データベースの説明

構造データベース-タンパク質構造

本データベースは、実験的または配列解析（ホモロジーサーチとマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したものです。アミノ酸配列モチーフデータベースとして、PROSITEとBLOCKSの2種類を用いました。前者は実験的のみ、後者は実験的および配列解析によるモチーフを登録したデータベースです。タンパク質立体構造データベースとしてはPDBを用い、各エントリーにおけるSEQRES行とATOM 行の両方の配列情報から、それぞれモチーフ位置を決めています。PDBのエントリーによっては、配列情報が一致するとは限らないので、どちらか一方だとモチーフ情報を見落とす可能性があるためです。

本データベースは,バイオインフォマティクスや生化学・構造生物学の実験研究者が,タンパク質立体構造における機能構造を迅速に把握することを可能にすることを目的にしています。
また,タンパク質構造変化部位データベース（ConfC）などと連携し,タンパク質構造機能相関を動的な問題として捉えて,機能部位予測をするための基礎データとすることも可能です。