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生命科学系データベースアーカイブ

RPD

データベースの説明

データベース全般

info 名称 RPD
info 名称の読み方 -
info 別名 イネプロテオームデータベース
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
小松 節子
作成者英名:
Setsuko Komatsu
作成者所属:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構 作物研究所
作成者の文献検索:
info 連絡先 

〒305-8634 茨城県つくば市観音台2-1-18
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
作物研究所
小松 節子
E-mail : rpd address

info データベース分類 プロテオミクス関連
植物データベース-イネ
info 生物種 
生物種名:
Oryza sativa
Taxonomy ID:
info データベースの説明 

イネの各種器官や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベースです。プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルも掲載されています。

info データベースの特長・有用性・活用方法 

イネのさまざまな生育時期の各種器官あるいは精製細胞内小器官から抽出したタンパク質を2次元電気泳動し、23種類の2次元電気泳動画像に基づいてそれぞれのタンパク質を精製し、気相プロティンシーケンサーあるいは質量分析計でアミノ酸配列を決定しました。
2次元電気泳動マップ上で分離された14,724種類のタンパク質のうち、6,011種類について分子量・等電点・発現量等の情報、およびアミノ酸配列情報、さらにそれら相同検索結果情報等をカタログ化してイネプロテオームデータベースに収録しました。
このデータベースは、タンパク質名等のキーワードやアクセッション番号、等電点と分子量、アミノ酸配列を入力することによって、あるいは二次元電気泳動マップ上タンパク質のスポットをクリックすることによって検索することができます。さらに、公開されている各種データベース、イネ解析ツール等とリンクしています。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
イネ組織特異的・細胞内局在タンパク質の解析とデータベースの構築
info 論文等 
文献名:
Rice proteome database: a step toward functional analysis of the rice genome.
著者名:
Komatsu S.
雑誌名/掲載年月/号:
Plant Mol Biol. 2005 Sep;59(1):179-90.
外部リンク:
 
文献名:
Rice proteomics: a step toward functional analysis of the rice genome.
著者名:
Komatsu S, Konishi H, Shen S, Yang G.
雑誌名/掲載年月/号:
Mol Cell Proteomics. 2003 Jan;2(1):2-10.
外部リンク:
 
文献名:
Rice Proteome Database based on two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis: its status in 2003.
著者名:
Komatsu S, Kojima K, Suzuki K, Ozaki K, Higo K.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D388-92.
外部リンク:
 
文献名:
Proteomics of the rice cell: systematic identification of the protein populations in subcellular compartments.
著者名:
Tanaka N, Fujita M, Handa H, Murayama S, Uemura M, Kawamura Y, Mitsui T, Mikami S, Tozawa Y, Yoshinaga T, Komatsu S.
雑誌名/掲載年月/号:
Mol Genet Genomics. 2004 Jun;271(5):566-76. Epub 2004 Apr 7.
外部リンク:
 
文献名:
Proteome analysis of rice tissues by two-dimensional electrophoresis: an approach to the investigation of gibberellin regulated proteins.
著者名:
Tanaka N, Konishi H, Khan MM, Komatsu S.
雑誌名/掲載年月/号:
Mol Genet Genomics. 2004 Jan;270(6):485-96. Epub 2003 Nov 21.
外部リンク:
 
文献名:
Update and challenges on proteomics in rice.
著者名:
Komatsu S, Yano H.
雑誌名/掲載年月/号:
Proteomics. 2006 Jul;6(14):4057-68.
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

info オリジナルサイト (運用終了) http://gene64.dna.affrc.go.jp/RPD/
info 運用開始年月日 2003/01/07
info 最終更新年月日 2004/04/01
info 統括サイト 
info データの一括ダウンロードサイト -
info 参照先データベース 

KOME, NCBI

info 一覧表示 有り
info クエリ検索 有り
info Webサービス 無し
info WebサービスURL -
info ユーザ登録 無し