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このデータベースについて

配列アライメント

データ説明
データ名
配列アライメント
DOI
10.18908/lsdba.nbdc01193-004
データ内容の説明
モデリング対象配列と鋳型配列とのアライメント
データファイル
データファイル名 :
sahg_alignment.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
12.0 MB
簡易検索URL
-
データ取得方法

RefSeqの全長配列を専用パイプラインに入力して、立体構造を予測する際にアラインメント生成。予測パイプラインの詳細は文献参照(Motono et al., Nucleic Acids Research, 2011, 39, D487–D493)。

解析方法

-

データ件数

46,664 件

データ詳細
項目名 項目の説明
RefSeqID

RefSeq ID

Domain_type

ドメイン構造のタイプ(apoまたはholo)

Template

鋳型タンパク質名

Query_from

ターゲットタンパク質のアラインされた領域の先頭残基番号

Query_to

ターゲットタンパク質のアラインされた領域の末尾残基番号

Query_alignment

ターゲットタンパク質のアライメント配列

Template_from

鋳型タンパク質のアラインされた領域の先頭残基番号

Template_to

鋳型タンパク質のアラインされた領域の末尾残基番号

Template_alignment

鋳型タンパク質のアライメント配列

Alignment_line

アライメントのライン

Identity(%)

配列一致度