データのメタデータ一覧
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
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| Main | RPSD | 10.18908/lsdba.nbdc00749-001 |
イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造に関する情報の一覧です。 |
rpsd_main_sjis.zip
(120 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rpsd_main |
Protein Data Bankより取得。 |
358 件 |
データ詳細
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| タンパク質基本情報 | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-001 |
アミノ酸配列やRefSeq IDなど、モデリング対象タンパク質の基本情報 |
sahg_protein.zip
(8.1 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/sahg_protein |
RefSeq (NCBI Reference Sequence Database)から取得。その他、EzCatDB (A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms), Human Protein Reference Database (HPRD), UniProtKB/Swiss-Protの各データベースへの配列検索結果を取得。 |
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24,878 件 |
データ詳細
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| ドメインモデリング | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-002 |
ドメイン構造（予測）、鋳型情報、タンパク質相互作用（予測） |
sahg_domain.zip
(3.4 MB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/sahg_domain |
RefSeqの全長配列を専用パイプラインに入力して、立体構造、リガンド結合、タンパク質-タンパク質結合を予測。予測パイプラインの詳細は文献参照（Motono et al., Nucleic Acids Research, 2011, 39, D487–D493）。 |
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42,581 件 |
データ詳細
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| ドメインモデル構造 | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-006 |
各ドメインの予測されたモデル構造（PDB形式） |
domain_model_structure.zip
(1.6 GB) |
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RefSeqの全長配列を専用パイプラインに入力して、立体構造、リガンド結合、タンパク質-タンパク質結合を予測。予測パイプラインの詳細は文献参照（Motono et al., Nucleic Acids Research, 2011, 39, D487–D493）。 |
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46,269 件 |
データ詳細
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| モデル構造のサムネイル画像 | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-005 |
予測されたモデル構造のサムネイル画像。モーフィングの場合はFlashファイル一式 |
model_structure_thumbnail.zip
(404 MB) |
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タンパク質ドメインの予測モデル構造（PDB形式）を可視化した。アポ体・ホロ体の予測モデル構造（PDB形式）が存在する場合、双方の構造モデルを作成しモーフィングして、リガンド結合に伴う構造変化をアニメーション表示した。 |
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42,581 件 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |