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生命科学系データベースアーカイブ

RGP estmap2001

イネESTマッピング結果の詳細情報

データ説明

info データ名 イネESTマッピング結果の詳細情報
info DOI 
info データ内容の説明 

特異的クローンのESTプライマーを使用したPCRベースのYACスクリーニングの詳細結果。

info データファイル 
データファイル名:
rgp_estmap2001_detail.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rgp-estmap2001/LATEST/rgp_estmap2001_detail.zip
ファイルサイズ:
242 KB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

19のcDNAライブラリーに由来する6713個のユニークなEST配列（3'末端）から設計された特異的クローンのプライマー対を使用。

info 解析方法 

YACスクリーニングデータの分析およびESTマップ構築のためにSEGMAP（バージョン3.48）を使用しました。
遺伝子マーカーまたはESTクローンを有するYACまたはイネのゲノムDNAのDNAゲルブロットハイブリダイゼーションは、ECLシステム（Amersham、バッキンガムシャー、UK）を用いて実施しました。

 

注釈
#; 遺伝子地図上のフローティングマーカー
c; キメラYACクローン
*; 予測より長いPCRバンドサイズ
Ann T; 特に明記しない限り 60°C
NI; 未知の挿入物を有するYAC

info データ件数 

6,760 件

データ詳細

項目名項目の説明
Anchor YACのランディングに使用される遺伝子マーカー
Chrom. No. 染色体番号
Position (cM) 前のマーカーとの遺伝的距離 (cM)
EST Clone ESTクローン (部位) 名
DDBJ Acc FW ESTクローン (正方向配列) のDDBJアクセション番号
DDBJ Acc RV ESTクローン (逆方向配列) のDDBJアクセション番号
Positive YACs ポジティブYAC名
PCR Primer PCRプライマー名
Amplified Band Size 増幅PCRバンドサイズ (kb)
Ann T アニーリング温度 (℃)
5'-Primer Sequence プライマー配列 (5'プライマー、20塩基)
3'-Primer Sequence プライマー配列 (3'プライマー、20塩基)
Map Image File イネ転写産物地図の画像ファイル名