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データのメタデータ一覧

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データ名 ⇅	データベース名 ⇅	DOI ⇅	説明 ⇅	データファイル ⇅	簡易検索URL ⇅	データ取得方法 ⇅	解析方法 ⇅	データ件数 ⇅	データ詳細
SNP 一覧 (Phase II)	D-HaploDB	10.18908/lsdba.nbdc00036-001	D2（Phase II）のSNP一覧。 D1（Phase I、Perlegen社アレイによる281K SNPデータ）に、Affymetrix 500Kアレイを用いて決定したデータをマージし、品質管理（QC）を行ったもの（74サンプル分）。連鎖不平衡領域（LD bin）を算出してある。 Phase IIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、SNP単位の情報を表形式にまとめたもの。	dhaplo_d2_snp_list.zip (16.6MB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dhaplo_d2_snp_list#ja	Perlegen 281K arrays、Affymetrix 500K arrays	Perlegen 281K arraysによる解析については Kukita et al. (2005) に記載のとおりである。Affymetrix 500K arraysによる解析についてはHigasa et al. (2009) に記載されているが論文ではアノテーションにゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用しているのに対し、D2では Build35 を使用しており、同じ参照配列を使用したPerlegen 281K arrays の結果と統合している。なお、タイピングの結果、1%以下の割合でヘテロと判定された箇所があるが、これらはエラー判定の可能性が高い（全胞状奇胎ではヘテロは基本的にないはずであり、実際にこれらのコールの再現性も悪い）のですべてノーコールに変換している。LD binの解析方法についてはLD bin一覧の解析方法の項目を参照のこと。	581,235件	データ詳細 open_in_full
SNP 一覧 (Phase III)	D-HaploDB	10.18908/lsdba.nbdc00036-002	D3（Phase III）のSNP一覧（1M SNP、87サンプル分）。基本的にはKukita et al. (2010)記載の通りに作成されているが、論文のQCはより厳しくさらに２サンプル（CHM010とCHM035)が排除されている。連鎖不平衡領域（LD bin）を算出してある。 Phase IIIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、SNP単位の情報を表形式にまとめたもの。	dhaplo_d3_snp_list.zip (23.9MB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dhaplo_d3_snp_list#ja	Affymetrix SNP 6.0	全胞状奇胎(CHM)100検体をAffymetrix SNP 6.0 arrays でジェノタイピングした。アノテーションにはゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用した。Kukita et al.(2010)に記載の方法に従って、蛍光シグナル比(log2R)が低値であったSNP、CNV解析により欠失領域にあると判定されたSNP、およびヘテロと判定されたSNPをノーコールに変換した。このあとサンプルコール率およびSNPコール率によるQCを行い最終的に87CHMについての876KSNPのタイピング結果を取得した。LD binの解析方法についてはLD bin一覧の解析方法の項目を参照のこと。	876,399件	データ詳細 open_in_full
BLOCKS - PDB ATOMマッチングデータ	DB-SPIRE	10.18908/lsdba.nbdc00411-008	本データベースでBLOCKSエントリに対応したATOM配列とマッチしたPDBエントリとチェインのデータ	dbspire_blocks_pdb_atom.zip (6.2 MB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dbspire_blocks_pdb_atom	BLOCKS, PDB	ワード検索、モチーフ検索	824,198 件	データ詳細 open_in_full
BLOCKS - PDB SEQRESマッチングデータ	DB-SPIRE	10.18908/lsdba.nbdc00411-007	本データベースでBLOCKSエントリに対応したSEQRES配列とマッチしたPDBエントリとチェインのデータ	dbspire_blocks_pdb_seq.zip (6.4 MB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dbspire_blocks_pdb_seq	BLOCKS, PDB	ワード検索、モチーフ検索	858,156 件	データ詳細 open_in_full
BLOCKS - PDBマッチングデータ	DB-SPIRE	10.18908/lsdba.nbdc00411-006	本データベースでBLOCKSエントリとマッチしたPDBエントリとチェインのデータ	dbspire_blocks_pdb.zip (512 KB)	http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dbspire_blocks_pdb	BLOCKS, PDB	ワード検索、モチーフ検索	166,232 件	データ詳細 open_in_full
データ名	データベース名	DOI	説明	データファイル	簡易検索URL	データ取得方法	解析方法	データ件数	データ詳細