の遺伝子座" }, { "name": "Genbank Accession #", "description": "mRNAのコーディング領域のGenbankアクセション番号" }, { "name": "MGI", "description": "遺伝子のMGI ID" }, { "name": "Mouse Embryo", "description": "マウス胚の日齢（簡易検索では胚画像ページへリンク）" }, { "name": "Antibody", "description": "対象タンパク質の染色に利用した抗体" }, { "name": "Validation", "description": "バリデーション結果(mediumまたはhigh)" } ] }, { "path": "jp\/mouse-basement-membrane-bodymap\/data-2.html", "name": "AntiBody", "database_name": "Mouse Basement Membrane Bodymap", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00574-002", "description": "基底膜タンパク質の染色に利用した抗体の一覧です。", "files": [ { "file_name": "matrixome_antibody.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/matrixome\/LATEST\/matrixome_antibody.zip", "file_size": "1.3 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/matrixome_antibody", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "42", "details": [ { "name": "Protein Name", "description": "タンパク質名" }, { "name": "Antibody Name", "description": "抗体名" }, { "name": "Producer \/ Vender", "description": "製造元／販売元" }, { "name": "Catalog #", "description": "カタログ番号" }, { "name": "Immunization Species", "description": "免疫動物" }, { "name": "Clonality", "description": "抗体生成方法(monoclonalまたはpolyclonal)" }, { "name": "Fixative", "description": "固定剤" }, { "name": "Hyaluronidase \/ Chondroitinase Treatment", "description": "ヒアルロニダーゼ\/コンドロイチナーゼ処理の有無" }, { "name": "Acid Treatment", "description": "酸処理の有無" }, { "name": "Validation Score", "description": "バリデーション結果(mediumまたはhigh)" }, { "name": "Validation", "description": "バリデーション結果詳細" } ] }, { "path": "jp\/mouse-basement-membrane-bodymap\/data-3.html", "name": "Bodymap", "database_name": "Mouse Basement Membrane Bodymap", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00574-003", "description": "マウス胚のギガピクセル単位の高解像度バーチャルスライド。\r\n簡易検索は、タンパク質名で検索するものと、組織名で検索するものの２つあります。\r\nタンパク質名で検索：http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/matrixome_bodymap_protein_based\r\n組織名で検索：http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/matrixome_bodymap_tissue_based\r\nバーチャルスライドの元画像を個別に閲覧・ダウンロードする場合は、以下のページをご覧ください。\r\nhttps:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/matrixome_bodymap_imagelist#ja", "files": [ { "file_name": "images", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/matrixome\/images", "file_size": "278.6 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "これらの画像ではマウス胚の矢状断切片と前頭断切片を各ターゲットタンパク質の抗体で免疫組織化学的に染色しており、さらに隣接する切片をヘマトキシリン\/エオシンで染色しています。組織ごとに画像を拡大しています。詳細は以下をご参照ください。\r\nhttp:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/archive\/matrixome\/bm\/AboutBodymap\/Production\/production.html", "analysis": "", "data_number": "246", "details": [] }, { "path": "jp\/rice-tos17-insertion\/data-1.html", "name": "plant", "database_name": "Mutant Panel", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00229-001.V001", "description": "系統の表現型を記載しています。", "files": [ { "file_name": "tos17_plant.csv.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/rice-tos17-insertion\/LATEST\/tos17_plant.csv.zip", "file_size": "1.4 MB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/tos17_plant#ja", "data_acquisition": "各系統を圃場で生育させて観察したデータです。", "analysis": "各個体から観察された表現型と画像ファイルが整理されています。", "data_number": "181289", "details": [ { "name": "plant", "description": "系統名" }, { "name": "sub", "description": "個体番号" }, { "name": "date", "description": "観察日" }, { "name": "image", "description": "画像ファイル名" }, { "name": "comment_j", "description": "日本語の表現型観察結果" }, { "name": "comment_e", "description": "英語の表現型観察結果" }, { "name": "phenotype", "description": "表現型分類" } ] }, { "path": "jp\/rice-tos17-insertion\/data-2.html", "name": "def_phenotype", "database_name": "Mutant Panel", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00229-002.V001", "description": "表現型の定義です。", "files": [ { "file_name": "tos17_def_phenotype.csv.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/rice-tos17-insertion\/LATEST\/tos17_def_phenotype.csv.zip", "file_size": "1.4 KB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/tos17_def_phenotype#ja", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "53", "details": [ { "name": "id", "description": "表現型のID" }, { "name": "category_j", "description": "日本語の分類" }, { "name": "category_e", "description": "英語の分類" }, { "name": "description_j", "description": "日本語の表現型名" }, { "name": "description_e", "description": "英語の表現型名" }, { "name": "comment", "description": "備考" } ] }, { "path": "jp\/rice-tos17-insertion\/data-3.html", "name": "phenotype", "database_name": "Mutant Panel", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00229-003.V001", "description": "表現型を示した系統のリスト", "files": [ { "file_name": "tos17_phenotype.csv.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/rice-tos17-insertion\/LATEST\/tos17_phenotype.csv.zip", "file_size": "213 KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "plantに記載された表現型情報より分類", "analysis": "", "data_number": "85828", "details": [ { "name": "id", "description": "表現型ID" }, { "name": "name", "description": "系統名" } ] }, { "path": "jp\/rice-tos17-insertion\/data-4.html", "name": "seq", "database_name": "Mutant Panel", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00229-004.V001", "description": "塩基配列名、系統名、アクセッション番号を整理した表です。", "files": [ { "file_name": "tos17_seq.csv.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/rice-tos17-insertion\/LATEST\/tos17_seq.csv.zip", "file_size": "550 KB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/tos17_seq#ja", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "93215", "details": [ { "name": "Sequence Name", "description": "塩基配列名" }, { "name": "Line Name", "description": "系統名" }, { "name": "Accession", "description": "アクセッション番号" } ] }, { "path": "jp\/rice-tos17-insertion\/data-5.html", "name": "tos17_insertion", "database_name": "Mutant Panel", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00229-005.V001", "description": "各変異系統におけるTos17のイネゲノムリファレンス配列(日本晴、IRGSP-1.0)に対する挿入位置", "files": [ { "file_name": "tos17_tos17_insertion.csv.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/rice-tos17-insertion\/LATEST\/tos17_tos17_insertion.csv.zip", "file_size": "751 KB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/tos17_tos17_insertion#ja", "data_acquisition": "Tos17挿入隣接塩基配列(flanking)をIRGSP-1.0に対してBLASTN検索を行い、Tos17挿入位置を得た。", "analysis": "", "data_number": "82790", "details": [ { "name": "Chromosome", "description": "染色体番号" }, { "name": "Position", "description": "挿入位置" }, { "name": "Direction", "description": "挿入方向" }, { "name": "E-value", "description": "BLASTN検索のE値" }, { "name": "Line name", "description": "系統名" }, { "name": "Sequence Name", "description": "隣接塩基配列名" } ] }, { "path": "jp\/rice-tos17-insertion\/data-6.html", "name": "flanking", "database_name": "Mutant Panel", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00229-006.V001", "description": "Tos17挿入隣接塩基配列のFasta形式のファイル", "files": [ { "file_name": "tos17_flanking.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/rice-tos17-insertion\/LATEST\/tos17_flanking.zip", "file_size": "11 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "実験", "analysis": "Tos17挿入隣接領域をTAIL-PCR、あるいは、Suppresson PCR法で増幅し、増幅断片をアガロースゲル電気泳動で分離して、サンガー法で塩基配列を解析した。", "data_number": "93262", "details": [] }, { "path": "jp\/rice-tos17-insertion\/data-7.html", "name": "photograph", "database_name": "Mutant Panel", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00229-007.V001", "description": "各系統から得られた表現型の写真", "files": [ { "file_name": "tos17_photograph.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/rice-tos17-insertion\/LATEST\/tos17_photograph.zip", "file_size": "17 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "圃場での観察", "analysis": "各系統5～25個体を圃場で育てた個体や種子で観察された表現型の写真。", "data_number": "59376", "details": [] }, { "path": "jp\/nikkaji\/data-1.html", "name": "日化辞の本体のRDFデータ", "database_name": "NBDC NikkajiRDF", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01530-02-001.V011", "description": "360万件以上の化学物質の日化辞番号、分子式、分子量、和名、英名など基本情報のRDFデータです。", "files": [ { "file_name": "NBDC_NikkajiRDF_main.tar.gz", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/nikkaji\/LATEST\/NBDC_NikkajiRDF_main.tar.gz", "file_size": "1.0 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "rdf, rdfs, owl, foaf, dc, ndlなど広く利用されているオントロジーや語彙を利用してRDF化しています。", "analysis": "", "data_number": "3,671,776（化合物数）", "details": [] }, { "path": "jp\/nikkaji\/data-2.html", "name": "日化辞のInChIのRDFデータ", "database_name": "NBDC NikkajiRDF", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01530-02-002.V011", "description": "日化辞番号（日化辞の化学物質のID）とInChIおよびInChIKeyの関係のRDFデータ。日化辞のコアデータのRDFデータと組み合わせて使うことをお薦めします。", "files": [ { "file_name": "NBDC_NikkajiRDF_InChI.tar.gz", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/nikkaji\/LATEST\/NBDC_NikkajiRDF_InChI.tar.gz", "file_size": "510 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "InChIおよびInChIKeyはJ-GLOBALより取得しています。日化辞に登録されている化合物のうち「物質タイプ：構造情報あり」の化合物のみを対象とします。", "analysis": "", "data_number": "3,493,208（化合物数）", "details": [] }, { "path": "jp\/nikkaji\/data-3.html", "name": "日化辞のSMILESのRDFデータ", "database_name": "NBDC NikkajiRDF", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01530-02-003.V011", "description": "日化辞番号（日化辞の化学物質のID）とCanonical SMILESの関係のRDFデータ。Chemical Information Ontology（CHEMINF）やSemanticscience Integrated Ontology（SIO）などのオントロジーを使用。日化辞のコアデータのRDFデータと組み合わせて使うことをお薦めします。", "files": [ { "file_name": "NBDC_NikkajiRDF_SMILES.tar.gz", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/nikkaji\/LATEST\/NBDC_NikkajiRDF_SMILES.tar.gz", "file_size": "149 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "Canonical SMILESはJ-GLOBALより取得しています。日化辞に登録されている化合物のうち「物質タイプ：構造情報あり」の化合物のみを対象とします。", "analysis": "", "data_number": "3,493,208（化合物数）", "details": [] }, { "path": "jp\/nikkaji\/data-4.html", "name": "日化辞とJ-GLOBALのリンク情報のRDFデータ", "database_name": "NBDC NikkajiRDF", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01530-02-004.V011", "description": "日化辞の化学物質と、研究者、文献、特許、遺伝子など科学技術情報を関連づけて提供するJ-GLOBAL(http:\/\/jglobal.jst.go.jp\/)のリンク情報のRDFデータ。", "files": [ { "file_name": "NBDC_NikkajiRDF_link2JGLOBAL.ttl.gz", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/nikkaji\/LATEST\/NBDC_NikkajiRDF_link2JGLOBAL.ttl.gz", "file_size": "1.8 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "J-GLOBAL knowledge（https:\/\/stirdf.jglobal.jst.go.jp\/）から収集し作成。", "analysis": "", "data_number": "219,663 トリプル", "details": [] }, { "path": "jp\/nikkaji\/data-5.html", "name": "日化辞の分子式と分子量のRDFデータ", "database_name": "NBDC NikkajiRDF", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01530-02-005.V011", "description": "PubChemやChEMBLなど世界の主要な化合物DBのRDFで採用しているSemanticscience Integrated Ontology（SIO）およびChemical Information Ontology（CHEMINF）などを用いて記述した分子式と分子量とRDFデータ。", "files": [ { "file_name": "NBDC_NikkajiRDF_MFMW.tar.gz", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/nikkaji\/LATEST\/NBDC_NikkajiRDF_MFMW.tar.gz", "file_size": "507 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "日化辞の本体のRDFデータ（http:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/jp\/nikkaji\/data-1.html）内の分子式、分子量のデータを変換して作成。", "analysis": "", "data_number": "3,671,776（化合物数）", "details": [] }, { "path": "jp\/nikkaji\/data-6.html", "name": "日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（UniChem由来）", "database_name": "NBDC NikkajiRDF", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01530-02-006.V011", "description": "InChIKeyの情報に基づき化合物データベース間の化合物IDのマッピング情報を提供しているUniChem(https:\/\/www.ebi.ac.uk\/unichem\/)のデータを活用し、日化辞化合物と他のデータベース*で収録されている化合物との対応関係をskos:closeMatchを用いて記述したRDFデータ。\r\n*: ChEMBL, DrugBank, PDB, Guide to Pharmacology, KEGG, ChEBI, ZINC, Gene Expression Atlas, PharmGKB, Human Metabolome Database (HMDB), PubChem, NMRShiftDB, Aggregated Computational Toxicology Resource (ACToR), BindingDB, KNApSAcK.", "files": [ { "file_name": "NBDC_NikkajiRDF_link2OtherDBs_basedOnUniChem.tar.gz", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/nikkaji\/LATEST\/NBDC_NikkajiRDF_link2OtherDBs_basedOnUniChem.tar.gz", "file_size": "69 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "このデータはUniChemのFTPサイト（ftp:\/\/ftp.ebi.ac.uk\/pub\/databases\/chembl\/UniChem\/）でダウンロードした日化辞化合物と他の化合物データベースの化合物のマッピングデータから作成。KNApSAcK (http:\/\/kanaya.naist.jp\/KNApSAcK\/)のマッピングデータは、KNApSAcKが提供するInChIKeyから生成。", "analysis": "", "data_number": "18,910,927 トリプル", "details": [] }, { "path": "jp\/nikkaji\/data-7.html", "name": "日化辞と他のDBのリンク情報のRDFデータ（PubChem由来）", "database_name": "NBDC NikkajiRDF", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01530-02-007.V011", "description": "日化辞の個々の化合物とPubChemのSubstance、CompoundおよびGlyTouCan (https:\/\/glytoucan.org\/)の化合物の対応関係をskos:exactMatchやskos:closeMatchを用いて記述したRDFデータ。このデータはBioHackathon 2015 (http:\/\/2015.biohackathon.org\/hackathon)の成果の1つです。", "files": [ { "file_name": "NBDC_NikkajiRDF_link2OtherDBs_basedOnPubChem.tar.gz", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/nikkaji\/LATEST\/NBDC_NikkajiRDF_link2OtherDBs_basedOnPubChem.tar.gz", "file_size": "49 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "このデータはPubChem Upload (https:\/\/pubchem.ncbi.nlm.nih.gov\/upload\/)のサービスを使って収集した日化辞化合物とPubChem substance, compoundのマッピングデータから作成。", "analysis": "", "data_number": "34,671,881 トリプル", "details": [] }, { "path": "jp\/nikkaji\/data-8.html", "name": "日化辞のコアデータのRDFデータ", "database_name": "NBDC NikkajiRDF", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01530-02-008.V011", "description": "化学物質の日化辞番号（dcterms:identifier）、日英のラベル名（rdfs:label）、タイプ（rdf:type）、化学構造図（foaf:depiction）、同一のオブジェクト（owl:sameAs）など日化辞の本体のRDFデータから抽出したデータです。日化辞のInChIのRDFデータなどと組み合わせて使うことをお薦めします。", "files": [ { "file_name": "NBDC_NikkajiRDF_core.tar.gz", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/nikkaji\/LATEST\/NBDC_NikkajiRDF_core.tar.gz", "file_size": "308 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "日化辞の本体のRDFデータから日化辞番号、日英のラベル名、タイプ、化学構造図などを抽出したデータです。", "analysis": "", "data_number": "3,671,776（化合物数）", "details": [] }, { "path": "jp\/nikkaji\/data-9.html", "name": "日化辞のMOL\/SDFのRDFデータ", "database_name": "NBDC NikkajiRDF", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01530-02-009.V011", "description": "日化辞番号（日化辞の化学物質のID）とMOL\/SDF情報（MOL\/SDFファイルの内容をURLエンコードした文字列）の関係のRDFデータ。Chemical Information Ontology（CHEMINF）やSemanticscience Integrated Ontology（SIO）などのオントロジーを使用。日化辞のコアデータのRDFデータと組み合わせて使うことをお薦めします。", "files": [ { "file_name": "NBDC_NikkajiRDF_SDF.tar.gz", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/nikkaji\/LATEST\/NBDC_NikkajiRDF_SDF.tar.gz", "file_size": "957MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "MOL\/SDF情報はJ-GLOBALより取得しています。日化辞に登録されている化合物のうち「物質タイプ：構造情報あり」の化合物のみを対象とします。", "analysis": "", "data_number": "3,493,208（化合物数）", "details": [] }, { "path": "jp\/nite-nbrc-yeast-image\/data-1.html", "name": "酵母画像情報", "database_name": "NITE NBRC Yeast Image Collection", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01629-001", "description": "酵母の電子顕微鏡写真と当該酵母に関する情報のリスト", "files": [ { "file_name": "nite_nbrc_yeast_image.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/nite-nbrc-yeast-image\/LATEST\/nite_nbrc_yeast_image.zip", "file_size": "115 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/nite_nbrc_yeast_image", "data_acquisition": "電子顕微鏡", "analysis": "", "data_number": "2,684 件", "details": [ { "name": "ＩＦＯ番号", "description": "菌株の番号（NBRCへのリンク）" }, { "name": "菌種名", "description": "菌の種名（学名）" }, { "name": "命名者", "description": "学名の命名者" }, { "name": "var.", "description": "変種" }, { "name": "AUTVAR", "description": "変種の命名者" }, { "name": "オリジナル名", "description": "オリジナル名称、別名" }, { "name": "来歴", "description": "来歴" }, { "name": "培地", "description": "培地番号" }, { "name": "培養温度", "description": "培地の温度（℃）" }, { "name": "担当", "description": "担当者の氏名" }, { "name": "IFO2", "description": "IFO2番号" }, { "name": "細胞の形状", "description": "簡易検索ではアイコン画像が表示される。" }, { "name": "菌糸の形状", "description": "簡易検索ではアイコン画像が表示される。" }, { "name": "胞子の形状", "description": "簡易検索ではアイコン画像が表示される。" }, { "name": "胞子の表面構造", "description": "簡易検索ではアイコン画像が表示される。" }, { "name": "F1. Glucose", "description": "グルコース（+\/-で表示）" }, { "name": "F2. Galactose", "description": "ガラクトース（+\/-で表示）" }, { "name": "F3. Sucrose", "description": "スクロース（+\/-で表示）" }, { "name": "F4. Maltose", "description": "マルトース（+\/-で表示）" }, { "name": "F5. Trehalose", "description": "トレハロース（+\/-で表示）" }, { "name": "F6. Lactose", "description": "ラクトース（+\/-で表示）" }, { "name": "F7. Raffinose", "description": "ラフィノース（+\/-で表示）" }, { "name": "F8. D-Xylose", "description": "D-キシロース（+\/-で表示）" }, { "name": "F9. αMethyl D-glucoside", "description": "α-メチル-D-グルコシド（+\/-で表示）" }, { "name": "A01. Glucose", "description": "グルコース（+\/-で表示）" }, { "name": "A02. Galactose", "description": "ガラクトース（+\/-で表示）" }, { "name": "A03. L-sorbose", "description": "L-ソルボース（+\/-で表示）" }, { "name": "A04. Sucrose", "description": "スクロース（+\/-で表示）" }, { "name": "A05. Maltose", "description": "マルトース（+\/-で表示）" }, { "name": "A06. Cellobiose", "description": "セロビオース（+\/-で表示）" }, { "name": "A07. Trehalose", "description": "トレハロース（+\/-で表示）" }, { "name": "A08. Lactose", "description": "ラクトース（+\/-で表示）" }, { "name": "A09. Melibiose", "description": "メリビオース（+\/-で表示）" }, { "name": "A10. Raffinose", "description": "ラフィノース（+\/-で表示）" }, { "name": "A11. Melezitose", "description": "メレジトース（+\/-で表示）" }, { "name": "A12. Inulin", "description": "イヌリン（+\/-で表示）" }, { "name": "A13. Soluble starch", "description": "可溶性でんぷん（+\/-で表示）" }, { "name": "A14. D-Xylose", "description": "D-キシロース（+\/-で表示）" }, { "name": "A15. L-Arabinose", "description": "L-アラビノース（+\/-で表示）" }, { "name": "A16. D-Arabinose", "description": "D-アラビノース（+\/-で表示）" }, { "name": "A17. D-Ribose", "description": "D-リボース（+\/-で表示）" }, { "name": "A18. L-Rhamnose", "description": "L-ラムノース（+\/-で表示）" }, { "name": "A19. Ethanol", "description": "エタノール（+\/-で表示）" }, { "name": "A20. Glycerol", "description": "グリセロール（+\/-で表示）" }, { "name": "A21. Erythritol", "description": "エリトリトール（+\/-で表示）" }, { "name": "A22. Ribitol", "description": "リビトール（+\/-で表示）" }, { "name": "A23. Galactitol", "description": "ガラクチトール（+\/-で表示）" }, { "name": "A24. D-Mannitol", "description": "D-マンニトール（+\/-で表示）" }, { "name": "A25. D-Glucitol", "description": "D-ソルビトール（+\/-で表示）" }, { "name": "A26. α-Methyl Glucoside", "description": "α-メチル-D-グルコシド（+\/-で表示）" }, { "name": "A27. Salicin", "description": "サリシン（+\/-で表示）" }, { "name": "A28. DL-Lactate", "description": "DL-乳酸（+\/-で表示）" }, { "name": "A29. Succinate", "description": "コハク酸（+\/-で表示）" }, { "name": "A30. Citrate", "description": "クエン酸（+\/-で表示）" }, { "name": "A31. Inositol", "description": "イノシトール（+\/-で表示）" }, { "name": "A32. Arbutin", "description": "アルブチン（+\/-で表示）" }, { "name": "A33. D-Gluconate", "description": "D-グルコン酸（+\/-で表示）" }, { "name": "A34. D-Glucosamine", "description": "D-グルコサミン（+\/-で表示）" }, { "name": "A35. N-Acetyl D-Glucosamine", "description": "N-アセチル-D-グルコサミン（+\/-で表示）" }, { "name": "A36. 2-Keto D-Gluconate", "description": "2-デヒドロ-D-グルコン酸（+\/-で表示）" }, { "name": "A37. 5-Keto D-Gluconate", "description": "５-デヒドロ-D-グルコン酸（+\/-で表示）" }, { "name": "A38. Hexadecane", "description": "ヘキサデカン（+\/-で表示）" }, { "name": "A39. Methanol", "description": "メタノール（+\/-で表示）" }, { "name": "N1. Nitrate", "description": "硝酸塩（+\/-で表示）" }, { "name": "N2. Ethylamine", "description": "エチルアミン（+\/-で表示）" }, { "name": "N3. L-Lysine", "description": "L-リシン（+\/-で表示）" }, { "name": "N4. Cadaverine", "description": "カダベリン（+\/-で表示）" }, { "name": "N5. Creatine", "description": "クレアチン（+\/-で表示）" }, { "name": "G1. Growth in vitamin-free medium", "description": "ビタミン無添加培地（+\/-で表示）" }, { "name": "G2. Growth in 10% NaCl + 5% glucose in yeast nitorogen base", "description": "10%NaCl + 5% グルコース酵母窒素基礎培地（+\/-で表示）" }, { "name": "G3. Growth on 50%(w\/w) glucose-yeast extract agar", "description": "50% グルコースイースト寒天培地（+\/-で表示）" }, { "name": "G4. Growth at 37flC", "description": "（+\/-で表示）" }, { "name": "G5. Growth in the presence of 100 ppm cycloheximide", "description": "100ppmシクロヘキシミド培地での成長（+\/-で表示）" }, { "name": "G6. Starch formetion", "description": "でんぷん生成（+\/-で表示）" }, { "name": "G7. Urea hydrolysis", "description": "尿素加水分解（+\/-で表示）" }, { "name": "G8. Diazonium Blue B reaction", "description": "ジアゾニウム塩染色反応（+\/-で表示）" }, { "name": "Co-Q", "description": "コエンザイムQ（+\/-で表示）" }, { "name": "Mol% G+C", "description": "G+C含量" }, { "name": "Comments", "description": "菌株についての補足情報" } ] }, { "path": "jp\/nite-nbrc-yeast-image\/data-2.html", "name": "酵母画像(PNG形式)", "database_name": "NITE NBRC Yeast Image Collection", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01629-002", "description": "酵母の電子顕微鏡写真（PNG形式）", "files": [ { "file_name": "nite_nbrc_yeast_large_image_package.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/nite-nbrc-yeast-image\/LATEST\/nite_nbrc_yeast_large_image_package.zip", "file_size": "1.3 GB" }, { "file_name": "nite_nbrc_yeast_thumbnail_package.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/nite-nbrc-yeast-image\/LATEST\/nite_nbrc_yeast_thumbnail_package.zip", "file_size": "128 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "電子顕微鏡", "analysis": "", "data_number": "通常画像: 3,676件\r\nサムネイル: 3,676件", "details": [] }, { "path": "jp\/open-tggates\/data-1.html", "name": "化合物リスト", "database_name": "Open TG-GATEs", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00954-01-001", "description": "Open TG-GATEｓで公開されている化合物のリストと各化合物に対する遺伝子発現データファイルとその属性情報へのリンクをまとめたリストです。", "files": [ { "file_name": "open_tggates_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/open_tggates_main.zip", "file_size": "6.4 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/open_tggates_main", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "170件", "details": [ { "name": "COMPOUND_NAME", "description": "化合物名の英語表記" }, { "name": "COMPOUND_ABBREVIATION", "description": "化合物の略称です。" }, { "name": "COMPOUND_NO", "description": "化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。" }, { "name": "Human - in vitro", "description": "ヒト肝細胞を用いたin vitro試験における遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）" }, { "name": "Rat - in vitro", "description": "ラット肝細胞を用いたin vitro試験における遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）" }, { "name": "Rat - in vivo - Liver - Single", "description": "ラットを用いたin vivo試験（単回投与）における肝臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）" }, { "name": "Rat - in vivo - Liver - Repeat", "description": "ラットを用いたin vivo試験（反復投与）における肝臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）" }, { "name": "Rat - in vivo - Kidney - Single", "description": "ラットを用いたin vivo試験（単回投与）における腎臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）" }, { "name": "Rat - in vivo - Kidney - Repeat", "description": "ラットを用いたin vivo試験（反復投与）における腎臓での遺伝子発現データ（複数のCELファイルを一つにまとめたZIPファイルのURL、簡易検索サイトではファイルへのリンク）" }, { "name": "Pathological items (Liver)", "description": "ラットを用いたin vivo試験における肝臓での病理所見とプレパラートの画像（簡易検索サイトのみ）" }, { "name": "Pathological items (Kidney)", "description": "ラットを用いたin vivo試験における腎臓での病理所見とプレパラートの画像（簡易検索サイトのみ）" } ] }, { "path": "jp\/open-tggates\/data-2.html", "name": "遺伝子発現データ (CELファイル)", "database_name": "Open TG-GATEs", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00954-01-002", "description": "Open TG-GATEsで公開されているCELファイルを、実験種別にグループ分けし、ZIP形式で圧縮したファイルです。ZIPファイル中には、その中に含まれるCELファイルの属性情報が、タブ区切りテキストファイル形式(.tsv)で同梱されています。\r\n\r\n※CELは，Affymetrix GeneChip®で取得された遺伝子発現データ（生データ）を表現する一つのファイル形式です。", "files": [ { "file_name": "ヒトサンプルにおける遺伝子発現データ", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/Human\/", "file_size": "12.0GB (ZIPファイルの合計）" }, { "file_name": "ラットサ ンプルにおける遺伝子発現データ", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/Rat\/", "file_size": "53.6GB (ZIPファイルの合計）" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "in vivo試験の遺伝子発現データは、1群5例の中から、基本的に群の平均体重に近い体重値を示す3例より取得しています。\r\nまた、測定はAffymetrix GeneChip®を用いて実施しています。", "analysis": "", "data_number": "ZIPファイル: 686件\r\nCELファイル: 24,023件", "details": [] }, { "path": "jp\/open-tggates\/data-3.html", "name": "CELファイル属性情報", "database_name": "Open TG-GATEs", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00954-01-003", "description": "各CELファイルについて説明している属性情報のリスト", "files": [ { "file_name": "open_tggates_cel_file_attribute.