cDNA

データ名

cDNA

DOI

データ内容の説明

遺伝子座に含まれるcDNA

データファイル

データファイル名:

astra_cdna.zip

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ファイルサイズ:

3.3 MB

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データ取得方法

イネの完全長32k cDNAクローンセットとコーディング領域の配列は、農業生物資源研究所　分子遺伝部　遺伝子発現研究室(Kikuchi et al., 2003; ftp://cdna01.dna.affrc.go.jp/pub/data/CURRENT)から取得した。それ以外の生物種の完全長cDNAは、UniGeneから、コーディング領域と推定される配列をアノテーションに基づいて抽出した。
ヒト、マウス、ハエ、アラビドプシスのゲノム配列はNCBI(ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/)から取得した。線虫のゲノム配列とイネのドラフトコンティグはサンガーセンター(ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/) とTIGR研究所 (ftp://ftp.tigr.org/pub/data/Eukaryotic_Projects/o_sativa/annotaion_dbs/pseudomolecules/version_3.0/)から取得した。

解析方法

完全長cDNA-ゲノム配列のMEGABLASTマッピング後、エキソン-イントロン構造を1と0にビット変換してスプライシングパターンを検出、タイプ分類。遺伝子名はcDNAのアノテーションを元に特定。

データ件数

84,438 件

項目名	項目の説明
cDNA ID	データベース固有のcDNA ID
Locus ID	データベース固有のlocus ID
Species	生物種
Chr. No.	染色体番号
Strand	鎖
Gene name	遺伝子名
UniGene ID	UniGene ID
cDNA UniGene ID	cDNAのUniGene ID
Genbank accession	Genbank アクセション番号
GI	Genbank ID
CDS left	cDNAにおけるコーディング領域の位置（左）
CDS right	cDNAにおけるコーディング領域の位置（右）
Splicing pattern	スプラシングパターン (遺伝子モデル)
cDNA sequence length	cDNA 配列長
DOU start	未成熟(擬似)開始コドンである(true)か否(false)か
DOU end	未成熟(擬似)終止コドンである(true)か否(false)か
NMD	ナンセンス変異依存mRNA分解機構(NMD)が発生し得る(true)か否か(false)
Number of exons	cDNA中のエクソンの数
Number of splicing regions	遺伝子中の選択的スプライシング/転写開始領域の数

このデータベースについて