データベースの説明

タンパク質配列データベース-タンパク質ドメインデータベース、タンパク質分類

7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。56の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法（GPCR遺伝子発見パイプライン）で、遺伝子を高精度に同定しています。

遺伝子探索ツール、配列アラインメントツール、モチーフ・ドメイン同定ツール、transmembrane helix(TMH)予測ツールで構成されたGPCR遺伝子発見パイプラインを利用して、２つのステージで同定処理を行いました。
１）遺伝子探索ステージ
　NCBやUCSC、Ensembl、Broad Institute、Baylor College of Medicine、dictyBase、IRGSPのftpサイトから得たデータを利用して、GPCR遺伝子候補数を抽出しました。
２）GPCR遺伝子スクリーニングステージ
　BLASTPによる配列検索、Pfamを用いたドメインの決定、PROSITEによるモチーフの決定、TMwindowsやSOSUIを用いたTMH予測の結果を利用して、前ステージのGPCR候補遺伝子を４レベル（A~D）に分類しました。