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/open_tggates_cel_file_attribute.zip", "file_size": "199 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/open_tggates_cel_file_attribute", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "24,023件", "details": [ { "name": "BARCODE", "description": "使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。" }, { "name": "ARR_DESIGN", "description": "GeneChipのデザイン名です。トキシコゲノミクスプロジェクトではHumanのチップはHG-U133_Plus_2、RatのチップはRat230_2を用いています。" }, { "name": "EXP_ID", "description": "実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。" }, { "name": "GROUP_ID", "description": "群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。" }, { "name": "INDIVIDUAL_ID", "description": "同一群内で、in vivo試験における個体、in vitro試験における試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。" }, { "name": "ORGAN", "description": "臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。" }, { "name": "MATERIAL_ID", "description": "遺伝子発現データの取得に用いたサンプル切片を識別するためのIDです。Aから始まりB、Cという記号が付与されています。" }, { "name": "COMPOUND_NAME", "description": "化合物の名称です。" }, { "name": "COMPOUND_ABBREVIATION", "description": "化合物の略称です。" }, { "name": "COMPOUND_NO", "description": "化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。" }, { "name": "SPECIES", "description": "生物種を表しています。" }, { "name": "EXP_TEST_TYPE", "description": "実験系（in vivo試験、in vitro試験）を表しています。" }, { "name": "SINGLE_REPEAT_TYPE", "description": "in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。" }, { "name": "SEX_TYPE", "description": "性別を表しています。" }, { "name": "STRAIN_TYPE", "description": "in vivo試験におけるラットの系統を表しています。" }, { "name": "ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE", "description": "化合物の投与経路を表しています。" }, { "name": "ANIMAL_AGE(week)", "description": "in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。" }, { "name": "SACRIFICE_PERIOD", "description": "in vivo試験における屠殺時間、in vitro試験における曝露時間を表しています。" }, { "name": "DOSE", "description": "投与量を表しています。" }, { "name": "DOSE_UNIT", "description": "投与量の単位を表しています。" }, { "name": "DOSE_LEVEL", "description": "投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。" } ] }, { "path": "jp\/open-tggates\/data-4.html", "name": "細胞試料", "database_name": "Open TG-GATEs", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00954-01-004", "description": "in vitro試験で遺伝子発現と毒性（細胞生存率）を測定した肝細胞試料のリストです。", "files": [ { "file_name": "open_tggates_cell.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/open_tggates_cell.zip", "file_size": "54 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/open_tggates_cell", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "5,990件", "details": [ { "name": "EXP_ID", "description": "実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 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TG-GATEs", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00954-01-007", "description": "in vivo試験での臓器重量のリストです。\r\n屠殺時の体重を含んでいます。", "files": [ { "file_name": "open_tggates_organ_weight.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/open_tggates_organ_weight.zip", "file_size": "379 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/open_tggates_organ_weight", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "23,699件", "details": [ { "name": "EXP_ID", "description": "実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。" }, { "name": "GROUP_ID", "description": "群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。" }, { "name": "INDIVIDUAL_ID", "description": "同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。" }, { "name": "COMPOUND_NAME", "description": "化合物の名称です。" }, { "name": "SINGLE_REPEAT_TYPE", "description": "in 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"10.18908\/lsdba.nbdc00954-01-008", "description": "in vivo試験での血液学的検査のリストです。", "files": [ { "file_name": "open_tggates_hematology.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/open_tggates_hematology.zip", "file_size": "636 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/open_tggates_hematology", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "23,642件", "details": [ { "name": "EXP_ID", "description": "実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。" }, { "name": "GROUP_ID", "description": "群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。" }, { "name": "INDIVIDUAL_ID", "description": "同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。" }, { "name": "COMPOUND_NAME", "description": "化合物の名称です。" }, { "name": "SINGLE_REPEAT_TYPE", "description": "in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。" }, { "name": 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"open_tggates_body_weight.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/open_tggates_body_weight.zip", "file_size": "339 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/open_tggates_body_weight", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "66,376件", "details": [ { "name": "EXP_ID", "description": "実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。" }, { "name": "GROUP_ID", "description": "群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。" }, { "name": "INDIVIDUAL_ID", "description": "同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。" }, { "name": "COMPOUND_NAME", "description": "化合物の名称です。" }, { "name": "DOSE_LEVEL", "description": "投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。" }, { "name": "SACRIFICE_PERIOD", "description": "in vivo試験における屠殺時間を表しています。" }, { "name": "PROGRESS_TIME", "description": "in vivo試験における体重測定日を表しています。単位はday(日)であり、投与開始日をday1としています。" }, { "name": "BODY_WT", "description": "PROGRESS_TIME時の個体の体重を表しています。単位はg(グラム)です。" } ] }, { "path": "jp\/open-tggates\/data-11.html", "name": "摂餌情報", "database_name": "Open TG-GATEs", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00954-01-011", "description": "in vivo試験での摂餌量測定の結果のリストです。", "files": [ { "file_name": "open_tggates_food_consumption.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/open_tggates_food_consumption.zip", "file_size": "108 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/open_tggates_food_consumption", "data_acquisition": "投与開始日（前日からの1日量）、その後は3～4日ごとに3～4日間の累積摂餌量を測定し、1匹1日量を算出しています。", "analysis": "", "data_number": "25,248件", "details": [ { "name": "EXP_ID", "description": "実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。" }, { "name": "GROUP_ID", "description": "群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。" }, { "name": "INDIVIDUAL_ID", "description": "同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。" }, { "name": "COMPOUND_NAME", "description": "化合物の名称です。" }, { "name": "DOSE_LEVEL", "description": "投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。" }, { "name": "SACRIFICE_PERIOD", "description": "in vivo試験における屠殺時間を表しています。" }, { "name": "PROGRESS_TIME", "description": "in vivo試験における摂餌量測定日を表しています。単位はday(日)であり、投与開始日をday1としています。" }, { "name": "FC_AMOUNT", "description": "各個体における飼料の１日摂取量を表しています。単位はg\/day(グラム\/日)です。" } ] }, { "path": "jp\/open-tggates\/data-12.html", "name": "病理情報", "database_name": "Open TG-GATEs", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00954-01-012", "description": "in vivo試験での病理所見のリストです。", "files": [ { "file_name": "open_tggates_pathology.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/open_tggates_pathology.zip", "file_size": "89 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/open_tggates_pathology", "data_acquisition": "ヘマトキシリン・エオジン標本を作製し、光学顕微鏡による病理組織検査を実施しました。", "analysis": "", "data_number": "12,861件", "details": [ { "name": "BARCODE", "description": "使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。ただし、「No ChipData」のデータは、遺伝子発現解析実験を行っておりませんので、対応するCELファイルはありません。" }, { "name": "EXP_ID", "description": "実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。" }, { "name": "GROUP_ID", "description": "群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。" }, { "name": "INDIVIDUAL_ID", "description": "同一群内で、個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。" }, { "name": "COMPOUND_NAME", "description": "化合物の名称です。" }, { "name": "DOSE_LEVEL", "description": "投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。" }, { "name": "SACRIFICE_PERIOD", "description": "in vivo試験における屠殺時間を表しています。" }, { "name": "ORGAN", "description": "臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。" }, { "name": "FINDING_TYPE", "description": "病変の種類を表しています。" }, { "name": "TOPOGRAPHY_TYPE", "description": "病変が見られた臓器の部位を表しています。" }, { "name": "GRADE_TYPE", "description": "病変における変化の程度を表しています。変化の程度の低い順にP(present)、minimal、slight、moderate、severeとなっています。" }, { "name": "SP_FLG", "description": "病変が自然発生的に生じたものかどうかを示すフラグです。自然発生的に生じた病変の場合は1(簡易検索サイトではチェックボックスがオン)、そうではない場合は0(簡易検索サイトではチェックボックスがオフ)で表されます。" }, { "name": "PATHOLOGICAL_IMAGE", "description": "病理標本（プレパラート）画像へのリンク(簡易検索サイトのみ)" } ] }, { "path": "jp\/open-tggates\/data-13.html", "name": "CELファイル同梱情報", "database_name": "Open TG-GATEs", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00954-01-013", "description": "７つのデータ（CELファイル属性情報・細胞試料・細胞生存率情報・個体リスト・臓器重量情報・血液学情報・血液化学情報）を一つにまとめたテーブルです。遺伝子発現データ(CELファイル)から ダウンロードできるZIPファイルの各々には、関連部分を同じ形式でAttributes.tsvというファイル名で同梱しています。", "files": [ { "file_name": "Open-tggates_AllAttribute.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates\/LATEST\/Open-tggates_AllAttribute.zip", "file_size": "1.8 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/open_tggates_attribute", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "33,566件", "details": [ { "name": "BARCODE", "description": "使用したGeneChipを識別するためのバーコードです。CELファイル名の拡張子を除いた部分はこのBARCODEと一致します。ただし、「No ChipData」のデータは、遺伝子発現解析実験を行っておりませんので、対応するCELファイルはありません。" }, { "name": "ARR_DESIGN", "description": "GeneChipのデザイン名です。トキシコゲノミクスプロジェクトではHumanのチップはHG-U133_Plus_2、RatのチップはRat230_2を用いています。" }, { "name": "EXP_ID", "description": "実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。in vitro試験は5000番以降が付与されています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、 EXP_TEST_TYPE、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。" }, { "name": "GROUP_ID", "description": "群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE_LEVEL、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。" }, { "name": "INDIVIDUAL_ID", "description": "同一群内で、in vivo試験における個体、in vitro試験における試料に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。" }, { "name": "ORGAN", "description": "臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。" }, { "name": "MATERIAL_ID", "description": "遺伝子発現データの取得に用いたサンプル切片を識別するためのIDです。Aから始まりB、Cという記号が付与されています。" }, { "name": "COMPOUND_NAME", "description": "化合物の名称です。" }, { "name": "COMPOUND_ABBREVIATION", "description": "化合物の略称です。" }, { "name": "COMPOUND_NO", "description": "化合物識別のために割り振った番号です。通し番号となっておらず欠番も存在します。" }, { "name": "SPECIES", "description": "生物種を表しています。" }, { "name": "EXP_TEST_TYPE", "description": "実験系（in vivo試験、in vitro試験）を表しています。" }, { "name": "SINGLE_REPEAT_TYPE", "description": "in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。" }, { "name": "SEX_TYPE", "description": "性別を表しています。" }, { "name": "STRAIN_TYPE", "description": "in vivo試験におけるラットの系統を表しています。" }, { "name": "ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE", "description": "化合物の投与経路を表しています。" }, { "name": "ANIMAL_AGE(week)", "description": "in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。6週齢データのみが存在します。" }, { "name": "SACRIFICE_PERIOD", "description": "in vivo試験における屠殺時間、in vitro試験における曝露時間を表しています。" }, { "name": "DOSE", "description": "投与量を表しています。" }, { "name": "DOSE_UNIT", "description": "投与量の単位を表しています。" }, { "name": "DOSE_LEVEL", "description": "投与量のレベルを表しています。投与量の少ない順にControl、Low、Middle、Highとなっています。" }, { "name": "臓器の重量", "description": "" }, { "name": "TERMINAL_BW(g)", "description": "屠殺時の体重" }, { "name": "LIVER(g)", "description": "肝臓の重量" }, { "name": "KIDNEY_TOTAL(g)", "description": "腎臓の重量" }, { "name": "KIDNEY_R(g)", "description": "右腎の重量" }, { "name": "KIDNEY_L(g)", "description": "左腎の重量" }, { "name": "血液学検査", "description": "" }, { "name": "RBC(x10_4\/ul)", "description": "赤血球数" }, { "name": "Hb(g\/dL)", "description": "ヘモグロビン量" }, { "name": "Ht(%)", "description": "ヘマトクリット値" }, { "name": "MCV(fL)", "description": "平均赤血球容積" }, { "name": "MCH(pg)", "description": "平均赤血球血色素量" }, { "name": "MCHC(%)", "description": "平均赤血球血色素濃度" }, { "name": "Ret(%)", "description": "網赤血球率" }, { "name": "Plat(x10_4\/uL)", "description": "血小板数" }, { "name": 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"「病理写真(SVS形式）」中の個々の高解像度デジタル画像についての情報です。", "files": [ { "file_name": "open_tggates_pathological_image.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates-pathological-images\/LATEST\/open_tggates_pathological_image.zip", "file_size": "370 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/open_tggates_pathological_image", "data_acquisition": "撮影に伴って デジタルスライド作製装置に入力された情報です。", "analysis": "", "data_number": "52,879 件", "details": [ { "name": "EXP_ID", "description": "実験セット毎に付けられたIDです。in vivo試験は0040～となっています。主にCOMPOUND_NAME、SPECIES、SINGLE_REPEAT_TYPEの組み合わせで定まります。" }, { "name": "GROUP_ID", "description": "群毎に付けられたIDです。01～16など二桁の数字が割り当てられています。主にDOSE、SACRIFICE_PERIODの組み合わせで定まります。" }, { "name": "INDIVIDUAL_ID", "description": "同一群内で、in vivo試験における個体に付けられたIDです。1から一桁の数字が割り当てられています。" }, { "name": "COMPOUND_NAME", "description": "化合物の名称です。" }, { "name": "ORGAN", "description": "臓器の種類を表しています。LiverとKidneyの2種類が存在します。" }, { "name": "FILE_LOCATION", "description": "FTPサイトの画像ファイルのパスです。" }, { "name": "CAPTURE_NO\/NO_OF_SAMPLE(n\/n)", "description": "写真撮影番号と撮影枚数を表しています。例えば、1\/2と表示されている場合は、1臓器について2枚のプレパラートが作製されており、そのうちの1枚目のプレパラートの写真であることを示しています。" }, { "name": "SPECIES", "description": "生物種を表しています。" }, { "name": "SINGLE_REPEAT_TYPE", "description": "in vivo試験における投与回数（単回投与：Single、28日間反復投与：Repeat）を表しています。" }, { "name": "ADMINISTRATION_ROUTE_TYPE", "description": "化合物の投与経路を表しています。" }, { "name": "ANIMAL_AGE(week)", "description": "in vivo試験におけるラットの週齢を表しています。" }, { "name": "SACRIFICE_PERIOD", "description": "in vivo試験における屠殺時間を表しています。" }, { "name": "DOSE", "description": "投与量を表しています。" }, { "name": "DOSE_UNIT", "description": "投与量の単位を表しています。" } ] }, { "path": "jp\/open-tggates-pathological-images\/data-2.html", "name": "病理写真(SVS形式)", "database_name": "Open TG-GATEs 病理写真データベース", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00954-02-002", "description": "動物試験で作製した肝臓および腎臓のヘマトキシリン・エオジン染色病理標本（プレパラート）の高解像度デジタル画像です。", "files": [ { "file_name": "SVS形式のデジタル画像", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/open-tggates-pathological-images\/LATEST\/images\/", "file_size": "25 TB (SVSファイルの合計)" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "デジタルスライド作製装置（Aperio社ScanScope AT）を用いて、プレパラートのデジタル画像を作製しました。", "analysis": "", "data_number": "52,879 件", "details": [] }, { "path": "jp\/openpml\/data-1.html", "name": "OpenPMLサイトデータ", "database_name": "OpenPML", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01204-001", "description": "OpenPMLのWebサイトをアーカイブしたものです。index.htmlファイルから全体が見られます。", "files": [ { "file_name": "openpml.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/openpml\/LATEST\/openpml.zip", "file_size": "533 KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/pcdq\/data-1.html", "name": "タンパク質複合体リスト", "database_name": "PCDq", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01200-001", "description": "タンパク質複合体の情報", "files": [ { "file_name": "pcdq_complex_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/pcdq\/LATEST\/pcdq_complex_list.zip", "file_size": "136 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/pcdq_complex_list", "data_acquisition": "タンパク質間相互作用データについては 「タンパク質相互作用」に記述したデータを用いました。既知の複合体情報は、文献情報、構造解析結果を人の手によって調べました。", "analysis": "データベースから取得したタンパク質間相互作用データを統合し、タンパク質とタンパク質間相互作用データセットを作成しました (2007年11月)。 これらから形成されるPPIネットワークから、タンパク質複合体\/機能単位の予測を行いました。 そのすべての予測結果について、人手による既知の複合体情報との照合、情報の付加・修正を行いました。", "data_number": "1,266 件", "details": [ { "name": "Complex ID", "description": "複合体ID" }, { "name": "Complex Name", "description": "複合体名称" }, { "name": "Description", "description": "複合体の詳細" }, { "name": "CQI", "description": "CQI (Complex Annotation Quality Check Index)値\r\n品質管理指標\r\n\"I.II.III\/Total proteins\"\r\n（I, II, IIIは「タンパク質複合体メンバー」の項目”Category”の数値 (1,2,3) に対応し、複合体構成タンパク質のうち各カテゴリに属するタンパク質の数を示す。表現CQI=0.0.3\/3）" }, { "name": "Number of member proteins", "description": "複合体のメンバータンパク質数" }, { "name": "Complex Type", "description": "複合体タイプ" }, { "name": "Function Category", "description": "機能カテゴリ" }, { "name": "Subcellular Localization", "description": "細胞内局在" } ] }, { "path": "jp\/pcdq\/data-2.html", "name": "タンパク質複合体メンバー", "database_name": "PCDq", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01200-002", "description": "複合体に属するタンパク質の情報", "files": [ { "file_name": "pcdq_subunit_member.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/pcdq\/LATEST\/pcdq_subunit_member.zip", "file_size": "673 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/pcdq_subunit_member", "data_acquisition": "タンパク質情報はH-InvDBのものを使いました。相互作用データについては「タンパク質相互作用」のものを用いました。遺伝子発現データについてはH-AngelのiAFLP data (JBIRC)を用いました。", "analysis": "H-InvDBでは、ヒト転写産物（cDNA, mRNA, RNA）の塩基配列を解析対象として、タンパク質データベースに対して配列相同性検索プログラム(FASTY・BlastX)を実行し、配列の類似性およびGeneMarkによる遺伝子予測結果との組み合わせにより転写産物配列中でタンパク質をコードしている領域(CDS)を予測しています。\r\nゲノム上の重複を除いて定義されるクラスター(遺伝子座)の代表的な配列を代表配列 (rep_HIP)と定義しました。代表配列は、それぞれのクラスターメンバーを考慮して手動アノテーションで定義しています。\r\n予測されたアミノ酸配列に対しモチーフ予測プログラム(InterProScan)を実行しタンパク質の機能予測を行った後、手動アノテーションを行いました。既知タンパク質または機能性モチーフ情報を用いて、タンパク質情報の信頼度におけるカテゴリ分けを行っています (HIT_category)。また、複合体タンパク質としての信頼度によるカテゴリー分けも行いました(Category)。", "data_number": "5,569 件", "details": [ { "name": "Complex ID", "description": "複合体ID" }, { "name": "Rep HIP", "description": "代表HIP ID (H-InvDB タンパク質ID)" }, { "name": "Category", "description": "複合体内における信頼度\r\n1:対象タンパク質が複合体を構成することが文献や立体構造で明らかになっているもの\r\n2:対象タンパク質が複合体に対して、関連する機能を持っているもの\r\n3:カテゴリーI, IIに分類されない物であるが、ネットワーク解析により複合体構成タンパク質であると予測されているもの" }, { "name": "Rep HIT", "description": "代表HIT ID (H-InvDB 転写産物ID)" }, { "name": "Rep HIX", "description": "代表HIX ID (H-InvDB 遺伝子座ID)" }, { "name": "HIT Category", "description": "代表HIT IDの信頼度指標\r\n1: 既知のヒトタンパク質\r\n2: 既知のタンパク質と相同なタンパク質\r\n3: InterProドメインをもつタンパク質\r\n4: 保存されたhypothetical protein\r\n5: hypothetical protein" }, { "name": "Gene Symbol", "description": "EntrezGene Symbol" }, { "name": "Number of PPI Members", "description": "当該タンパク質が関与するPPI数" }, { "name": "Description", "description": "タンパク質の詳細" }, { "name": "Expression", "description": "iAFLP data (JBIRC) によって決定された10組織カテゴリにおける組織特異的発現量。数値は「neural, blood\/spleen\/LND, dermal_connective, placenta\/testis\/ovary, muscle\/heart, stomach\/colon, liver, lung, kidney\/bladder, endocrine_exocrine」の組織順。" }, { "name": "Subcellular Localization", "description": "細胞内局在" }, { "name": "UniProt", "description": "タンパク質の外部DB参照 (UniProt)" }, { "name": "RefSeq", "description": "タンパク質の外部DB参照 (RefSeq)" }, { "name": "GI", "description": "タンパク質の外部DB参照 (GI)" }, { "name": "CCDS", "description": "タンパク質の外部DB参照 (CCDS)" }, { "name": "PDB", "description": "タンパク質の外部DB参照 (PDB)" } ] }, { "path": "jp\/pcdq\/data-3.html", "name": "タンパク質相互作用", "database_name": "PCDq", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01200-003", "description": "タンパク質相互作用に関する情報。\r\nDIPについては、データ再配布についてDIP開発者から許可をいただきました。ここに記して感謝の意を表します。", "files": [ { "file_name": "pcdq_public_ppi.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/pcdq\/LATEST\/pcdq_public_ppi.zip", "file_size": "680 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/pcdq_public_ppi", "data_acquisition": "タンパク質間相互作用データは BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct, および GNP_Y2H の6つのデータベースから取得しました。", "analysis": "データベースから取得したタンパク質間相互作用データを統合し、タンパク質とタンパク質間相互作用データセットを作成しました。収集したタンパク質間相互作用データから非冗長なタンパク質間相互作用データセットを作成するため、 タンパク質のAccession No. (UniProt, RefSeq, GI, GenBank ID)からアミノ酸配列を取得し、 すべての配列について生物種ごとに同一相同性クラスタリング (95%以上の領域において、98%以上の相同性を持つタンパク質同士のグループ化)を行って、冗長性を取り除きました。 非冗長な統合タンパク質間相互作用データセットのうち、 ヒトのタンパク質間相互作用情報をH-InvDBのタンパク質セットに割り当てた結果、 9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。", "data_number": "32,198 件", "details": [ { "name": "Rep HIP A", "description": "相互作用するタンパク質Aの代表HIP ID (H-InvDBタンパク質ID)" }, { "name": "Rep HIP B", "description": "相互作用するタンパク質Bの代表HIP ID (H-InvDBタンパク質ID)" }, { "name": "Rep HIT A", "description": "相互作用するタンパク質Aの代表HIT ID (H-InvDB転写産物ID)" }, { "name": "Rep HIT B", "description": "相互作用するタンパク質Bの代表HIT ID (H-InvDB転写産物ID)" }, { "name": "BIND", "description": "タンパク質の外部DB参照 (BIND)" }, { "name": "DIP", "description": "タンパク質の外部DB参照 (DIP)" }, { "name": "MINT", "description": "タンパク質の外部DB参照 (MINT)" }, { "name": "HPRD", "description": "タンパク質の外部DB参照 (HPRD)\r\nHPRDは相互作用に対するID採番がされていないため、相互作用するタンパク質A・BのIDを記載している" }, { "name": "IntACT", "description": "タンパク質の外部DB参照 (IntACT)" }, { "name": "GNP_Y2H", "description": "タンパク質の外部DB参照 (GNP_Y2H)\r\nエラーにより現バージョンでは空欄、次回訂正予定。" }, { "name": "PubMed ID", "description": "当該タンパク質相互作用に関する文献PubMed ID" }, { "name": "Experimental Method", "description": "当該タンパク質相互作用の検出に用いられた実験手法 (The Proteomics Standards Initiative Molecular Interaction Standard,PSI-MI, controlled vocabulary に従って記載)" } ] }, { "path": "jp\/pgdbj-ortholog-db\/data-1.html", "name": "Protein (緑色植物)", "database_name": "PGDBj - オルソログデータベース", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01194-02-001.V002", "description": "NCBI Reference Sequenceデータベースから取得した緑色植物のアミノ酸配列をNCBI GI番号およびReference Sequence IDと注釈情報を付記して整理したデータ。各系統群でアミノ酸配列が所属するオルソログデータベースのクラスターIDを併記。", "files": [ { "file_name": "pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_protein.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/pgdbj-ortholog-db\/LATEST\/pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_protein.zip", "file_size": "200 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/pgdbj_ortholog_db_viridiplantae_protein", "data_acquisition": "NCBI Reference Sequenceデータベースから取得したアミノ酸配列。", "analysis": "NCBI Reference Sequenceデータベースで500以上のアミノ酸配列を含む生物種を対象。", "data_number": "1,137,698 件", "details": [ { "name": "GI number", "description": "アミノ酸配列のNCBI GI番号" }, { "name": "RefSeq ID", "description": "NCBI Reference Sequence ID" }, { "name": "Chr", "description": "染色体番号またはゲノムID" }, { "name": "Start Position", "description": "開始位置" }, { "name": "Stop Position", "description": "終了位置" }, { "name": "Cluster (Kingdom)", "description": "クラスターID (分類群:Kingdom)" }, { 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{ "name": "SEQ_ID", "description": "独自に付与した配列ID。テーブル名IDINFOのSEQ_ID。" } ] }, { "path": "jp\/plabrain-db\/data-1.html", "name": "FACS-based single-cell PCRデータ", "database_name": "Plabrain DB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01108-001", "description": "FACS-based single-cell PCRを用いた細胞ごとの遺伝子発現パターン。各遺伝子を発現している細胞を表す\"＋\"のパターンから、同じ神経系で発現していることが知られる遺伝子であっても、単一ニューロンでは発現パターンに違いがあることが分かる。 データには同情報をFACSプロファイル上にマップした結果の画像ファイル名も含まれる。 画像ファイル自体は 「PCRデータをマップしたFACSプロファイル画像」のデータファイルから一括ダウンロードが可能である。", "files": [ { "file_name": "planaria_fbsc_pcr.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/plabrain-db\/LATEST\/planaria_fbsc_pcr.zip", "file_size": "1KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/plabrain_single_cell_exp#ja", "data_acquisition": "FBSC-PCR （FACSを用いた半定量的single-cell PCR）", "analysis": "", "data_number": "12件", "details": [ { "name": "Gene name (Link to Image list)", "description": "遺伝子名。簡易検索では画像リストへの内部リンク。" }, { "name": "Single-cell PCR data (+ describes cells expressing the gene.)", "description": "全神経発現マーカーEF1と各遺伝子を発現する細胞を\"＋\"で示す。" }, { "name": "Mapping on FACS profile", "description": "FACSプロファイル画像のファイル名。DNA量 (縦軸 Hoechst33342)と細胞サイズ (横軸 CalceinAM)によりcell sortingをしたFACSプロファイルに、PCRデータをマップしている（\"＋\"の細胞を青色のドットで表している）。簡易検索では\"FACS Profile\"ボタンを押すと、画像が表示される。" } ] }, { "path": "jp\/plabrain-db\/data-2.html", "name": "PCRデータをマップしたFACSプロファイル画像", "database_name": "Plabrain DB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01108-002", "description": "DNA量 (縦軸 Hoechst33342)と細胞サイズ (横軸 CalceinAM)によりcell sortingをしたFACSプロファイルに、FACS-based single-cell PCRデータをマップした画像ファイル。各遺伝子を発現する細胞を青色のドットで表している。個々の画像は「FACS-based single-cell PCRデータ」の簡易検索の\"FACS Profile\"ボタンから閲覧できる。", "files": [ { "file_name": "planaria_facs_profile.