イネESTマッピング結果の統計情報

データ名

イネESTマッピング結果の統計情報

DOI

データ内容の説明

各染色体ごとのイネESTマッピング結果の概要。
地図は、6421のユニークな配列から設計された6591個のEST部位を有する364個のYACコンティグを含む、2782個のYACクローンで構成され、イネのゲノムの80.8%をカバーしています。

データファイル

データファイル名:

rgp_estmap2001_main.zip

データのURL:

ファイルサイズ:

597 B

簡易検索URL

データ取得方法

YACベースのイネ転写産物地図作成に関連する数値データ

解析方法

各染色体ごとのイネESTマッピングを作るために使用したYACクローン、YACコンティグの数を種類ごとにまとめました。また、カバレッジ、平均EST密度を算出しました。

データ件数

14 件

項目名	項目の説明
Chrom. No.	染色体番号 (UN: Chromosome unknown)
YAC Clones	YACクローンの数
YAC Contigs	YACコンティグの数
Total Length of YAC Contigs (Mb)	YACコンティグの全長 (Mb)
Coverage (%)	カバー率「YACコンティグの全長(Mb)/（染色体の遺伝子長(cM) X 430(Mb)/1,530.4(cM)） X 100」で算出。
EST Sites	EST部位の数
Ave EST Density (EST/100 kb)	平均EST密度 (EST/100 kb)。「EST数/YACコンティグの全長」で算出。
Contig Image File	染色体分布図の画像ファイル名

このデータベースについて