SNP 一覧 (Phase II)
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データ名
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SNP 一覧 (Phase II) | ||||||||||||||||||||||
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DOI
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10.18908/lsdba.nbdc00036-001 |
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データ内容の説明
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D2（Phase II）のSNP一覧。 D1（Phase I、Perlegen社アレイによる281K SNPデータ）に、Affymetrix 500Kアレイを用いて決定したデータをマージし、品質管理（QC）を行ったもの（74サンプル分）。連鎖不平衡領域（LD bin）を算出してある。 Phase IIのデータ（Genotype DataとAnnotation Data）から、SNP単位の情報を表形式にまとめたもの。 | ||||||||||||||||||||||
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データファイル
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データファイル名 :
dhaplo_d2_snp_list.zip
データのURL :
ファイルサイズ :
16.6MB
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簡易検索URL
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http://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/dhaplo_d2_snp_list#ja | ||||||||||||||||||||||
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データ取得方法
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Perlegen 281K arrays、Affymetrix 500K arrays |
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解析方法
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Perlegen 281K arraysによる解析については Kukita et al. (2005) に記載のとおりである。Affymetrix 500K arraysによる解析についてはHigasa et al. (2009) に記載されているが論文ではアノテーションにゲノム参照配列 NCBI Build36 を使用しているのに対し、D2では Build35 を使用しており、同じ参照配列を使用したPerlegen 281K arrays の結果と統合している。なお、タイピングの結果、1%以下の割合でヘテロと判定された箇所があるが、これらはエラー判定の可能性が高い（全胞状奇胎ではヘテロは基本的にないはずであり、実際にこれらのコールの再現性も悪い）のですべてノーコールに変換している。LD binの解析方法についてはLD bin一覧の解析方法の項目を参照のこと。 |
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データ件数
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581,235件 |
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| データ詳細 | |||||||||||||||||||||||
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