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/plabrain-db\/LATEST\/planaria_facs_profile.zip", "file_size": "107KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "FBSC-PCR （FACSを用いた半定量的single-cell PCR）", "analysis": "", "data_number": "8件", 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"description": "成体の組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。" }, { "name": "Regeneration 1 day (Ab)", "description": "頭部切除後1日目の組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。" }, { "name": "Regeneration 3 days (Ab)", "description": "頭部切除後3日目の組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。" }, { "name": "Regeneration 5 days (Ab)", "description": "頭部切除後5日目の組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。" }, { "name": "Regeneration 7 days (Ab)", "description": "頭部切除後7日目の組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル名。 簡易検索では画像が表示される。" } ] }, { "path": "jp\/plabrain-db\/data-4.html", "name": "in situ hybridizationと組織免疫染色の顕微鏡画像ファイル", "database_name": "Plabrain DB", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01108-004", "description": "プラナリア成体のWhole-mount in situ hybridizationによる遺伝子の発現部位の画像、および頭部の再生段階ごとの組織免疫染色による蛋白質の局在画像のファイル。\r\n個々の画像は「in situ hybridizationと組織免疫染色の顕微鏡画像リスト」の簡易検索から閲覧できる。\r\n画像ファイル名は、以下の規則でつけられている。\r\n＜in situ hybridization画像の場合＞\r\n(遺伝子名)-insitu.jpg\r\n＜組織免疫染色の画像の場合＞\r\n成体の画像では、(遺伝子名)-Ab.jpg\r\n再生段階別の画像では、(遺伝子名) regeneration (頭部切除後の日数).jpg", "files": [ { "file_name": "planaria_image.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/plabrain-db\/LATEST\/planaria_image.zip", "file_size": "2.74MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "Whole-mount in situ hybridization、組織免疫染色", "analysis": "", "data_number": "35件", "details": [] }, { "path": "jp\/place\/data-1.html", "name": "Main", "database_name": "PLACE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00168-001", "description": "塩基配列情報。一つの塩基配列情報 (Main) に対して、一つ以上の文献情報 (Reference) が存在する。", "files": [ { "file_name": "place_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/place\/LATEST\/place_main.zip", "file_size": "48.9 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/place_main", "data_acquisition": "Raw Data (ASCII format) のplace.seq から塩基配列情報を抽出し、CSVファイル (place_main.zip) を生成した。", "analysis": "", "data_number": "469 件", "details": [ { "name": "Identifier", "description": "識別子" }, { "name": "Accession number", "description": "アクセッション番号" }, { "name": "Date (operation) author", "description": "日付 (操作) 作成者" }, { "name": "Description", "description": "説明 (制御、遺伝子、トランス作用因子など)" }, { "name": "Keywords", "description": "キーワード" }, { "name": "Species", "description": "生物種" }, { "name": "Sequence", "description": "シスエレメントの配列\r\nシスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。\r\nB: C, G or T\r\nD: A, G or T\r\nH: A, C or T\r\nK: G or T\r\nM: A or C\r\nN: A, C, G or T\r\nR: A or G\r\nS: C or G\r\nV: A, C or G\r\nW: A or T\r\nY: C or T" } ] }, { "path": "jp\/place\/data-2.html", "name": "Reference", "database_name": "PLACE", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00168-002", "description": "文献情報。一つの塩基配列情報 (Main) に対して、一つ以上の文献情報 (Reference) が存在する。", "files": [ { "file_name": "place_reference.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/place\/LATEST\/place_reference.zip", "file_size": "52.5 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/place_reference", "data_acquisition": "Raw Data (ASCII format) のplace.seq 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"analysis": "", "data_number": "469 件", "details": [ { "name": "ID", "description": "識別子" }, { "name": "AC", "description": "アクセッション番号" }, { "name": "DT", "description": "日付 (操作) 作成者" }, { "name": "DE", "description": "説明 (制御、遺伝子、トランス作用因子など)" }, { "name": "KW", "description": "キーワード" }, { "name": "OS", "description": "生物種" }, { "name": "RA", "description": "作成者" }, { "name": "RT", "description": "タイトル" }, { "name": "RL", "description": "文献データ" }, { "name": "RC", "description": "分類基準 (DNase I フットプリント法 \/ 化学修飾 \/ ゲル遅延アッセイ \/ 相同性 \/ その他)" }, { "name": "RD", "description": "外部データベース (MEDLINE番号、または、DDBJ\/EMBL\/GenBank アクセッション番号)" }, { "name": "SQ", "description": "シスエレメントの配列\r\nシスエレメントの配列には、A、G、C、T を表すために以下の記号を使用している (Mar. 31, 1997) 。\r\nB: C, G or T\r\nD: A, G or T\r\nH: A, C or T\r\nK: G or T\r\nM: A or C\r\nN: A, C, G or T\r\nR: A or G\r\nS: C or G\r\nV: A, C or G\r\nW: A or T\r\nY: C or T" }, { "name": "XX", "description": "データ種別の区切り" } ] }, { "path": "jp\/place\/data-4.html", "name": 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"タンパク質上の結合サイトのうち、存在が確認されてはいないが、結合サイトであると推定されたものの情報です。", "files": [ { "file_name": "possum_psite.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/possum\/LATEST\/possum_psite.zip", "file_size": "27 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "PDB", "analysis": "", "data_number": "1,203,295件", "details": [ { "name": "PocketIndex", "description": "結合サイトの内部ID" }, { "name": "PDB_ID", "description": "タンパク質のPDB ID" }, { "name": "HET_Code", "description": "結合するリガンドのHETコード" }, { "name": "ChainID", "description": "結合サイトのある鎖のID" }, { "name": "ResLength", "description": "サイトの残基数" }, { "name": "Atoms", "description": "リガンドの原子数" }, { "name": "MolName", "description": "サイトの分子名" }, { "name": "EC", "description": "サイトのEC ID" }, { "name": "CATH", "description": "サイトのCATH ID" }, { "name": "SCOPe", "description": "サイトのSCOPe ID" }, { "name": "UniProt", "description": "サイトのUniProt ID" }, { "name": "UniRef50", "description": "サイトのUniRef50クラスタID（解析当時のもの）" }, { "name": "GO1", "description": 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hybridization法による発現解析結果。 マイクロアレイ実験結果については、概要版（簡易検索）では、要約のみを掲載する。 各アレイの蛍光強度などのデータの詳細については、オリジナル版にまとめられている。", "files": [ { "file_name": "概要版: ra_target_gene.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/ra_target_gene\/LATEST\/ra_target_gene.zip", "file_size": "177KB" }, { "file_name": "オリジナルファイル(Excel形式): RA.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/ra_target_gene\/200303\/RA.zip", "file_size": "3.67MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/ra_target_gene", "data_acquisition": "カタユウレイボヤ EST 解析に用いた卵割期・尾芽胚・幼生のライブラリーから、重複のない 9287 クローンの cDNA を載せたマイクロアレイを作製", "analysis": "", "data_number": "9299件", "details": [ { "name": "Order", "description": "リストの通し番号 (Geometrical avg.の数値の高い順)" }, { "name": "Block", "description": "マイクロアレイ上のブロック番号" }, { "name": "Column", "description": "マイクロアレイ上のブロック内での列番号" }, { "name": "Row", "description": "マイクロアレイ上のブロック内での行番号" }, { "name": "Cluster ID (Link to Ghost DB)", "description": "クラスターID （Ghost Databaseに由来、リンク）" }, { "name": "EST sequence similarities (BLASTX results)", "description": "当該EST配列のBLASTX検索の結果、相同性のあった遺伝子の名称" }, { "name": "Clone ID for microarray (From Ghost DB)", "description": "クローンID （Ghost Databaseに由来）" }, { "name": "Average RA:DMSO (Geometrical avg.)", "description": "4回のマイクロアレイ実験から得られたRA:DMSO (RA処理とDMSO処理のプローブそれぞれから得られた蛍光強度の比)の幾何平均" }, { "name": "Average RA:DMSO (Arithmetic avg.)", "description": "4回のマイクロアレイ実験から得られたRA:DMSOの算術平均" }, { "name": "Reproducibility of RA:DMSO", "description": "マイクロアレイ実験の再現性のレベルを以下のA、B、Cで表現している。\r\nA:　4回すべてのマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる\r\nB: 3回のマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる\r\nC:　2回のマイクロアレイ実験において、RA:DMSO>1.00となる" }, { "name": "Cluster ID\/Clone ID for ISH", "description": "以下のin situのデータ解析に用いたクローンが属すCluster ID又はClone ID" }, { "name": "ISH -DMSO", "description": "DMSO （dimethylsulfoxide）で処理した場合のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果の顕微鏡画像ファイル名。TogoDB版では、画像が表示される。" }, { "name": "ISH -RA", "description": "RA （retinoic acid）で処理した場合のWhole mount in situ hybridization法による発現解析結果の顕微鏡画像ファイル名。TogoDB版では、画像が表示される。" } ] }, { "path": "jp\/ra-target-gene\/data-3.html", "name": "Whole mount in situ hybridization法 による発現解析結果の顕微鏡画像", "database_name": "RA target genes in the Ciona embryo", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00960-002", "description": "マイクロアレイ実験によってスクリーニングされたレチノイン酸標的遺伝子のWhole mount in situ hybridization法 による発現解析結果の顕微鏡画像", "files": [ { "file_name": "ra_target_gene_insitu.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/ra_target_gene\/200303\/ra_target_gene_insitu.zip", "file_size": "29.6MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "Whole mount in situ hybridization法", "analysis": "", "data_number": "453ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/red\/data-1.html", "name": "研究グループと研究課題", "database_name": "RED", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00315-001", "description": "研究グループと研究課題に関する各年度の情報", "files": [ { "file_name": "red_subject_info.zip", "file_url": 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"Research ID", "description": "研究ID（課題番号）" }, { "name": "Round", "description": "ラウンド（第～期）" }, { "name": "Control no", "description": "コントロール・データ\r\nred_sampleテーブルの「Sample number」に対応" }, { "name": "Target no", "description": "ターゲット・データ\r\nred_sampleテーブルの「Sample number」に対応" }, { "name": "Element No(Glass)", "description": "エレメント番号（アレイglass上の位置情報）" }, { "name": "EST name", "description": "EST名\r\nred_estの「Clone name」に対応" }, { "name": "Expression value", "description": "発現値（正規化された比率平均）" } ] }, { "path": "jp\/red\/data-6.html", "name": "ESTデータ", "database_name": "RED", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00315-006", "description": "Rice8987 Arrayのクローンの染色体上の位置情報リスト", "files": [ { "file_name": "red_est.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/red\/LATEST\/red_est.zip", "file_size": "629 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/red_est", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "9,216件", "details": [ { "name": "Element No(Glass)", 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"12", "details": [ { "name": "生物種", "description": "実験対象の生物種名。" }, { "name": "実験手法", "description": "発現データ取得に用いた実験手法。" }, { "name": "ID種別", "description": "IDの種類。" }, { "name": "遺伝子発現データ（組織10分類）", "description": "10分類の組織における発現データ。" }, { "name": "遺伝子発現データ（組織10分類）DOI", "description": "10分類の組織における発現データのDOI。" }, { "name": "遺伝子発現データ（組織40分類）", "description": "40分類の組織における発現データ。" }, { "name": "遺伝子発現データ（組織40分類）DOI", "description": "40分類の組織における発現データのDOI。" }, { "name": "遺伝子発現データ（FANTOM5 CAGE）", "description": "FANTOM5で集められたCAGEデータ。" }, { "name": "遺伝子発現データ（FANTOM5 CAGE）DOI", "description": "FANTOM5で集められたCAGEデータのDOI。" }, { "name": "組織分類表", "description": "各組織の分類表。" }, { "name": "組織分類表DOI", "description": "各組織の分類表のDOI。" }, { "name": "サンプルアノテーション", "description": "サンプルアノテーション情報。" }, { "name": "サンプルアノテーションDOI", "description": "サンプルアノテーション情報のDOI。" }, { "name": "組織特異的発現解析結果（ROKU）", "description": "ROKU法による組織特異的発現解析の結果。" }, { "name": "組織特異的発現解析結果（ROKU）DOI", "description": "ROKU法による組織特異的発現解析の結果のDOI。" } ] }, { "path": "jp\/refex\/data-2.html", "name": "遺伝子発現データ", "database_name": "RefEx", "doi": "", "description": "EST, GeneChip, CAGE, RNA-seqの4種類の手法で測定された遺伝子発現データ。データ名は、原則として実験手法と組織分類等により以下のように決められている。\r\nRefEx_expression_(実験手法)(組織分類数)_(生物種)\r\n例：RefEx_expression_EST10_human など\r\n\r\nただし、CAGE法によるデータの一部は、以下のような名前になっている。\r\nRefEx_expression_CAGE_all_(生物種)\r\n例：RefEx_expression_CAGE_all_human など", "files": [ { "file_name": "refex_expression01_cage10_human_prjdb1099.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_expression01_cage10_human_prjdb1099.zip", "file_size": "908 KB" }, { "file_name": "refex_expression02_cage40_human_prjdb1099.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_expression02_cage40_human_prjdb1099.zip", "file_size": "2.5 MB" }, { "file_name": "refex_expression03_cage_all_human_prjdb1099.zip", "file_url": 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Mouse CAGE)\r\nRNA-seq\r\nヒト: PRJEB2445 (RNA-Seq of human individual tissues and mixture of 16 tissues (Illumina Body Map))\r\nマウス: PRJNA30467（Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq; brain, liver, muscle）", "analysis": "https:\/\/github.com\/dbcls\/RefEx\/tree\/master\/Rawdata_Processing", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/refex\/data-3.html", "name": "組織特異的発現データ", "database_name": "RefEx", "doi": "", "description": "ROKU法によって計算した、組織特異的発現のデータ。", "files": [ { "file_name": "refex_tissue_specific01_genechip_human_gse7307.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_tissue_specific01_genechip_human_gse7307.zip", "file_size": "560 KB" }, { "file_name": "refex_tissue_specific02_genechip_mouse_gse10246.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_tissue_specific02_genechip_mouse_gse10246.zip", "file_size": "485 KB" }, { "file_name": "refex_tissue_specific03_genechip_rat_gse952.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_tissue_specific03_genechip_rat_gse952.zip", "file_size": "97 KB" }, { "file_name": "refex_tissue_specific04_rnaseq_human_prjeb2445.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_tissue_specific04_rnaseq_human_prjeb2445.zip", "file_size": "462 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/refex_data_relationship_matrix", "data_acquisition": "EST, GeneChip, CAGE, RNA-seqの4種類の手法で測定された遺伝子発現データを用いて組織特異性を計算した。", "analysis": "遺伝子発現データに対し、BioconductorのTCCライブラリのROKU関数を使って組織特異性を算出した。ROKU法について詳細はhttp:\/\/bioconductor.org\/packages\/release\/bioc\/manuals\/TCC\/man\/TCC.pdf pp.22-24 を参照。", "data_number": "", "details": [ { "name": "ID", "description": "GeneChipのデータを用いた場合は、Affymetrix社のProbe set ID。RNA-Seqのデータを用いた場合は、NCBIのRefSeqにおけるID。" }, { "name": "score", "description": "エントロピーのスコア。低いほど組織特異性が高い。" }, { "name": "v（RefExにおける組織分類ID）_(組織名)", "description": "各組織について、1：特異的高発現、-1：特異的低発現、0：その他" } ] }, { "path": "jp\/refex\/data-4.html", "name": "ID対応表", "database_name": "RefEx", "doi": "", "description": "遺伝子IDの対応表。", "files": [ { "file_name": "refex_id_relation_human.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_id_relation_human.zip", "file_size": "388 KB" }, { "file_name": "refex_id_relation_mouse.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_id_relation_mouse.zip", "file_size": "406 KB" }, { "file_name": "refex_id_relation_rat.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_id_relation_rat.zip", "file_size": "167 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/refex_data_relationship_matrix", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "", "details": [ { "name": "NCBI_GeneID", "description": "NCBI Entrez Gene ID" }, { "name": "NCBI_UnigeneID", "description": "NCBI Unigene ID" }, { "name": "NCBI_RefSeqID", "description": "NCBI RefSeq ID" }, { "name": "Affymetrix_probesetID", "description": "Affymetrix probeset ID" }, { "name": "organism", "description": "生物種名" } ] }, { "path": "jp\/refex\/data-5.html", "name": "組織10\/40分類表", "database_name": "RefEx", "doi": "", "description": "RefExで用いている組織分類の一覧。\r\nサンプルIDの項目については、GeneChipのデータではGSM_#が、RNA-SeqデータではSINGLE, PAIREDが記載されている。", "files": [ { "file_name": "refex_10_40_classifications01_genechip_human_gse7307.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_10_40_classifications01_genechip_human_gse7307.zip", "file_size": "3 KB" }, { "file_name": "refex_10_40_classifications02_genechip_mouse_gse10246.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_10_40_classifications02_genechip_mouse_gse10246.zip", "file_size": "1 KB" }, { "file_name": "refex_10_40_classifications03_genechip_rat_gse952.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_10_40_classifications03_genechip_rat_gse952.zip", "file_size": "1 KB" }, { "file_name": "refex_10_40_classifications04_rnaseq_human_prjeb2445.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_10_40_classifications04_rnaseq_human_prjeb2445.zip", "file_size": "1 KB" }, { "file_name": "refex_10_40_classifications05_rnaseq_mouse_prjna30467.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_10_40_classifications05_rnaseq_mouse_prjna30467.zip", "file_size": "1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/refex_data_relationship_matrix", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "", "details": [ { "name": "Description (RefEx refined)", "description": "組織の名前" }, { "name": "10 groups", "description": "組織10分類における各組織のID" }, { "name": "40 groups", "description": "組織40分類における各組織のID" }, { "name": "GSM_#", "description": "各組織のデータの算出に用いたサンプルのID。複数あるものはすべて記載している。" }, { "name": "SINGLE", "description": "シングルエンドRNA-Seqのデータ" }, { "name": "PAIRED", "description": "ペアエンドRNA-Seqのデータ" } ] }, { "path": "jp\/refex\/data-6.html", "name": "サンプルアノテーション情報", "database_name": "RefEx", "doi": "", "description": "各プロジェクトが提供しているサンプルアノテーション情報。\r\nCAGEデータとGeneChipデータとで項目が異なる。", "files": [ { "file_name": "refex_sample_ann01_cage_human_prjdb1099", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_sample_ann01_cage_human_prjdb1099.zip", "file_size": "27 KB" }, { "file_name": "refex_sample_ann02_cage_mouse_prjdb1100", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_sample_ann02_cage_mouse_prjdb1100.zip", "file_size": "11 KB" }, { "file_name": "refex_sample_ann03_genechip_mouse_gse10246", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_sample_ann03_genechip_mouse_gse10246.zip", "file_size": "3 KB" }, { "file_name": "refex_sample_ann04_genechip_rat_gse952", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/refex\/LATEST\/refex_sample_ann04_genechip_rat_gse952.zip", "file_size": "2 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/refex_data_relationship_matrix", "data_acquisition": "各プロジェクトから取得", "analysis": "", "data_number": "", "details": [ { "name": "CAGEによるデータ", "description": "" }, { "name": "FANTOM5 Original Order", "description": "FANTOM5における順序" }, { "name": "Alphabetical Uniq Order by developmental, primary cells", "description": "アルファベット順による順序" }, { "name": "RefEx Tissue Class10", "description": "組織を10分類したときの各組織のID" }, { "name": "RefEx Tissue Class40", "description": "組織を40分類したときの各組織のID" }, { "name": "Cell Class", "description": "細胞の実験的性質に関する分類" }, { "name": "Tissue Class", "description": "組織の実験的性質に関する分類" }, { "name": "Description (RefEx refined)", "description": "RefExでのサンプルの補足情報" }, { "name": "FANTOM5 URL", "description": "FANTOM5のサンプル情報ページへのURL" }, { "name": "Description (FANTOM5)", "description": "FANTOM5でのサンプルの補足情報" }, { "name": "GeneChipによるデータ", "description": "" }, { "name": "Accession", "description": "サンプルのGEO accesson" }, { "name": "Title", "description": "サンプルの名称" }, { "name": "Sample Type", "description": "サンプルの種別" }, { "name": "Taxonomy", "description": "生物種名" }, { "name": "Channels", "description": "マイクロアレイで用いた蛍光色素の種類数" }, { "name": "Platform", "description": "実験プラットフォームのGEO accession" }, { "name": "Series", "description": "サンプルの属するシリーズのGEO accession" }, { "name": "Supplementary Types", "description": "入手可能な生データのファイル形式" }, { "name": "Supplementary Links", "description": "生データファイルへのURL" }, { "name": "SRA Accession", "description": "SRA accession" }, { "name": "Contact", "description": "データについての連絡先" }, { "name": "Release Date", "description": "データの公開日" } ] }, { "path": "jp\/rgp-caps\/data-1.html", "name": "染色体毎のマーカー情報", "database_name": "RGP caps", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-05-001", "description": "染色体毎のSTSマーカー、CAPSマーカー情報", "files": [ { "file_name": "rgp_caps_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-caps\/LATEST\/rgp_caps_main.zip", "file_size": "18.5 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_caps_main", "data_acquisition": "STSマーカー： いくつかのcDNAライブラリーに由来したEST配列から設計されるクローン特有のシーケンス（3'末端）を使って、161のSTSマーカーが開発されました (Yamamoto et al. 1997 Plant Mol Biol 35: 135-144)。\r\n \r\nCAPSマーカー： 高密度RFLP連鎖地図( A HIGH-DENSITY RICE GENETIC MAP, Harushima et al. 1998, The Latest High-Density Rice Genetic Map, Including 3267 Markers, Rice Genome Research Program 2000)に由来する情報を使用して、6つの派生CAPS（dCAPS）マーカー(Konieczny and Ausbel 1993 Plant J. 4: 403-410, Neff et al. 1998 Plant J. 14: 387-392) を含む171のCAPSマーカーを開発しました。", "analysis": "STSマーカー： 各マーカーの染色体上の位置は、イネのYAC（酵母人工染色体）物理地図を使用したESTマッピング(Wu et al. 2002 Plant Cell 14: 525--535) によって同定されました。46のランダムに選ばれた戻し交雑自殖系統群(BILs)を使用した連鎖解析によって、すべての多型マーカーにおける染色体上の位置を確かめました(Lin et al. 1998 Theor Appl Genet 96: 997-1003)。 増幅は、GeneAmp PCR System 9600（パーキンエルマー社製）を使用しました。\r\n \r\nCAPSマーカー： RFLP連鎖分析に使用されるクローンの5'および3'配列データを用いて、ゲノムの特異的増幅のための固有のプライマー対を設計しました。さらに、多型を検出するために制限酵素による消化を行いました。CAPSマーカーの染色体上の位置を確認するために、14のランダムに選ばれたF2植物を使って連鎖解析を行いました(Harushima et al. 1998 Genetices 148: 479-494)。 PCR増幅は、GeneAmp PCR System 9600を使用しました。", "data_number": "527 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Position in a YAC physical map (cM)", "description": "YAC（酵母人工染色体）物理地図上の位置（遺伝的距離、cM）" }, { "name": "Marker name", "description": "マーカー名" }, { "name": "Type of marker", "description": "マーカーのタイプ。\r\n日本晴とKasalath間の多型は「STS」「CAPS」「dCAPS」のいずれかによる。\r\n「NP」は、日本晴とKasalath間で多型が検出できなかったことを示す。" }, { "name": "Enzyme", "description": "マーカータイプが「CAPS」または「dCAPS」の場合に、日本晴とKasalathとの間で多型を検出する制限酵素。「STS」マーカーでは、制限酵素切断は不要。" }, { "name": "Amplified band size (bp)", "description": "日本晴の増幅バンドのサイズ (bp)" }, { "name": "5' primer sequence", "description": "5'プライマー配列" }, { "name": "3' primer sequence", "description": "3'プライマー配列" }, { "name": "Mapping population", "description": "マッピング集団" }, { "name": "Position", "description": "各マーカーの染色体上の位置は、以前に報告された連鎖地図上 (Harushima et al. 1998 Genetices 148: 479-494, Lin et al.1998 Theor Appl Genet 96: 997-1003)の、同時分離するRFLPマーカーか、隣接するRFLPマーカーの間隔のどちらかによって示されている。" }, { "name": "Comment", "description": "コメント" }, { "name": "Image file name 1", "description": "ゲル電気泳動画像ファイル名 1" }, { "name": "Image file name 2", "description": "ゲル電気泳動画像ファイル名 2" }, { "name": "Image file name 3", "description": "ゲル電気泳動画像ファイル名 3" }, { "name": "Image file name 4", "description": "ゲル電気泳動画像ファイル名 4" } ] }, { "path": "jp\/rgp-caps\/data-2.html", "name": "ゲル電気泳動画像", "database_name": "RGP caps", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-05-002", "description": "マーカー毎のゲル電気泳動画像と詳細情報", "files": [ { "file_name": "rgp_caps_electrophoresis_image.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-caps\/LATEST\/rgp_caps_electrophoresis_image.zip", "file_size": "28.7 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "ゲル電気泳動", "analysis": "STSマーカー：\r\nPCR増幅のための反応混合物の構成\r\n 液量20.0 μL中\r\n ------------------------------------------\r\n 25ng 全ゲノムDNA\r\n 200mM 各dNTP（ベーリンガー･マンハイム社製）\r\n 20pmol プライマー（5'プライマー、3'プライマー）\r\n 2units Taq DNAポリメラーゼ（パーキンエルマー社製）\r\n PCRバッファ\r\n 10mM トリス（pH 8.3 at 25°C）\r\n 50mM 塩化カリウム（KCl）\r\n 0.001%(w\/v) ゼラチン\r\n 40 mM 塩化マグネシウム（MgCl2）\r\n ------------------------------------------\r\nPCR増幅はGeneAmp PCR System 9600（パーキンエルマー社製）を使用し、94°C（1分）、60°C（1分）と72°C（2分）を35サイクル行い、最後のサイクルは72°Cを7分間で行いました。増幅したDNA産物は、120Vで2時間、0.5 x TBE緩衝液中の3.0%アガロースゲルで電気泳動し、臭化エチジウムで染色しました。電気泳動分析の基準サイズマーカーには、λDNAを制限酵素HindIIIで完全分解したもの（λ\/HindIII digest）とφX174DNAを制限酵素HaeIIIで完全分解したもの（φX174\/HaeIII digest）の混合物を使用しました。\r\n \r\nCAPSマーカー：\r\nPCR増幅はGeneAmp PCR System 9600を使用し、94°C（1分）、60°C（2分）と72°C（3分）を30サイクル行い、最後のサイクルは72°Cを7分間で行いました。各プライマー対の増幅産物を28の制限酵素（PstI, HindIII, BamHI, EcoRI, ApaI, XhoI, KpnI, HaeIII, DraI, XbaI, SalI, EcoT14I, MspI, HinfI, EcoRV, BglII, SacI, HhaI, EcoT22I, HapII, ScaI, AfaI, MluI, PshBI, MboI, MvaI, SacII, HincII）で消化しました。いくつかのマーカーは、増幅産物をさらに14の制限酵素（AccII, AluI, AvaII, BcnI, Cfr13I, AccI, AvaI, BanII, Cfr10I, EaeI, HaeII, MflI, Bsp1286I, TthHB8I）で消化しました。消化された増幅産物を120Vで2時間、0.5 x TBE緩衝液中の2.0%アガロースゲルで電気泳動し、臭化エチジウムで染色しました。\r\ndCAPSプライマーを用いたPCR増幅は、CAPSマーカーを用いたのと同じ状態で行い、結果として得られた増幅産物を酵素で消化しました。消化された増幅産物を120Vで2時間、0.5 x TBE緩衝液中の4.0%アガロースゲルで電気泳動し、臭化エチジウムで染色しました。", "data_number": "673 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/rgp-estmap2001\/data-1.html", "name": "イネESTマッピング結果の統計情報", "database_name": "RGP estmap2001", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-04-001", "description": "各染色体ごとのイネESTマッピング結果の概要。\r\n地図は、6421のユニークな配列から設計された6591個のEST部位を有する364個のYACコンティグを含む、2782個のYACクローンで構成され、イネのゲノムの80.8%をカバーしています。", "files": [ { "file_name": "rgp_estmap2001_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-estmap2001\/LATEST\/rgp_estmap2001_main.zip", "file_size": "597 B" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_estmap2001_main", "data_acquisition": "YACベースのイネ転写産物地図作成に関連する数値データ", "analysis": "各染色体ごとのイネESTマッピングを作るために使用したYACクローン、YACコンティグの数を種類ごとにまとめました。また、カバレッジ、平均EST密度を算出しました。", "data_number": "14 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号\r\n(UN: Chromosome unknown)" }, { "name": "YAC Clones", "description": "YACクローンの数" }, { "name": "YAC Contigs", "description": "YACコンティグの数" }, { "name": "Total Length of YAC Contigs (Mb)", "description": "YACコンティグの全長 (Mb)" }, { "name": "Coverage (%)", "description": "カバー率\r\n「YACコンティグの全長(Mb)\/（染色体の遺伝子長(cM) X 430(Mb)\/1,530.4(cM)） X 100」で算出。" }, { "name": "EST Sites", "description": "EST部位の数" }, { "name": "Ave EST Density (EST\/100 kb)", "description": "平均EST密度 (EST\/100 kb)。