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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細
I・M・A・G・Eデータ DNA ProbeLocator 10.18908/lsdba.nbdc01077-005

I.M.A.G.E コンソーシアムの cDNA 配列について、H-InvDB のユニークな転写物にマップした結果のリスト

I.M.A.G.E. Consortiumより取得

遺伝子・転写物との対応関係をマッピング処理にて取得

データ詳細 open_in_full
Locuslinkデータ DNA ProbeLocator 10.18908/lsdba.nbdc01077-006

遺伝子座に関するアノテーション情報

ただし、chrが「_random」を含むエントリは、各座標に関して注意が必要である。 UCSCの「_random」を含むゲノム配列の構成は、染色体中の位置が未確定のセグメントを 50,000bpのスペーサーで挟んで1本に繋いだものとなっている ( http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download9, http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download10 )。 このゲノム配列にHIT転写物がマッピングされているので、以下の座標表記となっている。
h_*:各セグメント上の座標を示す。セグメントの区別は記載なし。
なお同一転写物のexonが異なるセグメントにマッピングされているケースもある。

H-Invitational DBから取得

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データ詳細 open_in_full
Refgene_exonデータ DNA ProbeLocator 10.18908/lsdba.nbdc01077-007

H-Invitational transcript ID (HIT) に関するアノテーション情報

ただし、chrが「_random」を含むエントリは、各座標に関して注意が必要である。 UCSCの「_random」を含むゲノム配列の構成は、染色体中の位置が未確定のセグメントを 50,000bpのスペーサーで挟んで1本に繋いだものとなっている ( http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download9, http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQdownloads.html#download10 )。 このゲノム配列にHIT転写物がマッピングされているので、以下の座標表記となっている。
a_*:各セグメント上の座標を示す。セグメントの区別は記載なし。
cds_*、e_*:セグメントを50,000bpのスペーサーを挟みつつ1本に繋いだ上での座標。
なお同一転写物のexonが異なるセグメントにマッピングされているケースもある。

H-Invitational DBから取得

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データ詳細 open_in_full
SNPデータ DNA ProbeLocator 10.18908/lsdba.nbdc01077-008

各染色体上のSNPの座標やアリルタイプの情報

H-Invitational DBからデータを取得

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データ詳細 open_in_full
DGGE eDDASs 10.18908/lsdba.nbdc01572-002.V003

DGGEによる土壌微生物相の分析結果。
ただし表示の便宜のため、Soilの大半の項目を含む。

各農耕地土壌から抽出されたDNAの微生物群集解析をPCR-DGGE法によって行った
詳しくは標準マニュアル(http://www.niaes.affrc.go.jp/project/edna/edna_jp/manual_pdf.html)を参照

・DGGEゲル画像はGelCompar II ver. 5.1 (Applied Math, Kortrijk, Belgium) で解析された
・各多様性指数は標準化されたDGGEゲル画像のバンド情報から算出された

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データ名 データベース名 DOI 説明 データ取得方法 解析方法 データ詳細