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生命科学系データベースアーカイブ

KAIKOcDNA

データベースの説明

データベース全般

info 名称 KAIKOcDNA
info 名称の読み方 -
info 別名 -
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
末次克行*
作成者英名:
Yoshitaka Suetsugu
作成者所属:
農業生物資源研究所
info 連絡先 

〒305-8634 茨城県つくば市大わし 1-2
国立研究開発法人 農業生物資源研究所
上樂明也
E-mail : kaiko-cdna ad

info データベース分類 塩基配列データベース
info 生物種 
生物種名:
Bombyx mori
Taxonomy ID:
info データベースの説明 

カイコゲノム研究プログラム(SGP)で蓄積されているcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。

info データベースの特長・有用性・活用方法 

DDBJのような公的機関に登録し、公開されたカイコの部分的cDNA配列に簡単なアノテーションを付けたデータベースです。このデータベースは、クローン名、BLAST検索スコア、GO（Gene Ontology）ターム、キーワードなどで検索することができ、検索結果からはESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。「cDNA libraries」には、cDNAライブラリの特性情報、カイコの種類、組織、発育段階などが記載されています。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
科研費補助金 (No.506015, 1999; No.128102, 2000)
名称:
運営費交付金
名称:
農林水産省委託プロジェクト「動物ゲノムを活用した新市場創出のための技術開発（昆虫ゲノム情報を活用した新需要創造のための研究）」
info 論文等 
文献名:
Large scale full-length cDNA sequencing reveals a unique genomic landscape in a lepidopteran model insect, Bombyx mori
著者名:
Suetsugu Y, Futahashi R, Kanamori H, Kadono-Okuda K, Sasanuma S, Narukawa J,Ajimura M, Jouraku A, Namiki N, Shimomura M, Sezutsu H, Osanai-Futahashi M,　Suzuki MG, Daimon T, Shinoda T, Taniai K, Asaoka K, Niwa R, Kawaoka S, Katsuma S,Tamura T, Noda H, Kasahara M, Sugano S, Suzuki Y, Fujiwara H, Kataoka H, Arunkumar KP, Tomar A, Nagaraju J, Goldsmith MR, Feng Q, Xia Q, Yamamoto K, Shimada T, Mita K.
雑誌名/掲載年月/号:
G3 (Bethesda) / 2013, Sep / vol.9
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

 

info オリジナルサイト 
info 運用開始年月日 2004/4/12
info 最終更新年月日 2011/11/11
info 統括サイト 
info データの一括ダウンロードサイト -
info 参照先データベース 

KAIKObase (http://sgp.dna.affrc.go.jp/KAIKObase/)
InterPro (http://www.ebi.ac.uk/interpro/)
SPRINT (http://www.bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/sprint/)
Pfam (http://pfam.xfam.org/)
PIR (http://pir.georgetown.edu/pirwww/index.shtml)
ProDom (http://prodom.prabi.fr/prodom/current/html/home.php)
SMART (http://smart.embl-heidelberg.de/)
SUPERFAMILY (http://supfam.org/SUPERFAMILY/cgi-bin/scop.cgi)
CATH/Gene3D (http://www.cathdb.info/)
PROSITE (http://prosite.expasy.org/)
HAMAP (http://hamap.expasy.org/)
PANTHER (http://www.pantherdb.org/)
NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)
WormBase (http://www.wormbase.org/)
VectorBase (https://www.vectorbase.org/)

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