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生命科学系データベースアーカイブ

D-HaploDB

データベースの説明

データベース全般

info 名称 D-HaploDB
info 名称の読み方 ディー ハプロ ディービー
info 別名 Definitive Haplotype Database
info DOI 
info 作成者 
作成者氏名:
林 健志*
作成者英名:
Kenshi Hayashi
作成者所属:
九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター
作成者氏名:
田平 知子
作成者英名:
Tomoko Tahira
作成者所属:
九州大学 生体防御医学研究所 附属遺伝情報実験センター
info 連絡先 

金城学院大学薬学部
田平　知子
E-mail: dhaplodb_address

info データベース分類 ヒト遺伝子/疾患-多型データベース全般
info 生物種 
生物種名:
Homo sapiens
Taxonomy ID:
info データベースの説明 

全胞状奇胎を用いて直接決定した日本人ゲノムのハプロタイプおよび連鎖不平衡構造に関する公開データベース。

info データベースの特長・有用性・活用方法 

全胞状奇胎のゲノムは単一精子に由来するため、D-HaploDBでは直接決定されたハプロタイプの情報が得られる。これに対して、例えばハップマップが提供するアジア人ハプロタイプは推定ハプロタイプであり、ある程度の誤りを含むと考えられる。オリジナルサイトではゲノムブラウザ機能を利用でき、また2011年６月に新規アレイデータ（D4）が追加されている。

info データベースの利用許諾 CC 表示-継承 詳細
info 予算的背景・プロジェクト 
名称:
文部科学省　21世紀型革新的先端ライフサイエンス技術開発プロジェクト(2002~2005年度）「テイラーメイド医療基盤整備プログラム」
名称:
文部科学省 ゲノム特定研究(2005～2009年度）「定量的一塩基多型解析技術の開発と医療への応用」
info 論文等 
文献名:
Genome-wide definitive haplotypes determined using a collection of complete hydatidiform moles.
著者名:
Kukita Y, Miyatake K, Stokowski R, Hinds D, Higasa K, Wake N, Hirakawa T, Kato H, Matsuda T, Pant K, Cox D, Tahira T, Hayashi K.
雑誌名/掲載年月/号:
Genome Res. 2005 Nov;15(11):1511-8.
外部リンク:
 
文献名:
D-HaploDB: a database of definitive haplotypes determined by genotyping complete hydatidiform mole samples.
著者名:
Higasa K, Miyatake K, Kukita Y, Tahira T, Hayashi K.
雑誌名/掲載年月/号:
Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D685-9.
外部リンク:
 
文献名:
Evaluation of haplotype inference using definitive haplotype data obtained from complete hydatidiform moles, and its significance for the analyses of positively selected regions.
著者名:
Higasa K, Kukita Y, Kato K, Wake N, Tahira T, Hayashi K.
雑誌名/掲載年月/号:
PLoS Genetics, 2009 May;5(5):e1000468.
外部リンク:
 
文献名:
A definitive haplotype map as determined by genotyping duplicated haploid genomes finds a predominant haplotype preference at copy-number variation events.
著者名:
Kukita Y, Yahara K, Tahira T, Higasa K, Sonoda M, Yamamoto K, Kato K, Wake N, Hayashi K.
雑誌名/掲載年月/号:
Am. J. Hum. Genet. 2010 Jun;86(6):918-28.
外部リンク:
 

データベースのオリジナルサイト情報

info データベース運用場所 

九州大学　生体防御医学研究所　附属遺伝情報実験センター　ゲノム構造学分野

＊オリジナルサイトでの公開を終了

info オリジナルサイト (運用終了)http://orca.gen.kyushu-u.ac.jp/
info 運用開始年月日 2005/7/20
info 最終更新年月日 2011/6/23
info 統括サイト 
info データの一括ダウンロードサイト (運用終了)http://orca.gen.kyushu-u.ac.jp/download.html
info 参照先データベース 

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