データのメタデータ一覧
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 複合体モデリング | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-003 |
各タンパク質の(複数のサブユニットからなる)複合体とそのモデリング情報(予測) |
sahg_complex.zip
(147 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/sahg_complex |
タンパク質のアミノ酸配列をクエリにPQSデータベースにBlastで配列検索し、類似度80%以上の鋳型検出、アラインメント作成、Modellerによる立体構造モデリングを実施した。 |
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8,667 件 |
データ詳細
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| 複合体モデル構造 | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-007 |
各複合体の予測されたモデル構造(PDB形式) |
complex_model_structure.zip
(1.1 GB) |
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タンパク質のアミノ酸配列をクエリにPQSデータベースにBlastで配列検索し、類似度80%以上の鋳型検出、アラインメント作成、Modellerによる立体構造モデリングを実施した。 |
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8,667 件 |
データ詳細
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| 配列アライメント | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-004 |
モデリング対象配列と鋳型配列とのアライメント |
sahg_alignment.zip
(12.0 MB) |
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RefSeqの全長配列を専用パイプラインに入力して、立体構造を予測する際にアラインメント生成。予測パイプラインの詳細は文献参照(Motono et al., Nucleic Acids Research, 2011, 39, D487–D493)。 |
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46,664 件 |
データ詳細
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| Alternative products | SEVENS | 10.18908/lsdba.nbdc00681-001 |
Swiss-Protに登録されているalternative products(同一遺伝子由来だがalternative splicingなどにより配列が異なるたんぱく質)の情報を格納しています |
sevens_alterna.zip
(1.86KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/sevens_alterna |
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144件 |
データ詳細
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| Amino acid frequency | SEVENS | 10.18908/lsdba.nbdc00681-010 |
タンパク質中のアミノ酸出現頻度と、疎水性値を格納しています。 |
sevens_seqft.zip
(2.24MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/sevens_seqft | 97,351件 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |