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このデータベースについて

遺伝子座

データ説明
データ名
遺伝子座
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00371-001
データ内容の説明
遺伝子座と、その中に現れるスプライシングパターン
データファイル
データファイル名 :
astra_locus.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
887 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/astra_locus
データ取得方法

イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所 分子遺伝部 遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。

解析方法

ゲノムへのマップ位置とcDNAのアノテーションを元に遺伝子名を特定

データ件数

17,034 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Locus ID

データベース固有のlocus ID

UniGene ID

UniGene ID

Species

生物種

Chr. No.

染色体番号

Strand

Matched genome

遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のDefinition

Matched genome (GI)

遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のGenbank ID

Matched genome (RefSeq)

遺伝子座の配列に対応するゲノム配列のRefSeq ID

Gene name

遺伝子名

Left

遺伝子座のゲノム上の位置(左)

Right

遺伝子座のゲノム上の位置(右)

GO

Gene Ontology

Variants

スプライシングバリアントの数

Splicing type

スプライシングタイプ (例:cassette)