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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
Rice1265 Array: PCR check RMOS 10.18908/lsdba.nbdc00194-004

Rice1265マイクロアレイ(Full insert version)/(3'UTR version)に使用されたクローンについてPCR check結果をまとめたリスト

パイロット実験としてRGP(rice genome research program)のcDNAコレクションの中から1265クローンを選び出し、PCRとゲル電気泳動によってユニーククローンかどうかを調べました。

3' UTRのチェックにはUpper primerとLower primer (Rice8987Corresponding Table(f_g_primer参照)) を、インサート全長 (Full)の場合はM13 RV primer とM4 primer(TAKARA)を使用してPCRを行いました。ゲル電気泳動によって増幅断片の大きさと個数をチェックしました。

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Rice8987 Array: PCR check RMOS 10.18908/lsdba.nbdc00194-005

Rice8987マイクロアレイ(f_array/Full insert version)に使用されたクローンについてPCR check結果等をまとめたリスト

第1期イネゲノムプロジェクトにより集められた約4万クローンの中から選び出された8987クローンを使用し、PCRとゲル電気泳動によってユニーククローンかどうかを調べました。

3' UTRのチェックにはUpper primerとLower primer (Rice8987Corresponding Table (f_g_primer参照)) を、インサート全長 (Full) の場合はM13 RV primer とM4 primer (TAKARA) を使用してPCRを行いました。ゲル電気泳動によって増幅断片の大きさと個数をチェックしました。

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Rice8987 Array: ゲル画像 RMOS 10.18908/lsdba.nbdc00194-006

Rice8987 Array(f_array/Full insert version)に使用された8987個のcDNAクローンの電気泳動ゲル画像

第1期イネゲノムプロジェクトにより集められた約4万クローンの中から独立した8987クローンが選び出されました。

ゲル電気泳動を使用することで、PCR反応をチェックしました。PCRには、M13 RV primerとM4 primer (TAKARA) を用いました。
アガロースゲル電気泳動は、ME Agalose 1.0%を使用し、2時間定電圧100Vで行いました。EZロード100bpでのPCR(バイオラッド社製)分子定規は、DPlate33,34,41,42,43に使用され、Maker2(和光製)分子定規は、他のDplateに使用されました。
ゲル画像はスキャナー(Molecular Dynamics社製)でスキャンされました。

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Rice8987 g_array: cDNA情報 RMOS 10.18908/lsdba.nbdc00194-007

Rice8987 Array(g_array/Full insert version)作成時のcDNA情報
*2002年7月1日以降のマイクロアレイは全てこのアレイ(g_array)が使用されています。 これまでに使用していたRice8987 Array(Full insert version)とスポットされているcDNAは同一ですが、ガラス上での並びが異なります。

Rice8987 Array(g_array)作成に使用された8987クローンについて、cDNA情報をまとめました。

画像データを定量的に解析するソフトウェア「Array Gauge」(Fujifilm)のためのcDNA情報です。

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Rice8987Corresponding Table (f_g_primer) RMOS 10.18908/lsdba.nbdc00194-009

Rice8987 Array の作成に用いたprimer(f_g_primer)情報のリスト

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細