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生命科学系データベースアーカイブ

DMPD

データベースの説明

データベース全般

info 名称 DMPD
info 名称の読み方 ディーエムピーディー
info 別名 Dynamic Macrophage Pathway CSML Database
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
長崎 正朗
作成者英名:
Masao Nagasaki
作成者所属:
東京大学 医科学研究所
作成者氏名:
斉藤 あゆむ
作成者英名:
Ayumu Saito
作成者所属:
東京大学 医科学研究所
作成者氏名:
藤田 アンドレ
作成者英名:
Andre Fujita
作成者所属:
東京大学 医科学研究所
作成者氏名:
植野 和子
作成者英名:
Kazuko Ueno
作成者所属:
東京大学 医科学研究所
作成者氏名:
池田 恵美
作成者英名:
Emi Ikeda
作成者所属:
東京大学 医科学研究所
作成者氏名:
鄭 恩娥
作成者英名:
Euna Jeong
作成者所属:
東京大学 医科学研究所
作成者氏名:
宮野 悟*
作成者英名:
Satoru Miyano
作成者所属:
東京大学 医科学研究所
作成者氏名:
日本バイオベース株式会社
作成者英名:
 
作成者所属:
 
info 連絡先 

〒108-8639 東京都港区白金台４－６－１
東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター
DNA情報解析分野
TEL: 03-5449-5615
FAX: 03-5449-5442
E-mail:

info データベース分類 代謝系/シグナル伝達系パスウェイ
info 生物種 
生物種名:
Homo sapiens
Taxonomy ID:
生物種名:
Mammalia
Taxonomy ID:
info データベースの説明 

マクロファージに対する LPS 及び PMA 刺激に関連する文献キュレーションを行い、動的なシミュレーションができる CSML 形式の転写制御・シグナル伝達パスウェイモデルを集積したデータベース

info データベースの特長・有用性・活用方法 

【特徴】
マクロファージの分化、活性化に関しての200あまりの重要な文献から、同制御にかかわるパスウェイをXML形式の１つCSMLフォーマットで抽出した、 世界最大のパスウェイシミュレーションモデルデータベースです。
【有用性・活用方法】
CSML形式は、システムバイオロジーのソフトウェアの１つ、セルイラストレータで編集、シミュレーションが可能です。マクロファージ関連の研究をおこ なっている研究者は、関連するモデルを検索してさらにそのパスウェイをカスタマイズして利用することが可能です。また、１つのパスウェイの一部を取り出し て利用したり、複数のパスウェイを編集・統合してより大きなパスウェイモデルとして利用することもできます。 また、各モデルはPNGなどの画像でも公開しているため一般的なブラウザでもパスウェイの概要を把握することができます。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
文部科学省 ゲノムネットワークプロジェクト (GNP) での研究成果
info 論文等 
文献名:
 
著者名:
 
雑誌名/掲載年月/号:
 
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

info オリジナルサイト 
info 運用開始年月日 2009/3
info 最終更新年月日 2009/8
info 統括サイト 
info データの一括ダウンロードサイト 
info 参照先データベース 

PubMed

info 一覧表示 無し
info クエリ検索 有り
info Webサービス 無し
info WebサービスURL -
info ユーザ登録 無し