ドメインモデリング

データ名

ドメインモデリング

DOI

データ内容の説明

ドメイン構造（予測）、鋳型情報、タンパク質相互作用（予測）

データファイル

データファイル名:

sahg_domain.zip

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ファイルサイズ:

3.4 MB

簡易検索URL

データ取得方法

RefSeqの全長配列を専用パイプラインに入力して、立体構造、リガンド結合、タンパク質-タンパク質結合を予測。予測パイプラインの詳細は文献参照（Motono et al., Nucleic Acids Research, 2011, 39, D487–D493）。

解析方法

データ件数

42,581 件

項目名	項目の説明
RefSeqID	RefSeq ID
Link to Protein	（簡易検索ページのみ）同一RefSeqIDのタンパク質基本情報へのリンク
chromosome	タンパク質をコードする遺伝子が存在する染色体番号
domainIdx	同一タンパク質におけるドメイン番号（連番）
apoholoNum	1: アポ構造のみモデリング。2:ホロ構造のみモデリング。 3:アポ体、ホロ体ともモデリング。
aafrom	ドメインの先頭アミノ酸残基
aato	ドメインの末尾アミノ酸残基
Domain description	ドメインの機能（鋳型タンパク質情報から予測）
apo Template	アポ構造の鋳型
apo model PDB	アポ構造の構造モデルのファイル
holo Template	ホロ構造の鋳型
holo model PDB	ホロ構造の構造モデルのファイルへのリンク
Detected by	鋳型検索手法
Ligand Binding Residues	リガンド結合残基（予測）
Interface Residues	タンパク質-タンパク質相互作用部位、
Catalytic Residues	触媒残基（酵素の場合）
Ligand	リガンドの種類（PDBのchemical ID)
morphing	0:モーフィングデータ無し。1: モーフィングデータあり（アポ、ホロ両方のモデルがある場合）。

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