カスタムアレイとコマーシャルアレイの比較表

データ名

カスタムアレイとコマーシャルアレイの比較表

DOI

データ内容の説明

イネ完全長cDNAクローンについて22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ上へのスポットの有無

データファイル

データファイル名:

rmos_22karray_difflist.csv.zip

データのURL:

ファイルサイズ:

103 KB

簡易検索URL

データ取得方法

以下のデータを元にクローンを選出しています。

・29,100 Rice full-length cDNA clone Library
　28,850 Probe (60mer) 2002年10月設計
- Mapping 26,915
- TU (Transcriptional Unit) 19,109

・22K カスタムアレイ（Rice Oligo Microarray ver.1） 21,938 Probe
- Mapping 20,211
- TU 18,324

・22K コマーシャルアレイ（Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A） 21,495 Probe
- Mapping 20,660
- TU 19,109

解析方法

リスト内の記号
u： 22Kカスタムアレイ上に存在するクローン
o： 22Kコマーシャルアレイ上に存在するクローン

データ件数

29,100 件

項目名	項目の説明
Accession	DDBJアクセッション番号
Custom_CM_alllist	22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイのいずれかの上に存在するクローン 22,723件
Custom_CM_diff	22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で、有無が異なるクローン 2,013件
Custom_list	22Kカスタムアレイ (Rice Oligo Microarray ver. 1) のクローン 21,938件
Custom_CM_add	データ更新に伴うMappingによりTUが増加したクローン 785件 (22Kカスタムアレイへ追加)
Custom_CM_delete	22Kカスタムアレイ上から削除したクローン 1,228件・データ解析より： 340件同一TU、同一アノテーションであり、クロスハイブリを起こす可能性がある。・10種類のハイブリ実験結果とデータ解析により： 888件ゲノムにマップされず、植物アノテーションを持たない、なおかつ発現量が低いもの。
Custom_CM_common	22Kカスタムアレイと22Kコマーシャルアレイ間で共通したクローン 20,710件
CM_list	22K コマーシャルアレイ（Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A）のクローン 21,495件
HitAccession	クローンの配列を使用してBlastでヒットした配列のDDBJアクセッション番号
Blast Type	BLASTN / BLASTX
Definition	HitAccessionに付記されたアノテーション

このデータベースについて