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このデータベースについて

イネESTマッピング結果の詳細情報

データ説明
データ名
イネESTマッピング結果の詳細情報
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00318-04-002
データ内容の説明
特異的クローンのESTプライマーを使用したPCRベースのYACスクリーニングの詳細結果。
データファイル
データファイル名 :
rgp_estmap2001_detail.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
242 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_estmap2001_detail
データ取得方法

19のcDNAライブラリーに由来する6713個のユニークなEST配列(3'末端)から設計された特異的クローンのプライマー対を使用。

解析方法

YACスクリーニングデータの分析およびESTマップ構築のためにSEGMAP(バージョン3.48)を使用しました。
遺伝子マーカーまたはESTクローンを有するYACまたはイネのゲノムDNAのDNAゲルブロットハイブリダイゼーションは、ECLシステム(Amersham、バッキンガムシャー、UK)を用いて実施しました。
 
注釈
#; 遺伝子地図上のフローティングマーカー
c; キメラYACクローン
*; 予測より長いPCRバンドサイズ
Ann T; 特に明記しない限り 60°C
NI; 未知の挿入物を有するYAC

データ件数

6,760 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Anchor

YACのランディングに使用される遺伝子マーカー

Chrom. No.

染色体番号

Position (cM)

前のマーカーとの遺伝的距離 (cM)

EST Clone

ESTクローン (部位) 名

DDBJ Acc FW

ESTクローン (正方向配列) のDDBJアクセション番号

DDBJ Acc RV

ESTクローン (逆方向配列) のDDBJアクセション番号

Positive YACs

ポジティブYAC名

PCR Primer

PCRプライマー名

Amplified Band Size

増幅PCRバンドサイズ (kb)

Ann T

アニーリング温度 (℃)

5'-Primer Sequence

プライマー配列 (5'プライマー、20塩基)

3'-Primer Sequence

プライマー配列 (3'プライマー、20塩基)

Map Image File

イネ転写産物地図の画像ファイル名