スプライシングパターン

データ名

スプライシングパターン

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データ内容の説明

選択的スプライシング/選択的転写開始のパターン

データファイル

データファイル名:

astra_splicing_pattern.zip

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1.2 MB

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データ取得方法

イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所　分子遺伝部　遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。

解析方法

完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。

データ件数

156,654 件

項目名	項目の説明
ID	スプライシングパターンID
Species	生物種
Locus ID	データベース固有のlocus ID
Region	遺伝子座内のスプライシング領域番号
Splicing pattern	遺伝子座内のスプライシングパターン番号
cDNA ID	データベース固有のcDNA ID
Splicing left	スプライシング領域のゲノム上の位置(左)
Splicing right	スプライシング領域のゲノム上の位置(右)
Splicing pattern	スプライシングパターン(ビット変換) "1"はスプライシング領域を表す
Splicing type	スプライシングタイプ
NAGNAG	NAGNAG(6bpのアクセプターサイト)か否か

このデータベースについて