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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
シーケンサ情報 RPD 10.18908/lsdba.nbdc00191-003

気相プロティンシーケンサーで決定したアミノ酸配列について、Blast検索により相同検索した結果の一覧です。

気相プロティンシーケンサーで決定したアミノ酸配列をクエリとし、生物種をOryza sativaに限定したNRデータベースでBlast検索を行いました。
このBlast検索には、ncbi-blast-2.2.28と、2013年10月時点のNRデータベースを使用しています。

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スポット情報 RPD 10.18908/lsdba.nbdc00191-002

2次元ゲル電気泳動を行って得たスポットの一覧です。各スポットについて、分子量・等電点・発現量等の情報、および決定したアミノ酸配列に対する相同検索結果情報等をまとめました。

実験

2次元電気泳動画像に基づいてそれぞれのタンパク質を精製し、気相プロティンシーケンサーあるいは質量分析計でアミノ酸配列を決定しました。
気相プロティンシーケンサーで決定したアミノ酸配列については、Blast検索によって相同検索結果を得ました。
質量分析計で決定したアミノ酸配列については、Mascot解析によって相同検索結果を得ました。

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プロトコル RPD 10.18908/lsdba.nbdc00191-006

プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルです。

プロテオーム解析に関するプロトコルの説明のWebページを切り出し、index.htmlを付加してzipにまとめました。

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画像ファイル RPD 10.18908/lsdba.nbdc00191-005

ゲル画像、および関連する画像ファイルです。

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Images RPSD 10.18908/lsdba.nbdc00749-002

イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造の画像ファイルです。

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細