[クレジット]

閉じる



- あのデータベースが、丸ごとダウンロード可能に！-

生命科学系データベースアーカイブ

RGP gmap2000

DNAマーカー詳細情報

データ説明

info データ名 DNAマーカー詳細情報
info DOI 
info データ内容の説明 

イネ連鎖地図作成に使用したDNAマーカーの詳細情報。

info データファイル 
データファイル名:
rgp_gmap2000_marker.zip
データのURL:
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/data/rgp-gmap2000/LATEST/rgp_gmap2000_marker.zip
ファイルサイズ:
46.7 KB
info 簡易検索URL 
info データ取得方法 

地図を作るための多型DNAマーカーのソースとして、２種のcDNAクローン (カルスと根由来)、３種のゲノミッククローン (randomly selected clone, NotI-linking clone, YAC end-clone)、RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA) マーカーを用いました。これらは全て日本晴に由来します。その他に、コムギと他のイネ品種由来のDNAクローンも使用しました。

info 解析方法 

WマーカーのプローブサイズはMichael Gale博士（John Innes Centre, Norwich (英)）からの情報 に基づくものです。
マーカーの位置関係の解析は、MAPMAKER/EXP 3.0で行いました。

info データ件数 

3,267 件

データ詳細

項目名項目の説明
Chrom. No. 染色体番号
Locus name ローカス名
Real name 複数箇所の多型が検出された場合に、本来の配列情報に一致するマーカーのローカス名を「Real name」とした。
「高密度連鎖地図情報」の「Marker name」に同じ。
Restriction enzyme NipponbareとKasalath間の多型を検出する制限酵素名
Nipponbare band size (kb) Nipponbareのサザンバンドサイズ
Kasalath band size (kb) Kasalathのサザンバンドサイズ
Probe size (kb) プローブのサイズ
Vector クローニングベクター
Cloning site クローニング部位
Special primers or restriction enzymes for NotI-linking clone NotI-linkingマーカーのための特別なプライマーや制限酵素
Primer sequence 1 マーカーのプライマー配列1
Primer sequence 2 マーカーのプライマー配列2
PCR protocol マーカーのPCRプロトコル
Image file name 親サザン画像ファイル名