\r\n「EST数\/YACコンティグの全長」で算出。" }, { "name": "Contig Image File", "description": "染色体分布図の画像ファイル名" } ] }, { "path": "jp\/rgp-estmap2001\/data-2.html", "name": "イネESTマッピング結果の詳細情報", "database_name": "RGP estmap2001", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-04-002", "description": "特異的クローンのESTプライマーを使用したPCRベースのYACスクリーニングの詳細結果。", "files": [ { "file_name": "rgp_estmap2001_detail.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-estmap2001\/LATEST\/rgp_estmap2001_detail.zip", "file_size": "242 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_estmap2001_detail", "data_acquisition": "19のcDNAライブラリーに由来する6713個のユニークなEST配列（3'末端）から設計された特異的クローンのプライマー対を使用。", "analysis": "YACスクリーニングデータの分析およびESTマップ構築のためにSEGMAP（バージョン3.48）を使用しました。\r\n遺伝子マーカーまたはESTクローンを有するYACまたはイネのゲノムDNAのDNAゲルブロットハイブリダイゼーションは、ECLシステム（Amersham、バッキンガムシャー、UK）を用いて実施しました。\r\n \r\n注釈\r\n#; 遺伝子地図上のフローティングマーカー\r\nc; キメラYACクローン\r\n*; 予測より長いPCRバンドサイズ\r\nAnn T; 特に明記しない限り 60°C\r\nNI; 未知の挿入物を有するYAC", "data_number": "6,760 件", "details": [ { "name": "Anchor", "description": "YACのランディングに使用される遺伝子マーカー" }, { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Position (cM)", "description": "前のマーカーとの遺伝的距離 (cM)" }, { "name": "EST Clone", "description": "ESTクローン (部位) 名" }, { "name": "DDBJ Acc FW", "description": "ESTクローン (正方向配列) のDDBJアクセション番号" }, { "name": "DDBJ Acc RV", "description": "ESTクローン (逆方向配列) のDDBJアクセション番号" }, { "name": "Positive YACs", "description": "ポジティブYAC名" }, { "name": "PCR Primer", "description": "PCRプライマー名" }, { "name": "Amplified Band Size", "description": "増幅PCRバンドサイズ (kb)" }, { "name": "Ann T", "description": "アニーリング温度 (℃)" }, { "name": "5'-Primer Sequence", "description": "プライマー配列 (5'プライマー、20塩基)" }, { "name": "3'-Primer Sequence", "description": "プライマー配列 (3'プライマー、20塩基)" }, { "name": "Map Image File", "description": "イネ転写産物地図の画像ファイル名" } ] }, { "path": "jp\/rgp-estmap2001\/data-3.html", "name": "イネ転写産物地図", "database_name": "RGP estmap2001", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-04-003", "description": "6591のEST部位を含むYACベースのイネ転写産物地図画像。", "files": [ { "file_name": "rgp_estmap2001_map_image.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-estmap2001\/LATEST\/rgp_estmap2001_map_image.zip", "file_size": "4.9 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "YACスクリーニング、DNAゲルブロットハイブリダイゼーション", "analysis": "図には、割り当てられたEST部位でのイネ遺伝的、および、YACの物理的地図が含まれています。各YACコンティグ毎に左から右へ：アンカー（YACのランディングに使用される遺伝子マーカー）、遺伝的距離（cM）、YACコンティグの推定物理的距離（kb）、YACコンティグとEST部位（ESTが複数部位にある場合は、EST名の後のアルファベットで識別）が示されています。EST名の左側のバーは、各部位の相対的順序が可変である推定分布範囲を示しています。相対的な順序だけでなく、同じ遺伝的距離の遺伝子マーカーによって固定されたYACコンティグの方向（しばしばセントロメアの周囲で観察される）もまた、可変である可能性があります。", "data_number": "352 件", "details": [] }, { "path": "jp\/rgp-gmap\/data-1.html", "name": "DNAマーカー統計情報", "database_name": "RGP gmap", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-01-001", "description": "イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーの統計情報", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap\/LATEST\/rgp_gmap_main.zip", "file_size": "1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_gmap_main", "data_acquisition": "遺伝的連鎖地図作成に関連する数値データ", "analysis": "各染色体上のマップを作るために使用したクローン、マーカーの数を種類ごとにまとめました。また、解析に用いたMAPMAKER\/EXP 3.0 のエラー検出に関する結果をまとめました。マップ作成の際にMAPMAKER\/EXP 3.0によって検出された全エラー候補については、genotype segregationやサザンハイブリダイゼーションによって再確認しました。大部分の残ったエラー候補は、ヘテローホモーヘテロの並んだ形質に由来するため、マップ上の距離はエラー検出オフモードで算出しました。", "data_number": "13 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号 (簡易検索サイトでは、染色体番号から該当のDNAマーカー詳細情報へリンク。イメージファイル名から該当染色体のマップへリンク。）" }, { "name": "No. of callus cDNA clones", "description": "カルスcDNAクローンの数" }, { "name": "No. of root cDNA clones", "description": "根cDNAクローンの数" }, { "name": "No. of random genomic clones", "description": "ランダムなゲノムクローンの数" }, { "name": "No. of NotI-linking clones", "description": "NotI-linkingクローンの数" }, { "name": "No. of YAC end clones", "description": "YACエンドクローンの数" }, { "name": "No. of telomere-associated clones", "description": "テロメアに関連したクローンの数" }, { "name": "No. of RAPD markers", "description": "RAPDマーカーの数" }, { "name": "No. of STS markers", "description": "STSマーカーの数" }, { "name": "No. of wheat clones", "description": "小麦クローンの数" }, { "name": "No. of other clones", "description": "他のクローンの数" }, { "name": "Total marker number", "description": "総マーカー数" }, { "name": "Total length in error detection off mode", "description": "MAPMAKER\/EXPのエラー検出オフモードでのKosambiマップ関数による全長" }, { "name": "Total length in error detection on mode", "description": "MAPMAKER\/EXPのエラー検出オンモードでのKosambiマップ関数による全長" }, { "name": "Difference between error detection on and off mode (cM)", "description": "エラー検出オンモードとオフモードでの違い (cM)" }, { "name": "Difference between error detection on and off mode (%)", "description": "エラー検出オンモードとオフモードでの違い (%)" }, { "name": "No. of candidate errors by MAPMAKER\/EXP", "description": "MAPMAKER\/EXP 3.0によるエラー候補の数" }, { "name": "Total number of observed genotypes", "description": "マップ計算のために観測された遺伝子型の総数" }, { "name": "Average number of observed genotypes per marker", "description": "マーカーごとに観測された遺伝子型の数の平均" } ] }, { "path": "jp\/rgp-gmap\/data-2.html", "name": "DNAマーカー詳細情報", "database_name": "RGP gmap", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-01-002", "description": "イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーの詳細情報", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap_marker.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap\/LATEST\/rgp_gmap_marker.zip", "file_size": "28.3 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_gmap_marker", "data_acquisition": "マップを作るための多型のDNAマーカーのソースとして、２種のcDNAクローン (カルスと根由来)、３種のゲノミッククローン (randomly selected clone, NotI-linking clone, YAC end-clone)と、RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA) マーカーを用いました。これらは全て日本晴由来です。他にコムギと他のイネの品種由来のDNAクローン約90個も使用しました。", "analysis": "NotI-linking クローンは内部にNotI切断部位を持つ日本晴ゲノムのSau3AI切断DNA断片から出来ています。NotI切断部位にHygromycin耐性遺伝子を組込むことにより、ハイグロマイシン耐性クローンとして選抜されました。\r\nNotI-linkingクローンをマッピングする場合、T3, T7, Nos, 35Sプライマーを使用して、PCR産物を作成、または、特定の制限酵素で切断したDNA断片を作成して、サザンハイブリダイゼーションを行ないます。\r\nプライマー配列は以下の通りです。\r\nT3 5'-ATTAACCCTCACTAAAG-3'\r\nT7 5'-AATACGACTCACTATAG-3'\r\n35S 5'-TGTGGGTTAGCATTCTTTCTG-3'\r\nNos 5'-TTACTAGATCGGGAATTGCCA-3'\r\n \r\nほとんどのプローブの断片長はM4とRVプライマーによるPCR産物のサイズとして表記しています。プライマー配列は以下の通りです。\r\nM4 5'-GTTTTCCCAGTCACGAC-3'\r\nRV 5'-CAGGAAACAGCTATGAC-3'\r\n \r\nWマーカーのプローブサイズはMichael Gale博士（John Innes Centre, Norwich (英)）からの情報 に基づくものです。\r\nマーカーの位置関係の解析は、MAPMAKER\/EXP 3.0で行いました。", "data_number": "1,381 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Two-point distance (cM)", "description": "前のマーカーとの2点間の距離" }, { "name": "Position (cM)", "description": "当該染色体内におけるマーカーの位置" }, { "name": "Locus name", "description": "ローカス名" }, { "name": "DDBJ accession No.", "description": "マーカーの配列のDDBJアクセション番号" }, { "name": "Restriction enzyme", "description": "NipponbareとKasalathの間の多型を検出するための制限酵素名" }, { "name": "Nipponbare band size (kb)", "description": "Nipponbareのサザンバンドサイズ" }, { "name": "Kasalath band size (kb)", "description": "Kasalathのサザンバンドサイズ" }, { "name": "Probe size (kb)", "description": "プローブのサイズ" }, { "name": "Vector", "description": "クローニングベクター" }, { "name": "Cloning site", "description": "クローニング部位" }, { "name": "Special primers or restriction enzymes for NotI-linking clone", "description": "NotI-linkingマーカーのための特別なプライマーや制限酵素" }, { "name": "RAPD primer sequence 1", "description": "RAPDマーカーのプライマー配列1" }, { "name": "RAPD primer sequence 2", "description": "RAPDマーカーのプライマー配列2" }, { "name": "PCR protocol for RAPD and STS markers", "description": "RAPDマーカーとSTSマーカーのPCRプロトコル" }, { "name": "Image file name", "description": "サザン画像ファイル名" } ] }, { "path": "jp\/rgp-gmap\/data-3.html", "name": "サザン画像", "database_name": "RGP gmap", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-01-003", "description": "親世代のサザンハイブリダイゼーション画像ファイル", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap_southern_image.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap\/LATEST\/rgp_gmap_southern_image.zip", "file_size": "37.3 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "サザンハイブリダイゼーション", "analysis": "F2植物の選抜のために、以下の８種の制限酵素で処理したDNAでサザンハイブリダイゼーションを行った。\r\n制限酵素名： BamHI, BglII, EcoRV, HindIII, ApaI, DraI, EcoRI, KpnI", "data_number": "1,181 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/rgp-gmap2000\/data-1.html", "name": "高密度連鎖地図情報", "database_name": "RGP gmap2000", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-03-001", "description": "イネRFLP(制限酵素断片長多型)高密度連鎖地図情報。", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap2000_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap2000\/LATEST\/rgp_gmap2000_main.zip", "file_size": "30.0 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_gmap2000_main", "data_acquisition": "イネRFLP連鎖地図は以前作成した「A High-Density Rice Genetic Map 1998（高密度イネ遺伝地図1998）」のマーカーに1000近い新しいRFLPマーカーを加えた、3267のDNAマーカーを用いて構築しました。\r\n追加マーカーのRFLP分析では、プローブとして、cDNA挿入断片全体よりもcDNAの3'非翻訳領域（UTR）を多く使用しました。このような場合、マーカー名はSの文字で終わります。挿入断片の目的の領域と同様に、3'UTR（非翻訳領域）を増幅するために、ユニバーサルプライマー「M13RV」と、3'末端の配列データを使って設計し得る適切な特異的プライマーを使用しました。\r\nマーカーの命名と他の種々の詳細は「A High-Density Rice Genetic Map 1998（高密度イネ遺伝地図1998）」のデータに従っています。", "analysis": "表では、各染色体上での短腕のテロメア末端からの各マーカーの地図上の位置（遺伝的距離をcMで表示）、染色体番号、マーカー名、RFLP分析でプローブとして使用した挿入断片の5'末端と3'末端配列のDDBJ accession番号（入手可能な場合のみ）を表示します。\r\nマーカーの位置関係の解析は、MAPMAKER\/EXP 3.0で行いました。", "data_number": "3,267 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Floating marker", "description": "フローティングマーカー。\r\n「F」は遺伝子座分離データが異なる位置のデータといかなる組換えも示さなかったことを表す。\r\n「F」が表示されている場合、最小位置はPositionカラム、最大位置はMaxカラムで表示される。" }, { "name": "Position", "description": "短腕末端からの遺伝子座の遺伝的距離。\r\nFloating markerカラムが「F」の場合は最小位置を示す。" }, { "name": "Max", "description": "Floating markerカラムが「F」の場合は最大位置を示す。" }, { "name": "Marker name", "description": "マーカー名：マーカー名をlocus nameとして使用しており、「DNAマーカー詳細情報」の「Real name」と同じ" }, { "name": "Accession 5'_1", "description": "プローブとして使用した挿入断片である 5'末端のDDBJシーケンスアクセッション番号" }, { "name": "Accession 5'_2", "description": "5'末端に２個のアクセッション番号がある場合の、もう一つのDDBJアクセッション番号" }, { "name": "Accession 3'", "description": "3'末端のDDBJシーケンスアクセッション番号" } ] }, { "path": "jp\/rgp-gmap2000\/data-2.html", "name": "DNAマーカー詳細情報", "database_name": "RGP gmap2000", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-03-002", "description": "イネ連鎖地図作成に使用したDNAマーカーの詳細情報。", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap2000_marker.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap2000\/LATEST\/rgp_gmap2000_marker.zip", "file_size": "46.7 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_gmap2000_marker", "data_acquisition": "地図を作るための多型DNAマーカーのソースとして、２種のcDNAクローン (カルスと根由来)、３種のゲノミッククローン (randomly selected clone, NotI-linking clone, YAC end-clone)、RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA) マーカーを用いました。これらは全て日本晴に由来します。その他に、コムギと他のイネ品種由来のDNAクローンも使用しました。", "analysis": "WマーカーのプローブサイズはMichael Gale博士（John Innes Centre, Norwich (英)）からの情報 に基づくものです。\r\nマーカーの位置関係の解析は、MAPMAKER\/EXP 3.0で行いました。", "data_number": "3,267 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Locus name", "description": "ローカス名" }, { "name": "Real name", "description": "複数箇所の多型が検出された場合に、本来の配列情報に一致するマーカーのローカス名を「Real name」とした。\r\n「高密度連鎖地図情報」の「Marker name」に同じ。" }, { "name": "Restriction enzyme", "description": "NipponbareとKasalath間の多型を検出する制限酵素名" }, { "name": "Nipponbare band size (kb)", "description": "Nipponbareのサザンバンドサイズ" }, { "name": "Kasalath band size (kb)", "description": "Kasalathのサザンバンドサイズ" }, { "name": "Probe size (kb)", "description": "プローブのサイズ" }, { "name": "Vector", "description": "クローニングベクター" }, { "name": "Cloning site", "description": "クローニング部位" }, { "name": "Special primers or restriction enzymes for NotI-linking clone", "description": "NotI-linkingマーカーのための特別なプライマーや制限酵素" }, { "name": "Primer sequence 1", "description": "マーカーのプライマー配列1" }, { "name": "Primer sequence 2", "description": "マーカーのプライマー配列2" }, { "name": "PCR protocol", "description": "マーカーのPCRプロトコル" }, { "name": "Image file name", "description": "親サザン画像ファイル名" } ] }, { "path": "jp\/rgp-gmap98\/data-1.html", "name": "データのリンク先一覧", "database_name": "RGP gmap98", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-02-001", "description": "各染色体ごとにイネ高密度連鎖地図の関連データへのリンク情報をまとめた一覧", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap98_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap98\/LATEST\/rgp_gmap98_main.zip", "file_size": "355 B" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_gmap98_main", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "12 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Genotype data", "description": "簡易検索サイト上で、全分離個体（186個体）についての遺伝子型データへのリンク" }, { "name": "Linkage order", "description": "簡易検索サイト上で、連鎖地図順のマーカー情報へのリンク" }, { "name": "Map image file", "description": "簡易検索サイト上で、イネ高密度連鎖地図へのリンク" } ] }, { "path": "jp\/rgp-gmap98\/data-2.html", "name": "高密度連鎖地図情報", "database_name": "RGP gmap98", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-02-002", "description": "1174個の別々のポジションをもつ2275個のDNAマーカーを用いて構築した、RFLP(制限酵素断片長多型)によるイネ高密度連鎖地図の情報", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap98_detail.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap98\/LATEST\/rgp_gmap98_detail.zip", "file_size": "37.2 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_gmap98_detail", "data_acquisition": "マーカーはNipponbareのcDNAクローン由来のものを用いました。遺伝子座の位置は、NipponbareとKasalath間での組替え価を実験的に調べることから算出しました。マーカーの配列に対するアノテーションはタンパク質データベースを用いて推定しました。地図の図で別の位置になっているのは1174ポイントです。染色体毎に、159, 129, 148, 95, 107, 104, 88, 83, 54, 68, 79, 60の計1174です。", "analysis": "NipponbareとKasalathに由来する186のF2個体をmapping populationとして用いました。\r\nマーカーは主にNipponbareの様々なcDNAライブラリーに由来しており、C、R、G、Y、L、P、T、W、B、M、VまたはTEL番号で示されるクローン名によって表示されます。マーカー名の最初の文字は、以下の通りに位置づけられたクローンのカテゴリーを示します：\r\n\r\nC：カルスライブラリー由来のcDNAクローン\r\nR：ルートライブラリからのcDNA\r\nG：ランダムゲノムクローン\r\nY：YACエンドのクローン\r\nL：NotI-linkingクローン\r\nP：ランダム増幅多型DNA(RAPD)\r\nT：STSマーカー\r\nW：小麦クローン\r\nB：大麦クローン\r\nM：トウモロコシクローン\r\nTEL：テロメアに関連した配列\r\nS：黄化シュート(Sが10,000より小さい場合)、または緑のシュート (Sが10,000より大きい場合)由来のcDNA\r\nF：準同質遺伝子系統のシュート由来のcDNA\r\nVと他のシンボルマーク(Ky4, Kyu08, Kyy03, SINE1_r6)：他の稲品種由来のクローン\r\n\r\nW番号は、M.D.Gale氏（John Innes Centre、英国）によって開発されたクローンのPSR数と一致します。Vで示されるマーカーは、他の作用で分離したSINE1r6を含むゲノムとcDNAクローンの両方を含みます。クローン番号に続く文字A, B, C, Dは、それらの遺伝子座が、多重コピー配列の多型DNA断片の１つを使ったマッピングにより割り当てられたことを示しています。Yの番号の後のL, Rは、YACクローンのそれぞれ左右端を示しています。\r\nRFLPマーカーの位置決定がコードするタンパク質の名称等はPIR (Rel.48.0)とSWISS PROT (Rel.33)での類似度から推定されたものです。", "data_number": "2,275 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Floating marker", "description": "フローティングマーカー\r\n「F」は遺伝子座分離データが異なる位置のデータといかなる組換えも示さなかったことを表す。\r\n「F」が表示されている場合、最小位置はPositionカラム、最大位置はMaxカラムで表示される。" }, { "name": "Position", "description": "短腕末端からの遺伝子座の位置\r\nFloating markerカラムが「F」の場合は最小位置" }, { "name": "Max", "description": "Floating markerカラムが「F」の場合は最大位置" }, { "name": "Arm", "description": "セントロメアの連鎖地図上の位置を決めるために用いたマーカーで、telo-torisomyの系統で確認された染色体腕" }, { "name": "Locus name", "description": "遺伝子座名" }, { "name": "Image file name", "description": "親サザン画像ファイル名" }, { "name": "Accession", "description": "マーカー配列のDDBJアクセッション番号" }, { "name": "Accession 2", "description": "マーカーが２個のアクセッション番号を持つ場合の、もう一つのDDBJアクセッション番号" }, { "name": "Orignal clone name", "description": "オリジナルのクローン名" }, { "name": "Protein", "description": "PIRデータベース R48.0 および SWISS-PROT R33に出現した最も類似したタンパク質の名前" }, { "name": "Organism", "description": "PIRデータベース R48.0 および SWISS-PROT R33に出現した最も類似したタンパク質を持つ生物名" }, { "name": "Score", "description": "PIRデータベース R48.0 および SWISS-PROT R33に出現した最も類似したタンパク質のbitsスコア" } ] }, { "path": "jp\/rgp-gmap98\/data-3.html", "name": "アイソザイムの遺伝子座リスト", "database_name": "RGP gmap98", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-02-003", "description": "アイソザイム遺伝子として推定され、本高密度連鎖地図にマッピングされた、cDNAクローンについての情報リスト", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap98_isozyme_loci.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap98\/LATEST\/rgp_gmap98_isozyme_loci.zip", "file_size": "611 B" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_gmap98_isozyme_loci", "data_acquisition": "タンパク質データベースを用いたcDNAの類似性解析より。", "analysis": "5'末端の300-400bpからcDNAインサートの配列を決定し、PIR (Rel.48.0)とSWISS PROT (Rel.33)で類似配列の探索を行いました。類似性スコアリングにはBLOSUM50マトリックスを使用しました。類似性検索で期待値が0.0001より小さく、スコアが最高値を示すクローンを機能的に同定されたクローンとしました。また、マップされたcDNAの塩基配列がアイソザイム遺伝子に類似性検索にてHitしたものを選抜しました。", "data_number": "15 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Isozyme locus", "description": "アイソザイム遺伝子座名" }, { "name": "Enzyme name", "description": "アイソザイムとして推定された遺伝子座がコードする酵素名" }, { "name": "cDNA locus 1", "description": "第１cDNA由来の遺伝子座" }, { "name": "Position 1", "description": "第１cDNA由来の遺伝子座の位置" }, { "name": "cDNA locus 2", "description": "第２cDNA由来の遺伝子座" }, { "name": "Position 2", "description": "第２cDNA由来の遺伝子座の位置" }, { "name": "cDNA locus 3", "description": "第３cDNA由来の遺伝子座" }, { "name": "Position 3", "description": "第３cDNA由来の遺伝子座の位置" }, { "name": "cDNA locus 4", "description": "第４cDNA由来の遺伝子座" }, { "name": "Position 4", "description": "第４cDNA由来の遺伝子座の位置" } ] }, { "path": "jp\/rgp-gmap98\/data-4.html", "name": "遺伝子型データ", "database_name": "RGP gmap98", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-02-004", "description": "各染色体の全ての分離個体（186個体）についての遺伝子型データ", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap98_genotype_data.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap98\/LATEST\/rgp_gmap98_genotype_data.zip", "file_size": "48.4 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_gmap98_genotype_data", "data_acquisition": "NipponbareとKasalathの掛け合わせから得た186のF2植物体を用いて連鎖解析を行った結果。", "analysis": "MAPMAKER\/EXP 3.0を使用して、連鎖解析を行いました。", "data_number": "2,277 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Locus", "description": "遺伝子座名（マーカー名）" }, { "name": "Genetic code", "description": "MAPMAKERによる遺伝コード" } ] }, { "path": "jp\/rgp-gmap98\/data-5.html", "name": "連鎖順序情報", "database_name": "RGP gmap98", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-02-005", "description": "連鎖地図を作製した時のフレームとなる1174個のマーカーについて染色体ごとに、マーカー名、次のマーカーとの距離、遺伝型が決定できた個体数及びマーカーの遺伝形式のリストです。", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap98_linkage_order.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap98\/LATEST\/rgp_gmap98_linkage_order.zip", "file_size": "8.7 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_gmap98_linkage_order", "data_acquisition": "", "analysis": "windowサイズ「5」、LOD閾値「2.0」で「ripple」コマンドを実行し、染色体全体での異なる位置にあるマーカーの最適な並び順を調べました。", "data_number": "1,174 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Order", "description": "連鎖順序" }, { "name": "Markers", "description": "マーカー名" }, { "name": "Distance", "description": "順序が１つ後ろのマーカーまでの遺伝的距離（cM）" }, { "name": "Genotypes", "description": "mapping populationにおけるマーカーごとに観測された遺伝子型の数\r\ncodom：共優性マーカー\r\n+\/-：優性マーカー" } ] }, { "path": "jp\/rgp-gmap98\/data-6.html", "name": "親サザン画像", "database_name": "RGP gmap98", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-02-006", "description": "親世代のサザンハイブリダイゼーション画像ファイル", "files": [ { "file_name": "rgp_gmap98_southern_image.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-gmap98\/LATEST\/rgp_gmap98_southern_image.zip", "file_size": "69.2 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "サザンハイブリダイゼーション", "analysis": "F2植物の選抜のために、以下の８種の制限酵素で処理したDNAでサザンハイブリダイゼーションを行った。\r\n制限酵素名： BamHI, BglII, EcoRV, HindIII, ApaI, DraI, EcoRI, KpnI", "data_number": "3,157 ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/rgp-physicalmap\/data-1.html", "name": "YACコンティグ情報", "database_name": "RGP physicalmap", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-06-001", "description": "イネ染色体のYACコンティグ情報", "files": [ { "file_name": "rgp_physicalmap_yac_contigs.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-physicalmap\/LATEST\/rgp_physicalmap_yac_contigs.zip", "file_size": "1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_physicalmap_yac_contigs", "data_acquisition": "染色体内の区分領域ごとにYACコンティグが含まれる範囲を表示します。DNAマーカー名は「YACクローン情報」と表現が異なります。例えば、P61とP0061は同じマーカーを表します。\r\n \r\nYACクローンデータの取得方法は下記を参照ください。\r\n \r\n第1染色体：Wang et.al (1996), DNA Research, 3(5): 291-296.\r\n第2染色体：Umehara et.al (1997), DNA Research, 4(2): 127-131.\r\n第3、第11染色体：Tanoue et.al (1997), DNA Research, 4(2): 133-140.\r\n第4、第7染色体：Koike et.al (1997), DNA Research, 4(1): 27-33.\r\n第5染色体：Saji et.al (1996), DNA Research, 3(5): 297-302.\r\n第6染色体：Umehara et.al (1996), Genome Research, 6(10): 935-942.\r\n第8、第9染色体：Antonio et.al (1996), DNA Research, 3(6): 393-400.\r\n第10、第12染色体：Shimokawa et.al (1996), DNA Research, 3(6): 401-406.", "analysis": "", "data_number": "38 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Region", "description": "リージョン番号" }, { "name": "Physical map image", "description": "イネ物理地図のファイル名" }, { "name": "First marker", "description": "最初のDNAマーカー" }, { "name": "Distance of first marker (cM)", "description": "最初のDNAマーカーの染色体腕端からの遺伝的距離（cM）" }, { "name": "Last marker", "description": "最後のDNAマーカー" }, { "name": "Distance of last marker (cM)", "description": "最後のDNAマーカーの染色体腕端からの遺伝的距離（cM）" } ] }, { "path": "jp\/rgp-physicalmap\/data-2.html", "name": "YACクローン情報", "database_name": "RGP physicalmap", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-06-002", "description": "DNAマーカーで選抜されたYACクローン情報", "files": [ { "file_name": "rgp_physicalmap_yac_clones.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-physicalmap\/LATEST\/rgp_physicalmap_yac_clones.zip", "file_size": "18.7 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_physicalmap_yac_clones", "data_acquisition": "RGPのDNAマーカーで選択されたYACクローンを一覧表示します。DNAマーカー名は「YACコンティグ情報」と表現が異なります。例えば、P0061とP61は同じマーカーを表します。\r\n \r\nYACクローンデータの取得方法は下記を参照ください。\r\n \r\n第1染色体：Wang et.al (1996), DNA Research, 3(5): 291-296.\r\n第2染色体：Umehara et.al (1997), DNA Research, 4(2): 127-131.\r\n第3、第11染色体：Tanoue et.al (1997), DNA Research, 4(2): 133-140.\r\n第4、第7染色体：Koike et.al (1997), DNA Research, 4(1): 27-33.\r\n第5染色体：Saji et.al (1996), DNA Research, 3(5): 297-302.\r\n第6染色体：Umehara et.al (1996), Genome Research, 6(10): 935-942.\r\n第8、第9染色体：Antonio et.al (1996), DNA Research, 3(6): 393-400.\r\n第10、第12染色体：Shimokawa et.al (1996), DNA Research, 3(6): 401-406.", "analysis": "", "data_number": "1,136 件", "details": [ { "name": "Chrom. No.", "description": "染色体番号" }, { "name": "Region", "description": "リージョン番号" }, { "name": "Physical map image", "description": "イネ物理地図のファイル名" }, { "name": "Order", "description": "連鎖順序" }, { "name": "Marker", "description": "マーカー名" }, { "name": "Distance (cM)", "description": "順序が１つ前のマーカーからの遺伝的距離（cM）" }, { "name": "YAC clone1", "description": "YACクローン 1\r\n※以下、YACクローン名のあとの「c」の文字は、キメラを表す。" }, { "name": "YAC clone2", "description": "YACクローン 2" }, { "name": "YAC clone3", "description": "YACクローン 3" }, { "name": "YAC clone4", "description": "YACクローン 4" }, { "name": "YAC clone5", "description": "YACクローン 5" }, { "name": "YAC clone6", "description": "YACクローン 6" }, { "name": "YAC clone7", "description": "YACクローン 7" }, { "name": "YAC clone8", "description": "YACクローン 8" }, { "name": "YAC clone9", "description": "YACクローン 9" }, { "name": "YAC clone10", "description": "YACクローン 10" }, { "name": "YAC clone11", "description": "YACクローン 11" }, { "name": "YAC clone12", "description": "YACクローン 12" }, { "name": "YAC clone13", "description": "YACクローン 13" }, { "name": "YAC clone14", "description": "YACクローン 14" }, { "name": "YAC clone15", "description": "YACクローン 15" }, { "name": "YAC clone16", "description": "YACクローン 16" }, { "name": "YAC clone17", "description": "YACクローン 17" }, { "name": "YAC clone18", "description": "YACクローン 18" }, { "name": "YAC clone19", "description": "YACクローン 19" }, { "name": "YAC clone20", "description": "YACクローン 20" }, { "name": "YAC clone21", "description": "YACクローン 21" }, { "name": "YAC clone22", "description": "YACクローン 22" }, { "name": "YAC clone23", "description": "YACクローン 23" }, { "name": "YAC clone24", "description": "YACクローン 24" }, { "name": "YAC clone25", "description": "YACクローン 25" }, { "name": "YAC clone26", "description": "YACクローン 26" }, { "name": "YAC clone27", "description": "YACクローン 27" }, { "name": "YAC clone28", "description": "YACクローン 28" }, { "name": "YAC clone29", "description": "YACクローン 29" }, { "name": "YAC clone30", "description": "YACクローン 30" } ] }, { "path": "jp\/rgp-physicalmap\/data-3.html", "name": "YACクローンの挿入断片サイズ", "database_name": "RGP physicalmap", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00318-06-003", "description": "イネ物理地図におけるYACクローン毎の挿入断片サイズの一覧表", "files": [ { "file_name": "rgp_physicalmap_insert_size.