| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Polymorphism Sequence | JSNP | 10.18908/lsdba.nbdc00114-001 |
多型（SNPと挿入／欠失）情報、およびそれらの前後配列。
|
jsnp_seq.zip
(10.6 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/jsnp_seq |
データ「Screening Information」より |
- |
197,195 件 |
データ詳細
open_in_full
|
| Screening Information | JSNP | 10.18908/lsdba.nbdc00114-003 |
多型探索実験における各種情報。
|
jsnp_screen.zip
(15.6 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/jsnp_screen |
GenBankやRefSeqのヒトゲノム配列より選択したエクソン、プロモーター領域、イントロンを、24人（東大・JST）、48人（理研）または40人（女子医大）の日本人ボランティアより得たDNAサンプルを鋳型としてPCR増幅し、キャピラリーシークエンサーでシークエンス。 |
PolyPhredで候補SNPsを検出し、シークエンス結果を目視で検証。 |
197,195 件 |
データ詳細
open_in_full
|
| cDNAライブラリ一覧 | KAIKOcDNA | 10.18908/lsdba.nbdc00951-005 |
カイコのcDNAライブラリについて記載した一覧です。 |
kaiko_cdna_library.zip
(4.8 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kaiko_cdna_library | 99 件 |
データ詳細
open_in_full
|
||
| EST詳細 | KAIKOcDNA | 10.18908/lsdba.nbdc00951-001 |
カイコのEST(cDNA)配列の一覧です。2011年9月時点の公的データベースに登録したEST、および、2010年6月時点での公的データベースに登録したcDNAで構成されます。 |
kaiko_cdna_main.zip
(157 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kaiko_cdna_main |
各ESTに対し、6種類のデータベースでBLAST検索を行い、注釈（アノテーション）を付けています。
|
532,655 件 |
データ詳細
open_in_full
|
|
| InterProScan検索結果 | KAIKOcDNA | 10.18908/lsdba.nbdc00951-004 |
クラスタの代表的ESTに対して、InterProScanを行った結果の一覧です。 |
kaiko_cdna_interpro.zip
(3.1 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kaiko_cdna_interpro |
「ORF情報」データ |
クラスタの代表的ESTのORFに対して、InterProで検索した結果による注釈（アノテーション）を付けています。 |
112,731 件 |
データ詳細
open_in_full
|
| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |
データのメタデータ一覧