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このデータベースについて

複合体モデリング

データ説明
データ名
複合体モデリング
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01193-003
データ内容の説明
各タンパク質の(複数のサブユニットからなる)複合体とそのモデリング情報(予測)
データファイル
データファイル名 :
sahg_complex.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
147 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/sahg_complex
データ取得方法

タンパク質のアミノ酸配列をクエリにPQSデータベースにBlastで配列検索し、類似度80%以上の鋳型検出、アラインメント作成、Modellerによる立体構造モデリングを実施した。

解析方法

-

データ件数

8,667 件

データ詳細
項目名 項目の説明
RefSeqID

RefSeq ID

Link to Protein

(簡易検索ページのみ)同一RefSeqIDのタンパク質基本情報へのリンク

regionFrom

複合体予測された領域の先頭アミノ酸残基

regionTo

複合体予測された領域の末尾アミノ酸残基

model PDB

(簡易検索ページのみ)モデル構造(PDB形式)へのリンク

Oligomer

複合体の種類(ホモ/ヘテロオリゴマー)

Model

同一タンパク質におけるモデル番号(連番)

Template

複合体の鋳型

Partner ID

複合体を形成する他のタンパク質のRefSeq ID