アレイパターンとクローン配置

・Rice1265
このマイクロアレイは、パイロット実験としてRGP（rice genome research program）のｃDNAコレクションの中から1265クローンを選び出し作製したものです。
 
・Rice8987 f_array
今期のマイクロアレイプロジェクトから使用されるマイクロアレイの配列をしめします。これらの２枚のマイクロアレイには、第１期イネゲノムプロジェクトにより集められた約４万クローンの中から選び出された8987クローンを使用しています。Fｉｅｌｄ12には、 コントロールとしてイネのクローンにクロスハイブリしないブタの遺伝子をスポットしてあります。
 
・Rice8987 g_array
2002年7月1日以降のマイクロアレイは全てこのアレイ（g_array）が使用されています。 これまでに使用していたRice8987 Array（Full insert version）とスポットされているcDNAは同一ですが、ガラス上での並びが異なります。
 
・カスタムアレイとコマーシャルアレイとの比較表
以下のデータを使用して比較しました。
29,100 Rice full-length cDNA clone Library
28,850 Probe (60mer) 2002年10月設計
 - Mapping 26,915
 - TU 19,109
22K カスタムアレイ（Rice Oligo Microarray ver.1） 21,938 Probe
 - Mapping 20,211
 - TU 18,324
22K コマーシャルアレイ（Rice Oligo DNA Microarray Agilent Technologies G4138A） 21,495 Probe
 - Mapping 20,660
 - TU 19,109

我々はインサート全長と３’UTRの２種類のアレイを作製し、全てのクローンは、スライドガラス上に２点ずつスポッティングされています。空欄となっているク ローンは、DDBJに登録されていないクローンです。

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