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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
Polymorphism Sequence JSNP 10.18908/lsdba.nbdc00114-001

多型(SNPと挿入/欠失)情報、およびそれらの前後配列。
「Flat files」 ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/snp/imsSNP140508.fas および ftp://ftp.hgc.jp/pub/hgc/db/snp/imsIND140508.fas として提供されていた。

データ「Screening Information」より

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Screening Information JSNP 10.18908/lsdba.nbdc00114-003

多型探索実験における各種情報。
「データ提供」 http://snp.ims.u-tokyo.ac.jp/data_roots.html の「各遺伝子構造中の塩基置換型の頻度別」より提供されていた。

GenBankやRefSeqのヒトゲノム配列より選択したエクソン、プロモーター領域、イントロンを、24人(東大・JST)、48人(理研)または40人(女子医大)の日本人ボランティアより得たDNAサンプルを鋳型としてPCR増幅し、キャピラリーシークエンサーでシークエンス。

PolyPhredで候補SNPsを検出し、シークエンス結果を目視で検証。

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cDNAライブラリ一覧 KAIKOcDNA 10.18908/lsdba.nbdc00951-005

カイコのcDNAライブラリについて記載した一覧です。

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EST詳細 KAIKOcDNA 10.18908/lsdba.nbdc00951-001

カイコのEST(cDNA)配列の一覧です。2011年9月時点の公的データベースに登録したEST、および、2010年6月時点での公的データベースに登録したcDNAで構成されます。

各ESTに対し、6種類のデータベースでBLAST検索を行い、注釈(アノテーション)を付けています。
ESTはBLASTN (all-against-all) でグループ分けされました。それぞれのグループ(クラスタ)に対して、各contigのもっとも上流の領域を含むクローンを代表的配列 (EST) として選びました。各代表的配列には、InterProScanによって注釈を付けました。

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InterProScan検索結果 KAIKOcDNA 10.18908/lsdba.nbdc00951-004

クラスタの代表的ESTに対して、InterProScanを行った結果の一覧です。

「ORF情報」データ

クラスタの代表的ESTのORFに対して、InterProで検索した結果による注釈(アノテーション)を付けています。

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細