データのメタデータ検索
| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ詳細 |
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| 遺伝子破壊株セットを用いた網羅的表現型解析 - 冷凍ストレス | DGBY | 10.18908/lsdba.nbdc00953-006 |
パン酵母は、冷凍生地製パン過程において、凍結・融解に伴う冷凍ストレスに曝されます。そこで、冷凍ストレス耐性に必要とされる遺伝子を明らかにするため、非必須遺伝子の破壊株セットを用いたゲノムワイドな冷凍ストレス感受性株のスクリーニングを行いました。その結果、冷凍ストレス感受性を示す58株の遺伝子破壊株を同定することが出来ました。感受性株の破壊遺伝子の中には、液胞酸性化や細胞壁形成に関与するものが多く含まれていました。冷凍ストレス感受性株の多くは、酸化ストレスや細胞壁形成阻害剤に対する感受性を示したことから、冷凍障害には少なくとも二つのメカニズム(酸化ストレス、細胞壁欠損)が介在する可能性が示唆されました。 |
YPD培地で30℃で23時間(非ストレスの対照では16時間)培養した後の630nmのODをマイクロタイタープレートリーダー(Elx800)で測定 |
変異株と野生型BY4743のOD比を計算 |
データ詳細
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| 遺伝子破壊株セットを用いた網羅的表現型解析 - 高ショ糖ストレス | DGBY | 10.18908/lsdba.nbdc00953-005 |
菓子パン等に用いられる高糖生地中では、パン酵母は高いショ糖濃度に曝されます。従って、パン酵母の高ショ糖ストレス耐性は実用レベルにおいて極めて重要であると言えます。しかしながら、高ショ糖ストレス耐性の機構には不明な点が多く残されています。そこで、我々は高ショ糖ストレス耐性に必要な遺伝子を明らかにするため、出芽酵母の非必須遺伝子破壊株セットを用いた網羅的な解析を行いました。その結果、273株の高ショ糖感受性株を同定することに成功しました。これらの株について、ソルビトールおよび食塩に対する感受性等を調べたところ、プリン合成関連遺伝子等の破壊株が高ショ糖ストレス特異的に感受性を示すことが明らかになりました。ショ糖、ソルビトールあるいは食塩による高浸透圧下における細胞内ATP濃度を調べたところ、プリン合成関連遺伝子の破壊株では、高ショ糖存在下でのATP濃度が極めて低いことが分かりました。このことから、細胞内ATP濃度が高ショ糖ストレス感受性を決定づける一つの要因であるものと示唆されました。 |
指定の培地で30℃20時間培養した後の630nmのODをマイクロタイタープレートリーダー(Elx800)で測定 |
変異株と野生型BY4743のOD比を計算
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| DNA マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析 - 乾燥ストレス | DGBY | 10.18908/lsdba.nbdc00953-004 |
ドライイーストは、培養したパン酵母を乾燥して製造されますが、その過程で酵母には熱や乾燥を伴う過酷なストレス(乾燥ストレス)が負荷されます。我々はドライイースト製造を模倣した通風乾燥過程におけるパン酵母の遺伝子発現変化を解析し、乾燥ストレスがパン酵母の遺伝子発現に及ぼす影響を調べました。その結果、乾燥初期にはタンパク質のフォールディングに関与する遺伝子の発現が一過的に上昇していました。また、乾燥過程において脂肪酸代謝関連遺伝子の発現が高く維持されていることが示唆されました。 |
Affymetrix Yeast Genome S98 Array |
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| DNA マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析 - 製パン初期過程における遺伝子発現変化 | DGBY | 10.18908/lsdba.nbdc00953-002 |
製パン用のパン酵母は、栄養分や温度条件等の厳密な管理を受けながら好気的条件下で培養されます。パン酵母は、パン生地に加えられると急激な環境条件の変化に曝されます。このような環境変化に対して、パン酵母はどのように適応しているのかを明らかにするため、我々はパン生地発酵の初期過程におけるパン酵母の遺伝子発現プロファイルを取得しました。その結果、酸素呼吸から発酵への移行を裏付けるように、発酵初期にはTCAサイクルに関連する遺伝子の発現が抑制されると共に、解糖系関連遺伝子の発現上昇が確認されました。また、unfolded protein response (UPR)に関連する遺伝子の発現が上昇するなど、興味深い現象も観察されました。 |
Affymetrix Yeast Genome S98 Array |
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| DNA マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析 - 高ショ糖ストレス | DGBY | 10.18908/lsdba.nbdc00953-003 |
パン酵母には、菓子パン等に用いられる高糖生地の発酵に適したものや、フランスパン等の無糖生地の発酵に適したものなど、生地の種類に応じた様々な種類が存在します。我々は、高糖生地用パン酵母(HS株)と無糖生地用パン酵母(LS株)を用いて、発酵過程における遺伝子発現変化や発酵特性等を比較し、両株の特徴付けを試みました。その結果、グリセロールやトレハロースといった適合溶質の代謝に関連する遺伝子の発現は、ショ糖含有条件ではHS株よりもLS株において高レベルであることが分かりました。しかし、適合溶質の生合成関連遺伝子の発現レベルと適合溶質の細胞内濃度との相関は低いことが分かりました。 |
Affymetrix Yeast Genome 2.0 Array |
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| データ名 | データベース名 | DOI | 説明 | データ取得方法 | 解析方法 | データ詳細 |