STSマーカー： 各マーカーの染色体上の位置は、イネのYAC（酵母人工染色体）物理地図を使用したESTマッピング(Wu et al. 2002 Plant Cell 14: 525--535) によって同定されました。46のランダムに選ばれた戻し交雑自殖系統群(BILs)を使用した連鎖解析によって、すべての多型マーカーにおける染色体上の位置を確かめました(Lin et al. 1998 Theor Appl Genet 96: 997-1003)。 増幅は、GeneAmp PCR System 9600（パーキンエルマー社製）を使用しました。
 
CAPSマーカー： RFLP連鎖分析に使用されるクローンの5'および3'配列データを用いて、ゲノムの特異的増幅のための固有のプライマー対を設計しました。さらに、多型を検出するために制限酵素による消化を行いました。CAPSマーカーの染色体上の位置を確認するために、14のランダムに選ばれたF2植物を使って連鎖解析を行いました(Harushima et al. 1998 Genetices 148: 479-494)。 PCR増幅は、GeneAmp PCR System 9600を使用しました。
 

YACスクリーニングデータの分析およびESTマップ構築のためにSEGMAP（バージョン3.48）を使用しました。
遺伝子マーカーまたはESTクローンを有するYACまたはイネのゲノムDNAのDNAゲルブロットハイブリダイゼーションは、ECLシステム（Amersham、バッキンガムシャー、UK）を用いて実施しました。
 
注釈
#; 遺伝子地図上のフローティングマーカー
c; キメラYACクローン
*; 予測より長いPCRバンドサイズ
Ann T; 特に明記しない限り 60°C
NI; 未知の挿入物を有するYAC

各染色体上のマップを作るために使用したクローン、マーカーの数を種類ごとにまとめました。また、解析に用いたMAPMAKER/EXP 3.0 のエラー検出に関する結果をまとめました。マップ作成の際にMAPMAKER/EXP 3.0によって検出された全エラー候補については、genotype segregationやサザンハイブリダイゼーションによって再確認しました。大部分の残ったエラー候補は、ヘテローホモーヘテロの並んだ形質に由来するため、マップ上の距離はエラー検出オフモードで算出しました。