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rgp-physicalmap\/LATEST\/rgp_physicalmap_insert_size.zip", "file_size": "3.4 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rgp_physicalmap_insert_size", "data_acquisition": "パルスフィールドゲル電気泳動（PFGE）によるゲル分別後、YACベクターをプローブとしたサザンハイブリダイゼーションでYACサイズを測定し、YAC番号順に並べました。", "analysis": "", "data_number": "962 件", "details": [ { "name": "YAC No.", "description": "YACクローン番号" }, { "name": "YAC insert size (kb)", "description": "YACクローン毎の挿入断片サイズ (kb)" } ] }, { "path": "jp\/riken-ssbc\/data-1.html", "name": "サマリーテーブル", "database_name": "RIKEN SSBC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01138-001", "description": "データベース中の７つのテーブルと２つのデータセットのまとめ。\r\nLIMS風に実験の順序に沿ってまとめてある。\r\n各種リンクから個々のテーブルやデータセットを閲覧できる。", "files": [ { "file_name": "riken_ssbc_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/riken-ssbc\/LATEST\/riken_ssbc_main.zip", "file_size": "11KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/riken_ssbc_main", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "67件", "details": [ { "name": "Domain ID", "description": "ドメインID" }, { "name": "Protein name", "description": "タンパク質名（UniProt ACより変換）" }, { "name": "UniProt AC", "description": "UniProt AC（PDB IDより変換）" }, { "name": "UniProt ID", "description": "UniProt AC（PDB IDより変換）" }, { "name": "Domain name", "description": "ドメイン名" }, { "name": "AA seq.", "description": "アミノ酸配列" }, { "name": "Sample preparation", "description": "プラスミド、発現条件、精製条件へリンクする結晶化ID" }, { "name": "Crystallization condition ID", "description": "結晶化条件ID" }, { "name": "Crystallization plates", "description": "結晶化プレート" }, { "name": "Selected plate ID", "description": "選択された結晶化プレートのID" }, { "name": "Selected plate", "description": "選択された結晶化プレートの結晶化キット名" }, { "name": "Selected well", "description": "選択されたウェル" }, { "name": "Selected well image", "description": "選択されたウェル画像" }, { "name": "Crystallization final condition", "description": "最終の結晶化条件" }, { "name": "Diffraction ID", "description": "回折実験ID" }, { "name": "Diffraction", "description": "位相決定法とビームライン名" }, { "name": "Diffraction images", "description": "回折実験画像" }, { "name": "PDB ID", "description": "PDB ID" } ] }, { "path": "jp\/riken-ssbc\/data-2.html", "name": "回折画像", "database_name": "RIKEN SSBC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01138-002", "description": "Ｘ線回折実験データ。「回折実験」とあわせて参照されたい。\r\n個々の回折画像はbzip2圧縮され、実験ごとにフォルダにまとめられている。\r\n回折画像は圧縮されたままAdxv (http:\/\/www.scripps.edu\/~arvai\/adxv.html) などのソフトで表示できる。\r\nフォルダはPDBIDと回折実験IDの組み合わせで命名されている。", "files": [ { "file_name": "diffraction", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/riken-ssbc\/LATEST\/diffraction\/", "file_size": "" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "放射光施設（SPring-8 (BL26B1, BL26B2, BL44B2)、Photon Factory (PF_BL17A, PF_BL18B, PF_BL5A, PF_NW12)、米国APS）、研究室内施設（MicroMAX RAXIS IV++ (Kendrew)）", "analysis": "", "data_number": "58ディレクトリ (約31,000件）", "details": [] }, { "path": "jp\/riken-ssbc\/data-3.html", "name": "結晶観察画像", "database_name": "RIKEN SSBC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01138-003", "description": "結晶化スクリーニング実験データ。\r\n「結晶観察」とあわせて参照されたい。\r\n個々のウェルの経時変化を撮影したJPEG画像が結晶化プレートごとにフォルダにまとめられている。フォルダはプレートIDで命名されているが、フォルダの内部構造やファイルの命名法は観察装置によって以下のように異なる。\r\n・Crystal Farmではウェルごとにサブフォルダにまとめられており、個々の画像ファイルはプレートID、ウェルID、観察日時により命名されている。\r\n・TERA、TERA3では観察日ごとにサブフォルダにまとめられており、個々の画像ファイルはプレートIDとウェル番号で命名されている。\r\n・CrystalEYEでも観察日ごとにサブフォルダにまとめられているが、個々の画像ファイルはプレートID、観察日時、ウェルIDで命名されている。\r\nimageフォルダには、回折実験に選ばれたウェルの画像のコピーを置いてある。", "files": [ { "file_name": "crystal", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/riken-ssbc\/LATEST\/crystal\/", "file_size": "" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "自動結晶化・観察装置（TERA3、TERA、Crystal Farm）または結晶観察装置（CrystalEye）", "analysis": "", "data_number": "353ディレクトリ 、画像ファイル 約５０万件", "details": [] }, { "path": "jp\/riken-ssbc\/data-4.html", "name": "ドメイン", "database_name": "RIKEN SSBC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01138-004", "description": "立体構造解析の対象としているタンパク質のドメインの情報。配列情報を含む。", "files": [ { "file_name": "riken_ssbc_domain.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/riken-ssbc\/LATEST\/riken_ssbc_domain.zip", "file_size": "13KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/riken_ssbc_domain", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "51件", "details": [ { "name": "dmid", "description": "ドメインID" }, { "name": "start_pos", "description": "ドメイン切り出し位置(N末側)" }, { "name": "stop_pos", "description": "ドメイン切り出し位置(C末端側)" }, { "name": "naseq", "description": "塩基配列" }, { "name": "aaseq", "description": "アミノ酸配列" }, { "name": "domain_name", "description": "ドメイン名" } ] }, { "path": "jp\/riken-ssbc\/data-5.html", "name": "試料調製", "database_name": "RIKEN SSBC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01138-005", "description": "ドメインの発現に用いるプラスミドの情報（タグ切断後の配列情報を含む）、発現条件、生成条件と収量。", "files": [ { "file_name": "riken_ssbc_sample.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/riken-ssbc\/LATEST\/riken_ssbc_sample.zip", "file_size": "8KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/riken_ssbc_plasmid", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "62件", "details": [ { "name": "Plasmid", "description": "プラスミドID" }, { "name": "Domain ID", "description": "ドメインID" }, { "name": "Cleaved aaseq", "description": "(切断処理後の)アミノ酸配列" }, { "name": "MD ID", "description": "MidiPrep ID" }, { "name": "Domain name", "description": "ドメイン名" }, { "name": "Expression system", "description": "利用した発現システム" }, { "name": "Scale", "description": "合成スケール (単位: ml)" }, { "name": "Tube num", "description": "反応チューブ数（全体の合成スケールはscale*tube_num） (単位: 本数)" }, { "name": 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"jp\/riken-ssbc\/data-6.html", "name": "結晶化条件", "database_name": "RIKEN SSBC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01138-006", "description": "結晶化スクリーニングの実験条件。plate_idが空欄の場合、観察装置を用いずに観察している。", "files": [ { "file_name": "riken_ssbc_crystallization.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/riken-ssbc\/LATEST\/riken_ssbc_crystallization.zip", "file_size": "4KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/riken_ssbc_crystallization_condition", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "60件", "details": [ { "name": "condition_id", "description": "結晶化条件ID" }, { "name": "dmid", "description": "ドメインID" }, { "name": "purification_id", "description": "結晶化に用いた精製サンプル" }, { "name": "date", "description": "結晶化を仕込んだ日" }, { "name": "plate_id", "description": "結晶化プレートID" }, { "name": "method1", "description": "結晶化方法" }, { "name": "method2", "description": "結晶化方法" }, { "name": "kit", "description": "使用した結晶化キット(Expandはある条件を展開した場合)" }, { "name": 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{ "name": "condition_id", "description": "結晶化条件ID" }, { "name": "kit", "description": "結晶化実験スクリーニングキット名" }, { "name": "kit_id", "description": "スクリーニングキットID" }, { "name": "pdb_id", "description": "PDBID" }, { "name": "well", "description": "反射測定に使用したPDBに直結する結晶の析出したウェル。" }, { "name": "image_file", "description": "上記wellの画像ファイル" }, { "name": "dataset_dir", "description": "画像ファイルの格納されているディレクトリ" } ] }, { "path": "jp\/riken-ssbc\/data-8.html", "name": "回折実験", "database_name": "RIKEN SSBC", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01138-008", "description": "Ｘ線回折実験のデータセットのリスト。測定条件と結果の分解能、空間群、格子定数を含む。\r\n「回折画像」とあわせて参照されたい。", "files": [ { "file_name": "riken_ssbc_diffraction.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/riken-ssbc\/LATEST\/riken_ssbc_diffraction.zip", "file_size": "4KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/riken_ssbc_diffraction", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "63件", "details": [ { "name": "diffraction_id", "description": 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"data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "1680件", "details": [ { "name": "kit_id", "description": "スクリーニングキットID" }, { "name": "kit_name", "description": "結晶化実験スクリーニングキット名" }, { "name": "well", "description": "プレートウェル位置" }, { "name": "reagent_id", "description": "結晶化試薬ID" }, { "name": "well_name", "description": "プレートウェル位置" }, { "name": "final_ph", "description": "最終pH" }, { "name": "salt", "description": "塩条件" }, { "name": "buffer", "description": "バッファー条件" }, { "name": "precipitant", "description": "沈殿剤条件" }, { "name": "other", "description": "添加剤などの条件" } ] }, { "path": "jp\/rmg\/data-1.html", "name": "Main data", "database_name": "RMG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00193-001", "description": "公開されたデータ項目の一覧です。", "files": [ { "file_name": "rmg_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmg\/LATEST\/rmg_main.zip", "file_size": "1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmg_main", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "7 件", "details": [ { "name": "Title", "description": "データ項目のタイトル" }, { "name": "Sequence data file", "description": "配列データのファイル名" }, { "name": "Data file (CSV)", "description": "CSV形式のデータファイル名" }, { "name": "Data file (TogoDB)", "description": "簡易検索サイト" }, { "name": "Image file", "description": "画像ファイル名" } ] }, { "path": "jp\/rmg\/data-2.html", "name": "Entire Sequence", "database_name": "RMG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00193-002", "description": "イネミトコンドリアゲノムの全配列のデータです。全長490520bpです。この配列は、アクセッション番号AB076665, AB076666として国際塩基配列データベースに登録され、後に１つのアクセッション番号BA000029にまとめられています。RAP-DBの旧ゲノムブラウザにも収録されています。", "files": [ { "file_name": "rmg_seq.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmg\/LATEST\/rmg_seq.zip", "file_size": "142 KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "Kadowaki et al. (1996) に示す方法でミトコンドリアDNAを調製し、SauAIもしくはTspEIで断片化したショットガンライブラリのプラスミドクローンを、dideoxy法で配列決定しています。", "analysis": "", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/rmg\/data-3.html", "name": "Genes (including RNA editing information)", "database_name": "RMG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00193-003", "description": "イネミトコンドリアゲノムの遺伝子情報の一覧データです。\r\nORF (Open Reading Frame)や、転写、RNA編集についての情報も記載しています。", "files": [ { "file_name": "rmg_gene.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmg\/LATEST\/rmg_gene.zip", "file_size": "3 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmg_gene", "data_acquisition": "本データベース中の「Entire Sequence」データ", "analysis": "インターネットに公開されたDNAデータベースとのBLASTN, BLASTXアルゴリズムによる相同性検索、および、tRNAscan-SEプログラムを使った遺伝子予測を実施。\r\n反復配列の解析にはREPuterを使用。", "data_number": "81 件", "details": [ { "name": "Gene", "description": "遺伝子\r\nccmC, ccmFn, ccmFc, ccmB の各名称は、Faivre-Nitschke et al. (2001) の提案による。" }, { "name": "Comment", "description": "コメント" }, { "name": "Transcription", "description": "転写\r\nnt: テストしていない\r\nT: 転写される\r\nN: 転写されない" }, { "name": "Editing site", "description": "編集部位\r\nnt: テストしていない\r\nN: 転写されない\r\n空欄: tRNA遺伝子または偽tRNA遺伝子（データ「tRNA」参照）" }, { "name": "Previous reports on editing sites", "description": "編集部位の引用元文献" }, { "name": "Strand", "description": "ストランド\r\nS: センス鎖\r\nA: アンチセンス鎖" }, { "name": "exon1 start", "description": "エキソン1の開始点" }, { "name": "exon1 end", "description": "エキソン1の終結点" }, { "name": "exon2 start", "description": "エキソン2の開始点" }, { "name": "exon2 end", "description": "エキソン2の終結点" }, { "name": "exon3 start", "description": "エキソン3の開始点" }, { "name": "exon3 end", "description": "エキソン3の終結点" }, { "name": "exon4 start", "description": "エキソン4の開始点" }, { "name": "exon4 end", "description": "エキソン4の終結点" }, { "name": "exon5 start", "description": "エキソン5の開始点" }, { "name": "exon5 end", "description": "エキソン5の終結点" } ] }, { "path": "jp\/rmg\/data-4.html", "name": "Plastid-like Seq in mt Genome", "database_name": "RMG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00193-004", "description": "色素体DNA配列からイネミトコンドリアゲノムに移動した断片の特徴を一覧にしたデータです。\r\n各断片について、サイズや位置、遺伝子名、相同性と差異をまとめています。", "files": [ { "file_name": "rmg_plastid_like_seq.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmg\/LATEST\/rmg_plastid_like_seq.zip", "file_size": "2 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmg_plastid_like_seq", "data_acquisition": "本データベース中の「Entire Sequence」データ", "analysis": "", "data_number": "18 件", "details": [ { "name": "Fragment no.", "description": "断片の番号" }, { "name": "Position in mtDNA", "description": "ミトコンドリアDNAにおける位置" }, { "name": "Fragment size(nt)", "description": "断片のサイズ" }, { "name": "Position in ptDNA", "description": "色素体DNAにおける位置\r\n(位置の数値はHiratsuka et al. (1989) による)" }, { "name": "Genes", "description": "遺伝子" }, { "name": "Substitution", "description": "色素体DNA配列からの置換数" }, { "name": "Deletion", "description": "色素体DNA配列からの削除数\r\n（カッコ内は削除部位の数）" }, { "name": "Insertion", "description": "色素体DNA配列からの挿入数\r\n（カッコ内は挿入部位の数）" }, { "name": "Homology(%)", "description": "イネ色素体配列との相同性" } ] }, { "path": "jp\/rmg\/data-5.html", "name": "Nuclear-like Seq in mt Genome", "database_name": "RMG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00193-005", "description": "イネミトコンドリアゲノムにおける、レトロトランスポゾンやトランスポゾンに相同性を示す配列の断片を一覧にしたデータです。", "files": [ { "file_name": "rmg_nuclear_like_seq.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmg\/LATEST\/rmg_nuclear_like_seq.zip", "file_size": "1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmg_nuclear_like_seq", "data_acquisition": "本データベース中の「Entire Sequence」データ", "analysis": "BLASTXによる相同性検索", "data_number": "19 件", "details": [ { "name": "nuc. position", "description": "遺伝子の位置" }, { "name": "length", "description": "長さ" }, { "name": "sense or antisense", "description": "センス鎖またはアンチセンス鎖\r\n+: センス鎖\r\n-: アンチセンス鎖" }, { "name": "organism", "description": "生物種" }, { "name": "kind of element", "description": "種別\r\nR: レトロトランスポゾン\r\nT: トランスポゾン" }, { "name": "accession", "description": "GenBank Accession番号" }, { "name": "%", "description": "相同性" }, { "name": "definition", "description": "記述" } ] }, { "path": "jp\/rmg\/data-6.html", "name": "tRNA", "database_name": "RMG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00193-006", "description": "下記の内容のデータです。\r\n\r\n- イネミトコンドリアゲノムで同定した、17種のアミノ酸の23個のtRNA配列の一覧\r\n- イネと、シロイヌナズナ(Arabidopsis)、サトウダイコン(Sugar beet)の3種類の植物の間で、イネミトコンドリアゲノムに存在している遺伝子が、他の植物のミトコンドリアゲノムに存在するかどうか、その状況の違いを整理した一覧", "files": [ { "file_name": "rmg_trna.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmg\/LATEST\/rmg_trna.zip", "file_size": "1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmg_trna", "data_acquisition": "本データベース中の「Entire Sequence」データ", "analysis": "", "data_number": "21 件", "details": [ { "name": "Amino acids", "description": "tRNAが受容するアミノ酸" }, { "name": "tRNA", "description": "tRNA遺伝子名においてtrnに続くアミノ酸略称" }, { "name": "rice", "description": "イネ\r\n+: ｔRNAあり\r\n-: ｔRNAなし\r\ny: 偽遺伝子\r\na: ミトコンドリアtRNA\r\nb: 色素体由来tRNA\r\ntrnPとtrnRが偽遺伝子であることは Miyata et al. (1998) からの引用" }, { "name": "Arabidopsis", "description": "シロイヌナズナ\r\n+: ｔRNAあり\r\n-: ｔRNAなし\r\ny: 偽遺伝子\r\na: ミトコンドリアtRNA\r\nb: 色素体由来tRNA\r\n色素体由来trnY（trnY2）はtrnFから変換されたもの\r\nこの項目のデータは文献 Unseld et al. (1997) からの引用" }, { "name": "sugarbeet", "description": "サトウダイコン\r\n+: ｔRNAあり\r\n-: ｔRNAなし\r\ny: 偽遺伝子\r\na: ミトコンドリアtRNA\r\nb: 色素体由来tRNA\r\nc: 新規tRNA\r\nこの項目のデータは文献 Kubo et al. (2000) からの引用" } ] }, { "path": "jp\/rmg\/data-7.html", "name": "Genomic Dynamism", "database_name": "RMG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00193-007", "description": "イネを形作る3つのゲノム（ミトコンドリア、色素体、核）に共通する配列の一覧です。\r\n色素体配列に対する、ミトコンドリア配列および核配列の相同性と変異をまとめたものです。\r\nこの結果から、色素体配列の断片がミトコンドリアと核に移動している可能性があることが分かります。", "files": [ { "file_name": "rmg_genomic_dynamism.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmg\/LATEST\/rmg_genomic_dynamism.zip", "file_size": "1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmg_genomic_dynamism", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "6 件", "details": [ { "name": "plastid sequence No.", "description": "色素体の配列番号" }, { "name": "Genes", "description": "遺伝子" }, { "name": "Length", "description": "長さ(bp)" }, { "name": "Mutations of comparison with nuclear sequence", "description": "核配列と比較した変異\r\nsub : 置換\r\ndel : 削除\r\nins : 挿入\r\nカッコ内は断片中で変化のあったヌクレオチドの数" }, { "name": "Homology", "description": "核配列との相同性(%)" }, { "name": "Mutations of comparison with mt sequence", "description": "ミトコンドリア配列と比較した変異\r\nsub : 置換\r\ndel : 削除\r\nins : 挿入\r\nカッコ内は断片中で変化のあったヌクレオチドの数" }, { "name": "Homology", "description": "ミトコンドリア配列との相同性(%)" } ] }, { "path": "jp\/rmos\/data-1.html", "name": "RMOSコンテンツ", "database_name": "RMOS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00194-001", "description": "RMOSサイト全体の静的ファイル\r\n・総合情報\r\n・マイクロアレイシステム利用のガイドライン\r\n・マイクロアレイセンタープロトコル\r\n・マイクロアレイ\/クローンリスト\r\n・検索\r\n・研究データ\r\n・学会・論文リスト", "files": [ { "file_name": "rmos_contents.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_contents.zip", "file_size": "22.2 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "1 件", "details": [] }, { "path": "jp\/rmos\/data-2.html", "name": "アレイパターンとクローン配置", "database_name": "RMOS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00194-002", "description": "アレイパターンとクローン配置の静的ファイル", "files": [ { "file_name": "rmos_array1265_clone_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_array1265_clone_list.zip", "file_size": "27.3 KB" }, { "file_name": "rmos_f_array8987_clone_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_f_array8987_clone_list.zip", "file_size": "321 KB" }, { "file_name": "rmos_g_array8987_clone_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_g_array8987_clone_list.zip", "file_size": "827 KB" }, { "file_name": "rmos_22kArray_difflist.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_22kArray_difflist.zip", "file_size": "823 KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "・Rice1265\r\nこのマイクロアレイは、パイロット実験としてRGP（rice genome research program）のｃDNAコレクションの中から1265クローンを選び出し作製したものです。\r\n \r\n・Rice8987 f_array\r\n今期のマイクロアレイプロジェクトから使用されるマイクロアレイの配列をしめします。これらの２枚のマイクロアレイには、第１期イネゲノムプロジェクトにより集められた約４万クローンの中から選び出された8987クローンを使用しています。Fｉｅｌｄ12には、 コントロールとしてイネのクローンにクロスハイブリしないブタの遺伝子をスポットしてあります。\r\n \r\n・Rice8987 g_array\r\n2002年7月1日以降のマイクロアレイは全てこのアレイ（g_array）が使用されています。 これまでに使用していたRice8987 Array（Full insert version）とスポットされているcDNAは同一ですが、ガラス上での並びが異なります。\r\n \r\n・カスタムアレイとコマーシャルアレイとの比較表\r\n以下のデータを使用して比較しました。\r\n29,100 Rice full-length cDNA clone Library\r\n28,850 Probe (60mer) 2002年10月設計\r\n - Mapping 26,915\r\n - TU 19,109\r\n22K カスタムアレイ（Rice Oligo Microarray ver.1） 21,938 Probe\r\n - Mapping 20,211\r\n - TU 18,324\r\n22K コマーシャルアレイ（Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A） 21,495 Probe\r\n - Mapping 20,660\r\n - TU 19,109", "analysis": "我々はインサート全長と３’UTRの２種類のアレイを作製し、全てのクローンは、スライドガラス上に２点ずつスポッティングされています。空欄となっているク ローンは、DDBJに登録されていないクローンです。", "data_number": "4 件", "details": [] }, { "path": "jp\/rmos\/data-3.html", "name": "カスタムアレイとコマーシャルアレイの比較表", "database_name": "RMOS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00194-003", "description": "イネ完全長cDNAクローンについて22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ上へのスポットの有無", "files": [ { "file_name": "rmos_22karray_difflist.csv.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_22karray_difflist.csv.zip", "file_size": "103 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmos_22karray_difflist", "data_acquisition": "以下のデータを元にクローンを選出しています。\r\n・29,100 Rice full-length cDNA clone Library\r\n　28,850 Probe (60mer) 2002年10月設計\r\n - Mapping 26,915\r\n - TU (Transcriptional Unit) 19,109\r\n・22K カスタムアレイ （Rice Oligo Microarray ver.1） 21,938 Probe\r\n - Mapping 20,211\r\n - TU 18,324\r\n・22K コマーシャルアレイ （Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A） 21,495 Probe\r\n - Mapping 20,660\r\n - TU 19,109", "analysis": "リスト内の記号\r\nu： 22Kカスタムアレイ上に存在するクローン\r\no： 22Kコマーシャルアレイ上に存在するクローン", "data_number": "29,100 件", "details": [ { "name": "Accession", "description": "DDBJアクセッション番号" }, { "name": "Custom_CM_alllist", "description": "22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイのいずれかの上に存在するクローン 22,723件" }, { "name": "Custom_CM_diff", "description": "22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で、有無が異なるクローン 2,013件" }, { "name": "Custom_list", "description": "22Kカスタムアレイ (Rice Oligo Microarray ver. 1) のクローン 21,938件" }, { "name": "Custom_CM_add", "description": "データ更新に伴うMappingによりTUが増加したクローン 785件 (22Kカスタムアレイへ追加)" }, { "name": "Custom_CM_delete", "description": "22Kカスタムアレイ上から削除したクローン 1,228件\r\n・データ解析より： 340件\r\n同一TU、同一アノテーションであり、クロスハイブリを起こす可能性がある。\r\n・10種類のハイブリ実験結果とデータ解析により： 888件\r\nゲノムにマップされず、植物アノテーションを持たない、なおかつ発現量が低いもの。" }, { "name": "Custom_CM_common", "description": "22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で共通したクローン 20,710件" }, { "name": "CM_list", "description": "22K コマーシャルアレイ （Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A）のクローン 21,495件" }, { "name": "HitAccession", "description": "クローンの配列を使用してBlastでヒットした配列のDDBJアクセッション番号" }, { "name": "Blast Type", "description": "BLASTN \/ BLASTX" }, { "name": "Definition", "description": "HitAccessionに付記されたアノテーション" } ] }, { "path": "jp\/rmos\/data-4.html", "name": "Rice1265 Array: PCR check", "database_name": "RMOS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00194-004", "description": "Rice1265マイクロアレイ（Full insert version）\/（3'UTR version）に使用されたクローンについてPCR check結果をまとめたリスト", "files": [ { "file_name": "rmos_1265pcrcheck.csv.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_1265pcrcheck.csv.zip", "file_size": "11.7 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmos_1265pcrcheck", "data_acquisition": "パイロット実験としてRGP（rice genome research program）のｃDNAコレクションの中から１２６５クローンを選び出し、PCRとゲル電気泳動によってユニーククローンかどうかを調べました。", "analysis": "3' UTRのチェックにはUpper primerとLower primer (Rice8987Corresponding Table(f_g_primer参照)) を、インサート全長 (Full)の場合はM13 RV primer とM4 primer(TAKARA)を使用してPCRを行いました。ゲル電気泳動によって増幅断片の大きさと個数をチェックしました。", "data_number": "1,269 件", "details": [ { "name": "Element No. (Glass)", "description": "エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照)" }, { "name": "Clone id", "description": "クローンID" }, { "name": "96 Plate", "description": "PCRチェックを行う際に使用した96 Plateの番号" }, { "name": "Position", "description": "PCRチェックを行う際に使用した96 Plate内での位置" }, { "name": "PCR products check (3'UTR)", "description": "PCR産物のチェック結果（3'UTR）\r\n・空欄：結果は予測バンド位置と一致\r\n・no : no band\r\n・m : multiband" }, { "name": "PCR products check (Full)", "description": "PCR産物のチェック結果（Full inserts）\r\n・空欄：結果は予測バンド位置と一致\r\n・no : no band\r\n・m : multiband" }, { "name": "Accession id 1", "description": "DDBJアクセッション番号 1" }, { "name": "Accession id 2", "description": "DDBJアクセッション番号 2" } ] }, { "path": "jp\/rmos\/data-5.html", "name": "Rice8987 Array: PCR check", "database_name": "RMOS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00194-005", "description": "Rice8987マイクロアレイ（f_array\/Full insert version）に使用されたクローンについてPCR check結果等をまとめたリスト", "files": [ { "file_name": "rmos_8987pcrcheck.csv.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_8987pcrcheck.csv.zip", "file_size": "96.3 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmos_8987pcrcheck", "data_acquisition": "第１期イネゲノムプロジェクトにより集められた約４万クローンの中から選び出された８９８７クローンを使用し、PCRとゲル電気泳動によってユニーククローンかどうかを調べました。", "analysis": "3' UTRのチェックにはUpper primerとLower primer (Rice8987Corresponding Table (f_g_primer参照)) を、インサート全長 (Full) の場合はM13 RV primer とM4 primer (TAKARA) を使用してPCRを行いました。ゲル電気泳動によって増幅断片の大きさと個数をチェックしました。", "data_number": "9,216 件", "details": [ { "name": "Element No. (Glass)", "description": "エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照)" }, { "name": "Clone name", "description": "クローン名" }, { "name": "Dplate", "description": "PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate名" }, { "name": "Dplate Pos.", "description": "PCRチェックを行う際に使用したDestination Plate上の位置" }, { "name": "PCR products check (Full inserts)", "description": "PCR産物のチェック結果（Full inserts）\r\n・空欄：結果は予測バンド位置と一致\r\n・no : no band\r\n・m : multiband" }, { "name": "Accession (5')", "description": "DDBJ アクセッション番号（5'末端）" }, { "name": "Accession (3')", "description": "DDBJ アクセッション番号（3'末端）" } ] }, { "path": "jp\/rmos\/data-6.html", "name": "Rice8987 Array: ゲル画像", "database_name": "RMOS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00194-006", "description": "Rice8987 Array（f_array\/Full insert version）に使用された8987個のcDNAクローンの電気泳動ゲル画像", "files": [ { "file_name": "rmos_eidou_pict.