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このデータベースについて

タンパク質結合による構造変化の補助データ

データ説明
データ名
タンパク質結合による構造変化の補助データ
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00400-002
データ内容の説明
二面角φ、ψのZ scoreをもとに、構造変化の大きい部位のデータを登録する。
データファイル
データファイル名 :
confc_part.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
231 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/confc_part
データ取得方法

タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank), 機能部位

解析方法

重ね合わせたタンパク質立体構造の二面角の変化を計算し、構造変化の大きい部位を求めるために二面角変化のZ scoreを計算し、閾値よりZ scoreの大きい領域を決める。

データ件数

12,692 件

データ詳細
項目名 項目の説明
confID

ConfAllテーブルのID

siteNo

N端から数えたsiteの番号

siteStart1

構造1におけるsiteのN端の二面角番号

siteStartR1

構造1におけるsiteのN端の残基番号

siteEnd1

構造1におけるsiteのC端の二面角番号

siteEndR1

構造1におけるsiteのC端の残基番号

siteLength1

構造1の残基長

siteStart2

構造2におけるsiteのN端の二面角番号

siteStartR2

構造2におけるsiteのN端の残基番号

siteEnd2

構造2におけるsiteのC端の二面角番号

siteEndR2

構造2におけるsiteのC端の残基番号

siteLength2

構造2の残基長

phiMax

二面角φの変化の最大値

psiMax

二面角ψの変化の最大値