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項目名 項目の説明
Contig information

-

Contig ID

コンティグ配列のID

Contig update

配列の更新日

Contig sequence

コンティグ配列。

Gap

コンティグにギャップ(-)が含まれるかの有無。 -ギャップを含む: gap included -ギャップを含まない: no gap

Contig length

コンティグの長さ

Chromosome number (1..6, M)

コンティグがマップされた染色体番号。マップされた場合は、1から6、またはM(ミトコンドリア)が値となる。

Chromosome length

コンティグがマップされた染色体の長さ

Start point

コンティグがマップされた開始位置

End point

コンティグがマップされた終点位置

Strand (PLUS/MINUS)

コンティグがマップされた向き (PLUS/MINUS)

Number of clones

コンティグを構成するクローンの数

Number of EST

コンティグを構成するESTの数

Link to clone list

コンティグを構成するクローン全体のTogoDB版へのリンク。TogoDB版のみ、クローンリストへのリンク有り。

List of clone(s)

コンティグを構成するクローンの一覧。TogoDB版のみ、各クローンへのリンク有り。

Annotation

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Translated Amino Acid sequence

DNA配列を翻訳した代表のアミノ酸配列。

Translated Amino Acid sequence (All Frames)

DNA配列の6フレームを翻訳したアミノ酸配列。

own update

dicty_cDBのコンティグ配列とのblastn検索の更新日

Homology vs CSM-cDNA

dicty_cDBのコンティグ配列とのblastn検索結果のトップ10ヒットのリスト

dna update

公共データベースのDNA配列とのblastn検索の更新日

Homology vs DNA

公共データベースのDNA配列とのblastn検索結果のトップ10ヒットのリスト

protein update

公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索の更新日

Homology vs Protein

公共データベースのタンパク質配列とのblastx検索結果のトップ10ヒットのリスト

PSORT

タンパク質細胞内局在予測プログラムPSORT(http://psort.ims.u-tokyo.ac.jp/)の実行結果

Expression profile

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VS (DIR, S)

コンティグを構成するVS由来のクローンの数

VH (FL, L)

コンティグを構成するVH由来のクローンの数

VF (FL, S)

コンティグを構成するVF由来のクローンの数

AH (FL, L)

コンティグを構成するAH由来のクローンの数

AF (FL, S)

コンティグを構成するAF由来のクローンの数

SL (DIR, L)

コンティグを構成するSL由来のクローンの数

SH (FL, L)

コンティグを構成するSH由来のクローンの数

SF (FL, S)

コンティグを構成するSF由来のクローンの数

CH (FL, L)

コンティグを構成するCH由来のクローンの数

CF (FL, S)

コンティグを構成するCF由来のクローンの数

FCL (DIR, L)

コンティグを構成するFCL由来のクローンの数

FC (DIR, S)

コンティグを構成するFC由来のクローンの数

FC-IC (SUB)

コンティグを構成するFC-IC由来のクローンの数

SS (DIR, S)

コンティグを構成するSS由来のクローンの数