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データのメタデータ一覧
全 696 件 (586件から590件)
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データ名 データベース名 DOI 説明 データファイル 簡易検索URL データ取得方法 解析方法 データ件数 データ詳細
複合体モデリング SAHG 10.18908/lsdba.nbdc01193-003

各タンパク質の(複数のサブユニットからなる)複合体とそのモデリング情報(予測)

sahg_complex.zip
(147 KB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/sahg_complex

タンパク質のアミノ酸配列をクエリにPQSデータベースにBlastで配列検索し、類似度80%以上の鋳型検出、アラインメント作成、Modellerによる立体構造モデリングを実施した。

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8,667 件
データ詳細 open_in_full
複合体モデル構造 SAHG 10.18908/lsdba.nbdc01193-007

各複合体の予測されたモデル構造(PDB形式)

complex_model_structure.zip
(1.1 GB)
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タンパク質のアミノ酸配列をクエリにPQSデータベースにBlastで配列検索し、類似度80%以上の鋳型検出、アラインメント作成、Modellerによる立体構造モデリングを実施した。

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8,667 件
データ詳細 open_in_full
配列アライメント SAHG 10.18908/lsdba.nbdc01193-004

モデリング対象配列と鋳型配列とのアライメント

sahg_alignment.zip
(12.0 MB)
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RefSeqの全長配列を専用パイプラインに入力して、立体構造を予測する際にアラインメント生成。予測パイプラインの詳細は文献参照(Motono et al., Nucleic Acids Research, 2011, 39, D487–D493)。

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46,664 件
データ詳細 open_in_full
Alternative products SEVENS 10.18908/lsdba.nbdc00681-001

Swiss-Protに登録されているalternative products(同一遺伝子由来だがalternative splicingなどにより配列が異なるたんぱく質)の情報を格納しています

sevens_alterna.zip
(1.86KB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/sevens_alterna

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144件
データ詳細 open_in_full
Amino acid frequency SEVENS 10.18908/lsdba.nbdc00681-010

タンパク質中のアミノ酸出現頻度と、疎水性値を格納しています。

sevens_seqft.zip
(2.24MB)
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/sevens_seqft

97,351件
データ詳細 open_in_full
データ名 データベース名 DOI 説明 データファイル 簡易検索URL データ取得方法 解析方法 データ件数 データ詳細