データのメタデータ一覧
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| EST配列一覧 | Chlamydomonas reinhardtii EST index | 10.18908/lsdba.nbdc00028-001 |
クラミドモナスのEST配列データの一覧。CSV形式のテキストファイル。 データ件数は51,011件。 |
kazusa_chlamy_est.zip
(4.9MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/kazusa_chlamy_est |
キャピラリーシーケンサー |
- |
51,011件 |
データ詳細
open_in_full
|
| クラスター | ClEST | 10.18908/lsdba.nbdc01137-002 |
Blastx相同性検索やGOアノテーションを含むクラスター情報 |
clest_cluster.zip
(525 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/clest_cluster |
「Clone」データ |
Phred/phrapによるクラスタリング、NCBIのNon-redundantタンパク質データベースに対するBlastx相同性検索、Blast2GOを用いたGOアノテーションとDescriptionの記載 |
3,161 件 |
データ詳細
open_in_full
|
| クローン | ClEST | 10.18908/lsdba.nbdc01137-001 |
トコジラミESTクローン情報 |
clest_clone.zip
(660 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/clest_clone |
ABI3130xlを用いたサンガーシークエンス法による５’側からの配列決定 |
phredによるベースコール |
7,389 件 |
データ詳細
open_in_full
|
| タンパク質立体構造イメージ | ConfC | 10.18908/lsdba.nbdc00400-006 |
構造的ゆらぎのあるタンパク質立体構造のイメージ
|
confc_structure_image.zip
(1.3 GB) |
- |
- |
- |
130,547 件 |
データ詳細
open_in_full
|
| タンパク質結合による構造変化のデータ | ConfC | 10.18908/lsdba.nbdc00400-001 |
タンパク質配列の相同性が90%以上で、重ね合わせたタンパク質構造の原子間の距離が20Å以上のタンパク質ペアを登録する。 |
confc_all.zip
(14.2 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/confc_all |
タンパク質立体構造データベースPDB (Protein Data Bank) |
重ね合わせたタンパク質立体構造の二面角の変化を計算し、構造変化の大きい部位を求めるためにZ soreを計算した。 |
352 件 |
データ詳細
open_in_full
|
| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |