| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データファイル ⇅ | 簡易検索URL ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ件数 ⇅ | データ詳細 |
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| データのリンク先一覧 | RGP gmap98 | 10.18908/lsdba.nbdc00318-02-001 |
各染色体ごとにイネ高密度連鎖地図の関連データへのリンク情報をまとめた一覧 |
rgp_gmap98_main.zip
(355 B) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap98_main | 12 件 |
データ詳細
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| 親サザン画像 | RGP gmap98 | 10.18908/lsdba.nbdc00318-02-006 |
親世代のサザンハイブリダイゼーション画像ファイル |
rgp_gmap98_southern_image.zip
(69.2 MB) |
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サザンハイブリダイゼーション |
F2植物の選抜のために、以下の８種の制限酵素で処理したDNAでサザンハイブリダイゼーションを行った。
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3,157 ファイル |
データ詳細
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| 連鎖順序情報 | RGP gmap98 | 10.18908/lsdba.nbdc00318-02-005 |
連鎖地図を作製した時のフレームとなる1174個のマーカーについて染色体ごとに、マーカー名、次のマーカーとの距離、遺伝型が決定できた個体数及びマーカーの遺伝形式のリストです。 |
rgp_gmap98_linkage_order.zip
(8.7 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap98_linkage_order |
windowサイズ「5」、LOD閾値「2.0」で「ripple」コマンドを実行し、染色体全体での異なる位置にあるマーカーの最適な並び順を調べました。 |
1,174 件 |
データ詳細
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| 遺伝子型データ | RGP gmap98 | 10.18908/lsdba.nbdc00318-02-004 |
各染色体の全ての分離個体（186個体）についての遺伝子型データ |
rgp_gmap98_genotype_data.zip
(48.4 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap98_genotype_data |
NipponbareとKasalathの掛け合わせから得た186のF2植物体を用いて連鎖解析を行った結果。 |
MAPMAKER/EXP 3.0を使用して、連鎖解析を行いました。 |
2,277 件 |
データ詳細
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| 高密度連鎖地図情報 | RGP gmap98 | 10.18908/lsdba.nbdc00318-02-002 |
1174個の別々のポジションをもつ2275個のDNAマーカーを用いて構築した、RFLP(制限酵素断片長多型)によるイネ高密度連鎖地図の情報 |
rgp_gmap98_detail.zip
(37.2 KB) |
http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/rgp_gmap98_detail |
マーカーはNipponbareのcDNAクローン由来のものを用いました。遺伝子座の位置は、NipponbareとKasalath間での組替え価を実験的に調べることから算出しました。マーカーの配列に対するアノテーションはタンパク質データベースを用いて推定しました。地図の図で別の位置になっているのは1174ポイントです。染色体毎に、159, 129, 148, 95, 107, 104, 88, 83, 54, 68, 79, 60の計1174です。 |
NipponbareとKasalathに由来する186のF2個体をmapping populationとして用いました。
W番号は、M.D.Gale氏（John Innes Centre、英国）によって開発されたクローンのPSR数と一致します。Vで示されるマーカーは、他の作用で分離したSINE1r6を含むゲノムとcDNAクローンの両方を含みます。クローン番号に続く文字A, B, C, Dは、それらの遺伝子座が、多重コピー配列の多型DNA断片の１つを使ったマッピングにより割り当てられたことを示しています。Yの番号の後のL, Rは、YACクローンのそれぞれ左右端を示しています。 RFLPマーカーの位置決定がコードするタンパク質の名称等はPIR (Rel.48.0)とSWISS PROT (Rel.33)での類似度から推定されたものです。 |
2,275 件 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データファイル | 簡易検索URL | データ取得方法 | 解析方法 | データ件数 | データ詳細 |
データのメタデータ一覧