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生命科学系データベースアーカイブ

DoBISCUIT

データベースの説明

データベース全般

info 名称 DoBISCUIT
info 名称の読み方 ドゥビスキュイ
info 別名 -
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
市川　夏子
作成者英名:
Natsuko Ichikawa
作成者所属:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
info 連絡先 

https://www.nite.go.jp/cgi-bin/contact/?cid=00000144&lang=0

info データベース分類 代謝系/シグナル伝達経路
info 生物種 
生物種名:
Streptomyces
Taxonomy ID:
info データベースの説明 

DoBISCUITは放線菌の二次代謝産物合成遺伝子クラスターに関する情報を網羅的に集約したデータベースです。

info データベースの特長・有用性・活用方法 

放線菌によって生成される二次代謝物は、リード化合物や医薬品開発の候補として重要です。ポリケチド合成酵素 (PKS) と非リボソームペプチド合成酵素 (NRPS) は、複雑な化合物の構築における役割で大きな注目を集めています。二次代謝物の生合成遺伝子クラスターは、異種発現やコンビナトリアル生合成などのバイオテクノロジーの用途でよく使用されます。生合成遺伝子クラスターについて記述した科学論文は毎年多数発表されていますが、特定の遺伝子クラスターに関する情報は多くの参考文献に分散しており、網羅的に記述されていません。
私たちは、既知のPKSおよびNRPS遺伝子クラスターに関する文献ベースのデータベースを構築しました。本データベースは、生合成クラスター情報、KS/A ドメイン配列情報で構成されています。本データベースの利用により生合成クラスターに関連する包括的な情報に簡単にアクセスでき、標準化された遺伝子説明を参照できます。本データベースは、二次代謝物と生合成遺伝子クラスターの分析に役立つ参考資料となります。

info データベースの利用許諾 CC-BY 詳細
info 予算的背景・プロジェクト -
info 論文等 
文献名:
DoBISCUIT: a database of secondary metabolite biosynthetic gene clusters.
著者名:
Ichikawa, N; Sasagawa, M; Yamamoto, M; Komaki, H; Yoshida, Y; Yamazaki, S and Fujita, N.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Research (2013) Database Issue Nucleic Acids Res. 2012 Nov 26.
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

独立行政法人製品評価技術基盤機構　バイオテクノロジーセンター

info オリジナルサイト -
info 運用開始年月日 2012/03/28
info 最終更新年月日 2016/12/27
info 統括サイト 
info データの一括ダウンロードサイト -
info 参照先データベース 

NCBI, Uniprot, Interpro

info 一覧表示 有り
info クエリ検索 無し
info Webサービス 無し
info WebサービスURL -
info ユーザ登録 無し