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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
RMOSコンテンツ RMOS 10.18908/lsdba.nbdc00194-001

RMOSサイト全体の静的ファイル
・総合情報
・マイクロアレイシステム利用のガイドライン
・マイクロアレイセンタープロトコル
・マイクロアレイ/クローンリスト
・検索
・研究データ
・学会・論文リスト

データ詳細 open_in_full
アレイパターンとクローン配置 RMOS 10.18908/lsdba.nbdc00194-002

アレイパターンとクローン配置の静的ファイル

・Rice1265
このマイクロアレイは、パイロット実験としてRGP(rice genome research program)のcDNAコレクションの中から1265クローンを選び出し作製したものです。
 
・Rice8987 f_array
今期のマイクロアレイプロジェクトから使用されるマイクロアレイの配列をしめします。これらの2枚のマイクロアレイには、第1期イネゲノムプロジェクトにより集められた約4万クローンの中から選び出された8987クローンを使用しています。Field12には、 コントロールとしてイネのクローンにクロスハイブリしないブタの遺伝子をスポットしてあります。
 
・Rice8987 g_array
2002年7月1日以降のマイクロアレイは全てこのアレイ(g_array)が使用されています。 これまでに使用していたRice8987 Array(Full insert version)とスポットされているcDNAは同一ですが、ガラス上での並びが異なります。
 
・カスタムアレイとコマーシャルアレイとの比較表
以下のデータを使用して比較しました。
29,100 Rice full-length cDNA clone Library
28,850 Probe (60mer) 2002年10月設計
 - Mapping 26,915
 - TU 19,109
22K カスタムアレイ(Rice Oligo Microarray ver.1) 21,938 Probe
 - Mapping 20,211
 - TU 18,324
22K コマーシャルアレイ(Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A) 21,495 Probe
 - Mapping 20,660
 - TU 19,109

我々はインサート全長と3’UTRの2種類のアレイを作製し、全てのクローンは、スライドガラス上に2点ずつスポッティングされています。空欄となっているク ローンは、DDBJに登録されていないクローンです。

データ詳細 open_in_full
カスタムアレイとコマーシャルアレイの比較表 RMOS 10.18908/lsdba.nbdc00194-003

イネ完全長cDNAクローンについて22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ上へのスポットの有無

以下のデータを元にクローンを選出しています。
・29,100 Rice full-length cDNA clone Library
 28,850 Probe (60mer) 2002年10月設計
 - Mapping 26,915
 - TU (Transcriptional Unit) 19,109
・22K カスタムアレイ (Rice Oligo Microarray ver.1) 21,938 Probe
 - Mapping 20,211
 - TU 18,324
・22K コマーシャルアレイ (Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A) 21,495 Probe
 - Mapping 20,660
 - TU 19,109

リスト内の記号
u: 22Kカスタムアレイ上に存在するクローン
o: 22Kコマーシャルアレイ上に存在するクローン

データ詳細 open_in_full
cDNA情報 RPD 10.18908/lsdba.nbdc00191-004

KOMEのcDNAクローンに対して相同検索を行った結果の一覧です。

データ詳細 open_in_full
ゲル情報 RPD 10.18908/lsdba.nbdc00191-001

イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行って得た、2次元電気泳動画像の一覧です。

実験

イネのさまざまな生育時期の各種器官あるいは精製細胞内小器官から抽出したタンパク質の2次元電気泳動を行いました。

データ詳細 open_in_full
データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細