コンティグ配列とそのアノテーション（アミノ酸配列、相同性検索結果）、及び発現プロファイル
| データ説明 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ名
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コンティグ配列とそのアノテーション（アミノ酸配列、相同性検索結果）、及び発現プロファイル | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00419-002 |
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データ内容の説明
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細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのcDNA配列のコンティグ配列とそのアノテーション（アミノ酸配列、相同性検索結果（ターゲットDB：コンティグ配列-DB、 DNA-DB、タンパク質-DB）） コンティグ配列は、5'EST配列、3'EST配列、5'ESTと3'ESTを連結した配列、及び全長cDNA配列をアセンブルプログラム Phrap(<a href="http://www.phrap.org/index.html">http://www.phrap.org/index.html</a>)によって、アセンブルすることによって得られた。 コンティグを構成するクローンリストへのリンク、コンティグ配列のゲノム配列へのマッピング情報、及び相同性検索結果のトップ10ヒットのリストがある。 また、コンティグを構成するクローンのライブラリー毎の数を、５種類の発生段階、１４種類のライブラリーについて記載した。 ライブラリー特異的なクローンを検索することが可能である。CSV形式のテキストファイル。 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
dicty_cdb_contig.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
91.6MB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dicty_cdb_contig | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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データ取得方法
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- |
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解析方法
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EST配列をPhrapでアセンブルした。 |
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データ件数
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8,402件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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