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生命科学系データベースアーカイブ

RGP gmap

DNAマーカー統計情報

データ説明

info データ名 DNAマーカー統計情報
info DOI 
info データ内容の説明 

イネ連鎖地図作成に使用されたDNAマーカーの統計情報

info データファイル 
データファイル名:
rgp_gmap_main.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rgp-gmap/LATEST/rgp_gmap_main.zip
ファイルサイズ:
1 KB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

遺伝的連鎖地図作成に関連する数値データ

info 解析方法 

各染色体上のマップを作るために使用したクローン、マーカーの数を種類ごとにまとめました。また、解析に用いたMAPMAKER/EXP 3.0 のエラー検出に関する結果をまとめました。マップ作成の際にMAPMAKER/EXP 3.0によって検出された全エラー候補については、genotype segregationやサザンハイブリダイゼーションによって再確認しました。大部分の残ったエラー候補は、ヘテローホモーヘテロの並んだ形質に由来するため、マップ上の距離はエラー検出オフモードで算出しました。

info データ件数 

13 件

データ詳細

項目名項目の説明
Chrom. No. 染色体番号 (簡易検索サイトでは、染色体番号から該当のDNAマーカー詳細情報へリンク。イメージファイル名から該当染色体のマップへリンク。）
No. of callus cDNA clones カルスcDNAクローンの数
No. of root cDNA clones 根cDNAクローンの数
No. of random genomic clones ランダムなゲノムクローンの数
No. of NotI-linking clones NotI-linkingクローンの数
No. of YAC end clones YACエンドクローンの数
No. of telomere-associated clones テロメアに関連したクローンの数
No. of RAPD markers RAPDマーカーの数
No. of STS markers STSマーカーの数
No. of wheat clones 小麦クローンの数
No. of other clones 他のクローンの数
Total marker number 総マーカー数
Total length in error detection off mode MAPMAKER/EXPのエラー検出オフモードでのKosambiマップ関数による全長
Total length in error detection on mode MAPMAKER/EXPのエラー検出オンモードでのKosambiマップ関数による全長
Difference between error detection on and off mode (cM) エラー検出オンモードとオフモードでの違い (cM)
Difference between error detection on and off mode (%) エラー検出オンモードとオフモードでの違い (%)
No. of candidate errors by MAPMAKER/EXP MAPMAKER/EXP 3.0によるエラー候補の数
Total number of observed genotypes マップ計算のために観測された遺伝子型の総数
Average number of observed genotypes per marker マーカーごとに観測された遺伝子型の数の平均