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_eidou_pict.zip", "file_size": "1.25 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "第１期イネゲノムプロジェクトにより集められた約４万クローンの中から独立した８９８７クローンが選び出されました。", "analysis": "ゲル電気泳動を使用することで、PCR反応をチェックしました。PCRには、M13 RV primerとM4 primer (TAKARA) を用いました。\r\nアガロースゲル電気泳動は、ME Agalose 1.0％を使用し、2時間定電圧100Vで行いました。EZロード100bpでのPCR（バイオラッド社製）分子定規は、DPlate33,34,41,42,43に使用され、Maker2（和光製）分子定規は、他のDplateに使用されました。\r\nゲル画像はスキャナー（Molecular Dynamics社製）でスキャンされました。", "data_number": "94 件", "details": [] }, { "path": "jp\/rmos\/data-7.html", "name": "Rice8987 g_array: cDNA情報", "database_name": "RMOS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00194-007", "description": "Rice8987 Array（g_array\/Full insert version）作成時のcDNA情報\r\n＊2002年7月1日以降のマイクロアレイは全てこのアレイ（g_array）が使用されています。 これまでに使用していたRice8987 Array（Full insert version）とスポットされているcDNAは同一ですが、ガラス上での並びが異なります。", "files": [ { "file_name": "rmos_rice9000array_g.csv.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_rice9000array_g.csv.zip", "file_size": "453 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmos_rice9000array_g", "data_acquisition": "Rice8987 Array（g_array）作成に使用された8987クローンについて、cDNA情報をまとめました。", "analysis": "画像データを定量的に解析するソフトウェア「Array Gauge」（Fujifilm）のためのcDNA情報です。", "data_number": "9,216 件", "details": [ { "name": "Element No. (Glass)", "description": "エレメント番号 (アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照)" }, { "name": "Spot No.", "description": "スポット番号" }, { "name": "Clone name", "description": "クローン名" }, { "name": "Putative Gene Identification", "description": "クローン配列から推定されたGene Identification" }, { "name": "Destination Plate (96)", "description": "PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plate番号" }, { "name": "Dplate Pos.", "description": "PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plate上での位置" }, { "name": "Source Plate Name", "description": "Source Plate名\r\n*現在データ無し" }, { "name": "Clone Pos in STAFFDWP", "description": "STAFFDWP（STAFFでの保管に使用されていたDeep Well Plate）でのクローン位置\r\n*現在データ無し" }, { "name": "Accession No. (A)", "description": "DDBJアクセッション番号（Aがついたクローン名のもの）" }, { "name": "Accession No. (Z)", "description": "DDBJアクセッション番号（Zがついたクローン名のもの）" }, { "name": "Primer No.", "description": "プライマー番号\r\n*現在データ無し" }, { "name": "to Full Spot No.", "description": "フルスポット番号へ\r\n*現在データ無し" }, { "name": "384Plate", "description": "マイクロアレイ作成時にcDNAのスポッティングに用いた384穴Plateの番号" }, { "name": "384Plate Pos.", "description": "マイクロアレイ作成時にcDNAのスポッティングに用いた384穴Plate上の位置" } ] }, { "path": "jp\/rmos\/data-8.html", "name": "8987Array-Chromosome", "database_name": "RMOS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00194-008", "description": "Rice8987 Array（f_array）のクローンの染色体上の位置情報リスト", "files": [ { "file_name": "rmos_8987array_chromosome.csv.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_8987array_chromosome.csv.zip", "file_size": "96.5 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmos_8987array_chromosome", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "9,105 件", "details": [ { "name": "f_array_element", "description": "f_array エレメント番号\r\n(アレイgrass上の位置情報：「アレイパターンとクローン配置」参照)" }, { "name": "Accession1", "description": "DDBJアクセッション番号 1" }, { "name": "Accession2", "description": "DDBJアクセッション番号 2" }, { "name": "Clone name", "description": "クローン名" }, { "name": "DDBJ name", "description": "DDBJのDefinitionに記載された名" }, { "name": "Multi", "description": "クローン配列に類似性が高いゲノム配列が複数あるものについて、クローン配列と類似性の高いものからA, B・・の順に記載" }, { "name": "Mapping", "description": "D : クローン配列を直接ゲノムへマッピング\r\nG : 類似配列グループの代表クローン配列をゲノムへマッピング" }, { "name": "Chr.", "description": "クローン配列と類似性の高いゲノム配列の存在する染色体番号" }, { "name": "Clone name (group)", "description": "グループの代表クローン名" }, { "name": "Multi (group)", "description": "グループの代表クローン配列に類似性が高いゲノム配列が複数あるものについて、代表クローン配列と類似性の高いものからA, B・・の順に記載" }, { "name": "Chr. (group)", "description": "グループの代表クローン配列と類似性の高いゲノム配列の存在する染色体番号" } ] }, { "path": "jp\/rmos\/data-9.html", "name": "Rice8987Corresponding Table (f_g_primer)", "database_name": "RMOS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00194-009", "description": "Rice8987 Array の作成に用いたprimer（f_g_primer）情報のリスト", "files": [ { "file_name": "rmos_f_g_primer_table.csv.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rmos\/LATEST\/rmos_f_g_primer_table.csv.zip", "file_size": "636 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rmos_f_g_primer_table", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "8,987 件", "details": [ { "name": "g_Element No.", "description": "Rice8987 g_array上のElement番号 (位置番号)\r\n；「アレイパターンとクローン配置」のfield内、各セルの左上の番号" }, { "name": "f_Element No.", "description": "Rice8987 f_array上のElement番号 (位置番号)\r\n；「アレイパターンとクローン配置」のfield内、各セルの左上の番号" }, { "name": "3UTR Element No.", "description": "Rice8987 Array (3'UTR version)上のElement番号 (位置番号)\r\n＊「アレイパターンとクローン配置」には情報がありません。" }, { "name": "Clone name", "description": "クローン名" }, { "name": "Accession 01", "description": "DDBJアクセッション番号 01" }, { "name": "Accession 02", "description": "DDBJアクセッション番号 02" }, { "name": "Putative Identification", "description": "クローンの配列情報から推定される (類似) 遺伝子のアノテーション情報" }, { "name": "Destination Plate (96)", "description": "PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plateの番号" }, { "name": "Dplate Pos.", "description": "PCRチェックを行う際に使用した96穴Destination Plate上での位置" }, { "name": "Full insert M \/no check", "description": "PCR産物のチェック結果（Full inserts : M13 RV primer とM4 primer(TAKARA)を使用)\r\n・空欄：結果は予測バンド位置と一致\r\n・no : no band\r\n・m : multiband" }, { "name": "Mapped 3'UTR Primer seq (Upper)", "description": "マップされた3'UTRプライマー配列（Upper）" }, { "name": "Mapped 3'UTR Primer seq (Lower)", "description": "マップされた3'UTRプライマー配列（Lower）" }, { "name": "Unmapped 3'UTR Primer seq (Upper)", "description": "マップされていない3'UTRプライマー配列（Upper）" }, { "name": "Unmapped 3'UTR Primer seq (Lower)", "description": "マップされていない3'UTRプライマー配列（Lower）" } ] }, { "path": "jp\/rpd\/data-1.html", "name": "ゲル情報", "database_name": "RPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00191-001", "description": "イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行って得た、2次元電気泳動画像の一覧です。", "files": [ { "file_name": "rpd_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rpd\/LATEST\/rpd_main.zip", "file_size": "1 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rpd_main", "data_acquisition": "実験", "analysis": "イネのさまざまな生育時期の各種器官あるいは精製細胞内小器官から抽出したタンパク質の2次元電気泳動を行いました。", "data_number": "30 件", "details": [ { "name": "Tissue ID", "description": "2次元ゲル電気泳動のID" }, { "name": "Tissue type", "description": "以下の種別\r\ntissue: 生育時期・器官\r\norganelle: 細胞内小器官" }, { "name": "Tissue", "description": "採取した器官、または細胞小器官名" }, { "name": "Gel image", "description": "ゲル画像の画像ファイル名" }, { "name": "Spot No gel image", "description": "スポット番号付きゲル画像の画像ファイル名" } ] }, { "path": "jp\/rpd\/data-2.html", "name": "スポット情報", "database_name": "RPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00191-002", "description": "2次元ゲル電気泳動を行って得たスポットの一覧です。各スポットについて、分子量・等電点・発現量等の情報、および決定したアミノ酸配列に対する相同検索結果情報等をまとめました。", "files": [ { "file_name": "rpd_spot.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rpd\/LATEST\/rpd_spot.zip", "file_size": "326 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rpd_spot", "data_acquisition": "実験", "analysis": "2次元電気泳動画像に基づいてそれぞれのタンパク質を精製し、気相プロティンシーケンサーあるいは質量分析計でアミノ酸配列を決定しました。\r\n気相プロティンシーケンサーで決定したアミノ酸配列については、Blast検索によって相同検索結果を得ました。\r\n質量分析計で決定したアミノ酸配列については、Mascot解析によって相同検索結果を得ました。", "data_number": "14,724 件", "details": [ { "name": "Spot ID", "description": "スポットID" }, { "name": "Spot No.", "description": "スポット番号" }, { "name": "tissue ID", "description": "2次元ゲル電気泳動のID" }, { "name": "pI", "description": "タンパク質の等電点" }, { "name": "MW", "description": "タンパク質の分子量" }, { "name": "organism", "description": "材料の生物種名" }, { "name": "tissue", "description": "採取した組織、または細胞小器官名" }, { "name": "expression", "description": "発現量" }, { "name": "spot gel image", "description": "当該スポットのゲル拡大画像" }, { "name": "Mass Spectrometry Accession No.", "description": "Mascot解析による相同なタンパク質のアクセション番号" }, { "name": "Mass Spectrometry Homologous Protein", "description": "Mascot解析による相同なタンパク質のdefinition" }, { "name": "Mass Spectrometry Score (%)", "description": "Mascotスコア" }, { "name": "Protein Sequencer Accession No.", "description": "プロテインシーケンサによる相同なタンパク質のアクセション番号（複数件）" }, { "name": "Protein Sequencer Homologous Protein", "description": "プロテインシーケンサによる相同なタンパク質のdefinition（複数件）" }, { "name": "cDNA Accession No.", "description": "相同なcDNAのアクセション番号（複数件）" } ] }, { "path": "jp\/rpd\/data-3.html", "name": "シーケンサ情報", "database_name": "RPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00191-003", "description": "気相プロティンシーケンサーで決定したアミノ酸配列について、Blast検索により相同検索した結果の一覧です。", "files": [ { "file_name": "rpd_sequencer.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rpd\/LATEST\/rpd_sequencer.zip", "file_size": "23 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rpd_sequencer", "data_acquisition": "", "analysis": "気相プロティンシーケンサーで決定したアミノ酸配列をクエリとし、生物種をOryza sativaに限定したNRデータベースでBlast検索を行いました。\r\nこのBlast検索には、ncbi-blast-2.2.28と、2013年10月時点のNRデータベースを使用しています。", "data_number": "3,376 件", "details": [ { "name": "Spot ID", "description": "スポットID" }, { "name": "Amino sequence", "description": "アミノ酸配列" }, { "name": "Homologous Protein Accession No.", "description": "相同なタンパク質のアクセション番号" }, { "name": "Homologous Protein definition", "description": "相同なタンパク質のdefinition" }, { "name": "Homologous search identities (%)", "description": "相同性検索のidentifies" } ] }, { "path": "jp\/rpd\/data-4.html", "name": "cDNA情報", "database_name": "RPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00191-004", "description": "KOMEのcDNAクローンに対して相同検索を行った結果の一覧です。", "files": [ { "file_name": "rpd_cdna.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rpd\/LATEST\/rpd_cdna.zip", "file_size": "15 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rpd_cdna", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "1,258 件", "details": [ { "name": "Spot ID", "description": "スポットID" }, { "name": "Accession NO", "description": "相同なcDNAのアクセション番号" }, { "name": "Clone name", "description": "相同なcDNAのクローン名" }, { "name": "Score", "description": "スコア" }, { "name": "Coverage", "description": "カバレッジ" } ] }, { "path": "jp\/rpd\/data-5.html", "name": "画像ファイル", "database_name": "RPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00191-005", "description": "ゲル画像、および関連する画像ファイルです。", "files": [ { "file_name": "rpd_gel_image.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rpd\/LATEST\/rpd_gel_image.zip", "file_size": "38.5 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "ゲル画像: 23件\r\nスポット番号付きゲル画像: 23 件\r\nゲル画像の縦軸横軸画像: 2 件\r\n個々のスポットのゲル拡大画像: 12,807 件\r\n「no_image.jpeg」: 1件", "details": [] }, { "path": "jp\/rpd\/data-6.html", "name": "プロトコル", "database_name": "RPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00191-006", "description": "プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルです。", "files": [ { "file_name": "rpd_protocol_jp.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rpd\/LATEST\/rpd_protocol_jp.zip", "file_size": "535 KB" }, { "file_name": "rpd_protocol_en.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rpd\/LATEST\/rpd_protocol_en.zip", "file_size": "329 KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "プロテオーム解析に関するプロトコルの説明のWebページを切り出し、index.htmlを付加してzipにまとめました。", "analysis": "", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/rpsd\/data-1.html", "name": "Main", "database_name": "RPSD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00749-001", "description": "イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造に関する情報の一覧です。", "files": [ { "file_name": "rpsd_main_sjis.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rpsd\/LATEST\/rpsd_main_sjis.zip", "file_size": "120 KB" }, { "file_name": "rpsd_main_utf8.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rpsd\/LATEST\/rpsd_main_utf8.zip", "file_size": "120 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rpsd_main", "data_acquisition": "Protein Data Bankより取得。", "analysis": "", "data_number": "358 件", "details": [ { "name": "PDB ID", "description": "PDB ID" }, { "name": "Japanese name", "description": "生物種の和名" }, { "name": "English name", "description": "生物種の英名" }, { "name": "Scientific name", "description": "生物種の学名" }, { "name": "Protein name", "description": "タンパク質名" }, { "name": "Gene name", "description": "遺伝子名" }, { "name": "Source\/Organism", "description": "生物種" }, { "name": "Compound", "description": "化合物" }, { "name": "Classification", "description": "分類" }, { "name": "EC number", "description": "EC番号" }, { "name": "Authors", "description": "著者" }, { "name": "Reference", "description": "文献" }, { "name": "Key word", "description": "キーワード" }, { "name": "Cross reference", "description": "クロスリファレンス" }, { "name": "Experimental method", "description": "実験手法" }, { "name": "Sequence characteristics", "description": "アミノ酸配列の特性" }, { "name": "Sequence", "description": "アミノ酸配列" }, { "name": "Image", "description": "立体構造の画像ファイル名" } ] }, { "path": "jp\/rpsd\/data-2.html", "name": "Images", "database_name": "RPSD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00749-002", "description": "イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造の画像ファイルです。", "files": [ { "file_name": "rpsd_images.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/rpsd\/LATEST\/rpsd_images.zip", "file_size": "18.3 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "358 件", "details": [] }, { "path": "jp\/sahg\/data-1.html", "name": "タンパク質基本情報", "database_name": "SAHG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01193-001", "description": "アミノ酸配列やRefSeq IDなど、モデリング対象タンパク質の基本情報", "files": [ { "file_name": "sahg_protein.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/sahg\/LATEST\/sahg_protein.zip", "file_size": "8.1 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/sahg_protein", "data_acquisition": "RefSeq (NCBI Reference Sequence Database)から取得。その他、EzCatDB (A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms), Human Protein Reference Database (HPRD), UniProtKB\/Swiss-Protの各データベースへの配列検索結果を取得。", "analysis": "", "data_number": "24,878 件", "details": [ { "name": "RefSeqID", "description": "RefSeq ID" }, { "name": "domainSize", "description": "リンクしているドメインモデリングの数" }, { "name": "Link to Domain", "description": "（簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDのドメインモデリングへのリンク" }, { "name": "Link to Complex", "description": "（簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDの複合体モデリングへのリンク" }, { "name": "GeneID", "description": "タンパク質をコードする遺伝子Entrez Gene ID" }, { "name": "Definition", "description": "RefSeqに記述されているタンパク質名称" }, { "name": "chromosome", "description": "タンパク質をコードする遺伝子が存在する染色体番号" }, { "name": "Location", "description": "タンパク質をコードする遺伝子の遺伝子座" }, { "name": "Sequence", "description": "アミノ酸配列" }, { "name": "EC number", "description": "EC番号" }, { "name": "EzCatDB", "description": "EzCatDB ID" }, { "name": "HPRD", "description": "HPRD ID" }, { "name": "Swiss-Prot", "description": "（簡易検索ページのみ）UniProtKB\/Swiss-Protへのリンク" } ] }, { "path": "jp\/sahg\/data-2.html", "name": "ドメインモデリング", "database_name": "SAHG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01193-002", "description": "ドメイン構造（予測）、鋳型情報、タンパク質相互作用（予測）", "files": [ { "file_name": "sahg_domain.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/sahg\/LATEST\/sahg_domain.zip", "file_size": "3.4 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/sahg_domain", "data_acquisition": "RefSeqの全長配列を専用パイプラインに入力して、立体構造、リガンド結合、タンパク質-タンパク質結合を予測。予測パイプラインの詳細は文献参照（Motono et al., Nucleic Acids Research, 2011, 39, D487–D493）。", "analysis": "", "data_number": "42,581 件", "details": [ { "name": "RefSeqID", "description": "RefSeq ID" }, { "name": "Link to Protein", "description": "（簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDのタンパク質基本情報へのリンク" }, { "name": "chromosome", "description": "タンパク質をコードする遺伝子が存在する染色体番号" }, { "name": "domainIdx", "description": "同一タンパク質におけるドメイン番号（連番）" }, { "name": "apoholoNum", "description": "1: アポ構造のみモデリング。2:ホロ構造のみモデリング。 3:アポ体、ホロ体ともモデリング。" }, { "name": "aafrom", "description": "ドメインの先頭アミノ酸残基" }, { "name": "aato", "description": "ドメインの末尾アミノ酸残基" }, { "name": "Domain description", "description": "ドメインの機能（鋳型タンパク質情報から予測）" }, { "name": "apo Template", "description": "アポ構造の鋳型" }, { "name": "apo model PDB", "description": "アポ構造の構造モデルのファイル" }, { "name": "holo Template", "description": "ホロ構造の鋳型" }, { "name": "holo model PDB", "description": "ホロ構造の構造モデルのファイルへのリンク" }, { "name": "Detected by", "description": "鋳型検索手法" }, { "name": "Ligand Binding Residues", "description": "リガンド結合残基（予測）" }, { "name": "Interface Residues", "description": "タンパク質-タンパク質相互作用部位、" }, { "name": "Catalytic Residues", "description": "触媒残基（酵素の場合）" }, { "name": "Ligand", "description": "リガンドの種類（PDBのchemical ID)" }, { "name": "morphing", "description": "0:モーフィングデータ無し。1: モーフィングデータあり（アポ、ホロ両方のモデルがある場合）。" } ] }, { "path": "jp\/sahg\/data-3.html", "name": "複合体モデリング", "database_name": "SAHG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01193-003", "description": "各タンパク質の（複数のサブユニットからなる）複合体とそのモデリング情報（予測）", "files": [ { "file_name": "sahg_complex.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/sahg\/LATEST\/sahg_complex.zip", "file_size": "147 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/sahg_complex", "data_acquisition": "タンパク質のアミノ酸配列をクエリにPQSデータベースにBlastで配列検索し、類似度80%以上の鋳型検出、アラインメント作成、Modellerによる立体構造モデリングを実施した。", "analysis": "", "data_number": "8,667 件", "details": [ { "name": "RefSeqID", "description": "RefSeq ID" }, { "name": "Link to Protein", "description": "（簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDのタンパク質基本情報へのリンク" }, { "name": "regionFrom", "description": "複合体予測された領域の先頭アミノ酸残基" }, { "name": "regionTo", "description": "複合体予測された領域の末尾アミノ酸残基" }, { "name": "model PDB", "description": "（簡易検索ページのみ）モデル構造（PDB形式）へのリンク" }, { "name": "Oligomer", "description": "複合体の種類（ホモ／ヘテロオリゴマー）" }, { "name": "Model", "description": "同一タンパク質におけるモデル番号（連番）" }, { "name": "Template", "description": 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"ターゲットタンパク質のアライメント配列" }, { "name": "Template_from", "description": "鋳型タンパク質のアラインされた領域の先頭残基番号" }, { "name": "Template_to", "description": "鋳型タンパク質のアラインされた領域の末尾残基番号" }, { "name": "Template_alignment", "description": "鋳型タンパク質のアライメント配列" }, { "name": "Alignment_line", "description": "アライメントのライン" }, { "name": "Identity(%)", "description": "配列一致度" } ] }, { "path": "jp\/sahg\/data-5.html", "name": "モデル構造のサムネイル画像", "database_name": "SAHG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01193-005", "description": "予測されたモデル構造のサムネイル画像。モーフィングの場合はFlashファイル一式", "files": [ { "file_name": "model_structure_thumbnail.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/sahg\/LATEST\/model_structure_thumbnail.zip", "file_size": "404 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "タンパク質ドメインの予測モデル構造（PDB形式）を可視化した。アポ体・ホロ体の予測モデル構造（PDB形式）が存在する場合、双方の構造モデルを作成しモーフィングして、リガンド結合に伴う構造変化をアニメーション表示した。", "analysis": "", "data_number": "42,581 件", "details": [] }, { "path": "jp\/sahg\/data-6.html", "name": "ドメインモデル構造", "database_name": "SAHG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01193-006", "description": "各ドメインの予測されたモデル構造（PDB形式）", "files": [ { "file_name": "domain_model_structure.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/sahg\/LATEST\/domain_model_structure.zip", "file_size": "1.6 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "RefSeqの全長配列を専用パイプラインに入力して、立体構造、リガンド結合、タンパク質-タンパク質結合を予測。予測パイプラインの詳細は文献参照（Motono et al., Nucleic Acids Research, 2011, 39, D487–D493）。", "analysis": "", "data_number": "46,269 件", "details": [] }, { "path": "jp\/sahg\/data-7.html", "name": "複合体モデル構造", "database_name": "SAHG", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01193-007", "description": "各複合体の予測されたモデル構造（PDB形式）", "files": [ { "file_name": "complex_model_structure.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/sahg\/LATEST\/complex_model_structure.zip", "file_size": "1.1 GB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "タンパク質のアミノ酸配列をクエリにPQSデータベースにBlastで配列検索し、類似度80%以上の鋳型検出、アラインメント作成、Modellerによる立体構造モデリングを実施した。", "analysis": "", "data_number": "8,667 件", "details": [] }, { "path": "jp\/sevens\/data-1.html", "name": "Alternative products", "database_name": "SEVENS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00681-001", "description": "Swiss-Protに登録されているalternative products（同一遺伝子由来だがalternative splicingなどにより配列が異なるたんぱく質）の情報を格納しています", "files": [ { "file_name": "sevens_alterna.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/sevens\/LATEST\/sevens_alterna.zip", "file_size": "1.86KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/sevens_alterna", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "144件", "details": [ { "name": "ID", "description": "遺伝子名" }, { "name": "Number", "description": "連番" }, { "name": "Swiss-Prot ID", "description": "Swiss-Prot ID" }, { "name": "Synonym", "description": "シノニム" }, { "name": "Isoform ID", "description": "Isoform ID" } ] }, { "path": "jp\/sevens\/data-2.html", "name": "生物種", "database_name": "SEVENS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00681-002", "description": "SEVENSで取り扱っている生物の種名とGPCR数などを格納しています。", "files": [ { "file_name": "sevens_db.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/sevens\/LATEST\/sevens_db.zip", "file_size": "2.16KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/sevens_db", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "56件", "details": [ { "name": "SP_Code", "description": "生物種コード" }, { "name": "Genome", "description": "ゲノムデータベース名" }, { "name": "GPCR No.", "description": "GPCR数" }, { "name": "Large Families", "description": "（Level Aの）メンバの多いファミリーの名前" } ] }, { "path": "jp\/sevens\/data-3.html", "name": "Exon", "database_name": "SEVENS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00681-003", "description": "遺伝子のExonに関する座標と塩基配列を格納しています。", "files": [ { "file_name": "sevens_exon.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/sevens\/LATEST\/sevens_exon.zip", "file_size": "30.0MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/sevens_exon", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "207,590件", "details": [ { "name": "ID", "description": "遺伝子名" }, { "name": "Number", "description": "連番" }, { "name": "Leftend", "description": "エクソンの左末端" }, { "name": "Rightend", "description": "エクソンの右末端" }, { "name": "Sequence", "description": "塩基配列" } ] }, { "path": "jp\/sevens\/data-4.html", "name": "Gene", "database_name": "SEVENS", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00681-004", "description": "SEVENSで解析した遺伝子に関するアノテーション情報を格納しています。", "files": [ { "file_name": "sevens_gene.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/sevens\/LATEST\/sevens_gene.zip", "file_size": "22.8MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/sevens_gene", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "97,351件", "details": [ { "name": "ID", "description": "遺伝子名" }, { "name": "Pseudo", "description": "pseudogeneか否か（空欄：gene pseudo：pseudogene）" }, { "name": "Novel", "description": "新規であるか否か" }, { "name": "Chromosome", "description": "染色体番号" }, { "name": "Level", "description": "レベル（A~D）※下表参照" }, { "name": "Family", "description": "ファミリー（分からない場合　\"UNKNOWN\"）" }, { "name": "Alternativeproducts", "description": "Swiss-protにalternative productsの記載がない場合は空欄、ある場合はシノニム（シノニムがなければNONEと表記）" }, { "name": "Swiss-Prot BLAST top hit", "description": "対Swiss-Protのトップヒット" }, { "name": "Swiss-Prot BLAST top hit (E-value)", "description": "対Swiss-ProtのトップヒットのE-value" }, { "name": "Swiss-Prot BLAST top hit (Identity)", "description": "対Swiss-ProtのトップヒットのIdentity" }, { "name": "NCBI nr-aa BLAST top hit", "description": "対nrのトップヒット" }, { "name": "NCBI nr-aa BLAST top hit (E-value)", "description": "対nrのトップヒットのE-value" }, { "name": "NCBI nr-aa BLAST top hit (Identity)", "description": "対nrのトップヒットのIdentity" }, { "name": "NCBI Unigene BLAST top hit", "description": "対Unigeneのトップヒット" }, { "name": "NCBI Unigene BLAST top hit (E-value)", "description": "対UnigeneのトップヒットのE-value" }, { "name": "NCBI Unigene BLAST top hit (Identity)", "description": 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"1_Cluster_No", "description": "1回目のクラスタリングの結果分類したクラスタ番号(0-31)" }, { "name": "2_Cluster_No", "description": "1回目のクラスタリングの結果、以下の条件を満たしたものに対して2回目のクラスタリングを行った結果分類したクラスタ番号(1-65)\r\n条件：\r\n・1回目のクラスタリングにおいてクラスタ31に分類されている\r\n・ピークの最大値\/最小値 > 3となっている" }, { "name": "3_Peak_No", "description": "「ダイズオミックスデータ」に収録されたグラフ番号で、対象になるのは以下の条件を満たしたものである\r\n条件：\r\n浸水したサンプルのピーク値 \/ 対照群のピーク値 > 20" } ] }, { "path": "jp\/spd\/data-6.html", "name": "ダイズ代謝データ", "database_name": "SPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00238-006", "description": "ダイズから浸水条件や時間を変えて採取したサンプルから、代謝物を抽出して計測したデータ。