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調査、検索、一部微生物名からの自動抽出

細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNAクローンの塩基配列とそのアノテーション （アミノ酸配列、相同性検索結果（ターゲットDB：dicty EST-DB、DNA-DB、タンパク質-DB））。 クローンの粘菌内局在画像のデータベースであるAtlas データベース（http://dictycdb.biol.tsukuba.ac.jp/~tools/bin/ISH/index.html）へのリンクやナショナルバイオリソースプロジェクト（http://www.nbrp.jp/）へのリンク、dictyBase（http://dictybase.org/)へのリンクがある。 EST配列が含まれるコンティグの表へのリンクも設置している。 各クローンについて、5'EST配列、3'EST配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、全長cDNA配列の４つのカテゴリーを設けている。 5'EST配列と3'EST配列が両方ある場合は、5'EST配列と3'EST配列の連結処理を行い、二つの配列を10個のハイフンで接続した配列を生成 する。 二つの配列間に重複領域がある場合は、重ね合わせて得られた配列を全長配列とする。 また、クローンによっては、重ね合わせることができない場合にも、配列間の隙間を配列決定して全長配列を得ている場合がある。5'EST配列、3'EST 配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、全長cDNA配列のIDとして、クローンIDの末尾にそれぞれF、Z、P、Eをつけて区別している。 各クローン毎に、一つの行にこれらの配列を格納している。 これらの配列のなかから、全長cDNA配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、5'EST配列、あるいは3'EST配列の順に優先順位をつけて、一 つの配列を代表配列として選択し、BLASTによる相同性検索を行っている。 検索は、dicty_cDBのクローン配列とのblastn検索、公共DNA配列とのblastn検索、公共タンパク質配列とのblastx検索を行い、 トップ10ヒットの情報を格納している。 CSV 形式テキストファイル。

キャピラリーシーケンサー

文献リストから、マクロファージの分化、活性化に関わるパスウェイをXML形式の１つであるCSMLフォーマットで抽出したもの。文献 1 つにつき、 1 つの CSML 形式ファイル。

上記の文献リストを文献ごとに、それぞれ XML 形式の 1 つである CSML フォーマットでパスウェイを抽出