データのメタデータ検索
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ詳細 |
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| Polymorphism Sequence | JSNP | 10.18908/lsdba.nbdc00114-001 |
多型(SNPと挿入/欠失)情報、およびそれらの前後配列。
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データ「Screening Information」より |
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データ詳細
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| Screening Information | JSNP | 10.18908/lsdba.nbdc00114-003 |
多型探索実験における各種情報。
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GenBankやRefSeqのヒトゲノム配列より選択したエクソン、プロモーター領域、イントロンを、24人(東大・JST)、48人(理研)または40人(女子医大)の日本人ボランティアより得たDNAサンプルを鋳型としてPCR増幅し、キャピラリーシークエンサーでシークエンス。 |
PolyPhredで候補SNPsを検出し、シークエンス結果を目視で検証。 |
データ詳細
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| cDNAライブラリ一覧 | KAIKOcDNA | 10.18908/lsdba.nbdc00951-005 |
カイコのcDNAライブラリについて記載した一覧です。 |
データ詳細
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| EST詳細 | KAIKOcDNA | 10.18908/lsdba.nbdc00951-001 |
カイコのEST(cDNA)配列の一覧です。2011年9月時点の公的データベースに登録したEST、および、2010年6月時点での公的データベースに登録したcDNAで構成されます。 |
各ESTに対し、6種類のデータベースでBLAST検索を行い、注釈(アノテーション)を付けています。
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データ詳細
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| InterProScan検索結果 | KAIKOcDNA | 10.18908/lsdba.nbdc00951-004 |
クラスタの代表的ESTに対して、InterProScanを行った結果の一覧です。 |
「ORF情報」データ |
クラスタの代表的ESTのORFに対して、InterProで検索した結果による注釈(アノテーション)を付けています。 |
データ詳細
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データ取得方法 | 解析方法 | データ詳細 |