| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
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| DNAマーカー詳細情報 | RGP gmap | 10.18908/lsdba.nbdc00318-01-002 |
イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーの詳細情報 |
rgp_gmap_marker.zip
(28.3 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap_marker |
マップを作るための多型のDNAマーカーのソースとして、２種のcDNAクローン (カルスと根由来)、３種のゲノミッククローン (randomly selected clone, NotI-linking clone, YAC end-clone)と、RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA) マーカーを用いました。これらは全て日本晴由来です。他にコムギと他のイネの品種由来のDNAクローン約90個も使用しました。 |
NotI-linking クローンは内部にNotI切断部位を持つ日本晴ゲノムのSau3AI切断DNA断片から出来ています。NotI切断部位にHygromycin耐性遺伝子を組込むことにより、ハイグロマイシン耐性クローンとして選抜されました。
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1,381 件 |
データ詳細
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| サザン画像 | RGP gmap | 10.18908/lsdba.nbdc00318-01-003 |
親世代のサザンハイブリダイゼーション画像ファイル |
rgp_gmap_southern_image.zip
(37.3 MB) |
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サザンハイブリダイゼーション |
F2植物の選抜のために、以下の８種の制限酵素で処理したDNAでサザンハイブリダイゼーションを行った。
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1,181 ファイル |
データ詳細
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| DNAマーカー詳細情報 | RGP gmap2000 | 10.18908/lsdba.nbdc00318-03-002 |
イネ連鎖地図作成に使用したDNAマーカーの詳細情報。 |
rgp_gmap2000_marker.zip
(46.7 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap2000_marker |
地図を作るための多型DNAマーカーのソースとして、２種のcDNAクローン (カルスと根由来)、３種のゲノミッククローン (randomly selected clone, NotI-linking clone, YAC end-clone)、RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA) マーカーを用いました。これらは全て日本晴に由来します。その他に、コムギと他のイネ品種由来のDNAクローンも使用しました。 |
WマーカーのプローブサイズはMichael Gale博士（John Innes Centre, Norwich (英)）からの情報 に基づくものです。
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3,267 件 |
データ詳細
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| 高密度連鎖地図情報 | RGP gmap2000 | 10.18908/lsdba.nbdc00318-03-001 |
イネRFLP(制限酵素断片長多型)高密度連鎖地図情報。 |
rgp_gmap2000_main.zip
(30.0 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap2000_main |
イネRFLP連鎖地図は以前作成した「A High-Density Rice Genetic Map 1998（高密度イネ遺伝地図1998）」のマーカーに1000近い新しいRFLPマーカーを加えた、3267のDNAマーカーを用いて構築しました。
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表では、各染色体上での短腕のテロメア末端からの各マーカーの地図上の位置（遺伝的距離をcMで表示）、染色体番号、マーカー名、RFLP分析でプローブとして使用した挿入断片の5'末端と3'末端配列のDDBJ accession番号（入手可能な場合のみ）を表示します。
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3,267 件 |
データ詳細
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| アイソザイムの遺伝子座リスト | RGP gmap98 | 10.18908/lsdba.nbdc00318-02-003 |
アイソザイム遺伝子として推定され、本高密度連鎖地図にマッピングされた、cDNAクローンについての情報リスト |
rgp_gmap98_isozyme_loci.zip
(611 B) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap98_isozyme_loci |
タンパク質データベースを用いたcDNAの類似性解析より。 |
5'末端の300-400bpからcDNAインサートの配列を決定し、PIR (Rel.48.0)とSWISS PROT (Rel.33)で類似配列の探索を行いました。類似性スコアリングにはBLOSUM50マトリックスを使用しました。類似性検索で期待値が0.0001より小さく、スコアが最高値を示すクローンを機能的に同定されたクローンとしました。また、マップされたcDNAの塩基配列がアイソザイム遺伝子に類似性検索にてHitしたものを選抜しました。 |
15 件 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |
データのメタデータ一覧