| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 遺伝子発現データリスト | AOE | 10.18908/lsdba.nbdc00467-001 |
公共データベースに登録された遺伝子発現データについて、各種統計情報から検索・閲覧・比較することができる目次サイトです。 |
aoe_data_list.zip
(9.2 MB) |
https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/aoe_data_list |
ArrayExpress, Gene Expression Omnibus(GEO), Genomic Expression Archive |
- |
123,756件 |
データ詳細
open_in_full
|
| 3'EST配列 | Arabidopsis thaliana EST index | 10.18908/lsdba.nbdc00364-003 |
シロイヌナズナの3' EST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。 データ件数は、39,205件。 |
Arabi_3dash.tar.gz
(6.4MB) |
- |
キャピラリーシーケンサー |
- |
39,205件 |
データ詳細
open_in_full
|
| 5'EST配列 | Arabidopsis thaliana EST index | 10.18908/lsdba.nbdc00364-002 |
シロイヌナズナの5' EST配列データ。1配列につき1ファイルのFasta形式。 FASTA形式のヘッダ部分に、AccessionとClone IDが記述される。 データ件数は、14,027件。 |
Arabi_5dash.tar.gz
(2.3MB) |
- |
キャピラリーシーケンサー |
- |
14,027件 |
データ詳細
open_in_full
|
| EST配列一覧 | Arabidopsis thaliana EST index | 10.18908/lsdba.nbdc00364-001 |
シロイヌナズナのEST配列データの一覧。CSV形式のテキストファイル。 データ件数は、53,232件。 |
kazusa_arabi_est.zip
(6.6MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kazusa_arabi_est |
キャピラリーシーケンサー |
- |
53,232件 |
データ詳細
open_in_full
|
| cDNA | ASTRA | 10.18908/lsdba.nbdc00371-002 |
遺伝子座に含まれるcDNA |
astra_cdna.zip
(3.3 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/astra_cdna |
イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所 分子遺伝部 遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
|
完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。遺伝子名はcDNAのアノテーションを元に特定。 |
84,438 件 |
データ詳細
open_in_full
|
| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |
データのメタデータ一覧