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このデータベースについて

DNAマーカー詳細情報

データ説明
データ名
DNAマーカー詳細情報
DOI
10.18908/lsdba.nbdc00318-03-002
データ内容の説明
イネ連鎖地図作成に使用したDNAマーカーの詳細情報。
データファイル
データファイル名 :
rgp_gmap2000_marker.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
46.7 KB
簡易検索URL
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap2000_marker
データ取得方法

地図を作るための多型DNAマーカーのソースとして、2種のcDNAクローン (カルスと根由来)、3種のゲノミッククローン (randomly selected clone, NotI-linking clone, YAC end-clone)、RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA) マーカーを用いました。これらは全て日本晴に由来します。その他に、コムギと他のイネ品種由来のDNAクローンも使用しました。

解析方法

WマーカーのプローブサイズはMichael Gale博士(John Innes Centre, Norwich (英))からの情報 に基づくものです。
マーカーの位置関係の解析は、MAPMAKER/EXP 3.0で行いました。

データ件数

3,267 件

データ詳細
項目名 項目の説明
Chrom. No.

染色体番号

Locus name

ローカス名

Real name

複数箇所の多型が検出された場合に、本来の配列情報に一致するマーカーのローカス名を「Real name」とした。「高密度連鎖地図情報」の「Marker name」に同じ。

Restriction enzyme

NipponbareとKasalath間の多型を検出する制限酵素名

Nipponbare band size (kb)

Nipponbareのサザンバンドサイズ

Kasalath band size (kb)

Kasalathのサザンバンドサイズ

Probe size (kb)

プローブのサイズ

Vector

クローニングベクター

Cloning site

クローニング部位

Special primers or restriction enzymes for NotI-linking clone

NotI-linkingマーカーのための特別なプライマーや制限酵素

Primer sequence 1

マーカーのプライマー配列1

Primer sequence 2

マーカーのプライマー配列2

PCR protocol

マーカーのPCRプロトコル

Image file name

親サザン画像ファイル名