代謝マップ上にもマッピングしています。", "files": [ { "file_name": "soybean_metabolites.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/spd\/LATEST\/soybean_metabolites.zip", "file_size": "882 KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "質量分析計？", "analysis": "", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/spd\/data-7.html", "name": "ダイズオミックスデータ", "database_name": "SPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00238-007", "description": "これまでのダイズの実験・計測結果を、メタボローム・プロテオーム・トランスクリプトームに分けてまとめた表です。", "files": [ { "file_name": "soybean_omics.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/spd\/LATEST\/soybean_omics.zip", "file_size": "4.5 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "ポリアクリルアミドゲルを用いた2次元電気泳動実験\r\n質量分析計による測定\r\nHiCEP(High-Coverage Expression Profiling)法によるシーケンシング", "analysis": "", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/spd\/data-8.html", "name": "参考資料", "database_name": "SPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00238-008", "description": "実験のプロトコルやその他の参考文献です。", "files": [ { "file_name": "soybean_description.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/spd\/LATEST\/soybean_description.zip", "file_size": "659 KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/spd\/data-9.html", "name": "ダイズタンパク質比較データ", "database_name": "SPD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00238-009", "description": "浸水・乾燥・塩の3種類のストレス下において、葉・胚軸・根の各器官で変化したタンパク質をポリアクリルアミドゲルを用いた2次元電気泳動実験によって抽出したデータです。", "files": [ { "file_name": "soybean_comp_proteomics_list.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/spd\/LATEST\/soybean_comp_proteomics_list.zip", "file_size": "8 KB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/soybean_comp_proteomics_list", "data_acquisition": "ポリアクリルアミドゲルを用いた2次元電気泳動実験", "analysis": "", "data_number": "349件", "details": [ { "name": "Organ", "description": "ダイズの器官" }, { "name": "Stress", "description": "ダイズに与えたストレス" }, { "name": "Spot No", "description": "ゲル上のスポット番号" }, { "name": "Homologous protein", "description": "測定されたタンパク質と相同性のあるタンパク質" }, { "name": "Accession No", "description": "相同性タンパク質のアクセション番号" }, { "name": "Mr(kDa)-theory", "description": "相同性タンパク質の理論的な分子量" }, { "name": "Mr(kDa)-exp", "description": "実験で計測された分子量" }, { "name": "pI-theory", "description": "相同性タンパク質の理論的な等電点" }, { "name": "pI-exp", "description": "ダイズに与えたストレス" }, { "name": "F.C.", "description": "無処理（ストレス無し）のダイズサンプルと比較した場合の蛍光シグナル倍率" } ] }, { "path": "jp\/ssbd\/data-1.html", "name": "BDML Datasets", "database_name": "SSBD", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01349-001", "description": "データセットのサマリーと由来するリソース", "files": [ { "file_name": "ssbd_bdml_dataset.zip", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/ssbd\/LATEST\/ssbd_bdml_dataset.zip", "file_size": "2.0KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/ssbd_bdml_dataset#ja", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "9件", "details": [ { "name": "Organism", "description": "生物種名" }, { "name": "Datatype", "description": "動態の種類" }, { "name": "Basedon", "description": "定量データが何から得られたか（顕微鏡計測またはコンピュータシミュレーション）" }, { "name": "Contributor", "description": "定量データの作成者" }, { "name": "Number of BDML-files", "description": "BDMLファイル数" }, { "name": "Contact Information", "description": "問い合わせ先" }, { "name": "Summary of methods", "description": "定量データの作成法の概要" }, { "name": 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"jp\/naistrap-db\/data-1.html", "name": "トラップされた遺伝子に関する情報", "database_name": "The NAISTrap database", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00961-001", "description": "ES細胞クローンでトラップされた遺伝子の情報と、回収されたcDNA断片の塩基配列。", "files": [ { "file_name": "naistrap_db.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/naistrap_db\/LATEST\/naistrap_db.zip", "file_size": "107KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/naistrap_db", "data_acquisition": "poly-A trap 型ベクターによってランダムに遺伝子をトラップし、 その cDNA 断片を 3’ RACE 法（特殊な PCR 技術）を用いて増幅して塩基配列を得ている", "analysis": "3' RACE により得られた塩基配列を用いて BLAST検索等を実施し、トラップした遺伝子を特定している。", "data_number": "585件", "details": [ { "name": "Clone number", "description": "クローン番号" }, { "name": "Trapped gene", "description": "トラップ（破壊）された配列の相同性検索結果のトップヒットの遺伝子情報" }, { "name": "Expression in ES cells", "description": "ES細胞での遺伝子発現\r\nNT: not tested" }, { "name": "Identity", "description": "トラップされた遺伝子の塩基配列の相同性検索結果のトップヒットのIdentity" }, { "name": "CDS in mRNA", "description": "mRNA内のコーディング領域" }, { "name": "Deleted region", "description": "欠失のおきた領域" }, { "name": "Trapped seq", "description": "トラップされた塩基配列" } ] }, { "path": "jp\/agritogo-rice-phenome\/data-1.html", "name": "系統および生育条件の一覧", "database_name": "The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00945-001", "description": "サンプル毎の系統および生育条件の一覧。", "files": [ { "file_name": "phenome_data.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/agritogo-rice-phenome\/LATEST\/data\/phenome_data.zip", "file_size": "1KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/agritogo_phenome_data_list", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "", "details": [ { "name": "ID", "description": "試験ID" }, { "name": "Type", "description": "計測機器型式" }, { "name": "Species", "description": "種名（Oryza sativa）" }, { "name": "Material", "description": "系統" }, { "name": "Light condition", "description": "光条件" }, { "name": "Temperature", 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for the Phenotypic Functional Analysis", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00945-002", "description": "サンプル毎に生育画像ファイル名を縦一列に並べたリスト。", "files": [ { "file_name": "images_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/agritogo-rice-phenome\/LATEST\/data\/images_list.zip", "file_size": "16KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "7件", "details": [] }, { "path": "jp\/agritogo-rice-phenome\/data-3.html", "name": "生育データのグラフ", "database_name": "The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00945-003", "description": "種子根、子葉鞘、第一葉、第二葉の生育の経時変化を表すグラフ。", "files": [ { "file_name": "growth_data_graph.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/agritogo-rice-phenome\/LATEST\/data\/growth_data_graph.zip", "file_size": "36KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "4件", "details": [] }, { "path": "jp\/agritogo-rice-phenome\/data-4.html", "name": "イネの生育画像ファイル", "database_name": "The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00945-004", "description": "サンプルと大小サイズ毎にまとめたイネの生育画像ファイル。", "files": [ { "file_name": "画像ファイル（ディレクトリ）", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/agritogo-rice-phenome\/LATEST\/images", "file_size": "233MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "14件", "details": [] }, { "path": "jp\/agritogo-rice-phenome\/data-5.html", "name": "プロジェクトの説明", "database_name": "The Rice Growth Monitoring for the Phenotypic Functional Analysis", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00945-005", "description": "オリジナルサイトのトップページを起点として、静的なWebページをまとめたもの。\r\nプロジェクトの説明が記述されている。", "files": [ { "file_name": "phenome_outline.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/agritogo-rice-phenome\/LATEST\/phenome_outline.zip", "file_size": "377KB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/tmbeta-genome\/data-1.html", "name": "Sequence Collection", "database_name": "TMBETA-GENOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00713-001", "description": "β-バレル型膜タンパク質の予測を行ったゲノムの一覧。\r\n複数の染色体があるゲノムは、染色体ごとにエントリを分けている。", "files": [ { "file_name": "tmbeta_genome_sequence_collection.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/tmbeta-genome\/LATEST\/tmbeta_genome_sequence_collection.zip", "file_size": "8.8 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/tmbeta_genome_sequence_collection", "data_acquisition": "古細菌23セット、細菌237セット、真核生物15セットの計275セットの解読が完了したゲノム情報をNCBIから取得。", "analysis": "", "data_number": "427 件", "details": [ { "name": "Sequence Collection ID", "description": "独自にゲノムに付与した通し番号" }, { "name": "Classification", "description": "生物分類（Archaea、Bacteria、またはEukaryota）" }, { "name": "Organism Name", "description": "生物種名。複数の染色体を持つ生物は染色体番号も含む。" }, { "name": "Locus", "description": "ゲノム配列のRefSeq ID" }, { "name": "FASTA File", "description": "ゲノム配列が記載されたFASTAファイル" } ] }, { "path": "jp\/tmbeta-genome\/data-2.html", "name": "Sequence Classification", "database_name": "TMBETA-GENOME", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00713-002", "description": "ゲノムの各アミノ酸配列に対し、統計的手法と機械学習を使って、β-バレル型膜タンパク質またはヘリックス型膜タンパク質の判別を行った結果の一覧。\r\n統計的手法はアミノ酸、ジペプチド（連続２残基）、モチーフ（１残基ギャップを挟んだ２残基）の組成（出現頻度）に基づいて行い、機械学習はアミノ酸やジペプチドの組成を主な特徴量として用いて行った。", "files": [ { "file_name": "tmbeta_genome_sequence_classification.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/tmbeta-genome\/LATEST\/tmbeta_genome_sequence_classification.zip", "file_size": "177 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/tmbeta_genome_sequence_classification", "data_acquisition": "アミノ酸配列はNCBIから取得。", "analysis": "", "data_number": "903,989 件", "details": [ { "name": "Sequence ID", "description": "独自にアミノ酸配列に付与した通し番号" }, { "name": "Sequence Collection ID", "description": "独自にゲノムに付与した通し番号" }, { "name": "New Approach", "description": "新たに開発した手法により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果。\r\n本手法は以下のステップで実行される。\r\n\r\n1. β-バレル型膜タンパク質と球状タンパク質のジペプチドの出現傾向を用い、β-バレル型膜タンパク質を検出する\r\n2. さらに、β-バレル型膜タンパク質とヘリックス型膜タンパク質のジペプチドの出現傾向を用い、β-バレル型膜タンパク質を絞り込む\r\n3. 配列長が50以下のタンパク質を除く\r\n4. SOSUIで膜貫通ヘリックス部位が2箇所以上予測されたタンパク質を除く\r\n5. 80%の配列領域において、PDBに登録されている球状タンパク質とヘリックス型膜タンパク質に対し、70%を超える同一性のあるタンパク質を除く\r\n6. SWISS-PROTに登録されている球状タンパク質とヘリックス型膜タンパク質に対し、80%を超える同一性のあるタンパク質を除く" }, { "name": "SOSUI", "description": "膜タンパク質予測ツールであるSOSUIを使い、ヘリックス型膜タンパク質の判別を行った結果" }, { "name": "Amino Acid", "description": "アミノ酸組成を使った統計的手法（TMBETADISC-COMP）により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果" }, { "name": "Dipeptide", "description": "ジペプチドの出現傾向を使った統計的手法（TMBETADISC_DIPEPTIDE）により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果" }, { "name": "Motif", "description": "上記のモチーフを使った統計的手法（TMBETADISC-MOTIF）により、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果" }, { "name": "SVM", "description": "アミノ酸組成とジペプチド出現傾向をSVM（Support Vector Machine）で機械学習を行った分類器（TMBETA-SVM）を使い、β-バレル型膜タンパク質の判別を行った結果" }, { "name": "Header", "description": "FASTAファイルに記載されたアミノ酸配列データのヘッダ行" }, { "name": "Sequence", "description": "アミノ酸配列" } ] }, { "path": "jp\/tmfunction\/data-1.html", "name": "TMFunctionデータ", "database_name": "TMFunction", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00714-001", "description": "TMFunctionは、α-ヘリックス及びβ-バレル型膜タンパク質に含まれる機能的残基のデータベースです。各タンパク質の名称と由来はUniProtで同定していますが、PDBとも関連づけられるものは、そのIDを示しています。このデータベースには様々な実験手法やパラメータ（例えば、\"affinity\", \"dissociation constant\", \"IC50\", \"activity\"など）が含まれています。また、タンパク質中の各残基（またはその変異）には、計算または実験によって得られた数値が付与されています。このデータベースで用いた実験データは、ジャーナルの調査及びPubMedのキーワード検索によって得られた文献から収集したものです。さらに完全な参照情報（ジャーナルの引用とPubMed ID）も、このデータベースには含まれています。", "files": [ { "file_name": "tmfunction.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/tmfunction\/LATEST\/tmfunction.zip", "file_size": "48.5 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/tmfunction", "data_acquisition": "UniProt, PDB, PubMed", "analysis": "", "data_number": "2,907 件", "details": [ { "name": "Entry", "description": "エントリ番号" }, { "name": "Residue(mutation)", "description": "変異のある残基の名称" }, { "name": "Residue", "description": "残基の名称" }, { "name": "Functionally important", "description": "機能的に重要か否か" }, { "name": "Function of the protein", "description": "タンパク質の機能" }, { "name": "Location", "description": "残基の位置するタンパク質の部位" }, { "name": "Protein Name(abbreviation)", "description": "タンパク質名（略称）" }, { "name": "Source(scientific name)", "description": "タンパク質の由来（学名）" }, { "name": "Source(english name)", "description": "タンパク質の由来（一般名）" }, { "name": "Authors", "description": "文献の著者" }, { "name": "Journal Reference", "description": "雑誌名\/掲載年月\/号" }, { "name": "PMID", "description": "文献のPubMed ID" }, { "name": "Experiments", "description": "実験名" }, { "name": "Experimental data", "description": "この項目の値に「Parameter」を付けたものが、実験による測定値を表す" }, { "name": "Parameter", "description": "実験パラメータ" }, { "name": "Methods\/conditions", "description": "実験手法・条件" }, { "name": "PDB ID", "description": "タンパク質立体構造のPDB ID" }, { "name": "ASA", "description": "溶媒露出表面積" }, { "name": "Sec. 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"database_name": "Webリソースポータルサイト", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01091-001", "description": "解析ツールやワークフローを、「処理要素別」「(研究)分野別」「文献別」の3種類のカテゴリに分類したもの。(「データタイプ別」は未整備。)\r\n「処理要素別」分類では、「比較する」「分類する」「探索する」「同定\/予測する」「ルールを発見する」など、解析ツールの 処理概念をもとに分類している。\r\n「分野別」分類では、ワークフローを「ゲノム解析」「発現制御解析」「進化系統解析」など研究分野別に分類している。\r\n「文献別」分類では、文献から読み取った「シロイヌナズナゲノム解読(遺伝子領域予測)」などのワークフローを文献別に分類している。\r\nデータファイルは、カテゴリの構造をXMLファイル形式で表現したものになっている。", "files": [ { "file_name": "web_resource_portal_category.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/web_resource_portal\/LATEST\/web_resource_portal_category.zip", "file_size": "51.3 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/web_resource_portal_category", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "3007 ノード (Rootノードを含む)", "details": [ { "name": "「node」ノード", "description": "カテゴリの階層構造における各ノードの情報を表す。\r\n各「node」ノードに含まれる属性値は下記の通り。\r\n- id 属性: ノードのIDを表す。\r\n- tool_id 属性: ツールを表すノードであれば、ツールのIDが記載される。\r\n- workflow_id 属性: ワークフローを表すノードであれば、ワークフローのIDが記載される。\r\n- value 属性: ノードの値が記載される。\r\n\r\n「node」ノードは、自身に別の「node」ノードを含む入れ子構造になっている。" } ] }, { "path": "jp\/web-resource-portal\/data-2.html", "name": "ツール", "database_name": "Webリソースポータルサイト", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01091-002", "description": "分子生物学に関わる解析ツールの一覧。各ツールの説明や文献へのリンクなどの情報を提供している。", "files": [ { "file_name": "web_resource_portal_tool.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/web_resource_portal\/LATEST\/web_resource_portal_tool.zip", "file_size": "47.8 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/web_resource_portal_tool", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "462 件", "details": [ { "name": "Tool ID", "description": "ツールのID" }, { "name": "Resource Name", "description": "ツールの名称" }, { "name": "Other Names", "description": "ツールの別称" }, { "name": "Description", "description": "ツールの説明" }, { "name": "Categories", "description": "ツールが属するカテゴリのリスト" }, { "name": "Websites", "description": 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Fields（0 or 1）", "description": "S.Fieldsによる調査（0または1)、Uetz et al.から取得" }, { "name": "Association(0 or 1,YPD)", "description": "会合（0または1)、YPDから取得" }, { "name": "Complex (0 or 1,YPD)", "description": "複合体形成（0または1)、YPDから取得" }, { "name": "Synthetic lethality（0 or 1,YPD）", "description": "合成致死性（0または1)、YPDから取得" }, { "name": "Co-induced by（YPD）", "description": "両遺伝子の発現を誘導する因子、YPDから取得" }, { "name": "Co-repressed by（YPD）", "description": "両遺伝子の発現を抑制する因子、YPDから取得" }, { "name": "Not affected by（YPD）", "description": "これらの遺伝子の発現に影響のない因子、YPDから取得" }, { "name": "Interologs", "description": "相互作用するタンパク質の対他生物種のオーソログ間に存在するインタラクションの数、Database of Interacting Proteins(*4)か ら取得" }, { "name": "Expression similarity (BRITE)", "description": "KEGG BRITE(*5)か らの取得した発現データ。（値が0.9以上の高いもののみ）" }, { "name": "Alternative path with 1 intervening protein", "description": "一つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算" }, { "name": "Alternative path with 2 intervening proteins", "description": "二つの中間蛋白質を介したこの相互作用以外のパスの数をフルデータから計算" }, { "name": "IST hit", "description": "Interaction Sequence Tags（IST）のヒット数（相互作用の検出数、再現性の指標）" }, { "name": "IST hit in the opposite bait\/prey orientation", "description": "BaitとPreyが反転した組み合わせのIST hitの数" } ] }, { "path": "jp\/marine-fungi\/data-1.html", "name": "説明", "database_name": "おもしろい糸状菌", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00845-001", "description": "海洋性の糸状菌17種について、顕微鏡写真データ名(簡易検索サイトでは画像）、学名、説明のリスト。", "files": [ { "file_name": "marine_fungi.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/marine_fungi\/LATEST\/marine_fungi.zip", "file_size": "1.64KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/marine_fungi", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "17 件", "details": [ { "name": "Picture", "description": "顕微鏡写真名（簡易検索サイトでは画像）" }, { "name": "Name", "description": "学名" }, { "name": "Description", "description": "説明" } ] }, { "path": "jp\/marine-fungi\/data-2.html", "name": "画像", "database_name": "おもしろい糸状菌", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00845-002", "description": "糸状菌の写真 (GIF形式)。", "files": [ { "file_name": "marine_fungi_picture.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/marine_fungi\/LATEST\/marine_fungi_picture.zip", "file_size": "4.42MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "18 件", "details": [] }, { "path": "jp\/kaiko\/data-1.html", "name": "参照トランスクリプトームメタデータ", "database_name": "カイコ参照トランスクリプトームデータ", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc02443-001", "description": "参照トランスクリプトームデータのメタデータをGTF2フォーマットにて記述してある。\r\nGFT2フォーマットについては、以下のサイトを参照。\r\nhttp:\/\/mblab.wustl.edu\/GTF22.html", "files": [ { "file_name": "kaiko_transcript_data.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kaiko\/LATEST\/kaiko_transcript_data.zip", "file_size": "3.9 MB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kaiko_transcript_data", "data_acquisition": "カイコP50T（大造）系統の5齢3日目の幼虫から、脂肪体、中腸、マルピーギ管、精巣、 卵巣、前部絹糸腺、後部絹糸腺、中部絹糸腺を取り出し、さらに中部絹糸腺をさらに前、中部、後部に分けてサンプリングした。サンプリングした組織をSOGEN (NIPPON GENE, Tokyo, Japan) と SV Total RNA Isolation System (Promega, Madison, WI) を用いてtotal RNAを抽出した。Total RNAをIllimina Novaseq 6000でシーケンスした。", "analysis": "シーケンスした各fastqをTrimmomatic-version 0.36 で処理したのち、新規参照ゲノム配列にHisat2 version 2.1.0でマッピングしたのちstringtie version 1.3.3でassembleし各組織におけるtransciptデータを取得した。各サンプルのtransciptデータをmergeし、これを\"reference transcirptome data\"としgtf ファイルを得た。", "data_number": "421,949 件", "details": [ { "name": "seqname", "description": "配列名" }, { "name": "source", "description": "解析に用いたソフトウェア" }, { "name": "feature", "description": "配列領域のフィーチャー" }, { "name": "start", "description": "領域の開始配列番号" }, { "name": "end", "description": "領域の終了配列番号" }, { "name": "score", "description": "領域の信頼値" }, { "name": "strand", "description": "領域のストランド" }, { "name": "frame", "description": "領域のコドン読み取りのフレーム（当データでは空白になっている）" }, { "name": "attributes", "description": "その他のデータ属性" } ] }, { "path": "jp\/kaiko\/data-2.html", "name": "組織別発現データ", "database_name": "カイコ参照トランスクリプトームデータ", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc02443-002", "description": "各転写産物毎の組織別発現量をtpm値で記述したデータ。", "files": [ { "file_name": "kaiko_transcript_tpm_data.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kaiko\/LATEST\/kaiko_transcript_tpm_data.zip", "file_size": "5.8 MB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kaiko_transcript_tpm_data", "data_acquisition": "「参照トランスクリプトームメタデータ」で説明した方法で作成した参照トランスクリプトームメタデータおよび各組織別RNAseqデータ\r\nSequence Read Archive(SRA)からダウンロードしたRNAseqデータ(DRA005094, DRA005878, DRA005094)", "analysis": "上記データと利用し、Kallisto ver0.44.0にてTPM値を算出した。", "data_number": "51,926 件", "details": [ { "name": "ASG1", "description": "前部絹糸腺 biological replicate 1" }, { "name": "ASG2", "description": "前部絹糸腺 biological replicate 2" }, { "name": "ASG3", "description": "前部絹糸腺 biological replicate 3" }, { "name": "MSG_A1", "description": "中部絹糸腺前部 biological replicate 1" }, { "name": "MSG_A2", "description": "中部絹糸腺前部 biological replicate 2" }, { "name": "MSG_A3", "description": "中部絹糸腺前部 biological replicate 3" }, { "name": "MSG_M1", "description": "中部絹糸腺中部 biological replicate 1" }, { "name": "MSG_M2", "description": "中部絹糸腺中部 biological replicate 2" }, { "name": "MSG_M3", "description": "中部絹糸腺中部 biological replicate 3" }, { "name": "MSG_P1", "description": "中部絹糸腺後部 biological replicate 1" }, { "name": "MSG_P2", "description": "中部絹糸腺後部 biological replicate 2" }, { "name": "MSG_P3", "description": "中部絹糸腺後部 biological replicate 3" }, { "name": "PSG1", "description": "後部絹糸腺 biological replicate 1" }, { "name": "PSG2", "description": "後部絹糸腺 biological replicate 2" }, { "name": "PSG3", "description": "後部絹糸腺 biological replicate 3" }, { "name": "MG1", "description": "中腸 biological replicate 1" }, { "name": "MG2", "description": "中腸 biological replicate 2" }, { "name": "MG3", "description": "中腸 biological replicate 3" }, { "name": "FB1", "description": "脂肪体　biological 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"jp\/kaiko\/data-3.html", "name": "トランスクリプトームアノテーション情報（ヒト、ショウジョウバエ）", "database_name": "カイコ参照トランスクリプトームデータ", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc02443-003", "description": "各転写産物をヒトおよびショウジョウバエの遺伝子セットをsubjectにしてBLAST検索し、トップヒットした遺伝子シンボルを割当てることでアノテーション情報を付与した。", "files": [ { "file_name": "kaiko_annotation_human_drosophila_data.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kaiko\/LATEST\/kaiko_annotation_human_drosophila_data.zip", "file_size": "391 KB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/kaiko_annotation_human_drosophila_data", "data_acquisition": "Referece trasnscriptomic data に対して、Ensemble内のhuman (version GRCh38)とDrosophila melanogaster (version BDGP6.22)のprotein データセットに対して blastをしてトップヒットした遺伝子をBiomartを用いてシンボル表記に変換した。", "analysis": "Blast検索", "data_number": "51,926 件", "details": [ { "name": "human_gname", "description": "ヒトの遺伝子セットにてトップヒットした遺伝子のシンボル" }, { "name": "fly_gname", "description": "ショウジョウバエの遺伝子セットにてトップヒットした遺伝子のシンボル" }, { "name": "target_id", "description": "Reference transcriptomic data内の各trascript のID" } ] }, { "path": "jp\/kaiko\/data-4.html", "name": "参照トランスクリプトームデータの予測アミノ酸配列", "database_name": "カイコ参照トランスクリプトームデータ", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc02443-004", "description": "参照トランスクリプトームデータからTranscoder (v5.5.0)を使って予測されたアミノ酸配列のマルチfasta file", "files": [ { "file_name": "kaiko_bm_ref_transcript_TSA.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/kaiko\/LATEST\/kaiko_bm_ref_transcript_TSA.zip", "file_size": "11 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "参照トランスクリプトームデータ", "analysis": "Transcoder (v5.5.0)", "data_number": "", "details": [] }, { "path": "jp\/stga\/data-1.html", "name": "カテゴリ", "database_name": "ゲノム解析ツールリンク集", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01092-001", "description": "ゲノム解析ツールを解析の目的やその手法などによって3階層のカテゴリに分類したもの。\r\nデータファイルは、カテゴリの構造をXMLファイル形式で表現したものになっている。", "files": [ { "file_name": "stga_category.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/stga\/LATEST\/stga_category.zip", "file_size": "1.5 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"収録されているゲノム解析ツールを効果的に使用する方法を紹介している。解析の目的、全体的な操作の流れ、コマンドラインツールやWEBサービスを対象とした具体的な操作手順を示している。", "files": [ { "file_name": "stga_howto.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/stga\/LATEST\/stga_howto.zip", "file_size": "7.3 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/stga_howto", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "5 件", "details": [ { "name": "How-to ID", "description": "How-toのID" }, { "name": "Category IDs", "description": "How-toが属するカテゴリIDのリスト" }, { "name": "Title", "description": "How-toのタイトル" }, { "name": "Caption", "description": "How-toの簡易な説明" }, { "name": "Detail", "description": "How-toの本文" } ] }, { "path": "jp\/stga\/data-4.html", "name": "ツールレビュー", "database_name": "ゲノム解析ツールリンク集", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01092-004", "description": "ゲノム解析ツールの性能評価を比較した文献を紹介している。無料のフルテキストへの案内や文献中の性能評価をまとめている表番号と短い解説を示してある。", "files": [ { "file_name": "stga_review.