データのメタデータ一覧
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| タンパク質結合による構造変化の補助データ | ConfC | 10.18908/lsdba.nbdc00400-002 |
二面角φ、ψのZ scoreをもとに、構造変化の大きい部位のデータを登録する。 |
confc_part.zip
(231 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/confc_part |
タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank), 機能部位 |
重ね合わせたタンパク質立体構造の二面角の変化を計算し、構造変化の大きい部位を求めるために二面角変化のZ scoreを計算し、閾値よりＺ scoreの大きい領域を決める。 |
12,692 件 |
データ詳細
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| 構造的ゆらぎデータ | ConfC | 10.18908/lsdba.nbdc00400-004 |
タンパク質立体構造データベースPDBの温度因子の値を用いて、構造的ゆらぎ（構造がゆらいでいる）領域を登録する。 |
confc_disorder.zip
(3.7 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/confc_disorder |
タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank) |
構造的ゆらぎの大きい部位を求めるために、温度因子の値のZ soreを計算し、Ｚ scoreの大きい領域を決める。 |
130,563 件 |
データ詳細
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| 構造解析結果 | ConfC | 10.18908/lsdba.nbdc00400-005 |
PDBファイルの構造解析を行った結果（生データ）
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confc_datafile.zip
(63.9 MB) |
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352 件 |
データ詳細
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| 進化的構造変化データ | ConfC | 10.18908/lsdba.nbdc00400-003 |
タンパク質配列の置換や挿入・欠損などによる構造変化の情報を登録する |
confc_ev.zip
(373 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/confc_ev |
タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank) |
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169,962 件 |
データ詳細
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| InCeP | CREATE portal | 10.18908/lsdba.nbdc00403-002 |
mKIAAの細胞内情報伝達経路 |
create_portal_incep.zip
(1 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/create_portal_incep |
免疫沈降：成体マウスの組織もしくは培養細胞株の抽出液を用いて抗mKIAA抗体を用いた免疫沈降を行いました。
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質量分析：LC-MSによる質量分析の結果をMascot解析し、共沈したタンパク質を予想しました。
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50 件 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |