| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
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| エキソン | ASTRA | 10.18908/lsdba.nbdc00371-003 |
バリアントに含まれるエキソン |
astra_exon.zip
(5.9 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/astra_exon |
イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所 分子遺伝部 遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
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完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。 |
676,111 件 |
データ詳細
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| スプライシングパターン | ASTRA | 10.18908/lsdba.nbdc00371-004 |
選択的スプライシング/選択的転写開始のパターン |
astra_splicing_pattern.zip
(1.2 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/astra_splicing_pattern |
イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所 分子遺伝部 遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
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完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。 |
156,654 件 |
データ詳細
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| 遺伝子座 | ASTRA | 10.18908/lsdba.nbdc00371-001 |
遺伝子座と、その中に現れるスプライシングパターン |
astra_locus.zip
(887 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/astra_locus |
イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所 分子遺伝部 遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
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ゲノムへのマップ位置とcDNAのアノテーションを元に遺伝子名を特定 |
17,034 件 |
データ詳細
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| Graphical abstract | AT Atlas | 10.18908/lsdba.nbdc01162-004 |
「ターゲットタンパク研究技術開発研究課題」における成果を、Cell Illustratorを使って表現した図です。図はXML形式の１つであるCSMLフォーマットで抽出しています。技術開発研究題目１つに対して1つのCSML形式ファイルがあります (１つの研究課題につき、技術開発研究題目は１つから複数あり、複数の場合はIDで区別されています)。 |
at_atlas_csml.zip
(1.22 MB) |
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15 件 |
データ詳細
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| Image File | AT Atlas | 10.18908/lsdba.nbdc01162-005 |
「ターゲットタンパク研究技術開発研究課題」における成果をCell Illustratorを使って表現した図について、画像にしたものです。技術開発研究題目１つに対して1つのPNG形式ファイルがあります (１つの研究課題につき、技術開発研究題目は１つから複数あり、複数の場合はIDで区別されています)。 |
at_atlas_png.zip
(5.37 MB) |
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15件 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |
データのメタデータ一覧