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/stga\/LATEST\/stga_review.zip", "file_size": "3.8 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/stga_review", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "7 件", "details": [ { "name": "Review ID", "description": "ツールレビューのID" }, { "name": "Category IDs", "description": "ツールレビューが属するカテゴリIDのリスト" }, { "name": "Title", "description": "ツールの性能評価比較のタイトル" }, { "name": "Caption", "description": "ツールの性能評価比較に関する簡易な説明" }, { "name": "Description", "description": "ツールの性能評価を比較した文献に関する簡易な説明" }, { "name": "Reference Title", "description": "文献のタイトル" }, { "name": "Reference Author", "description": "文献の著者" }, { "name": "Journal", "description": "文献が掲載された雑誌" }, { "name": "PubMed ID", "description": "文献のPubMed ID" }, { "name": "Reference", "description": "上記4つの文献に関する項目をまとめたもの。(簡易検索サイトのみ)" }, { "name": "Tools", "description": "文献で取り上げられたツールのリスト" }, { "name": "Detail", "description": "ツールレビュー本文" } ] }, { "path": "jp\/stga\/data-5.html", "name": "キーワード", "database_name": "ゲノム解析ツールリンク集", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01092-005", "description": "各ゲノム解析ツールに割り当てられたキーワードの一覧。キーワードの簡易な説明も提供している。", "files": [ { "file_name": "stga_keyword.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/stga\/LATEST\/stga_keyword.zip", "file_size": "12.9 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/stga_keyword", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "226 件", "details": [ { "name": "Keyword ID", "description": "キーワードのID" }, { "name": "Keyword", "description": "キーワード名" }, { "name": "Description", "description": "キーワードに関する簡易な説明" } ] }, { "path": "jp\/jam-coral-img\/data-1.html", "name": "img", "database_name": "サンゴ礁ネットワークWEBシステムのイメージコレクション", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc02655-001", "description": "沖縄周辺のサンゴ礁で取得された画像・映像", "files": [], "togodb_url": "", "data_acquisition": "市民ダイバーにより提供された画像および、遠隔操作型小型無人潜水機「ニライカナイ150」が撮影した動画", "analysis": "", "data_number": "image and video: 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"本データベースで扱う表現型は「葉が長い」のように主語(entity)＋述語(quality)の組み合わせとして表現可能である。主語・述語に当たるものを以下のようにそれぞれオントロジータームで表現し、標準化している。 主語は器官・組織・発育段階の名称である。その語彙はPlant Ontology(PO)で定義されている。 述語は「性質」に相当する。その語彙は、Phenotype Ontology(PATO) で定義されている。", "files": [ { "file_name": "riken_piam_phenome.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/arabid_pheno\/LATEST\/riken_piam_phenome.zip", "file_size": "2.3 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/riken_piam_phenome#ja", "data_acquisition": "Plant Ontology, Phenotype Ontology", "analysis": "", "data_number": "114件", "details": [ { "name": "Entry URI", "description": "エントリのURI" }, { "name": "Entry name", "description": "エントリ名" }, { "name": "Entity in PO", "description": "主語（POの定義）" }, { "name": "Quality in PATO", "description": "述語（PATOの定義）" }, { "name": "Num of observation data", "description": "シロイヌナズナ変異体観察情報でこの表現型が使われるエントリ数" } ] }, { "path": "jp\/arabidopsis-phenome\/data-4.html", "name": "表現型－遺伝子", "database_name": "シロイヌナズナフェノームデータベース", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01509-004", "description": "文献のキュレーションによって得られた、表現型の変異とそれへの関与が考えられる遺伝子との組み合わせ", "files": [ { "file_name": "cpp_main.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/arabid_pheno\/LATEST\/cpp_main.zip", "file_size": "39 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/cpp_main#ja", "data_acquisition": "文献", "analysis": "", "data_number": "823 件", "details": [ { "name": "Entry URI", "description": "エントリのURI" }, { "name": "Entry name", "description": "エントリ名" }, { "name": "Reference", "description": "キュレーションした文献" }, { "name": "Reference URI", "description": "文献のURI" }, { "name": "Pheno abnormality", "description": "表現型の変異" }, { "name": "Abnormality URI", "description": "変異のURI" }, { "name": "Muteted gene", "description": "変異した遺伝子名" } ] }, { "path": "jp\/arabidopsis-phenome\/data-5.html", "name": "表現型の変異", "database_name": "シロイヌナズナフェノームデータベース", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01509-005", "description": "文献から収集された表現型には、形態的特徴、環境への応答性など様々なものがある。ここでは、それらの表現型がすべてオントロジータームとプロパティとの組み合わせで表現され、標準化されてリストされている。 形態に関する表現型は、原則的にPlant Ontology (PO)あるいはTrait Ontology (TO)の語彙とPhenotype Ontology (PATO)の語彙の組み合わせで表現される。PATOが「大きい」・「長い」などの性質、POがそれが現れる部位（器官名・組織名）および発育段階などをそれぞれ表す。生化学的な性質・ストレス耐性などの表現型はGene Ontology (GO), ChEBIなどのオントロジーも利用して表現する。 「長日条件」など、ある特定の環境条件で観察される表現型もある。その場合の環境条件は別のクラスにまとめられており、表現型情報からリンクされている。", "files": [ { "file_name": "cpp_abnormality.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/arabid_pheno\/LATEST\/cpp_abnormality.zip", "file_size": "12 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/cpp_abnormality#ja", "data_acquisition": "Plant Ontology, Phenotype Ontology", "analysis": "", "data_number": "488 件", "details": [ { "name": "Entry URI", "description": "エントリのURI" }, { "name": "Entry name", "description": "エントリ名" }, { "name": "Experimental condition", "description": "実験条件" }, { "name": "Condition URI", "description": "実験条件のURI" }, { "name": 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ChEBIの語彙とプロパティを組み合わせて表現", "files": [ { "file_name": "cpp_exp_condition.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/arabid_pheno\/LATEST\/cpp_exp_condition.zip", "file_size": "0.8 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/cpp_exp_condition#ja", "data_acquisition": "Plant Environment Ontology, ChEBI", "analysis": "", "data_number": "22 件", "details": [ { "name": "Entry URI", "description": "エントリのURI" }, { "name": "Entry name", "description": "エントリ名" }, { "name": "Description", "description": "エントリの説明" }, { "name": "In environment of", "description": "～の環境条件で" }, { "name": "In presence of", "description": "物質Xの存在で" }, { "name": "In absense of", "description": "物質Xの欠乏で" }, { "name": "Num of phenotype abnormality", "description": "表現型の変異でこの条件が使われるエントリ数" } ] }, { "path": "jp\/arabidopsis-phenome\/data-7.html", "name": "参照文献", "database_name": "シロイヌナズナフェノームデータベース", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01509-007", "description": "表現型情報の根拠となった文献の情報です。", 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RNA配列データセット", "database_name": "メタゲノム解析用リファレンス16S RNA配列データセット", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc02583-001", "description": "Kraken2によるメタゲノムデータ解析で使える16S RNA配列データセット。FASTA形式の各レコードのヘッダーは、左からTaxonomy ID, Accession No, Definitionを表す。", "files": [ { "file_name": "16S_kraken2_db_7.fasta.gz", "file_url": "https:\/\/dbarchive.biosciencedbc.jp\/data\/metagenomeRefDB\/LATEST\/16S_kraken2_db_7.fasta.gz", "file_size": "148 MB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/rna16s", "data_acquisition": "", "analysis": "https:\/\/github.com\/bonohu\/SAQE\/blob\/main\/101Kraken2.md", "data_number": "1,153,543", "details": [] }, { "path": "jp\/first-authors\/data-1.html", "name": "本文コレクション", "database_name": "ライフサイエンス 新着論文レビュー", "doi": "", "description": "新着論文レビュー本文のコレクションです。docファイルおよびtxtファイルで提供しています。\r\n簡易検索画面からはレビュー本文を閲覧できるほか、doc\/txtファイルや図にもリンクしています。", "files": [ { "file_name": "fa_collection.zip (ファイルリスト)", "file_url": 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"本データベースにおいて要旨・抄録の書誌情報を収録した期間（年）" }, { "name": "PDF収録期間", "description": "本データベースにおいて要旨・抄録のPDFファイルを収録した期間（年）" }, { "name": "公開条件", "description": "本データベースにおいて要旨・抄録を公開する条件" } ] }, { "path": "jp\/yokou\/data-2.html", "name": "雑誌一覧", "database_name": "医学・薬学予稿集全文データベース", "doi": "", "description": "要旨・抄録が収録されている雑誌の一覧", "files": [ { "file_name": "yokou_journal.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/yokou\/LATEST\/yokou_journal.zip", "file_size": "21 KB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/yokou_journal", "data_acquisition": "TogoDBに登録された書誌情報から自動的に作成している。", "analysis": "", "data_number": "2,114件", "details": [ { "name": "資料名", "description": "雑誌等の名称（画面では要旨一覧にリンク）" }, { "name": "巻号特殊号", "description": "雑誌等の巻号または特殊号の名称（画面では要旨一覧にリンク）" }, { "name": "発行年月日", "description": "雑誌等の発行年月日" }, { "name": "抄録数", "description": "本データベースに収録された当該雑誌等の要旨・抄録の数" } ] }, { "path": "jp\/yokou\/data-3.html", "name": "要旨一覧", "database_name": "医学・薬学予稿集全文データベース", 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"Standard_Name", "description": "標準化した名称" }, { "name": "Standard_Name_E", "description": "標準化した英語名称" }, { "name": "Kaken_ID", "description": "科研費の機関コード" }, { "name": "Alias", "description": "名称のエイリアス" } ] }, { "path": "jp\/nikkaji-inchi-mapping\/data-1.html", "name": "InChI対応表", "database_name": "日化辞 InChI対応表", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc01530-01-001", "description": "日本化学物質辞書（日化辞）の化合物IDのInChIおよびInChIKeyの対応データです。", "files": [ { "file_name": "nikkaji_inchi_mapping.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/nikkaji-inchi-mapping\/LATEST\/nikkaji_inchi_mapping.zip", "file_size": "208 MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/nikkaji_inchi_mapping", "data_acquisition": "InChIおよびInChIKeyは、SDFからIUPACのInChI Software v. 1.04(http:\/\/www.inchi-trust.org\/downloads\/)を使用して生成。", "analysis": "", "data_number": "3,319,627 件", "details": [ { "name": "Nikkaji Number", "description": "日化辞の化合物ID" }, { "name": "InChI", "description": "IUPAC International 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"nucleic_acid_drug_list.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/nucleic-acid-drug\/LATEST\/nucleic_acid_drug_list.zip", "file_size": "12 KB" }, { "file_name": "nucleic_acid_drug_list_en.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/nucleic-acid-drug\/LATEST\/nucleic_acid_drug_list_en.zip", "file_size": "11 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/nucleic_acid_drug_list", "data_acquisition": "FDA, EMA, PMDA, KEGGから承認された核酸医薬品配列情報を取得。", "analysis": "臨床情報サイトから（https:\/\/clinicaltrials.gov\/, https:\/\/www.clinicaltrialsregister.eu\/）よりPhase（I-III）情報の取得", "data_number": "43 件", "details": [ { "name": "Medals oligonucleic drug ID", "description": "核酸医薬品のID（MEDALSで付与）" }, { "name": "ATC Classification", "description": "解剖治療化学分類法による分類" }, { "name": "Product Name", "description": "製品名" }, { "name": "Synonims", "description": "別名" }, { "name": "Country", "description": "国" }, { "name": "Company", "description": "製造会社" }, { "name": 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"10.18908\/lsdba.nbdc00964-001", "description": "日本国内の主要プロジェクトに関してライフサイエンス統合データベースセンターが情報 を収集しまとめたものです。 省庁別にプロジェクトをまとめ、各プロジェクトの成果公表状況を閲覧することができます。 データ件数は80件、ダウンロードデータはZIP形式で圧縮されたCSV形式（カンマ区切りテキスト）ファイル。", "files": [ { "file_name": "lsdb_project.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/lsdb_project\/LATEST\/lsdb_project.zip", "file_size": "76.6 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/lsdb_project\/", "data_acquisition": "各プロジェクトのWebサイト、関係省庁のWebサイトなど", "analysis": "", "data_number": "91 件", "details": [ { "name": "プロジェクト名", "description": "プロジェクト名" }, { "name": "実施省庁", "description": "実施省庁" }, { "name": "実施機関", "description": "実施期間" }, { "name": "予算額", "description": "予算額" }, { "name": "主要研究者（プロジェクト当時の所属機関）", "description": "主要研究者（プロジェクト当時の所属機関）" }, { "name": "主要事業内容（DBCLSによるまとめ）", "description": "主要事業内容（DBCLSによるまとめ）" }, { "name": "プロジェクトの説明（プロジェクト当事者による）", "description": "プロジェクトの説明（プロジェクト当事者による）" }, { "name": "公開状況", "description": "公開状況" 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"jp\/taxonomy-icon\/data-1.html", "name": "生物アイコンデータ", "database_name": "生物アイコン", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00805-001", "description": "生物種の特徴を示したイラスト画像（アイコン）のデータセットです。生物種ごとに4種類（大、小、背景あり、背景無し）の画像があります。アイコンの画像ファイルと同時に、アイコン画像を示すURLも提供しています。また簡易検索では、上部にある生物の分類階級のツリーを利用してアイコンデータを絞り込むことができます。", "files": [ { "file_name": "taxonomy_icon.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/taxonomy-icon\/LATEST\/taxonomy_icon.zip", "file_size": "14.6 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/taxonomy_icon", "data_acquisition": "写真集などの資料をもとにイラストを作成。", "analysis": "", "data_number": "220件", "details": [ { "name": "名称", "description": "生物種の和名" }, { "name": "学名", "description": "生物種の学名" }, { "name": "Taxonomy ID", "description": "NCBI Taxonomy IDとリンク" }, { "name": "アイコンの分類", "description": "オリジナルサイトで生物アイコンの絞り込みに利用されていた分類情報。簡易検索のトップに表示されている階層に対応する。" }, { "name": "アイコン (大)", "description": "アイコン画像 (サイズ大）のファイル名。簡易検索ではアイコン画像が表示される。" }, { "name": "アイコン (大) 背景なし", 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"ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/taxonomy-icon\/LATEST\/taxonomy_icon_png.zip", "file_size": "7.9 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "アイコン (大) 背景あり、アイコン (大) 背景無し、アイコン (小) 背景あり、アイコン (小) 背景無し 各220ファイル。\r\n計880ファイル。", "details": [] }, { "path": "jp\/taxonomy-icon\/data-3.html", "name": "コメント", "database_name": "生物アイコン", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00805-003", "description": "生物アイコンのオリジナルサイトを通じて各アイコンに対して投稿されたコメントと画像のリストです。", "files": [ { "file_name": "taxonomy_icon_comment.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/taxonomy-icon\/LATEST\/taxonomy_icon_comment.zip", "file_size": "5.7 KB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/taxonomy_icon_comment", "data_acquisition": "-\r\n\r\n\/\/", "analysis": "", "data_number": "88件", "details": [ { "name": "名称", "description": "生物種の和名" }, { "name": "学名", "description": "生物種の学名" }, { "name": "アイコン", "description": "アイコン画像のファイル名。簡易検索ではアイコン画像とアイコンデータの簡易検索へのリンクが表示される。" }, { "name": "画像", "description": "アイコンに対して投稿された画像のファイル名。簡易検索では投稿画像が表示される。" }, { "name": "画像の利用許諾", "description": "アイコンに対して投稿された画像の利用許諾。簡易検索では「画像」項目内に表示される。" }, { "name": "コメント", "description": "アイコンに対して投稿されたコメント" }, { "name": "氏名", "description": "投稿者の情報" }, { "name": "記入日時", "description": "投稿した日時" }, { "name": "更新日時", "description": "投稿内容が更新された日時" } ] }, { "path": "jp\/taxonomy-icon\/data-4.html", "name": "コメント画像 (PNG形式)", "database_name": "生物アイコン", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00805-004", "description": "生物アイコンのオリジナルサイトを通じて各アイコンに対して投稿されたPNG形式の画像ファイルです。\r\n各画像に対する利用許諾の一覧表を同梱しています。", "files": [ { "file_name": "taxonomy_icon_comment_png.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/taxonomy-icon\/LATEST\/taxonomy_icon_comment_png.zip", "file_size": "15.8 MB" } ], "togodb_url": "", "data_acquisition": "", "analysis": "", "data_number": "画像: 36ファイル\r\n画像のクレジットの一覧表: 1ファイル", "details": [] }, { "path": "jp\/mecab\/data-1.html", "name": "JSTシソーラス見出し語・同義語辞書", "database_name": "科学技術用語形態素解析辞書", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc02358-001.V002", "description": "JSTシソーラス(2015年版)の見出し語と同義語 (および、語中の全角英数記号を半角化したもの)を、形態素解析エンジンMeCab（http:\/\/taku910.github.io\/mecab\/）のユーザー辞書として使える形にしました。同義語（見出し語フラグが「V」）の読みについては、ライフサイエンス分野（主題カテゴリーに'LSxx'を含むもの、ただし、xxは2桁の数字）と電子計算機分野（主題カテゴリーに'EG01'を含むもの）のものはNBDCで独自に付与、それ以外のものは見出し語の読みを付与しています。\r\n辞書項目はIPA辞書に基づいています。エンコードは、csvファイルはShift-JIS、dicファイルはUTF-8です。\r\nなお、辞書中には語の間の関係に関する情報は入っていませんので、この辞書をシソーラスとして利用することはできません。", "files": [ { "file_name": "Thesaurus2015.dic.zip (MeCab用dicフォーマット)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/mecab\/LATEST\/Thesaurus2015.dic.zip", "file_size": "7.4 MB" }, { "file_name": "mecab_thesaurus.zip (csvフォーマット)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/mecab\/LATEST\/mecab_thesaurus.zip", "file_size": "3.8 MB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/mecab_thesaurus", "data_acquisition": "IPA辞書（mecab-ipadic-2.7.0-20070801、 上記MeCabのサイトよりダウンロード）、JST科学技術用語シソーラス(2015年版)", "analysis": "", "data_number": "127,214件", "details": [ { "name": "Surface form", "description": "表層形：単語そのもの" }, { "name": "Left-context ID", "description": "左文脈ID：その単語を左から見たときの内部状態ID (http:\/\/taku910.github.io\/mecab\/dic.html参照)" }, { "name": "Right-context ID", "description": "右文脈ID：その単語を右から見たときの内部状態ID (http:\/\/taku910.github.io\/mecab\/dic.html参照)" }, { "name": "Cost", "description": "コスト：その語の出現しやすさに関するコスト(小さいほど出現しやすい）" }, { "name": "POS", "description": "品詞" }, { "name": "POS subcategory 1", "description": "品詞細分類1" }, { "name": "POS subcategory 2", "description": "品詞細分類2" }, { "name": "POS subcategory 3", "description": "品詞細分類3" }, { "name": "Conjugation type", "description": "動詞などの活用型" }, { "name": "Conjugation form", "description": "品詞の活用形" }, { "name": "Base form", "description": "原形：単語に対応する見出し語" }, { "name": "Reading('Furigana')", "description": "読み：原形(見出し語)の読み、見出し語フラグが「V」のときは読みは表層形の読みではない場合がある" }, { "name": "Pronunciation", "description": "読みから自動生成した発音" }, { "name": "Source dictionary", "description": "ソースとなる辞書、「Thesaurus2015」に固定" }, { "name": "ID in Source dictionary", "description": "ソース辞書中の番号：JSTシソーラスの「語番号」" }, { "name": "J-GLOBAL ID", "description": "J-GLOBALでのID" }, { "name": "Headword Flag", "description": "見出し語フラグ：\r\n・C: シソーラスの見出し語(あるいはその半角化）\r\n・V: それ以外" }, { "name": "Category code", "description": "主題カテゴリーコード：JSTシソーラスにおける理工学分野のカテゴリーコード" }, { "name": "Common word flag 1", "description": "一般語フラグ1：\r\n・1:単独でIPA辞書にある\r\n・0:ない" }, { "name": "Common word flag 2", "description": "一般語フラグ2：\r\n「IPA辞書解析結果」に基づく\r\n・一般語フラグ１が「１」の場合：品詞名\r\n・一般語フラグ１が「0」の場合：\r\n- UNKNOWN_1：単独の未知語\r\n- UNKNOWN_2：複数形態素に切れて、未知語を含む\r\n- MULTI_WORD：複数形態素に切れるが、すべてIPA辞書中の形態素" }, { "name": "IPA dictionary analysis results", "description": "IPA辞書解析結果：\r\nオリジナルのIPA辞書（＋IPA辞書エントリーの英数記号を半角化したエントリーを持つ辞書）を使って形態素解析をした結果。複数語に切れた場合はスペースで区切って連結。ただし、人手によるチェックは行っていない。\r\n「一般語フラグ1」「一般語フラグ2」はこの結果を利用している。" } ] }, { "path": "jp\/mecab\/data-2.html", "name": "J-GLOBAL MeSH辞書", "database_name": "科学技術用語形態素解析辞書", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc02358-002.V002", "description": "J-GLOBAL科学技術用語のうち、米国国立医学図書館（United States National Library of Medicine）の医学件名標目表（Medical Subject Headings,MeSH: https:\/\/www.nlm.nih.gov\/mesh\/）へのリンクを持つものについて、形態素解析エンジンMeCab（http:\/\/taku910.github.io\/mecab\/ ）のユーザー辞書として使える形にしました。辞書項目はIPA辞書に基づいています。エンコードは、csvファイルはShift-JIS、dicファイルはUTF-8です。", "files": [ { "file_name": "JSTMeSH.dic.zip (MeCab用dicフォーマット)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/mecab\/LATEST\/JSTMeSH.dic.zip", "file_size": "1.2 MB" }, { "file_name": "mecab_jstmesh.zip (csvフォーマット)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/mecab\/LATEST\/mecab_jstmesh.zip", "file_size": "484 KB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/mecab_jstmesh", "data_acquisition": "（mecab-ipadic-2.7.0-20070801、 上記MeCabのサイトよりダウンロード）、J-GLOBAL Knowledge", "analysis": "", "data_number": "15,425件", "details": [ { "name": "Surface form", "description": "表層形：単語そのもの" }, { "name": "Left-context ID", "description": "左文脈ID：その単語を左から見たときの内部状態ID (http:\/\/taku910.github.io\/mecab\/dic.html参照)" }, { "name": "Right-context ID", "description": "右文脈ID：その単語を右から見たときの内部状態ID (http:\/\/taku910.github.io\/mecab\/dic.html参照)" }, { "name": "Cost", "description": "コスト：その語の出現しやすさに関するコスト(小さいほど出現しやすい）" }, { "name": "POS", "description": "品詞" }, { "name": "POS subcategory 1", "description": "品詞細分類1" }, { "name": "POS subcategory 2", "description": "品詞細分類2" }, { "name": "POS subcategory 3", "description": "品詞細分類3" }, { "name": "Conjugation type", "description": "動詞などの活用型" }, { "name": "Conjugation form", "description": "品詞の活用形" }, { "name": "Base form", "description": "原形：単語に対応する見出し語" }, { "name": "Reading('Furigana')", "description": "読み：（この項目は空白）" }, { "name": "Pronunciation", "description": "発音：（この項目は空白）" }, { "name": "Source dictionary", "description": "ソースとなる辞書、「MeSH」に固定" }, { "name": "ID in Source dictionary", "description": "ソース辞書中の番号：MeSH UID" }, { "name": "J-GLOBAL ID", "description": "J-GLOBALでのID" }, { "name": "Headword Flag", "description": "見出し語フラグ：「C」で固定" }, { "name": "Category code", "description": "主題カテゴリーコード：JSTシソーラスにおける理工学分野のカテゴリーコード" }, { "name": "Common word flag 1", "description": "一般語フラグ1：\r\n・1:単独でIPA辞書にある\r\n・0:ない" }, { "name": "Common word flag 2", "description": "一般語フラグ2：\r\n「IPA辞書解析結果」に基づく\r\n・一般語フラグ１が「１」の場合：品詞名\r\n・一般語フラグ１が「0」の場合：\r\n- UNKNOWN_1：単独の未知語\r\n- UNKNOWN_2：複数形態素に切れて、未知語を含む\r\n- MULTI_WORD：複数形態素に切れるが、すべてIPA辞書中の形態素" }, { "name": "IPA dictionary analysis results", "description": "IPA辞書解析結果：\r\nオリジナルのIPA辞書（＋IPA辞書エントリーの英数記号を半角化したエントリーを持つ辞書）を使って形態素解析をした結果。複数語に切れた場合はスペースで区切って連結。ただし、人手によるチェックは行っていない。\r\n「一般語フラグ1」「一般語フラグ2」はこの結果を利用している。" } ] }, { "path": "jp\/mecab\/data-3.html", "name": "日化辞辞書", "database_name": "科学技術用語形態素解析辞書", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc02358-003.V002", "description": "J-GLOBAL科学技術用語のうち、国立研究開発法人科学技術振興機構（JST）が作成する有機化合物辞書データベース「日本化学物質辞書（日化辞）」へのリンクを持つものについて、形態素解析エンジンMeCab（http:\/\/taku910.github.io\/mecab\/ ）のユーザー辞書として使える形にしました。辞書項目はIPA辞書に基づいています。エンコードは、csvファイルはShift-JIS、dicファイルはUTF-8です。", "files": [ { "file_name": "Nikkaji.dic.zip (MeCab用dicフォーマット)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/mecab\/LATEST\/Nikkaji.dic.zip", "file_size": "6.6 MB" }, { "file_name": "mecab_nikkaji.zip (csvフォーマット)", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/mecab\/LATEST\/mecab_nikkaji.zip", "file_size": "2.4 MB" } ], "togodb_url": "https:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/mecab_nikkaji", "data_acquisition": "（mecab-ipadic-2.7.0-20070801、 上記MeCabのサイトよりダウンロード）、J-GLOBAL Knowledge", "analysis": "", "data_number": "82,922件", "details": [ { "name": "Surface form", "description": "表層形：単語そのもの" }, { "name": "Left-context ID", "description": "左文脈ID：その単語を左から見たときの内部状態ID (http:\/\/taku910.github.io\/mecab\/dic.html参照)" }, { "name": "Right-context ID", "description": "右文脈ID：その単語を右から見たときの内部状態ID (http:\/\/taku910.github.io\/mecab\/dic.html参照)" }, { "name": "Cost", "description": "コスト：その語の出現しやすさに関するコスト(小さいほど出現しやすい）" }, { "name": "POS", "description": "品詞" }, { "name": "POS subcategory 1", "description": "品詞細分類1" }, { "name": "POS subcategory 2", "description": "品詞細分類2" }, { "name": "POS subcategory 3", "description": "品詞細分類3" }, { "name": "Conjugation type", "description": "動詞などの活用型" }, { "name": "Conjugation form", "description": "品詞の活用形" }, { "name": "Base form", "description": "原形：単語に対応する見出し語" }, { "name": "Reading('Furigana')", "description": "読み：（この項目は空白）" }, { "name": "Pronunciation", "description": "発音：（この項目は空白）" }, { "name": "Source dictionary", "description": "ソースとなる辞書、「Nikkaji」に固定" }, { "name": "ID in Source dictionary", "description": "ソース辞書中の番号：日化辞番号" }, { "name": "J-GLOBAL ID", "description": "J-GLOBALでのID" }, { "name": "Headword Flag", "description": "見出し語フラグ：「C」で固定" }, { "name": "Category code", "description": "主題カテゴリーコード：JSTシソーラスにおける理工学分野のカテゴリーコード" }, { "name": "Common word flag 1", "description": "一般語フラグ1：\r\n・1:単独でIPA辞書にある\r\n・0:ない" }, { "name": "Common word flag 2", "description": "一般語フラグ2：\r\n「IPA辞書解析結果」に基づく\r\n・一般語フラグ１が「１」の場合：品詞名\r\n・一般語フラグ１が「0」の場合：\r\n- UNKNOWN_1：単独の未知語\r\n- UNKNOWN_2：複数形態素に切れて、未知語を含む\r\n- MULTI_WORD：複数形態素に切れるが、すべてIPA辞書中の形態素" }, { "name": "IPA dictionary analysis results", "description": "IPA辞書解析結果：\r\nオリジナルのIPA辞書（＋IPA辞書エントリーの英数記号を半角化したエントリーを持つ辞書）を使って形態素解析をした結果。複数語に切れた場合はスペースで区切って連結。ただし、人手によるチェックは行っていない。\r\n「一般語フラグ1」「一般語フラグ2」はこの結果を利用している。" } ] }, { "path": "jp\/lsdb-gene-thesaurus\/data-1.html", "name": "遺伝子名称シソーラス", "database_name": "遺伝子名称シソーラス", "doi": "10.18908\/lsdba.nbdc00966-001", "description": "さまざまなデータベースや論文で利用されている表記を専門的キュレータが編集して、 遺伝子が持つ多様な表記のあいだの関係を明かにした遺伝子名シソーラス", "files": [ { "file_name": "dictionary.zip", "file_url": "ftp:\/\/ftp.biosciencedbc.jp\/archive\/lsdb_gene_thesaurus\/LATEST\/dictionary.zip", "file_size": "4.6MB" } ], "togodb_url": "http:\/\/togodb.biosciencedbc.jp\/togodb\/view\/lsdb_gene_thesaurus", "data_acquisition": "Entrez Gene, Swiss-Prot, HGNCの各データベースより遺伝子の別名について記載している部分を抽出", "analysis": "1.さまざまな遺伝子・ゲノムデータベースのエリアス（同義語）情報から遺伝子名を網羅的に収集する。\r\n2. 生物学の知識を持つキュレータにより名称が指す遺伝子の同一関係を確認しグループ化、対応関係に混乱を生じる不適切名称（多義語　異なる遺伝子のアクロニムなど）を削除。\r\n3. 文献データベースMEDLINE抄録から遺伝子を指す用語を拾い未登録の名称を収集する。\r\n4. 辞書の遺伝子名検出性能を評価する。\r\n5. 検出できなかった用語を辞書に付加し、別の文献セットで4-5を繰り返す。", "data_number": "遺伝子ファミリ\r\n遺伝子数: 12,110\r\n名称数: 27,923\r\n\r\nヒト\r\n遺伝子数: 27,959\r\n名称数: 145,623\r\n\r\nマウス\r\n遺伝子数: 48,545\r\n名称数: 173,375\r\n\r\nラット\r\n遺伝子数: 17,319\r\n名称数: 61,801\r\n\r\nゼブラフィッシュ\r\n遺伝子数: 24,230\r\n名称数: 60,270\r\n\r\nショウジョウバエ\r\n遺伝子数: 30,708\r\n名称数: 96,934\r\n\r\n線虫\r\n遺伝子数: 25,304\r\n名称数: 96,220\r\n\r\n出芽酵母\r\n遺伝子数: 7,359\r\n名称数: 29,533\r\n\r\n分裂酵母\r\n遺伝子数: 7,943\r\n名称数: 15,431\r\n\r\n枯草菌\r\n遺伝子数: 4,206\r\n名称数: 14,816", "details": [ { "name": "SWISS-PROT_ID", "description": "SWISS-PROTのID" }, { "name": "EntrezGene_ID", "description": "EntrezGeneのID" }, { "name": "Other_ID", "description": "上記以外のDBのID" }, { "name": "Gene_Name", "description": "遺伝子名" } ] } ] }