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生命科学系データベースアーカイブ

ConfC

構造的ゆらぎデータ

データ説明

info データ名 構造的ゆらぎデータ
info DOI 
info データ内容の説明 

タンパク質立体構造データベースPDBの温度因子の値を用いて、構造的ゆらぎ（構造がゆらいでいる）領域を登録する。

info データファイル 
データファイル名:
confc_disorder.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/confc/LATEST/confc_disorder.zip
ファイルサイズ:
3.7 MB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank)

info 解析方法 

構造的ゆらぎの大きい部位を求めるために、温度因子の値のZ soreを計算し、Ｚ scoreの大きい領域を決める。

info データ件数 

130,563 件

データ詳細

項目名項目の説明
confID このテーブルのID
classID 構造変化のクラス
pdbID PDB ID
pdbChain PDBチェインID
method 実験方法
program リファイメントプログラム
temperature 実験時の温度
resolution 解像度
Rfactor R因子
depositDate 登録日
depositDateClass 日付の書式
ECnumber EC番号
SCOPID SCOP ID
domainNumber ドメイン数
complex 複合体の種類
SEQRESLength SEQRESの残基長
ATOMLength ATOMの残基長
REMARK465 REMARK 465（消失残基記述行）の使用の有無
disorderNumber ディスオーダー領域の数
disSumLength ディスオーダー残基の総数
maxDisLength 最長のディスオーダー領域
minDisLength 最短のディスオーダー領域
disSeqresPosition SEQRESでのディスオーダー領域の位置
disAtomPosition ATOMでのディスオーダー領域の位置
temperatureFactorAve 温度因子の平均
temperatureFactorStddev 温度因子の標準偏差
checkOccupy 1.00未満のOCCUPANCYの使用の有無
modelNumber MODEL NUMBERの使用の有無