データのメタデータ検索
全 696 件 (581件から585件)
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| データ名 ⇅ | データベース名 ⇅ | DOI ⇅ | 説明 ⇅ | データ取得方法 ⇅ | 解析方法 ⇅ | データ詳細 |
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| Main | RPSD | 10.18908/lsdba.nbdc00749-001 |
イネなど7種類の植物のタンパク質の立体構造に関する情報の一覧です。 |
Protein Data Bankより取得。 |
データ詳細
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| タンパク質基本情報 | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-001 |
アミノ酸配列やRefSeq IDなど、モデリング対象タンパク質の基本情報 |
RefSeq (NCBI Reference Sequence Database)から取得。その他、EzCatDB (A Database of Enzyme Catalytic Mechanisms), Human Protein Reference Database (HPRD), UniProtKB/Swiss-Protの各データベースへの配列検索結果を取得。 |
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| ドメインモデリング | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-002 |
ドメイン構造（予測）、鋳型情報、タンパク質相互作用（予測） |
RefSeqの全長配列を専用パイプラインに入力して、立体構造、リガンド結合、タンパク質-タンパク質結合を予測。予測パイプラインの詳細は文献参照（Motono et al., Nucleic Acids Research, 2011, 39, D487–D493）。 |
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| ドメインモデル構造 | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-006 |
各ドメインの予測されたモデル構造（PDB形式） |
RefSeqの全長配列を専用パイプラインに入力して、立体構造、リガンド結合、タンパク質-タンパク質結合を予測。予測パイプラインの詳細は文献参照（Motono et al., Nucleic Acids Research, 2011, 39, D487–D493）。 |
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| モデル構造のサムネイル画像 | SAHG | 10.18908/lsdba.nbdc01193-005 |
予測されたモデル構造のサムネイル画像。モーフィングの場合はFlashファイル一式 |
タンパク質ドメインの予測モデル構造（PDB形式）を可視化した。アポ体・ホロ体の予測モデル構造（PDB形式）が存在する場合、双方の構造モデルを作成しモーフィングして、リガンド結合に伴う構造変化をアニメーション表示した。 |
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